High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 48610
Chr: 4
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-97J21 : RP24-377D20 : RP24-539I24 : RP24-180D13 : RP24-207F5 : RP24-496J11 : RP24-247A2 : RP24-181J1 : RP24-484M2 : RP24-292P12 :
Instance: Plate 70: Well B01: BACs RP24-180D13 RP24-97J21 RP24-377D20 RP24-539I24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 129191644 129191693 50 GATGGTGTTACACAAGGTAGTGTGTGATTTCGTTTCTCTCAGAATTTCAT
U5 129196331 129196380 50 AGTGGGACATAAGCACATGAGACCAGAGGAGATGGCTAAACTAAGAAGAG
U3 129196427 129196476 50 GTATCTCCTACACGGAGACCTACAACCATCTAGAACTCTGCTCTCATGGC
D5 129197447 129197496 50 AAAATATACTGGCTCAGAAACGCCTAGGTGCTGTTCTGTTTGCTACAAAT
D3 129197576 129197625 50 TTCAGCCTCAGTAAATAATGATAAAAGAAATGTGAGAGAAGGTTCTTTGC
G3 129202181 129202230 50 GCCTGGGTTTTATTGTTTGTTTTAATTAGTCTCTTCTGACCAATATGATG
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 128874741 128874819 79 ACAAATGTAACCCTAACAAAGCCTCCGCCTTGAAGCGCATAACTTTTGGGGAAGGGGTGGAAACACCCAGCCTCCCTCT
15_E_15 128858575 128889869 31295 CATCAAAGGTTGAAAAACGAAAGTAATGGTGTCAATCAGGATTCAAACCCTAATTCATTTGAACACAAATTCTGCTAACCGCAAACAAAATTATCATTGTGGAATATATGATGGCCACAGGGGGTTTTTATATGTTTACTTTTTAAAAGAGATTTATTTATTTATTTTATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTGTTTAGACACACTGGATCCCATTACAGATGGTTGTAAGCCGCCATGGGGTTGCTGGGAATTGAATTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAACCAGTTTTATGCATTTTATATATGGAAGTTAAGTACATAGGAATTCTTTCTGAATGAAAATAACTTCCTTTCTACTATGTCTTGAAAAAATGTACTTACTCTGTTTGATGAACTGGACACAACTGGAATTCTCACTTCACAACCTGATTTATGTGAGCCACTGTTTTTCCTGTTGGGGACCTCTGAATGGTTGGAGATCTGAGAGAACACAGGGGTAGGTTTCTTACTTTCAGGTATATTTTTATCAGAGGCAGTTTGTTCGATGTTATTGTTTGAAGGAGAAGAAAGCAGGGGCCCATCCCAAGCAGAGGTATTGGGACTGACCCCTTCAGGCTCAGTGCAACGTTTACTCTCATTAGGTTGAGGGTCATCTTCTCTCGTCTGTTCCCGAAGGGAGGCAGGATTTTCCGTTTCTTTGGAGGAATCGATCTTGTCTTTATCAAGCACAGGATCACAAACTGTTGGATTAAATGGTGCGACAACAGTTACTTTTATAAGATTCTTTTCAAGTACAAAGTGTCTGTTTAATGATTTACTAGGAGTAGGTCCATGACCAACTGATGTACTTAGTTGAGGTAGTTTTAGGAAGCCAGGGGTTTCAGCTGCTGGTCCCAAGCTGTACAAAGAATTTTCTTGAGGAATATCAGGTAGAATTTGACTCTTTCTTGGTCTATACTCATTATGCCCACCATCATCGTCCTTCAAGAGCATCTCAATCTCTTCCTCTGTGAAACTGAAATGGCCATCATCTTCTTCTCCATCAGAAAACTCCAACAAGGAGTCATCCAACTCATCTTCATCCAAGGAACCCCAAGGAAATGAGGCATTGCTTTTAGGCAGAAAAGAGGCACCAGAAGACTGTTCAGAGGGCAAGAGTGAACACGTCATATCTGGAAAAATATGAGGAAGTTTGTGCTGAAGAACAAGAAATATCTTAAACCAACTCCAATCTACTATGTGTATACAGGAGGCATCCTAGGATCTCAAATGCTGTTGCTTGCACAGTCACTTGTAACTTGAGAAATAATTAAGATATTTAATCTTACTAGCATTATGAAAATAAATGTTTAAATAAGATATTTCTGATTTGGGTTGGTGAGGCTGTAGAGACAAGCACTTACTCCCAGTAAAGCATAAGTTCAAGTGATTTTGTGGAGAGTAACTTGGCAACATCATCTGATTTACTAATCCTCACTTCTGCAAGTTTATCAGACTGAATTACCTACCTCAAATGCACACAGAAACACAGGGATGTTTAAATCAGTATTATTCGAAACAGTTAAATATTAGAGGCAACCTAAATGTCCACCTCTAAGAGAAATGTTCAATAAAATCATGTTCATGTCAAAAACATTTTTCAACTACTTAAAAGTACATTAAAGTAGATTTATATGTACTACCACAGAGTGTCTATAATAGTCAAGCAGAATATATGTTTTGTGAAATGTTTTAGAAATGATGCTTCGCTCTCCAGTTCTCACGACTGCACCTGGAGCCTCATGCATGCTATGCAAGCCCTCTCACATCCCCAGGCTACTTCTTACTTTTTAATTTTAGATAGAGTTTTACTCAGATGCCCAGACTAGATCTAACTTGCTCTGTAGCACAACCAGGCCTTGAATTTGCAATCCTCCTGCCTCAGTCTCCACAGAAGCTGGGATTCCAGGCTTGTGAACCAACTGAAACATACATACACTCATACACTCATACATACATACATACATACACACACACACACACACACACACACACACACACATACATTTTTTAAATGAAAATAAAATTTAAAAAAAATCATGAGAGGAAAGTAGATAGATAAATGTTGTTGAGTATAGGTGGTACATGCCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGTAAAAGCAAGAGAATGTTACAGGTAAGCCAAAGCTATACAGTGAGACCCCATTTCAAAAAACAAAAATTATAAAAGATGTCTTGCATACTGTGTGGAGCTGCTGGAGCAATCTCTGCCTTTGCCACGAGACCAAATGGAAAAAGGTTTCAACTCCCGCTGGCTGTTCCTTCCAGGAGACTTGTCAAAGTGATTGACTCCCACCTTCCTGCAGGCACAAGGAAAATTAAAGGATCTTCTCATCACTCTCAACCCCGGTAATTACAAAGTCAACTGCATTATGCTTCAAGGTGTTCCATCTATTAATTTTGATCTTGATTTTTTAAAAATACCAGCAAGTTGGATTATTTTCAGTGAAGAACACCAAAGAAAAATCTTTAGAGGAAAAAATTATGCAACTAAGAACTGGCTTAGTTCCTCCAACAACCGGCACTTTCTTATGACTGCTGTTGGGTAAATAAGGACTAGGAGTCCTAAGACCTAAGATCTGGCTCTGTCACTAACTAGTACTAACCATTTAAGCCACTTAGCCATTTGGACTTGTTCCTTGTAAAATAGAAAAGGGTTGGAGGAGGAGACCATGTCAAAGATTTTAACCAAACTAAAAATGATAACCACTCCAAAAACCAATCAAGCCGCTTCCTCATTTTCATTATATATAAAATACAAAGAAAAAGTCAGCAGAGATATAAATACAAAAATTGTTGCTTATTATCAATTGTAGAGTCAAGTGTCAACATCATTCAACTCTTTTTCTACATGAATGTTTACTTGTATAATTAAAACTTAGTGTGGTGGTTAGGGATGTGGCTGAGTAGTGTTTGCTTAGCATACATAGTGGGCTGGGATTATTGGCACACACCACTATATCTACTTTATGTGTTACTGGGGATCACCCAGTGAAGCGCTTTGCTAATGCTAGGCAAGTGCTTGTTTTTTGAGGTAGAGTCTCATACAGTTCAGGCTGGCATCCAAATCCCGATGTAGTGGAATGGAACTCCTGTTCCTCCTCCACCTCCCAAGTGCTAGGATTACAGGAATGTACCTCTTCACTTGGCTTCTTTTATAGCCTGTTTCTTTGTTTTTTTTGAGACAAGGTTTCTCTGTGTATCCCTGGCTGTCCTGGAACTTGATCTGTAGATCAGGCTGGCTTGGAACTCAGAGATCTTCCTGCCTGTCTCTGCCTCCTAAATGCTGGGATTAAACACGTGAGCCAACAGCTTCCGCCCAGCCCTTTTTGGCTTTTCGAGACAGGGTTTCTTTGTGTAGCCCTGACTATCCTGGACTTGATTTGTAGACCTGGCCTGGAACTCAGAGACCCACCTGCCTCTGCTGTTTAAAGCTTCTTTAACTAAAATCCCCTTTACTTTACCAGCCCCCATACCACACCTTATTCTGAGTTCTAGGTCAGCTGATCTGCAGAATGAGCCAGACAAAGCTATACAGTCTCAAAACATACCCTGTATCGTTTTGTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTGACAGCAGTAACTTCTAGGCCTTCTAAATTTAGTATGCTTGCTAATATACTATGGAGTATATAAATACTAAAGATAAGTTTTTATTACTTGAAAAAATAATTTAACCTACCCTAAAATGCCCCAGAAGCTGCCCTAGGTCTCACAGATGTCATCCATCATCCAGAGACACACAATGAGCTCCTCTCATAATGTCCCAAGTGGCAAAAGCATCAAAAACAATATCACGTTCATATACACAAAGAGACAAAGACATTTTAACTCATACAACCCATTCTCTTTGCAACTTTAGTTCCTGAATTTCAAGATAATTTTTTCAAAAATTCTTTTTAATTGAAACAAGCCTGGCACAGCAGTATTCAGCACTCAGTAGCACTCAGGAGGCAAAGTCATGTGACTCTCTGAGAGTTCCAGGACAGCCTGGTCTACACAGAGAGTTCCAGGACAGCCTGGTCTACACAGAGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATAGAGAGAAACCTTGTCTCAAACAAACAAACAAACAAAAAGCTTGTAAGTAACATAACTTAACTCCCATGGCCACCACTTAGCCCTCTCCCCCACCAACCCCACTGCTAATCTCTTATTCCAGCCTTCTCTCCTTTAATAAATTATTTTGAAATAAATCTCAGGTATCACACCGTTTTAATTATAAAATTCCTTATCCTAAAATATCCTGCTCAGGGGCTGGAGAAGTGGCGTAATGGTTAAAAGCACTGGCTGCTCTTCTGGGGGCCTAGGCACCATTCCCAGTACCCACATGGTGGTTCAATCTACTGTAACATGTTCAGACATACAAGCAGGCAAAACATCTACACACATAAAAAAGGAAAATAAATAATTTAAACTCCTGCTCAATTTTCCAATTATCTTGTCATATTTTTCAGGCTTGAGGAAAACAAACAAGCCATCACTTAAATAAGGCCCATAAAATGCAACAGGCTGATATATCTTCTAAAGATTTCCTACCTTTTCCCTACTGTAATTATCTGTTAAAAAAAAAGTTTCTATGATATATAGAAATCACAAAATTATAAAAAATATTTAAAAAATAAAAAACACCAAATTCAGGATAGCAATAACTTCTGGTAGTGGCAAGGAGAAATGAATAGCTTCGGTCTATCTGTAATGTTTTGGTATTGTAATGAGTCAAGGTCTCATGTAGCCCAGGCTATCCTGAAATTTGCTATATAGCCAAGGATGTCCTGACTCTCCCTCCTTGTTAGCCTCACAAGTCCTAGAACTACAGGTAGTATACCTGGATTTTTTTTTTAAATCAGTAGAGGTAGACTATAAACCTGGAAAGTAAGTA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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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inserted results of aos runs
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Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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