High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 47855
Chr: 7
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ425e10 : RP24-319O24 : RP24-204I17 : RP24-180M5 : RP24-240L7 : RP24-83E3 : RP24-312M8 : RP24-229D2 : RP24-323E14 : RP24-185N19 : RP24-344L20 :
Instance: Plate 67: Well A07: BACs RP24-240L7 RP24-180M5 RP24-204I17 RP24-319O24
Instance: Plate 104: Well H08: BACs RP24-240L7 RP24-180M5 RP24-204I17 RP24-319O24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 120426111 120426160 50 CTAATCATTTTCATTTTTGGTTATGCTTTTCTGGTGGATGTTTTGGACTA
U5 120430637 120430686 50 AACTGCCCTTGATAATGCCATCTCTACTTCTATAGCTCTTACAAATTGGT
U3 120430719 120430768 50 ATTTTTGTGCTTCTGTTAGCTATTAGTTATTGCTTGATTCTCCATTGGTA
D5 120431410 120431459 50 CTTATGCAACAAGATAGGAGAGCGGCACCAAGGTATAAGGTATAAGGAAT
D3 120431537 120431586 50 ATGTTGGCCTTTAAGCTGATTGGTTCAGAGAATCTGGTCAACTACAAGGA
G3 120436325 120436374 50 TATAAATACATAGGACAAATGTGTACTCTAACAGGTAAATGAGTTTCAGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 120222609 120222685 77 GGGGATTATAAAGGAAAAACCTGCAAGTGGGGATTTCTAAGCCTTGATGTTACATGATTGGGTAAGAGGGTAAAAGA
G5 120217260 120217309 50 CTAATCATTTTCATTTTTGGTTATGCTTTTCTGGTGGATGTTTTGGACTA
U5 120221786 120221835 50 AACTGCCCTTGATAATGCCATCTCTACTTCTATAGCTCTTACAAATTGGT
U3 120221868 120221917 50 ATTTTTGTGCTTCTGTTAGCTATTAGTTATTGCTTGATTCTCCATTGGTA
D5 120222559 120222608 50 CTTATGCAACAAGATAGGAGAGCGGCACCAAGGTATAAGGTATAAGGAAT
D3 120222686 120222735 50 ATGTTGGCCTTTAAGCTGATTGGTTCAGAGAATCTGGTCAACTACAAGGA
G3 120227474 120227523 50 TATAAATACATAGGACAAATGTGTACTCTAACAGGTAAATGAGTTTCAGT
G5_U5 120217260 120221835 4576 CTAATCATTTTCATTTTTGGTTATGCTTTTCTGGTGGATGTTTTGGACTATGCAGGCTGCCAAATCTGACCATTTTTGTTTTTAGCATCAGAGTCAGACAAAGATATAGTCCTTTTGAGTCTTCAAATTTCTGTATTTCATTAACTTTTTTTTCCTTTTTTCAAGACAGGGTTTTTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAAAAATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATATGCCACCACTACCCAGCCATTAAGATCACTTTTAAAAATAATTCTTGAATTTATTTTGAACATTTTCTTCTTCCTTCTGGGACTAAAATGACATGTACACTAGATGCTTTGCATTGATCCATGTGTCAGTGAGGCTGTGTTCAACTTCTTCCAGTCTTCTTCATGATGCTGCTGAGGCTGGGCAATTTCATTGATCTGTCTCCACTACTTTCTTCTCTATTACCATCAGACTGTTATCAGATGAGGTTTAATTTGAAGTGCTAGCCACTCCCTGTCTTTGCTCTTCTTTGAAACAGCTTTATAAAGCATCAAGAAATACAATGTACCTTGCAGATATACCATCTGTCTATTGAATGTATATGAATCAGTGGGTTTCAGTGTACTTGGAGCGGTACAAGTACTACAGCAGTGGGTTAGAGTTCACCTCCAAAGAAGCTGTCCGTGGTCCTGACGCCATCAGGGAACACTAGAATGCTTCCTGCCCTCTAGACTGTCCTGGTTGGATGTACATTGTGCTGCTTGTTCATCTAACATCACCCAACTTTTCATAGTAAAAATTTATAAAATGCCAAAAAGATTTTGTACCTGAAATATCCATTAATTACTCTCTTGCCAATATTTAAGATAAAAAAGAATCACAATATTTGTAATAGATTTTTGTCTATATAAAGTAGCATCTCACCTCACAAACAGAATTACTGAATGTTTTACTTAAGCAGACAATTTTGTCCCTCTGTAGTTCGAGGTTTTCCTTCAGAAGCAGAGTTTGAGGAGTACATTCTCTTTGATAATATGTCTCAGAAAGTACTGGCTGCCATTGTTTTTGACTGTGGCTTCAAAAACAAAAGTGATCCTCTGCCACTTCAGGTAAGAAAATTTTATTTTAGGTTTTCAAATAAGTAGTGTTCCTATAATAGTACCTTTACCTTCTAGGATTTTTAATGAATTAATTACTATTAGCCCAATTTTACAAATGGAGAAGGTATCATTCCTGAAACAAACTAATAATATGTAATAAAGCAAGAATACTAATTCATTTTTGAGTGAGTTAATGTCTTTGCATGTATTACTGATTATAAGAGAGTGGGATTTTTAAGTCTTCACTATCAACTTGACTAGACTTAGAATCACCTAAGACATCTGTGAAGGTATTTTTAGAAAGGGTAAAATAAGGGGATAAGAACCACCCTAAATGTGGAGAGTAATGTCTCATGGGCTGTACAGGGGAAAGGAGAAAGCCAGCAGAGTCCTGCCATTTCACCTTTTCAAGGTTTTGGCTATAGTGTGAACTACTCTGCTCTGCCATGCCTTTCTTTAGCATCTGAAACTGAGTCAAAATAAATCTTTAGTCCTTTAAATTGTTTCTGTCAGGTATTGTCACAGCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGGAGAGAACTGTAGACTAAGAAGAAACCTTAAATAACCAGCACTTGTATTTCATACACAGTGGCAAAGATGTGTTTTAAGTCAGAGGCATTTTTATTGGTAGACAACTGAACTCAGAAATCCCTTCTTCAAGTAAGAAACAAAATATAATTCCTTTCATAAATCTACAGAAGACTTGTAGACTTAAATGTATCAATTCAACCATATGGTTTCAGGACTGAAGAGGGGCTGATGGTGTCTACAGAAAGACAAGGAAAGAGCAGTGCTTTGAATTTGGAGTTCCTAGAAAATTTTATAGGCATCCTATCCTGGTGGTTGTAGAAATAAGTGACCAGTCTGTAGTACCTAGAGATTGAGCCACACATACAGTTTCTAAAGCAGGCACTTATTGGAAGACAGAAGTAGGATCTGTATTGTCTTAATATCCCTTATTTTGTGGCTCCATTCAACTATGCCAGCTTTCTTAGCTTGGCATAAAGCTATATATCCATTGATGTGGAGTTAGGTGCATGGGCATTAGCATACATTGGCCCAAAGTATCTTCAGTGCCATGCCAAGTGTCATTCTTGCTACCTACAGACTCTTCTCAAATCTCAAATCTTTGAATGAAATTCCCAATGCTAAAATTCCCATAGATTTTCTCTAGTGCTTAGTCTATTTTAATAATCTCTCTAGAATCTTACTTACTTACTTACCTACTTACTTACTTACATGTATATGATGTGTGTGTGAGTGTAGGCACTCAGCCATGGCCACAGCATACACATGGTGGTCAGGAGACAACTTTGGGGAATCAGTTCTCTCCTTTTCCCGTGGGTTTTGGAATTTAAACTTGGTTCTTCAGGATTGCATAGCAAGTGCTTTTAACCCCTGTGCCATCTTGACAGCCTTTTTTGATGGTTTTCTGTGTAATTCTAATAGGTCTGCCTTCATGTTACTTGACCTTTTTCTCTTACTGCTTTTAATACTCTCTTTATTTAGAGCATTTGTTGTTCTGATAATTATGTGTCAGGAGGAATTTCTTTTCTGGTCCAGTCTACTTGGAGTTCTGTAAGCTTCTTGTTTGTTCATGGGCATCTCTTTCTTTAGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATAATTTTGTTGAAAATATTTACGTTGATAATCTTCATTCTCATCTATACCTATTATCCTTGGGTTTTGTCTTCTCATTGTGTCCTGGATTTCCTTGGATGTTAGAATCTTTTTGAATTTTTCATTTTCTTTGACTGTGGTGCCCATGTTCTCTATGGAATCTTTTGCACCTGAGATTCTCTCTTCCATCTCTTGTATTCTGCTGGTGATGCTCACATCTATGGCTCCTGATTTCTTTCCTAGGTTTTCTATCTCCAGAGTCGTCTCCCTTTGTGATTTCTTCATTGTTTCTACTTCCATTTTTAGATCCTGGATGGTTTTGTTCAATTCCTTCACCTGTTTGGTTGTGTTTTCCTGTAATTCTTTAAGGGATTTTTGTGTTTCCTCTTTAACTTATGCCTGTTTAGCTGTGTTCTCCTGTATTTCTTTAAGGGAGTTATTAATGTCCTTCTTAAAATTCTCTACCAGCATCACGTGATATGATTTTCTATCTGAATCTTGCTTTTCCGGTGTGTTGGGGTATCTAGGACTTGCTTTGGTGGGAGTACTGGGTTCTGATTATGCTAAGTAGTCTTGGTTTCTGTTGGTAAGCTTCTTACATTTGCCTTTTGCCATCTGGTAATCTCTGGTGTTAGATGTTCTAGCTGTCTCTGGCTGGCATTTGTTCCTCCTGTGAGTCTGTTAACCCGTGTCAGCATTCCTGGGAGACCAGCTCTCTCCTGGCAAGGCCAGTGCACAGAGGGCTGTGGAACAGCTCCACCTCCTGGCTCCAGATGTAGGCCTGTAGGACCCTGTCCTAGAAGCTCTGTTGCTTCTGTGGGTGCACTCCTGTGTGGACCCGCCTTCTCCTGCATGTACCCACCTTAGAGAGTGCTTTCCATTTTATTAAACAAATAATGTTCCATGTAACAAGCTTTGATTAAAGGGTTTTTATTTTTAAAAATTACACTTAAGAAACTGAATCGTGAAGACTTAATATTTAAAGAAATTATTTATAAAGCATATTTGTGATAATATACTAATATCCAAGATATTTGAAAAGTCCTATAATTCAATAATAAAAATTTTAATTTGGGGAATGTTTATAAAATTAAACAATGAGATACTACTATCAAACACATGCATCATATATCTTATATATATATATATATATTAACATATTTATTTCCTGCTTTTATTCCCTAATCTGAACTCTAGACACTATTTCCCAATATTGCCAGCTGAATGGTGTTTCTACATTCTCTTTTTCTTTCAGTTAGTGGGCATGATTTCTGGTTTTTTTTTTCCTATATCTTGAACAGGTGCATAGCACTCTGTTCTATGGTGATGTCATGGTTTGATCCATCTCATAGATTGCCATTAAGGTAATTCTTATATATTTAGACCACAGACAACATTATAGCAAACTTGCTGTTCAAAATTAATTTATAATTCAAGATTATTCAAATCTGTTTCTTTAGAAGGTATTTCTGAGTTGATCAATAATTGACTGCTGTGGTTTCAGAGATTGTTGTGAAATTAACTCATTAAAATATAATAGCCATTGAACAGTATTAGGAGGTAATCAGGTCATGAGGACTCTACCTGATAAAAGAAGAGTGCAGTCCCCTTTTGCTTCTGTACTTCTTTGTCTTTCACCCCTAACTATATGAATCAAAGGACGTCTTTCCTTCATGGACCATTTTGTAAACAACCAGCAAACTGCCCTTGATAATGCCATCTCTACTTCTATAGCTCTTACAAATTGGT
U3_D5 120221868 120222608 741 ATTTTTGTGCTTCTGTTAGCTATTAGTTATTGCTTGATTCTCCATTGGTATGCCATTTTTCATTCATCCTACAAGGATTGGATTCATGTGCTTGTTTGTCTATAGCTCTGCAAACATTCATTGTTCAGCTTTTTATTTTGCCAATATAAGTTCAAAGAGTAGCTTATACATCTATAGTATAAATTAACATTTATTTCATGTCCTTGAGAATCTTTTCATGCTTGTCTTTCAAATGAATCTAGGGAGCGTACAGTCTCTACCTTGCTCACTGTGCATTCTAGGCATTCAGAATTTATCAGATTGGTTTCATCTCTAAAGTCACTTGGTTTTCTACTGGGATGTAACTTTATTGGTTTTCAACATATATGACTTTTTATTAATACTTTCAGGTAAAATATCACTTGCGTTTTGTTGGTGCACAGAGGACCATCTGGTGGCCAGACAAGTTAGGCTGGAAAACGAGACTTCTCTTTCCTAATCATCCTTCTATACGACCCAGGAATCCAAATTATCTTGATGGAGGAAGTCCTGGTAAGCAGGTCCTCAGCATGCTTATTTTATCAAGATGGTCACAAGCTACTACTGTTATGCCCGGATTTCGAGACCCCCTAAAGAGACCACCAGGAACCACAACTCCAGGGCAAGCACAGGAGAGTCTTTATTCAGGCTCAAGCCTGGACCACAAACCTTCCTTATGCAACAAGATAGGAGAGCGGCACCAAGGTATAAGGTATAAGGAAT
