High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by vvi
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 79462
Chr: 12
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-124E14 : RP24-164I4 : RP24-299H19 : RP24-463C8 : RP24-370C21 : RP24-490E1 : RP24-492F23 : RP24-289O13 : RP24-153D18 : RP24-153P18 :
Instance: Plate 91: Well H02: BACs RP24-164I4 RP24-124E14 RP24-463C8 RP24-299H19
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 21311510 21311559 50 TAACTCTAGATTAAAGGTCTTTTGACCACCAAGTTGTGTATTTTTTGGAG
U5 21317553 21317602 50 GTTCAACAAAATCGAGTTTCTACCACATGGGAACCAGCAGCACTTGTATT
U3 21317639 21317688 50 TGTTAGTGGGTTCCTAACGTTCTGTACCCGTTTGGTTAACGTCTATCGGA
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D3 21320221 21320270 50 GGGGCTGTTTGAGTGGGGTTGCCCACCGGTTGAGAACTGCTAGACTATTT
G3 21323935 21323984 50 ACTATCATGACTAGTAAAAAGAGCAAATACCACAAGGTATATATTCAAGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 21325995 21326081 87 AAAGTATTTCATTGCTACTTCAGAGCTGCAATTTTGCTACTCTTATGAATCGCAGTGTGAACATTTTTGGAGAAGAAGTTTGCCAAA
G5 21317371 21317420 50 TAACTCTAGATTAAAGGTCTTTTGACCACCAAGTTGTGTATTTTTTGGAG
U5 21323414 21323463 50 GTTCAACAAAATCGAGTTTCTACCACATGGGAACCAGCAGCACTTGTATT
U3 21323500 21323549 50 TGTTAGTGGGTTCCTAACGTTCTGTACCCGTTTGGTTAACGTCTATCGGA
D5 21325945 21325994 50 TCCTAATGCTGCAACGCTTTCACACAATGTTGTGCTGACCTCCAACCATA
D3 21326082 21326131 50 GGGGCTGTTTGAGTGGGGTTGCCCACCGGTTGAGAACTGCTAGACTATTT
G3 21329796 21329845 50 ACTATCATGACTAGTAAAAAGAGCAAATACCACAAGGTATATATTCAAGT
G5_U5 21317371 21323463 6093 TAACTCTAGATTAAAGGTCTTTTGACCACCAAGTTGTGTATTTTTTGGAGTTAAAAAAATAACTAATTAGCTGGGCGTGATGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGAAGACAGAGACAGGCGAATCTCTTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGCCTCAAAAAAACAAAAACAAAAAACCCTAATTGTTACTAGAGAGACAGCTTTAAGTATATATATTTACTTCTGTGTATGTGTACAAGCGCAGCTGTAGAGAGCACAGTGGTTAGATCCGCTGGAGCTGGAGTTGGAGGTAGTTGTGAGCAGCCCCATGTGGGTGCTGAGAGCCGAACTCTGCAAGAGCAAAAAGTCATCTTAGCCACCGAGCTATCTATCTCTCCAGCCCCTGAAGCATTGATTTTTATTAAAACATTCATCAGCAGATGATATATCAGAGGATGTTAAATGAACATAACATTTAGATTCGAAAGAGATCTTTGGGCTCAAGTATGTGCTCTGAAATTGTTGAACCTGTAACTTTGCTCACCTCTCCTCAGAATGGAAGTTGAGAAATATAAGAAGCAAAAGTGGACTGTAAGGTCAGAGGACATGAAATAACACAGTGCACATGAATGTGTCGTAGTGGGCAAGGTAGCTTATCACATGCTTTTCCTGGGAAGTTGCTTCCCGCCTCTGGAACTGCTCTGGTAACCTGTGTAGTGACTGTCAATGGGAATGTGGAGGCTGACCTGTCTGTCTTCCAGGTGCAGTACAGAAGGTCTCTAAGAAGCTAGAGATGCACGTTTACAGCAAGAGGCTGGAGGTCATGCTCCAGTAAGTAAGGAGCCGGGGGTGGGGGGAGCGGCTGTGTGAGCGGAGGGTTGGACTCACAGTGTGTCCCTGTGCTGCCCCCCCCCCATACCAAGTCATGTCCAAGTTCACACTGTATTAGTGCCAAGTGCCAGTGCCCTGCCTAACCAGCCTCAGGGATGCTTAGGAAGCTAGCAGAGTTATCCACTGGGTGCTGATGTCTCAGCTCAGTGTCACTGTGCCTTTAAGAACTATTTTAAATGTTTGCTTGGGTGTGAATTACTTGGTAAAGCAGGTGTTCTAGACTCCTATGTTTGTGGTGCCAAGTGCCTTTCTGTAGAAGTTCTTTAAGCCTCATTTAGGAAGCTTTTCCAAGCAGTCTTAGGAAAGCTCTTAATAGCAGATGGCTAACTTAGTTTTTGCACCTAACAGTGCTGATCTCTCATTTGCTTGTTTTATGAATGAATAACTTAATTTTTCATTATGGACAATTGCATGCAAAAGACAGAGGGAAGAAAGATACATTTTGCCATATGGTTTCAGAGGGCTCTGCCATAGCCAGGTAGCCTTGGCTTTGGCCTGACATGAAGAATAGCGTCATGGTGGTGGGACTGTGTCGTAGAGGAGGAAACTCACGTATGTATTCTGTGCTTCAGAGTCACAAGCTATTCCCTTCAAGTCCTAGGCTGGACCCATCAGCCATGCTCTCAGTGACCAGCTTCTTCACCTAGGCTAGCATCCTGCTTGCCAGTGCAGTAGCAGCAATGCCAGCGTGTTGTAAGTCTGTCAGATTAGGGATCAGTGCGTTAAGTCAGAGCCCATCAGCTGGTCACCAAGCCCATAACATTGAGCCTCTGGGGGATGGTGCAGGTTCAAACCCTGACAAGGCTGCTTCTGCCTTCAGATCGAAATTAACCTAATTAGACATCTTAGTGTTCAGAAGGGTTTTTTTGTTACTTACATTTTTCTAAAATTTCATACTGAAATTTAAATAAATTTTAATAATGGCTTTTTGTTGGTTTTCTGTTTTGTTTCATGTTTTAAGAGATTATTTCACTGTATTGCCCTAGTTAGTCCCAAACTGGAGGGTCACAGTGCAAGCATATTGTAGCTGCATAGAAACTGGTGGCCATTCTAGGCAATGTAGTAAGACCCTATCTCAGAATAGGCTGTGGGGTGTGCCATGTCTCTGCCTAATGTGTGTGAGGCCCCAAGCTTAATCCTCAGTATTAAATTAAAAACAAAAGCAAAACCAGTACAGCACTCTCGTGGGTCGAGCTGTTTTAGTAGTTGTTGTAAGTTGATGTCTCCTGGGCAGCTAAAAGCATCCTAACTTGGACGAGTTAGAGAAGGACTTGGACCTCCTCCCCAAACAGGTGAATTTGGACTTTCCCAGTAATGCCGAATTTCTGTTCACTTAAAGGGACATATTTGGAGAAGACTGTGTCAGTGTGAAAGATGACTCCGTCCTCAGTGTCACAGTGGACGGGAAAACAGCAAATATTAATCTGGAGACTCGGGTACGTAGCTATCCAAGTGTGTCAAGACTTTTGAGGAGTAGGGTGACAATAGGAATAAGACTGCAGCCCTGGCAGTTAGATGGAGCAGTTTGGTGGCTCAGATGGTGAGTGCCTTAGTGGAACGAAGCCTTGGGTCTTACAAGATAGGTTCTTATCCTGTAGTCCAGGCTGGCCTTAGCCTCACCATTGCTGGAGTATCCGGCAGGCATCACTACACCAGCTTTAAAACAGTAACACTATAGTCCAGGCTGGGCTGGAACTGTGCTCTGTAGCTGGGCTGTACCACATGAGCTGCTCTAAGCTCGGTGGGTAATGTAATGCATGTCTGTAAGCCACTGCTCAGGGAGCTGAGGCAGACGATCCCCAGCTCCAGCCTAGCCTGGGCTACAACAAGAGTGGAGTACCGTGTGTACAGTGAGACTAACAGTTTAAATCAGCAGCCGCAAGGCAGTGGCTGTTGGATGGTTAAAGTCAAATTCACACCCAGCGGTGAACAATTCACCAAGTTCATTGCTGGCTCAGTAATTCGTATTACACGGGCTCAGTTGCATGGCCATCAAGAAATGAACAGAGATGGGGGCTTTCTTTGGTCCAAAGCTCTAGGCATCCCCCACCCCCACCCCACCCCACCCTTGGCTCTCCAGTCACTGTGTTGACAGAGATACTGCAGGTGACAGGAGGGTGAGTCTGTGGCTCATATCCTGGCAATCTGCCTCCAGGGCTTAGAGTGCTCATTTTCATGCAGGGGATAATTCTAGGCTGAAGTTGGCGCTTTTATTTTCAGGCTGTAGAATGTGAAGAAGGAAGTGAAGATGATGAATCCCTCCGAGAAATGGTGGAACTGGCCGCCCAGAGACTGTACGAGGCTCTGACGCCGGTGCACTGACAGCCTTGCCTCCCAGACTCCCAGACTTTTTTACACTCAGCCAAGAGTTAACTTCTGTTCTTCAAATAAAATAACCTTAGTTTCTCCGGGGGTGCCTGTTTACTTTTGCATCAGATGGCTTGACTACTGCAGGACCACCAACTGATGTGTCCTTTATTCTCCAACTAATCCTCAAGGGAGCCACTTCTGCCTGAGCACCACACTGAGTCTGCCTCCAGGCACTTTCCGCAGTGTATGCTGAAATCTTCAGCTCTCCGTCTGTCTTCCTCTGGTCTGTACTGGCAAATCTGAGTTTTGAGTTGAATGCAAATGTTGTGCCACAGCTTTGAAACCCCTGTTCTCCACACCCTTACCCAATTCCTTGGCTTATGATTCTAAAACCACCACTTTTAGGACTCATCTGTTATGGGATCTACATGTTCAATTCAGAGATGGGGTTTTATGCCTCAGATGTAGTGTGAGTTAGTTCATTAGTCTGGTTTTCTAAAGGACATAAAATTCAGACCAAGGAGAAAGTGGGTGGAGCTCAGTGATGTTTCTCTGATGTTAAAATTAGTCAGTTCAAGCCAGATTCAAGTACATAAAAAACGCAGGTTTGTTGGGCCATCAAGTTCACTGGTCCCAGGGCTGTCAAGATGGCTCAGCGGGTAAGACCACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCCGTTATGAGATCTGCTGTCTGAAGATGGCTACAGTGTACTTACATATAGTAATAAATAAGTCTTGGGGCTGGACCAGAGCAAGCAGAGGTCCTAAATTCAATTCCCAACAATCACAACCATCTGAACAGCGTACTCATATACATAAACAAATCTTAAAAAAAAAAGTTCATTGACTACTACAGAAGAGTCCAGCCCCTGTGCTGGACAGTCCAGGGTTGGGGGCAGGGTACCAGGTAGGGGCTGAGCAGCGATGCTGAAAGAACCTGGAGGCCAGGTTTGCTATCTATGTAAAATAGCAACACTTCAGTTCCTTGCTGGGATTGTCACCCTTCTCAAGGGAGTGCTTCTCCTTCAGAGCACACTATCAAGGCAAAGAACTTCGCCCATGTAGCCTGTCTTGTCTACCTACCCTCTTGGGTGTGTAAACGCTCCGGTGCTTTGCTAACAGTGTAAATCTGACTTCCTTAAAATGAAATTTCTATAAAACAGCCAAATTCCCATGTTTTTGGCCTATACCAAAAGCCTAGGGCCCCCATAACATACAAAAATTTATTACATAAAACTAGAAATTTCCTTTTAATAGCTGGGGCATGTGATACCGTGAAGTCAGGCGGTCTACAGTGAGGGTCCCTAGACACCTCTATCTTTTACTGTGCCCATCAAGTCCAGTACTGGAAGAGGAAATCCTCCACTTGGGCATGGCCAAAAATGGACGAGTGCTCCTGCTAAAAACGAGATTTCCAAGCACCACAGCTATCCCCAGTCTCGGAGAGGCGGGGTTGGGGTGAACCGGTGGCAGGACTCACCCGGCCGGGGACACTCGCTTCAGGAGACCTGAGTGCAAAGAGGTTTGATCTGGGGCTCACCCCGCCCACGGCTAGCCCCGCCCGCAGCTAGCTCCGCCCACGGCGCGAGGCTCCTCCACATCCGGCGCAGCCCTGCGGGGTTTTGGGCTTTCTACCATGTCGCTGTGCGAGCGAGCTGCTAGCGGGAGCGCTCTGCTCTGGCCTCGCGTGTTGCTCTTCGGGGACTCCATCACGCAGGTACCCGCCGCACCCTCGGCTGCATCCGCGTGCGTGTCGGAGCAGTCCAGGCGCGGTTCTCCCCCACCCCACCGTGCTCCGCGAGCCGGTACGGATCCCGAGCTGCCCGACTCCCCCGGACTCTGGATGGCCCGGTGCGCGTCGGGGTGCACGGGAGCTTAAAGGGTCCGCCTTCGCTTGGTTGCAACCTCCTGCGGGTTCTTCACCGAAGCTACTTTGAACTTTGAACCGACTAGTTCACTCCTCTCTTCCTCAAGCGGCTTAGGTCCAGTACCAAGTGGTTTTTGAAAACAATGCTTTCAACAGCATGAAAAAGTAACCCTATCTGAAAACATATAGTTCCCGATTGAGGAAATTCTTCAAGATGCCTTCCTTCAGGGAGATTAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAGACGCTTCTCCACAATTTACTCGTACGCGGGCTTGGCTTTCCCTAGTAATTGGCAACATTGTTTTTAGATATTGGGCATTAAGTTTTTGTGAGTGGGCGAGATGGCGCAATACTGCTGGAGGATTGCCATGACTGTCAGGGAAATCAATAGAGCATAGGCTTCCTTAGTTTTCAGCTGTGGAGAAATGGGATAACATTATGTCAGCTGACTCAACATAGTTGAGCTTTCTGCTGTTCAGATAACGAATGTCTCTAATGTTAGGTCACAGTAAAACCCTCTCATGTCCAGAGAGTTTCCAAGTGAAGCCACAGTAATTCTCAAAATACCTTCCCAAGCAAGGAAGGCAAGAAAGAAGCCTGGGAGTGTCTAAACGGAGTCTGCATCTAACAGGCCTGGCCCACCACCATGCCATAGTGTATAGCTGTGTGGGTAGTAACAGACTTCTTTCTTCAGTTTTCTTTCCAGCAGGGTGGATGGGGCTCGTTGCTGGCTGACAGACTAGTCAGGTAAGAACAGTTCCTAGATTGTACTTGGCTACTTTCTGGTGGGAAGCATAGTCAGAGTGAATGGTGGAGGCTTTTATCTGCTAGCTTTCCCCTCCTGGATACATGTTAAAGGAAAGGAATTCAGGTTCAACAAAATCGAGTTTCTACCACATGGGAACCAGCAGCACTTGTATT
U3_D5 21323500 21325994 2495 TGTTAGTGGGTTCCTAACGTTCTGTACCCGTTTGGTTAACGTCTATCGGAAAGTCCATTTTAGATGTACCTTGAGTCACCACTAAAATGTATAGAATTAGACCCTTGTATGGAATTCATATCTCATTGAGGGACATGAGGAGTCTGGGCAGGGTGAGCGTTCCCATAAGGTTCACAGAACACGGGTTAATTATGGACAGCTCCCAGGACTAGGTTATGCTCTTAGCTCATAACCCATCTTTTTAACCAATTTCTTTCAGAAAGTGTGATGTTCTGAATCGTGGATTTTCAGGTTATAACACCAGATGGGCCAAGATTATCCTCCCAAGACTTATCAGGAAAGGGCCTGGGATGGAAAACCCAGTGGCCGTTACAATCTTCTTTGGTGCCAATGACTCTTCACTCAAAGGTAAGGACATCCCTAGATCACCTTTGGTTTGCCTGGACTCAAACAAATACATGTTTATATTACTCTCCCACCAGACTGCTTCTGTATCTCCCAGTAGAAAGCTTTCCCGGGAACTGAGTGTTCCTGGGGCTCGCTCGCCTGTGTGGGTTTCTTTGGGCTTTGATGTGGTCAGATTTGGCTCAGGTACTCTAGGGCTCATTTCCCATATGACCGCCTCCTTGAACTCACCTGAAAGTACTTTTCATTGTCTGTTCCTGCCCTCTAAGTCCTCAGCTGATACAGTTGGCAGCAGAAGGCTTGCTTCTGGGGCATGCGCCCCCTGGTGACAGAGGAGTGTCCTCTTTGTTAGGTTTTTGGTTTTTTGGGGAGGACTAGGCTCATGTACCCTCTAGTGACAAAGAAGGGTCCTTTTTTGTTAGTTTTTTTGTTTGTTTGATTTTTTGAGACATGATCTCCTGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAACTCACTAAGTAGCTAAGGCTAGTTGATCTTTCTGCCTCTACCTCTCAAGTGATGGGAGATCACGTGATTATGGAGAAAGACTGGCCAGGATGGTTCATGGGTAACTTTGCTTTTTACTCTCTGTGTTTCGCACGGAGTCTGCGGAGAGCCTAGTGCTTGTGTGCCAGCCTGACTGGCAGCAAGCCTGATGAGCGACTTTACACACTTGACTGGTTTTCACGGCTAGTTTAAGAGGCAGACCTGCCATTACCTCAGCTCCCAGTGAGCACACTGTGAGCTTCAGAGGGTTAAAGCCAGTGTCAGTGAAGGTAGGGCAGTCTTACATCATAGCCTACACATCAGCCTTACGGATGATGGGGAACCTAGAGAAAAGACCTGGACACTGAAAATCTCCTAGCCAGCCTCCGAGGCCTGAGCTGTGAGCCATGCAAGTAAATGGGTTGAAGAGGAAGGAGTCTTTTCTTTGTGTCTCGGAACTCAACAGTTCCTCTGTGACACTGAAAATTTGCAAAAATATATTCCTGCCTGGGTGTGGTGGCACATACTTGTGGTCTTAGCCTGGGGAGGCTGAGACAGAAGAATCACTGCATGGTCTGGGCCAGCCTGTCTTCAAAACACAAAGGCCGGGCTGGAGAGATGGCCCAAAGGGTAAGAGCACAGACCGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATTTCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTGATGAGACCTGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAATGTACTATGTATAATAAATAAAGAAATCTTTGGGCAGAGAGAACAGGGAAGGGGTGAGAGGGAGGGGAAGAGGAAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACACAGAGGCCTAGGAATATCATAGGGCTATCACACAGTGGGTCGAGTGCTTGCCTGTCCAGTTCACTTCCCTTCCCAGTCTGACATAAAACTAAGGCTAAGTGTGGGTGTGTAGGCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCCAGGGCAAGGGCAAGAAGATCTCTGAGTTCTAGGCCAGCCTGGTCTACATAGCAAGTTCCAAGCTCTCTGGACTATAGTAAGACCCTGTCTTGGCTATATAGTGAATTTAGAACCTGCCTGGGCTATGAGCGACTGTCTCAAAAAGGAAAAAAATAAACAAAAGTATACTCATCATGTTTGCCATTGTTTCTATAAACCATGAGACTGAGCTGCATGTCTTGAACAGATGAGAACCCCAAGCAGCACGTCCCCTTGGATGAGTACAGCGCAAACCTGAGGGACATGGTGCAGTACCTGAGGTCTGTGGACGTCCCCAGGGAGCGGGTCATCCTTATCACGCCACCCCCGCTCTGCGAAGCCGCCTGGGAGAAGGAGTGCGTCCTGAAGGGTGAGGAGCAGGCCTCAGCCTGTCAGAGCTGAGGGTGGGCATCGATCACAGCTGAGGTGTGGGCGCTGAGGGCCTCCACTCGATGGAGGGACCTGTCCCATTTTCAGTCAAGTGAGAATCGAGTCTTTCTCTAGAGCAGTGCTTCTCAACCTTCCTAATGCTGCAACGCTTTCACACAATGTTGTGCTGACCTCCAACCATA
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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 12, start 21323759: end 21325792
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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