High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by vvi
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 51814
Chr: 14
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-275D16 : RP24-299F17 : RP24-289N17 : RP24-253O6 : RP24-251I16 : RP24-125C21 : RP24-257J16 :
Instance: Plate 79: Well D09: BACs RP24-275D16 RP24-289N17 RP24-253O6 RP24-299F17
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 76108975 76109024 50 TTGTTTAAAAAATGACATAATTCGGTCTTAAGGATGGCTCAGGCAGCAGT
U5 76103033 76103082 50 GATGGAACTCAAGTTCTCAGGCTGTAGGACAAGCATCTTTATCTGTTGAG
U3 76102868 76102917 50 TCTCTAGTAGGTATTTAAAAACCTAATTTTTGCACCTGTTATTTTCTACT
D5 76102233 76102282 50 ATAGGCCACAACACCTGACTCTCCTATTTTGTTCAGACTTGCAGGAACAG
D3 76102142 76102191 50 ATGGGTAGCAATTTCCTCCAAAGTTAAAACCTTCCACCTTAAAAGAGGAA
G3 76098246 76098295 50 TTCTCACAGCTCTGTAACTCTCCTGAATAAAACTTGCTTCCACTTTGCAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 76501999 76502039 41 ATGAAAAGTAATGAAAATACTACCCTTCAAAGATAAGGGGC
G5 76508782 76508831 50 TTGTTTAAAAAATGACATAATTCGGTCTTAAGGATGGCTCAGGCAGCAGT
U5 76502840 76502889 50 GATGGAACTCAAGTTCTCAGGCTGTAGGACAAGCATCTTTATCTGTTGAG
U3 76502675 76502724 50 TCTCTAGTAGGTATTTAAAAACCTAATTTTTGCACCTGTTATTTTCTACT
D5 76502040 76502089 50 ATAGGCCACAACACCTGACTCTCCTATTTTGTTCAGACTTGCAGGAACAG
D3 76501949 76501998 50 ATGGGTAGCAATTTCCTCCAAAGTTAAAACCTTCCACCTTAAAAGAGGAA
G3 76498053 76498102 50 TTCTCACAGCTCTGTAACTCTCCTGAATAAAACTTGCTTCCACTTTGCAT
G5_U5 76502840 76508831 5992 GATGGAACTCAAGTTCTCAGGCTGTAGGACAAGCATCTTTATCTGTTGAGTTATCAACTAGACACTAGAGCATACAGTTTCAACCTTCTTGGTATGACTGTCCTCATGAGGGTATTTTCCATTGTGCTTTGACTTCCACTCTGTTTTGATATTTCTTATCCACTGAAAAATTCCATTGGGTCTTATAATTCAATGCATTCAATGCCACAGTTGATTCTTAAAATAAAACTGTGAAATAATATTCTTGATTTTTTTTTTACTACTTAAGTAGAAAGTGTTTTTCTTAAGGACACCTACCGTAGGTACACACAATAGATACCAGCAGTCAGTGACAACGCACCACAGCAGGACACACCTACACAGTCCTTGCTAATAATCCAGTAATGACCCAGAAGCACAGAAGAATGCAGCTGGTCCACCGTGCCCCACAGAGGAGGGAGAAGGTCCTGTGCCAATCACATTTCACCTAGTTGTATGCATCTTGTTCTTTCAACAACCCTTGTCCATGTAAGCCACAGCAGTTTGGGAAACAGTAATAGCCAAGATTAACACAAGCAGTGAGGGGCTGAGATGCAGTCTAAGCCCTGGGCTTTCTGATATCAAATTTCACCATTCTTTGAGTTGCATTACTGCCCTATTCTTAGGGAGCTATCATCAACACAAGAGGGAATGGCCTCGATCCTGAGCCTTTGCTAGAAAGGAAAACCTACTTTCTTCTCATCTCATACTTTCAGTCCCTTTATCCAATTTGTCCTTGTGGTTCTTGCTGGTTAGTGGTGACTATGCCTATGCCACTGAAGTCCTTGGCTGCACTCCCAGGGGGTGCATGTTACTTGGAGCCCCCCTGGCAGGCTTCTTGGCAGAAATCAAACAGTATTGAGAGTTATCCGTTCTGACCTCTTAATAATCTTGCCTTGGTTCATGAACCAAGTACAGAATAGTTTTGTATATGAATGGGTGCAGTTTCAGATTATCAGAAAGACCCAATTAGTTGTCATTTACAAGATACAAGGAAATGCTTGAGTTGCTTTTTTCCCCCTAAGTATAATCCTTAACAGAGCCACACGGACATTAATTGTTCAATTTTATGACTTTAGAATTTGTGGAGATGAAATCCATAGTAAGATCTTAGAAGACAGTAAATCTATTGGGTCAGTGAGAAGGCTCGGTGGGTAAGGAAGGTTCTTGCTGCCAGGCCGAGGACCTGAGTTTAAGCCTGGGACTCACAGAGAAGAAGGAGGAACTGACTCCCACAAGTGCTGTGACCTCCACAGGTGCAGTGGTGTCATCTGTGTACCCTTCATGAATAAATAAAGTGTAATAAAAATTTTAAAACATCAAAAAAAAATACATAGTAAATGTAAAACAGATATGACATTCTATAGTTGTTATGAGTTTTTTTACTTTATTTCACACAAGGATTTTATTGTCCAAAATGTTTTTTTAATTGAAAATAGCTTTTTTTCCATATAATATATCTGATTATGGTTCCCTTCCCCCAACTCTTCTCAGATCTTCCCCACTTCCCCACCCATCCAAAGCTACACTCTCTCATTCTCCCTCTCATTAGAAAACAGGCACCTAAAAATAAAATAAGGAAAACTAACAGAAAAAAGCCAAAGAGAAAACACAAGAGCATATCCAGATGCAGACTACACACTGGCACACACAGAATTCTCATAAAAACACAAGATCAGAAACCATCATATATGAGCGAAAGACCTGTAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTAGACCAAGCATCAAGTGTAATTTTCAAGAAAGGAGCTGCCAAAGGTTAAGTACAAGTTAAAATGTACTTAATCCAAAATGCTTAGACCACAAGCATTTCCAATTTCAGATTTTTGGATAATTTACATATGTATAATGAGAAACCTTGGGGGAAGACCCTCAAGTATAAACATGAAAATTCATTTGTGTTTCATATATATACCTTCTACACATAGCCCCAAGGCAATGTATATACTATGCTAGGTGATAATTATATACCTAGAACAAGGCAGTACATGCTGGCTGTGCTCAAAGTCTGGGATCTGGAAGCACGCTGGATTACAGAGTTTCAACTGAGAACTGCCCATCTATAACGGGTTCCTCTGGAAGGCATGTTACATTGCAGGGCCAGTATTACCTATGAAAGGTGGAAACAGAGCCTAACTTGTAGGCTTTGAGAGCCACATCTGTGAAACTGGAGCATTTGTACTATTCTTAAAATATGTAAAAAGCATTATTTGTTTGGGGATGACACAAAACAAACAGCAGTAGACTGGTAGTCCCGCTACACTTAAAAGAGACAGAGTTACATGGACATTAGGAATCGGCATCTGAGATCCTAAACTCTGAATATAAAAAGAAACAGCCACTTCTTCCATACAGTCAGGCATGTGGCATGCATTATACTAGAAAACTGTCATGTACTCCCTGAAAAGTGGTTTTGGAGATGGGTCCCACTTCAGAACCAAGCACATTTGTCTCACAGTGTCCTGCAAGGCCCCTTGTCCAAGGACAGGTGGTCCCTGGCCCTGAGAGATGGGAAAAGAAGAACAGAAAGCATGCCCCTCCCCCAAAACTCATGACCTTGAAGTTCAGAAGCAGAGTAGATTGGTTGGGTAGAAACACTGCTCTGCACACAGCTGCAGGGCGAATGATCCCCAGCCTCTTCCCAGAGAAAACTCTGCTTCCGTTTACCCTGTTGTGGGAATGGCTAACTGAAGTCTGAGCCAGGAGGGGACCTCCTGCCTGCTTCCTCTTGCCCATAAGAGGCTCTAGCTGACTGCTTTCCCAGTGCGTCTCCAATCTCTCTGCAGGGTGAAGTGAGTGGGACTTAATGCTCGCCTCCAAGCTGCTGTTTTAGCCTTCTAGTCTCACTTGCTATACACTTAAAAAACTTAACTCATTCAAAACTAAGAGGATGGCACTCATGGGCTAGTCTCTGTATAAAACAACATAGTGTTATGAACTTTAAAAGAATGGCTGACACATTCTAATTTATCACCTGGGAGGAGAGTCATCCTGCTTCTTAAACCCAGGAGGAAGGGCTGGTCCAAAAAACCCATCATCATCGTCATCATCATCTTGATTTCGCCTCTGCTTTCTGAAAACAAAAATAGAGTAACTTACATTAAACATACCTGAAATTTTTGCAAAAACAAAAGCTTTAATTTTGATAGAAAAGATTCAGTAGATGTATTTAGACACTGGAACAATAAATCAACCCTGTTCCCCACACAAAACAAAGAAACAAACAAAACAACAGCATACTATAACCGTTCTTAATCTTTTCTGGAATTTATCTTCAGTTACTTATTTGTCAGCACTGGATCAGCATTCTTTATCTTGCGGGGCGTTCACGATCCCACTAAGTGAGAAATCTTAAGTCTTTCTGGCCCTTTCTTCCTGAAACACATGAGTTCAGCTTATTCTCCCTCTCAGAAGCACTGTAAGTTTCCTTTTCTGCTTCATAATCTTGAAAGGGTATCAAAAACCTTAGTCATCTGAAAATGAACGTTCAATTTAATAATCTGCCCCAGGGTCAGGAAGATTAGAAAGGAATCGTTTATTTAAACAGAACATCCATTGCCACACATTACTAGAATAAACTGCTTTTCATTTTTTTGGAGACGAGGTCTCACTATGTGGCCTTGGCTAGTCACCAACTCACAGATCACCTGGCTCAGCCTCTGGAGTGCTGGGATTAAAGGTGGGCACCACCATGCCCAATTAGAATAAGATTCTTTATAGAAGATGTAGATTGTGTGAAATGCCGTCTGAAATGACATCTTCCCAGTCCACACAAATCCAAAAATAGTAGCCAGTGGTTCCAGCCACTATAGGAGGTGTGATGGTGCAGGATAGTTGATCACATTGTGAACTGGAAGAATCTGTCTCTAACTGTGGCTCAGCCTTTGATCCTAGAGCTTTCTGTTTGCTGCAAACAAGTCCTTATGCTACGTTCCAGCCCTAGCAAGAGCTAAATACAGTCAACCCTAGGTCAAGAGGCCGAGCAAGCAACCAGCTGATGTGGGAGTGAACAGAAAGGGGGGTCTTTGAGTTGGAGTGGATTTAAGACAGCATGGAAAAGGGTCTTTTCCTTCTGGCTGAGGAGGAAGGTCATCTGGGTGCTTTCTCTGCCTCTTTGAGCGAGTGGGCTTTCACCACAGTGTCTGACTTCGGAATCTTTACTTGGTAATTCGAACAGCAGGGATTTTTGTTTTTAAAACAACAGTGTAAAGCTTGGTTTATTATATAATTTAGTGACTTACTTTGCATTTGGACCAGTGTCCTCTTCTTCAGACTCTTGATTGCCTTCTTCAGATAAAGAACTACTGTCCTCGTCACTGTCTGAGGAGTCTGAACTGCAGCTTCTGTAATTAGGGGGCAGAGCTGGCCCTGCAACTGTGAAAGTTTAGATGGATGTGTTACAGCCCTTTCACCAAATCCTCCTGATGGAAATGGGTCTTTTCATAGCCACAGTAGGCTAGCATTTACTATGGACTTATGTCTTCTAACTATCTATCCACCTACCAACCCATCCACCCACTGAGGATGTATCAGTAAATACAAAGAAACCAACGTAAAAAGGTCAGTCCAGACAAAGTGCTTATATTGAAACTTTAAAAACATGTGTCTGTGTGGAGGGGGGCAATTTGGAAGACAGTGGCCAGGGCAGGTCACTCTGACAAGGCATTTGGTAGACTTAAGTGACAAGACAACAGTGGTCATACAGCAATCCAAAAGAACATTCTAGACAGGAAGAGTCAGCAGGAGAGAATACACTATGTACTCGCCACCAATGCTGGAGGCTGAAGAGGTTGTACTTCTAATACAAAGGAGGGAAAGGCTGCAAGCTTTGGAGCTGGAGTCTTTGGCTTTGAATCTGGACTTTGCCACTTACTAACTATATGATTGTGTAAGTTAAACTGCTTGTGTTACTTTGTTGCTCTGTAAAATGTGGCCGATAAAGTTTAAATCTTA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U3_D5 76502040 76502724 685 ATAGGCCACAACACCTGACTCTCCTATTTTGTTCAGACTTGCAGGAACAGCTTTTACTTCATCTCTGGGTGTCCTACTCTCACAGGAAGCTGACAGCGTGTTAAGAGAGTCATATTTGGAGTCTCCTATCACATGTGAGCCATATGATTACAGATACCATTCAAGCTCTGAGTTTGTTATACATTTTATTCTTTAAACAAAAAAACTCCAAACCTCTGAGTTGAAGAATGATGACACTTGCCCTGGATCCTCTCTGCCTTTGTCATTTTTCTGTGGAGACTTAATGAAACCAGGTGGCAATGCGGGACCTATTATAGGCCTGAAAATAAAATATACCATTATCATCCTCTCTTGACCTTAAAAAGCTATTTTCAGAAAATAGTTCACAGTTAAAAGAAAGCTAGATAGTAACAAATGTTGAAAATAAGAATTTTTTGTAGCCGGGTGTGGTTGCTCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGAGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGATAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCATGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTTTTGTAACATTACTTTCAGCAGTAGTAATAATTCTCTAGTAGGTATTTAAAAACCTAATTTTTGCACCTGTTATTTTCTACT
