High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 77481
Chr: chr2-03
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-404L13 : RP24-164K24 : RP24-292C9 : RP24-493D24 : RP24-448H16 : RP24-465K9 : RP24-469C18 :
Instance: Plate 84: Well E11: BACs RP24-404L13 RP24-164K24 RP24-292C9 RP24-493D24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 163490583 163490632 50 AATATGAGCAACCAAAGATGAGGAAAACAAATGCCAAATCTACAGCTTCA
U5 163495217 163495266 50 TGAAAGGTATGCACACCACCTTCTGCTTTTATTTCTAATCTTAGTTCTTT
U3 163495327 163495376 50 AGAACTTAAATTTAGTGATTCCTCTTCACCCCGAGCTCAGTTACTTGGAG
D5 163495928 163495977 50 TTTTGCATATATGGAAGCCCATTGAGGTTAGGAGACACGGACAATACGGA
D3 163496090 163496139 50 TACACTGAACTCAGGAGTGACAATGAAACTGAACTGCTAGCCTGGCTTTT
G3 163501134 163501183 50 GGATAAATGAATGAAACCTGTTGTAAAATCGTAAGTCCAGATTCTCCTGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 163758861 163758972 112 CTAGAGCTCATGCTACGTCAGAGAGTGAGGATGGATTTGAAAATTCACGTGCACAATGAGGTGATGAGGGAGGGCTTTGGAGAGTGGAGCTAGGACAGAGGGCGGACGTGAG
15_E_15 163743100 163774022 30923 GCTCTGCGGTCCCTAGAGTCTGGAAGATGCTGAGATGAAACATTGGGGTTTGGCGAGGTCAGCTTAGGCCCTGGAAGAGAGGGAAGGGCATGGCCATCGGTCTGCTAGAGGAGCAGTGGGCAACGGTCATTCCCGGAAGAGTGACCAGCCGTGCCCTTTTGTTGGCTGGCGCCGAGCGCGAGAGACAGCCAAGTGTACTCTCCCAGGAGGAGGCTCTCCTTGTCCACAGTTGCTGGCCAAGCAAGATGAGCACTCACTCCTAGCACCAATTCCTTCCTTCTGGAACTCTTTCTGCAAAGTCTCCCCAATGAATCACCCCCTGGCCACGACTCTTTCTGACCCAAGGGAATAGTCAGCCACTGCCTGGAGCGTGGCGCCTGAGTAAAGCTGGTGGTGCCCGCTAGAGGGCAGATCTCTGGCCTTCCTAGCTAGAAAGCTGCGCATTCTGTCTGTGCCTCCAACACACACAAACTTAGGGATCGGGACCACAGGGCAGGCGCTAAGTGTAGGACCCATCTTTGCCCATCAGCAGGATGCAGGGAGAAGAGGAAGGGTATTGTGCAGGATCCTCACTACCCCCAAGCGGCTGGCTTTGTGGACTACCTCCCAACCCCAACCTCCTAGGGAGATGCCCCCTGCAGACCTTAGACAGTCATTCAGGCAGCCAAGGGCCCCGGCCTAGGAGGAGGAGCTAGCCTGGCCTGGAAGAGGTTGGTAAAGATGAGAAAGAGGTCAGCTTCATGCCAGGATGGTTGTTCCCTGAAGAGTAAGAAGAGGACGCATTGGGGGGCTAGAGACAGGCTGGAGGTTTAGACATTATTTCTTCACCTGGGCTGGGTTGGCGTGGAGGGGTCACATAGATGTGTTTGAGAACCGACTCATTAAACTCCACACTGATATCTCAGAAGTCTTGTATTTCACCAGTCTCCGTTAAAACAGGTACATGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCCACATGGTGGCTCACAACCATTTGTAATGGGATCCGATGCTGCCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGCACTCATATACATAAAATAAATAAATAAATCTTTTTTAAAAAGAATGCAAGGGTTGCCATTACCATGGCTGCTATGTGTCAATCTGGGGACACAGAATACCCTTTCTTTAAAAGAAAAAAAACCCACATACATAAGCAATCAATAACCACCATAACAAAATAAGAAACTCTAGGTAGGATAAAATGCCTGTGTTCTAGGATTATGCCAGACACTGGGCTCAATGTTAAGCTGTTCTAAATTGTTCCCTATGACATGAAGGCAGTGTAATCACCCCCATTTAACAGATGGTCTGCGGTTCAGCTGTGCCTGGAGGATCCCACGGTCCCTGTCCTCCCCTACCTCCCCCCACCGCCCTGGTGAATTCTTAGGGTCCAGCTGGGTGGTGGCTGCGGGCCTTGCAGGAATGTGCGGCTTGGTGGCCAGGCAGGGGGCGCTGACGCCTGGACTTTTCCGCTCCAGCTGCTTGGGCTGGCGACACAGCACATTCCGCGGCCACACCTGGCCTGATTGATGCAGCTGTCCCAGACCAGGGCGAGAATTTCCTAGTCCTGCGGCCGCCAGCCCCGAGGGCATGGCCTTGACCCCGGACTGCAGGGGCATGGCATAGCGGGACTATGGAGCATCCCTGGGGCTCTGGGCTAATGGCCACCTCGCCCTGCACAGCCACCAGTCACCCACACCCACGGCAGGGCTCTAGCCGGCCTGCTCTGCTCTGCTCTCTGGCTCTCCTCTCCACCACCCCAGAGCGGCTCTCTGACTTAGCCTCTGCAAACACCAGGCTAATGTCCACTGTCTGTCTCTCGGCAGAGCTATTCTTAAATGGGGATGTGTCTGCGCCCTTCTCCCGAAGGTTCTGGGGACTGTGGAAAAGCAGACCTTTGGCGGGGGAGTAACGTGCAAAGCGCCTTCCTTGCGTGGCTCAGCGCTGGTCTTACCTCAACCTGGCGCTTAGTTGTGGTCTAGGGCGGAGCACGGAGGTCTCCAGCTGAAACTTCTGCGGACTGGCTTTTGGACTCTCCAGCTCCCTCTCAGTCCCAGTATTCCCAAACATCTCCCTAGCCTGGCCTTCCTGGGTGCTTCAGTGGAACCCCGTTTCTTGTTTTTGCTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGGTTTTTCGGGAGGTGGTTCTTGCTCCCTGCCTGAGTCCCGACTCTTCCCCAGCTAAGCACGGCTCCTTAAGGTTAATGAAGGATTTTGAAGTTTTTCTGGGCGGTGTGTTGGGGAAGGTATTTATATGTGGTTAGGAAGTGTATGTTAGGAGAATAAGAATGTGTCTCCATCCCCACACCCTCTCACTCAGTAGCCCTGGATAGCTGGCAACCTGCAGCTCCATGTAGGCTGGCATTGAACTCACAGAGATCATCTTGCTTTTGATTCCTGAGTGCTAGGATTAAAGTTCTGTATCACCATCTCTCTTTTAAAATAAAATTAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCATGTTCTCCTAGAGGTAGAGTGAGCCATGAGCTGCCCAATGTGGATGCTTGTAACCAAATTCTGGTCTTCTGCAAGAGCAGTAAATACTCTTAACTACTGAGTCATCTTTCAGCTCTAGTGTATGAACCTGGGGTTTCCTTATGATTTTTAATCCTATTCTTATTGACAAAATACTTTTATTATTATTATTTTTTACATCACTTACTGAAGGTAGGGGCACATACATGTGCATACATGGCCTGCATATGGAGGTCAGAGGACAACCTTCAGGAGTCACTTCTCTCCTTCATGGCTTTTGAGGATGGAACTCAGGTAGTCAGGCTTGCAGCAAGTGCCTGTGCCCACTGAGCCATCTTGCCAATGCAAGAGAGAATTCTTTTTTAAGAGAGAATTCTTTTAAACAGATTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCCAGGATTAAAGGCATGCGCCACCATGCCCGGCTTTAAACAGATTTTCAAAGCCCTATCTAGTCCTTAAAGTTGTATTGAGGTCTAACAATTTAATCCAGTCTTACATACAACTATGTGAATCTTTTACATGTAGTCGCCAGCATAATTGCTACCCAGATCATGACATAAATTACGTACAGTCGTCGTATGAAGAGATAGTGGAGGACTGAGGATATAGGTCAGTGGTCATCCATTTTCCTAGCATGCATGAAGCTCTGGGTCTGCTCTTCAGCGCTGTAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACTACATGAAAGACTGGAGGGGATAGACGCCTGATACATCAGAAAGTGTCTGCCTGCCCCAAGTATGAATACCTGAGACAGGACTCCCAGTACCCATGGAGAAATTTGGGCATGGCTGTGCTTGCCTATAACCCTGTCCCTGGAGATGCAGAGGCAGGAGAATTCCTGGGACTTCCTGGCCAGCCAGTTGAGCTGAATGTAAGTTCCAGGTTGAGGGAGAGAGAGTATCTCAAATGAAAAGGTCGAGCCAGGCAGGGTAGCTCAGTTCTTACCGCCAGCACTAAGGAATCAGAGGCAGGAGAGCTCTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGAGTTTCGGGAAAGCCAGGGCTACCCAGTAAGATCCTATCTCAAAAACAAACAAACAAAACAGATGGAAAGAGATCAAGAAAGAAAACCATTGTCAATCCCTACCTACCTACCTACACACACACAGACACACACACAAAACACACAGACACACAGACACACACACAAAACACACAGAGATACACAGACACACACATGCACATATAAGTCAGACAGCACTCAAGACAATGAATTAATAAATAAGAAGATAGAGATGCTAATTACTCAATAAATTCGATCACTATATTTTATATATTTATATCAAATCACCCCACGACATTTTCCAAAATAAAAGATCACATCCTATGCATTTAGCTATCTAATAGATTAAAATAGCTTGCCATCCCCTCCTGCCTCTCTGTACCCACAAAGCTCTCATCTCTGCAATCCTCAATCAGCCGGGGACCACCCTGAAGGTCAGTCTATAGGATCCCAGGGGATTCATTTGAACCTTTCTGTCGGGGCTGACCCTGAACAGCCCTTGCTTCCTCTGTTAACCAGCGTCTTTCTCATGGGATTTCTACAGTGAATAAAAAAGCACCTTTTCCTTTTCCCAGTACTGAACCTAGGGCCTCACAGATGCTAGACAAGTGTTCCACCACTGACCTATATCTTCAGTCCTATTTTCATCAACACACACACACACATTACATTTACTTATTTACTGCGTGTAGTAAATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGGGGGTTAGGTCAGAAGACAACAACTTGTTAGTTATTGTCTAGTTAGTTTTCTCCTATTATGTAGGTCCCAGGGAAGGGCGTCAAACTCAGGTTATTCAGCTTGGTGGCAAGCCCCTTTACCCACTTAGCCATCTCACAGGCCCCTCTTTTCCCTTTTTTGAGATAGGATCTCACCAAGTTCAAGGCTAACCTTGAGCATCTTAGCTCCCTGCCTTGCTCTTCCAGAATAGCTAGGGTTACAAGACTTTCGCCAGTAGGCCCAGCTTGGAAGCACCTCTTTCTTGTTCCCATTTCACAGATGAGCAAAGAGTTCCAGAGAGGGCCTAGGACTTGCAGCTGGCCGTCGTATGGAGCTTTAGATGCCGAGATGCTAGGCCTCACCTACCAGACCAGCTGTTCTCAAGGGTGAACCAAGACCCCTTTGACAAACCTATATCTCCAAAAAACAAAAAAACAAAAAATCCATCTGCATTACATAACAGTAGCAAA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U5 163758100 163758149 50 TGAAAGGTATGCACACCACCTTCTGCTTTTATTTCTAATCTTAGTTCTTT
U3 163758210 163758259 50 AGAACTTAAATTTAGTGATTCCTCTTCACCCCGAGCTCAGTTACTTGGAG
D5 163758811 163758860 50 TTTTGCATATATGGAAGCCCATTGAGGTTAGGAGACACGGACAATACGGA
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done inserting candidate regions
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finished running aos
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