High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by wy1
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 49944
Chr: 9
Strand: 1
Status: Ready to order
BACs: RP24-331A20 : RP24-391H18 : RP24-330N18 : RP24-330N23 : RP24-342M20 : RP24-567G10 : RP24-309K7 : RP24-309J7 : RP24-310P11 : RP24-256J2 :
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 41526501 41526551 51 TACAGGCATCTCCTTAATTACAAAAAATAGAAGTACCCTGCTCAAACAAT
U5 41531217 41531267 51 ATAAAGCTCACCTGAAGCTCACTTCATCAAGCAAATGAAAAACTAGGTCT
U3 41531334 41531384 51 AGCCAATGACAAACTCTTTTTTGTTGGACTAATGGCTTTAACATTCTATC
D5 41531540 41531590 51 TAGTACACCTTCTCCTGCCCTCCCTGTCTCCCTGTGGATGCCTTTTAGAG
D3 41531654 41531704 51 TATTTAAGAGGCTCACCTGCACGCCCCGTATTGCCTCTGACTGGTCTTAG
G3 41534734 41534784 51 AACATGAAAATTCACACAACCCAAAGAGCAGAATATTGAAAACCATTAGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
G5 41277571 41277620 50 TACAGGCATCTCCTTAATTACAAAAAATAGAAGTACCCTGCTCAAACAAT
U5 41282287 41282336 50 ATAAAGCTCACCTGAAGCTCACTTCATCAAGCAAATGAAAAACTAGGTCT
U3 41282404 41282453 50 AGCCAATGACAAACTCTTTTTTGTTGGACTAATGGCTTTAACATTCTATC
D5 41282610 41282659 50 TAGTACACCTTCTCCTGCCCTCCCTGTCTCCCTGTGGATGCCTTTTAGAG
D3 41282724 41282773 50 TATTTAAGAGGCTCACCTGCACGCCCCGTATTGCCTCTGACTGGTCTTAG
G3 41285804 41285853 50 AACATGAAAATTCACACAACCCAAAGAGCAGAATATTGAAAACCATTAGT
G5_U5 41277571 41282336 4766 ACAGGCATCTCCTTAATTACAAAAAATAGAAGTACCCTGCTCAAACAATCTGAGCGCTTATTTCTCATCCAGCTTTACTCTGTCATGCTATTTCCACATCTTTGTTCTTCATTGACCTACAAATGCTGTCATTTGTCATTTTTCTTAAATTATTTATTTATTTATTAGTACAAGGAGTGTGGTGTGGGAAGATTATAAATGGCGGTGTCTGATCTGTCCTTGCTTAAAAGCACAGGAGACCCATGCCGTGTGGCTGGCTGGTTCTTCCCTCCCCTTCTCTCTTCAACTCAGCCCCCACCCCCAGAAAAGAATTAACTCAACTTTAAGTGGCTGGCTTTGGCACCACATTGTATTCTTGGGAGGTTTTCCAACACCACAGTCTAGGGATTTTTGTGGCAAAATCACAGGCGGAAAAGGTATGGTGTAGCATGATGCGGGGCACCAGTGAATTACCCTGGGAGTAGCACTGTTGGGTGCACTGTTTTTGTAGCAGCCGCTGGATCTGCGCATGCGCACGTGCACATACCCAAGAGACTTCAGAGAGTAAGAGAGAAAAGGCATCGGGAAAAAAGAAAAAGAAAAGCTATTGGTGGCTAGGCCAAGAAGTCTCAGGTCTTTGGTGTCGGGTGGATGCTGAGGGGTATATGTGAATAAGCTCCTCCCACTCCTTCCCTCCTCTTCTTACTCTCTTTACCTTTTTTCTTTCCCTTACTCTGTCACCTCCCTTGTTTCTCCCCCTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTATAAGTCTCAGTTTCCCTTTTTCTCACCCTTCTGCTCTTCCTTCTTTTCTTCATTAAAAAAAAAAAGCCCCATCTACTTGCGCTGCCATTTTGAATAAAGGCAGTCCATAGGACATACCGTCTTCAAACATGAGAGAGAAAGCACAGCATCACCACAGACTTGCTGTTCAAGTCCAAAGGCAAGCAGGGCTCAGAGTTCTTGCTAGCAGGCAGTAGTCACACAGTAGATCCACCTTCCCTTAGCTAAGAAACAATGAAGTAAGATGAAGTGTGTGGCAAGTGGCAAGAGGATAGGACAGCAGAACTGAAGCCATGAGCTGTGTGGTGCTAGAAGAGGGAGAGCCATTAGAACCAATTGCGGTGAGATACCTGCGCCTCAGGCATGCCCATTGGTAGAGAGTAGATGTCTCCCAATTGGGCTGATGCCCAAACAGAAAGTTAGAATGCCCCCCAGGGGCACTGAGCATGCTCTTCCATTATGCTTTTCCCACTTCTGACTGTTAGTAGCCTCTCTGAGACTTCACATTCTTATTTGGTGATCTTTTTGTTCCTGGTAAAAATCCTTTTTACAGTGGTAGTACATTAGTAGCCAGGGAATTTCCGGGGGTGGGGGTGGGGAACGTGAAAGCTACTTATTTGTAGAACATTTTTATTATTGGTCACACTGGAAATAAACATGGCATGCCCCAATGTTGCTTTCTTCTAGGAATAGATTTAGTTTTATTAAAATTCCCTTTTACTCTTGGTATAATATTACTTACAATTTAATTTACAGTGTAATGGAGTGGCAAAATGAACTGAAAAAAACCACCAAAGATTTCTGATCAACTTATAAAAATATTTTAAATATTTTGTTTTCCAGGCGTGGGTGACTGATTTTTAAGAAATCGGCAACACGGAAGCTGATTATAAAATATTCATAAGAAGCTGGCTTTTACAGGTAATCGCTTTTTTCCTTCTACTTCTTCCCAAACCTTCCATTTCTTCAAATAGTACAATTTTTAGGACATTGAAAGCTTATATATTTAATGTTGCTAGTTTATATCTTTATAACCCATCAATCTAGCTTTTGTGGTCTTTGATTCTTTGGAGTTTGAGAGTTTTTAGAATTAATTTCAAAAGGATGTTTGCTTCTTTTTAAAGTAATTTAGGCAGAGTTCATTTGAAACCACAAACACTGTCTTTGAACTCTGGATGTATATGTATGTATATGTATATTATATGCATATATGTGTGTCTATATATCTGAGAATTCAGGGTTTATATGCATTTCAGAAGGTTGTTATTAATATTTTAGCTTCAGTTCTACTTGATTACAACTTAGCACTTTCTGGAACTCTTCAATATCCATTGCGTGGGTGGGGATTGAGTTTGGCTCTCATGATCCAGGCAGCTTCCTTTGGGTGCCGCTGAAGCACTTTGTCCCACCTAGAAAGGTTTACAAGCATCCATGATCTGGTGTCCAAAAAAAAGTACCTTTCCCTTTGTTTGTAAATGACAGCCCCATGTTTTCACAGTTGGTTGCTATGTGGTAGTGTCCTGTGCAATCTTGTTTCATGTAATGACCCAAAATGTCCTTTGGAAAAAGAATCCCATTTCCTTCCCCAACACAAAGAAGTTTCTTGAAGAAAGCTTCCAATGACTACTTCAGGGGAGGCATCTATTGGCAAACAAGCTTCCCTCTTCAAGTGTAAATGTTAATATTTGAATATTTTCTTTGTAACTTCTGGTCAGGTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGATTTCTGAATGTAAAACTTGAGATTGTTTGGAAGCTAATTTTAGTACATGTGAATGCATAGTCCCCTGTCCTGTATTTAAGAAAAAGAAAGATGGCCCCATGGAAACACAAGGTTGAGTTCTTTTCTGTGGTCTCAGTGTATCATGGGAATGTATAGGTGCTGTGTGACAGTGCCAATGTACCACTTGATAGATTTTAGTTCGTTGCTGACAAATACTGTTTTACTAGCCATAGTGTAGTTGAATATTCATTTTCTAAGATGGTTGAAAAATGTTTCTTATTTGCGATTTAAAAATTATAATGTTTTCAAATACGTTGAGGTGGCTTGAGAATGGGATCCAAGTCTAAGCACAAAGCTGTCAATGTCCAGGAACATCGTGTACACAGTCTGGACGTATGTCACCCAAGGTTCTCAGTGTATCTATCTTGTCCTTATAACATGCCACCTGGCTTCAGGGGTGGCATCTTCTTCCTGTGCCATCAGCTCAGTGCTCAAAAACTTCTGAGTTTTAGCTGGGCAGGGTGGTACACCTGTTTAATCCCAGAGCTCAGGAGGCAGAGGCAGCTGGATCTCTGAGTTTGAAGTGAGCCCGTTCTCCTTGGGAGTCTCCCAACGAGACTCTGTCTAGAAAGGGAGGTGGGGGAGAGGGCAAGATTTTTTTTTTAATTATTTGCATTAGGATGACGTATCCTGTATTTAAAAATTAGTTCTTATCAATTAGAGCTGGAGCCCAACCCCTTCAACTTTCAATAGGAACAATAATTCCCATATCTCAGCAACTCTCCACAATGTTCATTGCCTAGTTTTAAATACTCCTATTGCCATCCCTTTGTCAGAGAGACCAAAGGACAATCAGAAGCTCAAGACTTGTGTAAAACACCTGTTTTTTATAGAGGAAATAAGTGTTTTAAAATAAGTGATGCCAGGCAGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAAAGAAATCCTGTCTTGAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACCCCAAGAAAACAAAAAACAAAAAATAAGTGATGCAGAGACTCTTTAGGGGGAATCATGGTTTGGTTGCTTCTTGATGTGGTTCTCAGATACTGCAACCTCTACATCATCGTCTAACTGTAAACACTTGTGGGTGTGGCTCTGGGGTGAACCAGGCAGATAAGGAACACCGGGGTAGCATCTCAGATCATCTTGCGTTCCTAGGTTCCTATTTTACCTATTAGGATGCATGCGTGAAGCCGAACCTACTCCATGAATAGTTCGCCAATTGGGCTTTCATTGTTGTTGAGCCTCTGTTTATCTTCTGGGCTCTCAGCAAGTAAATGTCCATTTGATAAGGTGAACAAGATCCTCTTGAAGGCCAAAGCCAGCTGGCAGAGATTTAAAATGTCTGTGGTAAGGCTGTTCAAAGGCAGAAGGTATATGCTTTTCCTGACATCTAGGGAAGGGATTGTCTAAATGTCCAACAAGTTTTCCTGAAGTGATTTTTGTGATGACCATGTCTACAGGAGTTCAGAGGAGGGGCCATTTACAAAGGTCCGTTGTCTTGAAGGTCCCATTCTTCCTATGCTGCCTTAACTTTGTGTGAACAATTGATTGTGTCTTAACAAATGAAATCTTTTTATAATAAGGAAAGAGAGGCAACCTTATCCCCTTCAGTAGTTTTAGGGTTAGTAGGGATTTATTTTCTTTTACAACTTGATTTTTAAAAATACCCCCATACTTTCTTGTTGTTTATATTTGGGTCAATTCTGGTGTTGGGAAAGGATGGCTCAAAGCCACAAACTTCTTGAAGAGGAACGTCATAGTTCAGTGTAATGAAATCTCTGCTAAGATGAGTTGGGAAAGCTCTCTTCCAAGTTTCTTTTAGCAGTGCTTGCTAGTTAATTCTGCTTGTTTTTTCTGACATGCAAACAAACAAACAAAATGGGGGGGCAGATCTCAATAACCTTTACCACAGAATTGCAGAAGTTAAAAGAATTACCTTGCATCCAGGCACTTGTTCTATCTCTTAGAATCTGTCTCATTCTTCTTATTGGCCATATTGACATTGGTTTGGGCTAAATAGATGAGGATTCTGATCAAATAAAGCTCACCTGAAGCTCACTTCATCAAGCAAATGAAAAACTAGGTCTA
U3_D5 41282404 41282659 256 GCCAATGACAAACTCTTTTTTGTTGGACTAATGGCTTTAACATTCTATCTTCAGACAAGTCAACCCACACACAAGAGAAGACACTGAAGCCTGTTGCCACAAACCCGTAGATCCGAACTTGTGCTGATTCTGCACACAAGCTTGTGTCTATAGGTATGTGTCTGTTAGGCGATCCCACAGTCCAGGGGCTTTGCCTGTTTGTCTCTAGTACACCTTCTCCTGCCCTCCCTGTCTCCCTGTGGATGCCTTTTAGAGT
D3_G3 41282724 41285853 3130 ATTTAAGAGGCTCACCTGCACGCCCCGTATTGCCTCTGACTGGTCTTAGCTGTCAGGTTAGGGGGTTGGGCTTAGCCCATGAGGCAGCAAGAATTCCAGGGATTCAGACAGCTGACTGCTGACTGCTGAATAAATAGGCTCATACAAAACAAGGGTTTGTTTTGCTTTCTGGGAGCCTAATTGTTCTCCAAGTTATGACGATCTTTCCCAGAAAGTGAAGACTGGCTGACAGCGCCGAGCTGGTTCTGACTGCAGTGTGGGCCTGCACCTTGTAGTTATCCTGTCCCTCATCCTTCAGCAAGTGCAGGCCACTGGGTCCTTTACTTAATAAACAAGAGGATGGGGGGAGTTGGACATGTGGATCTGCCTCTTTATACCACGTGACTACCTAGCAAAAAGACAAGAAGGAGTCTTATTTAAGACAGATAAAACAAAAATAAAACATAGAAACAAAAAGCACCCATCCCCCCCCACACACACACCAAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAAGCAAAAACTAAAACAAAAAACCAACAATGGAAAAAGATAGTCTGTTTACATCCAAATTCATCTTTGCCCACAGCAGTTTTCGAAGTCCTTATCATGTTTAAAGGGCTGGAATGAAAATAATTTTATCCTTTCCCCTCTTAAATGTCACCATTGTGCCAGGATTGGAAAGCCAAGCTGACCACAGATCAAAGCAAAACTGGCTATATTTGTCTCCCTCCAACAATGTGAGCCGAAGAGTCTGTAAACAGAAGGCAGGGTGAAAAGTTGATGGATTCTACAGGGCTCTGCAACTTTCACACTCGCTTTTGGTCAAGCGCGATACCAAGAATTCCCTTAGGAGCTGTGTTTCTCTGTGAAGGCTCTCGGTAGTAACAGCAGAAAGTCAACATGAAACCCTTGTGGATACAGTTTGTCACTAGATAAGAGCCACACTGTTCAGGGACAGCTAGAAGCCTTTCTCCTGTAGGATACATGCAGATGTAGCTCGTGTATGCATAGAGAGAGGAGCACGGATTAATGGCGATCTATAAATGCCATGCATGGAGGGTGCACTTTCTATTCATGCTTTTGCTTTTCACGAAGGAGTTGTTGTCCGTAGGGCTCAACTTTTAACCTGTCAGGAAAGCTTTCTTATGGAATGATGGGATATTAACCCAGAAGAGAAAGGCTGTCCTTACTGGTGTGTGTCCCATAGAACTGTCTGCCCTGGGCTGTTATCTACACACTCTGCAAACAGTCTACTTGGCCTGATTTACACGCCTCTTTGAAGTGGGTGAATGAGTAAATGGCCCACATGTTAAGCCTGCACCTCTGCTGGCTGAACTCCTGCTTGACGCAGGGAGGGGCATCATGCTTGTACCCGCCATTCCTTTAGCCTGCTGTGGTTAGGTGTGCCCCAGACAGGGAAGTTGGAGCCACTGGGACCCTGAGTGCTCAGTCTTGCCTATATAGGAACAATACCCAACTGTAAGTGGATTGCTGGGCTTGTTTTTTCTTCCTCTTCTTCTTTGAAGGAGGTTTTTAAATCAAGTAGCCCAGGGGTGGGGGTGGGGACATATGACTCTTTCAAATATTCTAAAAGCCTCAAACATTTGATTCATCTGGTTAAAAAATATTGTAGTAGGAAGCCTGAAGCCTCTGGCTACTGGCCACAAGCAACAGGATATTAAATATTTTACACTATGATGAAATTCAGTATTTTTCCCTTCTTCTACATTCATGAATGAATGGCTTTTCCTCAATGTTAATTGTTCCTCTGGGGCCCCCTCCAAGTTCACCAAGTATCCTGCAGGAAGAAGCAGAAAGTGAAATCGTGTCAGGGTATCTCCCAAGAAAGGCTCTGAGGATACATTTTGACAGCCAATTAAGCATGGGGCAAATGGGCAGAGCATAAACTCATCCAAATCCCCAAATCTTCACAGCTTAAATATATCCGTGAAAAGACGATACTTGACTATAGTTTAGCTTTTTTTTTTTTCAAATTAAAAAAAAAATCATTCTAAGAATTGCACCTGATCAAACAGCTCGCCCTGTGCTTGTAGGGGGGGAAGCTGAAAAGGACTTGAGAAGCGTTTCTCATTTATTTCAAATAGCACTTCAAAATAATGCCCCGTGTGGCATGGTATGGCTGGGTTCACTTTACATTGGAACATACCATGGTACGGCTGGGTTCACTTTACTTTTTAAGTTAATATGAATTCTCTTTTCAATGGGTTTCCCTGGAACACCTCCTGTTAATAACTCCTGTGAAACCACATGTGAGCCTGTAGAACCTCAATCTTTCAACCTGGCCTCTCTAGTTGAGTTTGGGGGAGCCTCTTGTTCCTGTACACAAGTACAGATAGACTGAAATTTTACACAGTAGTCAACATGAGTGATTCTTCAAGGACATATTTATATCTAACATAAGAGCTAACAAAAGGTGATTGGAAATGAAAGGATTATGCTTTAATTTTTGATTTAGCCTTAAACTAGAAAAAACTTGGAGTTATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCACTCAACAAATTTTTATAGGTAACTACTTTGTTTCACTTTATTAAGTGATAGATGCATGGCTTGGACTTCTTTTTCATGACTCGGATTCCTGAACCCCTTGCAGAGTTGTATGGGTCTGGATAGACACAACCCTTAGTGAATCATCTTTTAATTGAAGCCTGTGCTCAGCTTCTCAAAATCTCGTCAGATAGAGCATGCACTCACTAATGGAGAGTGTCTGTATTGTTTGAGATGCTGTCAGCCATGACAACTTTAATATTTAGTAGGCTAGGGGTTAAACTTCCACATGCTCAGAGGAACTGTGGGAGACACTTAAAAAAAAAAGTGCTAACGGCTGCAAAAGACTCTATATCCAAAGATATATAACTGCTGTAAATACTGTCTAAGTTTTTTACTGTCACTTTTAAGAATTTTTATGACATCATTCCATATCTTAATTGCATGTTGTTATTGCATGCCTGCAAATATTTACACTAATTACGTAATGAACTATAATTGCACTAATACATGATAATGGGCTAAAATCAGTGCAAATAAACATGAAAATTCACACAACCCAAAGAGCAGAATATTGAAAACCATTAGTG
U5_15 41267287 41282336 15050 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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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