D3_G3 76498053 76501998 3946 TTCTCACAGCTCTGTAACTCTCCTGAATAAAACTTGCTTCCACTTTGCATAATGCCACTGGTACCCGTGAACTCAGAGCCACCATCCCAAGTCCTTGGGTCATGTACAACTGTCCTGCTGCCCTCAAAACCCTGCACCAGTAGTACCCCTAAGTAAACTAGACAGAACACACGAACAAAAATCAAGAAAAACAAAACCACCCTGTTACCTTAGCTTTCCTCTCCCGGTCAGCTGGGGTGTCTGTCCAGACGGATCGGTCTCCGGATTTGTCATCTGCTCTTCTCTTAAAGGTTCTTGGCCCCAGACCAAATTCTTTCATTTCTGGTGGAAGCTCAGTCATCCAGGACTCTCTTGTAATTGGTTTAGATGAATCCTGCATGAGAAAGTGAGAAACAAGGTAGTAGGTGTGCATGGTGGTTTGGGCCTTGGGGTCCAGCTCTGGGGAGACAGGCTAGCAGATTTCTATGTGTTCAAAGTCAGTGCTGGCTACATGGTGAGTTCTAGGCTAGCCAGGACTACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAACGAAAACCCAAAACTCTACACAAACAAAACAATATTCATGCATGCACACACACTTGGAGGGTAGAAAGTTGATTCAGCGGCTGCTTGCTGCTCTTGTAAAGGAATGGGTTCAGTTCTTAGCACTCACATGGTAGCTGAAAACCATTTGATTCAGTTCCAGGGGCTCTGATTCCCTCTTTTAACCTCCTCAGATACCAGCATGCACTTAGTATGCATGCAGGCAAAACACTCATTTGCATAAAATAAATCAATAAAAAACCTTTGAAAACTTACATCATCTCCTTTGGTCAATTTTTCCTTCATCCTCTGGGCCCTTTTTTCAAACTCTGTCGTGACGCTATAGTTAACTGGTCCTTTTGCAGGCATTGGTCCAACAATATCCTCATCTTCACCGCTCTCTGCTTCCTTTAAAACAAGATAGTATTAATCTAGGAAGAGACCAATAGGTTATAATGATCTTAAACTACCTGGATTTTAGCTGTGGATTATACATAAGCAATAAGGCAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAGCCACCAACCAAAAACCCCATAAACCCACAGTGCTAGCCCATCACTGAACAATGAGCTTTCCCGTGGCTTCCTTGATGACAGTGCCATAGCATGTAGATGTGTCCCATGTCTCTTCCTATGTCATCAGGGACCTCATTATATTATTCCTAGTCATTCCTGTTCTCTATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGCTGTATTGCTGGTAGGAACCCAGGCTTTGCATGTGTTAGGCAAGGGTGCTACCTCTGAGTCACACCTCCAGGCGTTCAGCCCTCTGATTGATGGACAAAGAGCTGGTCTTAGAATCTTTCCACGTAGCGTTCCTGATATTTATTGCCAATTGGTCAGAAATGACACATTTCAAAACTATTTTATTCTCTGTACATCAAATGCTCTTTGGGATATGGCAAGTGAATCACGATGTCATCAGCTATTGCGAAACTAGAACTACGTAACAGCTTCCAAAACACTGACGCAGACACATCTGCTCAGTTCCCAGCACGGCCCACTCAGTACCAAGTCACAATAGCTCTGTGTTAACCGCAGACTTCTTGCTTGAGTTTTAGATCTGGCATTCTTTGACTGAGCTATCCCTCTCTGCTCCCTTGTCTTTGACACCCGCGATTCTTTCTCATGTCCTGAACTTTGATGGTGAGGCTTAAGTCTGAGGTTGTTTGACTTGCTAAACGTTTCATTTCAGTTTGCGTTTTCTTTAGTGACTCTTTGTTAAATTCTCCATTTAAATCTTGAATTGTTTTCATTATTTCATTCAACTGTTTCTATTTTCACAGACTTCGTTGAGGGATTTATTCATCCCTTCCTTAAGATCCTTGACTATATCCATAATTGCCATTTTAAGGGCCTTTCCTTAGGTTTCGGCTATATTGCATTTCTCAGGGCCTACTGTAACAGGGTCACTGGCTTCTGGTAGAGGCACAGTATCTTGGCTATTTATGTTTCTGTTTTGTACCAGGACCTATGCATCTGGAGCTACAATGTGTTGGTGTCCATATCAGGTCTTGTCTTTGTTGGGTGGGTTTTCTGTTCTCTGGTTGCTGTTACCCTCTCTGGATACTGAGCAGGGGTGGTGGCAGTGGGCCTCTGGTAGACAGTGCTTCTGTAGGGTAATGGGTGAAGAAAGGACTGTAGATGGGCTAGGAGGAAAGGCTAAGAGGGACTATGGTAAAGAGCTAGGGGTACTAGGGTCCACATGAAGAGGCAAGTCCTCAGAGAATGTACGTGGGTGATCAGAGGGGCTCCTGCAAGCAGGCTGCTACGGGACTAAGAACAGGTCTGGACAGGTCCTTATAGAGGACAGAAAGGACAGTGAAAATCGCCACCCCCTGAATTCCAGCCCAGTGTAGCCATGGAGGCCCACAGTAGGTGTTCTGCTGACACAAAAGAGTGAATGGGCTAGAACTGCATCCTGTTCTGAAGTCACTTCTGAAGTCACAGTGATAAACAGTTCCCAGGTATGACTCTGTGACAGATGCTGTGATATCTCAAGGCTTATAGTTTCTCCTTGCCTCAGCAGATTTATTACATCGAATAACAACATGCATGTCCTTTGGTTCTGACAGCTTCTGCGCCTTATTTAATTTTTTTGAGCTCACAGGATAAGGAGTTCATTCATACCCTTTTCATTTCCCCTTTAACCTAACAATAGCTTTCTATCTGGGGCTGTTCTCGTTAAACTCATACAAGTATAATTAAATAATTTTATCCCTGCTCTTGTGGCTTACTTTGAAGTGCACACACACACACACACACACACACACACACACTCACAAGAGTAACTGTGGTGGGCTCTGTCATTCAATGCCACAGATGGTTCTTACAATAAAACTATGAAGTAATATTCTTGACTTTTTTTTCGTAGTGAAGAAATGGAGCTTTAAATCAGTCTGTTAAGAGGACTAGAGAACTTACATCAAGTTTTAAACTTAGTACCTAAGAATAAGCCTTCCAGGGCTAGGGCTCTCTGCGCTCTCACAAGAGTGTCCGCTCTCTTCTTGACCCCATCTGCTCATGCGTTAGCCTTAAGTGTCTGCCGCTTACCTCTACAGTAGTTAACTGTGCTGCCACAAACACCTTCAGACTTTTTAATAATAATGATGATGATAAAGCGTGTGTCTAGGCAGAGAACAACACTATGGAGTCTTTCTCTCCTTCCAATCTCACATGCATTTCAGGGATGGAACTCAGGTGGCCAGGCTTATGTAGCAGGCACCATTACACACTGTGCCAGTTCATCAGCCCACAAACATTATCTTAAGTGAATGTGGAATTTTCTATAGATAGACACCTTTGTGACATAAAGTATGCAAATATAAAGCATACAATGAACCTTTAAAAGAGATGTATTTTTATTTATGTGTGTGTTTGTTTGTGTGCATATTCCACATATGCATAGATGCACACTGAGGTCCACAGCTGACATTGGATCCTCTACAGGTAGAGTTATACCCAGTGTCGGTGCTGGGAACTGAACTTGGGTTCTCTGCAAATGCCCTAACTGCAGAACTATTTCTCTATGATGAACTTTTAAAGTTTTAAAAAACATTAGCATTTGGGGCCAGGCATGGTGGCACATGAGTTTAATCCCAACACCTGAGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCCATGAGTTCCAGGCTGGTTTACATAGTGAGTTCTAGGATAGCCAGGGCATGAAGATACCCTGCCTCAAAACAAACAAGGGAGGGGTGCTAATGGGTGGGTGAGGTATCTATATTGCATTAAGGTGGAAAGAGCCTCCCACTGGTGGTACCATTCCCTAGGCAGAGGATTTTAATGGGTAGCAATTTCCTCCAAAGTTAAAACCTTCCACCTTAAAAGAGGAA
U5_15 76502840 76517890 15051 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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 14, start 76502253: end 76502358
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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