High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 55716
Chr: X
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-335E22 : RP24-503D5 : RP24-81I21 : RP24-114F8 : RP24-405P14 : RP24-376M9 :
Instance: Plate 78: Well B07: BACs RP24-81I21 RP24-335E22 RP24-503D5 RP24-114F8
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 45086093 45086142 50 ATAGTTGAAAGCAGTGATGTGGTTACTTGGAATCAAACTTTGGTACTTTA
U5 45091375 45091424 50 ATCTTCCTTTGACTTCTGTAATAGAATGTAATGCTGAGTTCCTGTGCCAA
U3 45091509 45091558 50 GCTGTTACTTTCTGTCAACTGGGAAGGAAATAGGCATTTTTACTACCTTT
D5 45092896 45092945 50 AGCTTACTTGAATCATTATCATTGTTTGCCCCTGACTGGTGCTGCAATGT
D3 45093030 45093079 50 CAAATTTGGATGAATGCTTTAAGGTAACTTTCACAGTGACAGGAAAGAGT
G3 45097086 45097135 50 TTTCTAATATTCAATGATTCTAAACACGAAGCATTTTCTGAACTGTCTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 42446123 42446206 84 GACTCTGGAAAAATAGCAATGGGGACCTTGTTAGCAAAGTCTAGAGTCTGTAATTTCTACATGCCTAAAGCTAGGATGGTTGCT
15_E_15 42429552 42461256 31705 TTAAAGAGAGATAACAGCTTCTGATATGATTGTTTTTGTAGGTGGCTTTATATGATTGTGGCTCTCTGCTTTTGACTCTGTTGTGAGATGCTTAATATCTTGTTCTTTCTTTGGTGCAGGTTCTTTCTTTGTGTTGGTGTTTTCCTTCCAGGATCCTCTGTAGGCCTAGGTTGGTACATATATACTATTTGAATTTGGTTTTGTCCTGGAATGCTTTGACTTCTCCATCTATATTGATTGAGAGTTTTGCTGAGTCTAGTAGCCTTGGCAAGCATTTGTGTTCTCTTAGAGTCTGCATGATCTCTGATCAGGCTCTTCTGGCTTTCATAGTCTCTGTTGAGAAGTCTGGTGTAATTCTGATAGGTCTAATTTTGTATGTTACTTGGCTCATTCCCCTTGAAGCTTTTAATATTCTTTCTTTTCCTGTGGGTTTAGTGTTTTGATTATTATGTGACAAGAGGATTTTCTTTTCTGGTCCCATTTATTTTGTGTTCTGTAGGCTTCTTGTACCTTTATGTTCATCTCTTTCCTCAGGTTGGGGACGTTTTCATCTGTGATTTTGTTGAACACATTTTCAGGTCCTGTGAGCTGGGAATTCTCATTCTCCTCTATTCTGATTATTATTAGATTTGGTCTTTTCATTGTGTCCAGAATTTCCTGGATGCTTTAAGAGTATTTTATGTTTTGAATTTTCTTTGACAGTTGTGTCAATCTCTTCCACAGTATCTTATACACCTGAGATTTTTCTCTTCTATCTATTGTATTCTGTTGGTGATACTTACATTTCTAATTTGTGACTTCTTTCTTAGATTTTCCATTTCCAGGTTTGTCTCCATTTGTGTTTTCTTTATTGTTTCTACTTATACTTTTAGGTCTTGTACTGCTTTATTCAATTCTTTCACCTTTCTGATTGTGCTTTCATGTATTTCTTTCAGAGATTTATTAGTTTCCTCCTTAAGGGCTTCTACCTGTTTACCTGTGTTTTCCTGTATTTCTTTCATAAGTTATTTATATCCTCCTTAAAGGACTCTATTATCATCATGAGATAGGATTTTAGGTCAGCTTCCTGATTTTCAGGTGCGTTGGTGTATTCAGAGCTTGCTATGGTGGGAAAACTGTGCTCTGATGGTGCTCATATATATTGGCTTCTGTTGCATATGATCTTGCACTTGCCTCTAGCCATCTGGTTATCTCTGGTGTTTACTGGTCTGGGTGTCTCTGTCTGGAGTCTAACTCTTTGTCCCTAGGGTATTTCAGGTCTCTCGTAGGCTTGCAGCCCCTAGCTGTAGCAGACCACCTGTGGGGCCTTCCAACTGGGGACTCTTCAGAAGGGGAGAGAAGCTGCTGGTATGTTGTCCTTGCCTCCTGGGGGGGGTGTCAAACTGTTGTGTCTTCAGAGGATCAGTTAAGCTGTTGTCCTTTGTGAGGAGGTTCTCCAAGGGCCCTATGGACTGTGTTTTCTGTTTCCCTGTGTGAAGCCGAACTCAAGGGAGTCTTTCATTCTGTTGGGTCAGTTACCCTGCATTCCACAGATCCCCTAGGATGTCTTCAGACTATGTTGTCTGTTGCCCAGTTGCCCTATGTACAGAGGAGCTTCTGTGATGCCTTCTACCTTTGGTGACTTCCGGGGTGCAGATAAACTGGTGATCAGTTTCTCAATTTCCCTGAGTGCAGCAGATCTCCTGACTGCACTGAGTGCAGAGGAGCTTCTGGGATGGCTCAAGATATGGTGTCTTCTTGGGAGCAGACTGGCTAGGAGTCTGCCGCAGCAGAAAGGACCAGGAGAAAGGGGCAGAGTGGAGTGGCATTAGGGGACAATGGTATTGGTGGATCATGGGTCCAGAGTTTCCGGGCTCCTAGTGGGCAGCTCTGGGATTTGAGGGGGTGGGAGGAGCTTAGCAACTGCTCTGAGTTCAGTGGATCCTTTAGGATGGGTCAGGATGTGGTGTCTCCACTGGAGCAGACCAGCTAGGAGTCTCCCTAAGCAGAAAGGACCAGGCAGAAGGACCATATATTGTTTTTGATCATGGTCATTCTATGCCTCCAAATCCTCCACGTTCATCTACCACCCCCCCAACTATGTAAAATGTTGTTCTCTCTTAAAAATATTGAATATTCATCCCCCACTTCTACACACCTCCATTAAATTTCTTGACCCTCTGTACTTCTCTCCAGTCTCCCCCAACTCCTGATCCTGCCCCTTTTTCCTCCCCATCCCTCCACTCTCTCAGGTCTACCTCCCATGATTATTTTGTCCTCCTTTCTATGTAGGACTAAAATATCCACACTTTGATCTTCCTTCTTCTTGAGTTTCATTTGGTCTGTGAGTTGTATCATTGGTATGCCAAGCTTTTTGCTTAATACCCACTTATCGGTGAGTACACACCATGTGTGTTCTTTTGTGACTGGTTTACCTCACTCAGGATGATATTTTCTAGTTTCATCCATTTGCTGAGTTAGGGAGAGCCATGAGAAAGTCCCAGATGCCAGGAAATCAAGAGTCTCTTAGACACAATGGGGATGGAATTACCTGAAATACCCAACAAAGAGGAGAGAGAACTTGTAGAGACCATATCCAGAGGTTAGGCATGACCCATGGTTTAGGTATGAGACCACTCACACATCTCAGAAATGCAGAGATAAAGAATGGAGCAGAGAGTGAAGGAAAGGCCATCCAGAGATTTTTCCACCTGGGGATCCATCCCTTCTGGAGACACCAAATCAAGACACTATTTCTGATGCCATGAAGTGCTTGATGATAGGTCCCTGGTATGGTTGTCTCCTGAGAGGCTCTGCTAGAGTCTGACCCATAAAGATGTGGATGCTCGCAGCCAACCATCGAAACAAGCATAGGGACCACAATAGAAGAGTTATGACAAATACTAAAGAAGCTGAAGAGATTTGCAACCCTATAGGAAGAGCCAAATTATCAATGAAATAGATCCCCCAGAGTTCCCAGGGAATAAATCACCAACCAAGAGTACACATAGAGTTACCTATGGCTCCAACTGCTTATGTAGCAGAAGATTGCCTTATCTTGCATCAATGGGAGGGGAGGCCCTTGGTCCTATGGAGACTCACTACCCCAATGTAGAAGAATTCAAGGGTGTTGAGGTGAAAGGGGGTAGGTAGGTGTTGGAGCATCCTCATAGAAGCAGGGGGCACAGTGGAGAGGATAGGCTGTTTAACTGGGAAAGGGGATAACATTGAACATGTAAATAAATAAAATAATCAATAAAAAATATTGAGTCCTATTCATGGTGAACAAGTACTCATGAGCATGTATCTTCATTTGGAGTATGATGCATGTACCAAGTGTTGCTTTAGTATAAGGAAATTACTCTCCCACTCCCAGCAACAATCAATTATCAATGACTTTTTGTTTCAGGGCAGGGAATTATACCCATCTCCTCTTCCCCATCATTAGATTTTTATCTTAATTGTACTTTTGCAGGTCCTATGCATGCTGTCACAATTACTATGGAGTTATATGTATCTGCCATCTTGTTACTTAAAAATTCTCTTTACTTGGGGTTATCTATGTTCTATGGATCTGAAAAATCTTTATTCCTTCTCTTCCCAGTAGACCTTTAAGCCTTGACAGGGGAGACATCCCTTAAAGACATCCTTTTTAAGATTGAGTGCTTGAAAGAATCTTATTTTCCACAAATTGTCCAGTTGTGAGCCTTCATGTTGAGAACCATCTACTGCAAGAAAAATCTTTCCTGTTAAGTTTTGGCAGATAGACAGAACTGTGGTACAAAAGATACATGCATAACAATGAAAATTCAATGAAACTATCTATCATAAGGAACTTAATATGAAATAATTTTTATTATTTCCATAATTTTCAACTTTCAAAATACAACTTTAGTTTTTTTACTTCATGTTCGTATCCTATAAAAAGATTATTACTTCTAACATGTCTCTCCTCTCAGTTAATTGCTGAGGAAAATTATGCCAACACTCAATAATTAGGCATTTACCTAAAGTTATTTAGCTTTATATTCTCCAAATTAGGATAATCTCAGGATACATTTTGTACAATTTATTTTAGTTAGTGTGGTATGAAAATGATTCATTTATATAGGACTCGTTTTACCCTATTTCAATCAATCTTGTAGATTCCCAAAGAAATGGCCAAGATATCAAGCTGCATAATATGTAAGTCTTTTTCATACTTTCATAAGGTCCTATGGATGTTAATTGTAATTTATATTAGCTGTTCATCTTAATCGTTATTCTTATAATAATACACATTCTAAAACTGTTTTGTCCTAATATACATTATACTCTTAGTGTATTGAGGATGACATAGAATTTTGTCATCAAAATAGCTTTTATTTGACAGGTGTTAATTGTTGTCTTAGAAGTTTACTTCTGAATAAATTTACCCTTTCTAGCTCTTTCTGGCTAGTTCAACTCATTCATCTCAGTTGTTCTGGCCCCAAATCCTCTCCAATCTAACTGATTCAAACTGGCTTCTCTTAGCTTCTGATTCAATTGCTCTGATTGGCCACAAACTAGTTCTGCCAATCTGCTCTATTCTGGCTCCTTCTCATTTTCTGGGCCCTTCTGTATTCCCCTGGAATGTGTCTCTGTAAAATTGTCCCAGTAAATCAATCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTTTGTCTCTCTCCTCATCTGTCTTTTCTATCTGTTCTCCTTAAAGTTGAGCATATCTTATCTGACACATTCTGTCAAGCCTTTCTTTGATTTGTCACTTTGTCTGCCACTCAATTAGATATTATTTTCAAACATGGATGCTTTCATCTACAAACCATCCCTGATAGGGAATCAAGGTGTATATTGAGGGCATATCCTTTTTCTTAGTGTTTAGTAATTGCAGATATAGGCAATAGGCAGGTAGGAGCATCAAGAAGCATGAATGCACATTGCTTTATGCCTGCATTTTTAATA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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 6 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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