High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 55604
Chr: chr7-02
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-411M18 : RP24-298I24 : RP24-193E10 : RP24-163C20 : RP24-445K8 : RP24-298A23 : RP24-115I12 : RP24-212B20 : RP24-503A14 : RP24-561F8 :
Instance: Plate 79: Well A08: BACs RP24-411M18 RP24-503A14 RP24-561F8 RP24-298I24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 116097782 116097831 50 GTCTTCAGCCTTTGCCCATTACAAATCAAGTAAATGTTGTACATATATAA
U5 116102734 116102783 50 CTGCCTGGTGCAGAGTAAATGCGAACATACAAAGGTTGCATGGTAAATAC
U3 116102797 116102846 50 TTGTGTCTATTAACTGAGAAGCAAAGACAGGCACCAAGAAGCATTACCAG
D5 116103545 116103594 50 ACTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCTGGCGAGAGAGTGCTTTCTTGTCAG
D3 116103658 116103707 50 TTAAAATGAGTTTTCTAATGTTGGCTTAGGGTAAATTTTACTTAACCTTG
G3 116109159 116109208 50 AGCACTCTATCACTAAGCTGCATTCCAATCTTCTTTATAAATTAACCAGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 115894744 115894806 63 CTACTTAAAATACTCTTACAGCACATCTCTGTCACTACAGAATCAGGAAATGTTCTTAAGAAG
15_E_15 115878883 115909856 30974 AAAGAATGTCAATCAATATGTTCTGTGTTAGCCTAGCTTACAAGAGAATTACTTGTGTGCAAAATACAAAGTCTGAAAGATTGAAATTATAAATGTATTTCATGATTTCTTGATTTATTTTGCTAGTGAGCCCAGACTGGTCTCCAACTCATAAGCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTGATGGGACTAAAGGTATGTGCCACCACACATGCTTTTAATTTTTATATTTTAAAATATTTTAACTTATTTTCAAAGCATGTGTTTTTAATTCTGACACTTGGGAGGCAGAGGCAATTCTTCAGTCCCTCCCTTCTGGCCAGCCTGGTTTGAGGCCAACCTGGTCCTCATAGTGAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACTGAGAAACCCTGTCTAGAAAAAAACAAAAATGAAAAAACAAACAAAAAACAAAAATACCAAAGCACATGTTTTATGTGTGATAAGGGAAAAAATAGTTTTAAGGTATTTGCTCATGCACATATACACATGAACAAACATGTTACTGTTTTATTATTTTTTTCAGACATCATGAAAGAAGAGATCTTGAGAGGTAGGAAAACTTTTACTAAGGAAGGCAAGAGAATATCTGTGATTGAAGAGAAGGAAGGGACCGAAGAACTGGCTCAGCAATTAAGAGGACACACTTCTTAGCAGAAGACCCAAGGTTTGGTCATCCTCCCCACCCCCAGCCTCAGATGGCTCAACCACCTGTAGCCTCAGGGACCTGAACTCACATACATAAACTCAGTCTGTCAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACACAGAAATACATGATGAACAAGTAAGGCAGAAGATGTCTACTAGGGAAAGGAGGGGGACCAGCTGGAGTGGGTAGAGAGCAAGAATGGGGGTGTGGGAATAGCAGTGAAAACAGTGTGTGCAAAAGTGCCACAGTGAGATTCATTAGTGCATGTGGGGCTTGGCGGGTGTTACTGCTGGCTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGGTCTCCCTACATAGCTCCGGAAGTTTGGACTGTCCTGGAACTATGTAGACCAGGCTTGCCTCAAACTCACAGAAATTCACCTGCCTCTGCCTTCCAGGTTTTGGGATTAAAGCTGTGTGCCAGCATGTGTGTTGATCTTGGAAAACTAAAAAGAAATAAAGCACATTATGACCCCTAGCTTACTAACTGTACAGTACTAGAAGTCAGATGAGGCTGGGAGGTGGCTCAGATGCTAAGAGTACATACTACTATTGCAAGGATGCACGTTCAATTCCTAGCACCTGCCTCATAACCAGCTGTAAGTGCAGTTCTAAGGGAAACCCCACACCTTTAGCCTCTTCCAGCAACTGCATTAACATGCACTTACCCCCACATAGATGATGATGACGATGACGATGATGATAATGGTGATGATACTTTTTAAAATCCAGACGCACATCTGTAACTGGGAGGAGAGGAATGGTGGAGGATGGTGGAATAGCTGGAATATTTTTCTGAGAGTTTCAACTTAAAATTGAACTTGAATCAGGCATGGTGGTACACGCCTATAATCTCAAACTTAATAAGCCTGAAACAAGAGGATGAGGCATTTGAGGCCTGCCTAAGCTTTAGACCATGTCTCAAAACATATAAATTATTAATTAAAATTTGAACTTGGCCTTTAGGGTGTGTCGGGGTGTCAAACTCTAGCAGAGCTTATAAATATTTCTCAGAAGAACACACACAGCCAACAGATAGATGAGAAAATGCTCACCATCACTAACCATTAGAGAAGAACAACAACAACTAAAAATAATCAGAGTAGTTTGCCTCAATCCAGAAAAAAAAATAGTATTGAATATATATATTACTATCAAGGATGAAGAGGAAAGATGAAGTTCACACACTACTAATGGATGAATATTGGCACAGCCACTATAGCAAACAGCATGAAGGTTTTTTAGAAAATTAAAAATAGAACTATCATATGGTACACAGCAATCATCCAACTGGTATGTATACAAAGGAAATGAAGGCACTGTGTTGAAGAGACATCTGTGCTCCCATTTTTAACGCAGCATTATTTATATAATAGCCAAGAAATGGAAGCAAGCTAAGCATCAATCAATGATGAACAGATGACATAGTATATATACACAACATTCAGCCTTACAAAGGAACGGAGTCCTGTCATGTGTGCCATTATGCACGGAACTGGAGAGCACCAACAGGAATAACTGAGAAACAGAAAGACAAGTCCTAAGTGATTCATTCATTCACACAGGGATTATTTAAAAGTGGACCTCATGGTAGTGGAGAGTGTTTACCAGAGGATAAGGAGAAAACTGAGAAAAATATAGAGGGCAAGTTGGTGAATAGGTACTAAGTTAAAGTTAAATACGGGTAAGAAGTTCTGTTGTAGGTAAAAGCCAGGTAAGACTACACACATCTGTAATCACAACACTGGGGGTGGGGGGGTTGAGATAGGAAAATCATGAGTTCAATGACACAATGTGCTATGTAGAATTCCAGGTCAAGCTGGGTTAATGAGACCTTATTTCCAAACATCAGGAAAAATAAAAGATAGGAGAAAGAAGTTTGAATGTTTTCACTATTAAAAAATGTACCTGGGGCTGGCGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACTGACTACTTTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACACAGTGGCTCACAGCCACCTGAAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGAGCTAAATGTACGTACGTATATAAATAAATCTTTGGGCTGGAATGAACAGGGACAGAACGAGCAGAGTTGATCAGAGCCAGCAGAGGTCTCCCCCCAAAAATTCAATTCCCAGCAACCACATGAAAGCTCACAACCATCTGTACAGCTACAGTGTACTCATAAAATAAAATAAATAAATCTTTTTTTAAAAAAAGTACCTGAAGAGTTAGGTATTTCTTCAGAAGCACACACTCATCTAGAATAAAATAATCCTTAGAGACTCCATCCCTTGACATTCAGCACTCCCCAGACTGTAATTCTGTAATCACTTTTGCTCATTTCTATCTTTGGCAAATTGTTTTGATGTATATGGTTAATCTTAATCGGTAAACTGAACTTAAACTGTTACAATTAAAATTTAAATTGCTTGAATGCAGAAAATATGTTCCTTATGTACCCACTGAAAGTGTTTGGTAAAATTTAAGGATTAGCAGAGAATATCTAAGGTAGTACAAACTTAAGACATTCACTAACCATCCTGTGGCACTGTGTTAGAAAACAAACAAAAAGTGAAACTGGAATGGTCTTGTATTAGAGAAGGTATTTCATAGCTCCATCGATGACTTCTTGTTAACAAGGGAGAGTATTACTAAGTCTCTGTGTCATCATATATTGCTACTACTATACAGTTTCATCTTCACATCTAGCTTTGTGAACATGAACTGAGTCAAGTCTGTTCAAATAATACAGTATGTTATTCTGAGGTTTGATTTGCTCCATGATGTTTTATGATAACTTGAACACATAGCCATCCAGATGTGCCACAAATCTGGTGAATAAAAAGCACATTAAAATTTCCTGGACTTTTATCTATTACTAAAGTTAAAATTATTTAATATTTACTAACCTTAATAATAATCCTCTTCATCTTAGAGTCACTTAGCTATCTTTAAGTAGCTACTGGGCCATCTTATTTTGCCAGTAACATTAAGAGTTCTAAATTGTGCTTATTACAATTTTTCAAATCTATTTGAAGTGAATTATAATCATCCTACTTTGTTACCTCGATGGAATTCCATTGTAATTGCATTTATAAAAGTTAAATAAAAACTAAGTAGGGTCATGAAGTTAGTAGGTAAAATATTTTAATTTTAGTGACTAAAAAACCACTTCTAAAAATATTTTCTTCATGGGTTTTTTTTTTTCCTTTATTGTGGTTTAACACAGAAATAAGAGATTAGTTTGTTTTGGTTAGGCTTATTAAATATAGCTCTAACCGTATTTTTATATAATTTATTTAAAAGCTAGTCTCTGCTTCAAAAATAAAGGAATTGGATCTATGACTGCATAAATTAAGAAACTGTCTTCCCTGTGTGCATAGCTCTAAGTCCTGATGTTTGGGATAGGGGCGGGGGGTGGGGTACTGTTTTTATTTTATTTTTATTTTTTATTTTTATTTTGAGAGGAGGTCTTACTATAGACTCGGCTGACAAACCACACATTACTTAGAAGAGGATGATCTTGAATTTCTTATCTTCCTTCACCACCTCCCAGACACTAGGTTCACAGGCATAGTCAGGTTTCACTTTGGGCACAGTTCTATCAGTGGTTCATCGTCATCTGAAATGTAGTTCAACTAGAGTAACTGCTGAGCACAGACACTGACAGGTGTCTCATAGACCACTCGGTATGGGGACTTAAGACTAGCCATGTACTGTTGTCATACTATTTGTTTATACTTGAAAAAAAAATCTTTTTAAAAATCAAGGCTGGAAGTCTTCAGAATGAGTAAGGGCAAGAAAGTCATCCTGACAGTATGTCAGGTTCACCTGTGGATGCAAATTCAGCTATAACATACAGAAGTTTATCTTCAGTATCTGAACACTGGACTACAAGATCTTGCAGGAAGCTTAGTTGGGGCTGGAAAGGGAGCAGGGAAATGAGGAAAAGGGAACTAGAAACAAGATTGCAAATGGGAAGGGCAGCGAATGTATCCATCCTAAGGGGGCGGGGTGGGGGTGGTCTCTTGCAACTAGACTGAGGAGACAGTTGAAACAGGTTGAGACTGCTACTGTATTGTAACTTTAAAGGGGTTTATTATATAGGAAACTTACCCCCCACCCCCACCCCAAGAAAAATAATAAAGATACAGGATTTTTTTTTGGCAGACAGACTTCAGTCGATGAAGTTTCAAATAATATCTACCTTAAAAAGGGATCAGAGAGTTGGGTCACTCTTATCTAGAATACACTAAGCCCAGTGGAAAACGGTCCA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