D3_G3 120222686 120227523 4838 ATGTTGGCCTTTAAGCTGATTGGTTCAGAGAATCTGGTCAACTACAAGGAGGGGACCACACATCTAAAAGAGGAGTATCTTGACTCATGTTTCCCACCCTGTTGTTATCTGCTGGCCACAGCTGTCATGTCTATTTTGCAACTGCCAAGAATATCTCATGGTTTTTCTCAGAACTTAGGGGTGGGGACCAAGTGACTCTAAGGACAAGTTAGCTTAAAATGGAATCTGAAAAACAAAATGGAGTTTGTTCTGCTACTTTAATCCCTTCAGTACATGTATAAACATATACTTATGTTTAAATATTTATATTCATTTAACAAATGAGAAATGTTTACTCTTAATGGTAATTAAAATTTATATTATAGCAGTCTTCGGTCTTTACTTTTGATAAACTTATATATCTTATTGTATCCATCTTCAGTTCTCATATCCGTATAAACATATTTTTAAATTTTTTGTGTTATTTAATTTAATTTATATCCCAAATGTTGCCCCCTTCCCAGTCTCCTCAAGCAGAGTTCTTCGCCCCATTTTTACTTTTATTCAAAAGTATTCACTATATATGTGTATGACTGGGGTCCAGTATGATAGTTCAGTATACACCTACAGTGTGCTACATCAAATCTTACTTCTTGCCTATCTTCCATAATCATAGTTCAATATTTAGATTAAATTTATTTAATTAAACTGAGAGTACAAAGTACTTGTTTGTCTATGTGTATTACTATTTAACTCAATAAACTCTTGTTATACTCATGTTGCTGCAAAGGATATGATTTTTAGGTAATCATTGCATGATGGTTATTGACACCCATACTGATTAAGACAATTAAAAGTTTTGAGTTCTTTTTATTAATGGCCAGACCAAGAGCAAGCTCCTGCCTCTGAAAAGTTTGGTAGTTCCCACACTGAGTACGGCATTTTTAAGACAAAACTATAATTACATCAGTGTTCAAGAGGAGTTACTTTAGTGAGGAATTTACAGGGAACTAGTAACATCTGATTGCTGTGCAAGTCTCTGTAATATTTTCCAGACACAGCATAATGTGTTTGGATCATGGTCAAGGTCATGGATGGTCTCTGAAGCACTACTAAGGCAGAGAAGGCTGTTTGAGGGGGTAGAAGATATGTCTATAATGTAACTACATATGTACATCCATATTCACACATCTGTTGGTACACATGTGTTCTTGAGGAGGCCTGAGGTTGAATTTGGGTTTCATCCTTTATTTTTCTCTTCATCTCTTGGAATAGGCTCTCTTGATGAACTCATAGCTTGCCATTTCAACTAGGGATATCCATGCCCACCTCTTGCATGCTAGGATTATGGGAAAGCTACCATGCTTGCCTAGTTTTATCTTGAATCATAGGCATTTGAACTCTAGTCTTTATACTTATTAGTAAGTACTTTTTTCTACTACCCTAGCCCCCAGTTTCTGATTTTATCTATGCTGTACTTTATTGAACAGAAGTCTTTTGTTAATATTTTTTGCCTTTTTGTTGTTTCTGGTTCTGGGATTCATTCCTTTTTGAAGTCATGATGTTCTCGATATTTAATTATATTGTTATTGTTCTTCTAACTAGAAATTTTATAAGTAGAAAACTTAGCAAGCTTGCCAGTTTTATTAATATTAATATTTTAATTTGAGAAAGATAAAAATCATATTTAGCCAAAGAAGTGTCTTTTTATGTCAAATCTGTGGTAGGTTCCATGTATTGAAAGCTAAGAATTCCTTGCATTTCTTTCTTCATATGTCTAAGTTGCCCCTTAGTCTGTTTCACTTGACCATGAGTTTCTTTATACAGGGTATATTAAGGAAGGATTCCTGGCAGTACAGCATGCTTTGGACAAGAGCATCATGCTGTATCATGAAAGCAGTGCTGGGAAAAAGCTGTTTGATGAAATCGACACTGTGATACAGAGGTTTCCATACCCAAGTCATCCTCAGGATAAACTACTTTGGATTTCCAGTCCTTTCATCCCATTAATGTTCATACTCATGTTCTCTTCCATTGTCCTTTCCATCATGCGATCCATTGTGTTTGAAAAGGAAAAACGGTTAAAGGTAGTATCGTTTTCTGTTTAAAAAAATATGTGCATCTCTATGTATGTATGTATGTATATGCGTACGTACGTATCTACCTACATGTACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGCCTGTGGATATCTTTTGGAAAGTAGGTTACCTCCATGTATGTATTCAGCATTGCTGGATATTGGTCACCTTCCAGCAGAGCATCAAGAGACCTAAGTATAGAAGCATGGGTCCTGATGATACTCACCAACTTCCCAAGCTGGAAAGGCTTCAGAGACAAACTTAAACAGGAAAGCAACATAAAAGAAAACTCTAATTTTCTAGGAGGAGGACATAAAAGATTACTAGATGAACTTGAAGTCTTTTATACCTAGAGCAGCAATGAATTTCAAGTACAACCCAGTTGAGGGATAAATTAATGTGCGTCCCAACACCTAGTGGTCCATTAACATTAGAGTCTGTTTACTTTCACAATGTTCAAGTTCTTAACAACAACAAAAAGTTCCTAAACAAATGAAGAAGCAACAAACAGGAAAACAATCCAAAGAAGCAAATTGATCATCAGTACTAGACTTAGGTAAGAAACAGATGTTGAATACAGGGGACGTTTCATAAAGTCCCACACCTAGGTGAAGAGTCTCAGCCAATCAAATGGCTGCTGAGATAGAAGCAGGTTTTTACCCAGGGAGAAGCCTCCTGGTAGGTTATCCAGTCCCATGTGCTCTGCCCTAAATACCTGTACTTCTGAGCAACAACTGAATGTACTCAGAAGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTTCATATGGTGGCTGTTTCAGAAAACAGAAACTAAAGCTAAAACTAAAGAAGTAGTCATTAATTTCAAAGGAAATAGAGTTGGACACAGAAGGAGCTGGAAAGGAAAGAAGGTATAAAAATTATGTAAATATTATAATATTCATATATGAAATTCTCAAGAAAATTAAAGATACATTGATGTTGGAAATATCAGACAGTTTAATTGTGGTTAGTAGTCTAAGCTCTGTAAATAAAAATTAAAGATACATTGATGTTGGAAATATCAGACAGATAGTTTAATTGTGATTAGTAGTCTAAGCTCTGTAAATATTGAGTTATCCACAATTCTTGGGGGTTTGTGGGTATTTTTTCACATTTTTATTTAGTGTATATACCACCCACATGTGCCATGGCATATATAGAAGTCTGCAAACAACATGTAAAAGCCAGTTCCCTCTACCATGTAAGTATTAGGGGTCAATTTCAGATTGTTATGCTTGGCAGGCGTGACAAGCATGCATTGCCTGCTCAGCCATTGCTCCAGCCCTAGAACTCTTCATAGCAATCCTAATTTCTCAGATTCACTGGAATCATAGAGCTCACATATAGCTATACTTAGTATGTACCTTTTTTTGCACTGTGGTAAAGATACAGAAGTGGTCAAAGCACACTTTATAATTGCATGAAAACAGCTCTATGTATCCTCATAATTGAGCGTTTCAAAATAATATATCTCAACAGTACTTAGGAATGCCTTTAACAAGTTTATCAGTAGAAAAGTAAAATTAGGAAAGAACTAAAAAATGAGCACAAGACAGAATTACAGAAACTGAAACATAGAGGAAAATGTGCAGTTCCAGATGAAAGCATCCAAAAAGCATAGAACAATATCAAATGATGTAACATATGTAATTCGATTCTGAAAATTGAGAGAACAAAGCAAAAGGAGTTAAATACACTTGAAAAAGTTTCCAAGATTAATAGTATATATTAAAACTCAGATGCACGAGGCTCAGAGAATACAAAGATAATATTGCATAAACGTGTGTGCACATACACACAAACGCACACACATTCTTACATATGTATATTTACAAGAGGATGGGGGTAAAGGGCATAAGTAACACTAAAGATGTGTTGGAAAACTCATAAAATTAATTTTAAAATAATAACTTAAAATGCTTTTCATTTTGTAAATCCCAGATGTAGTATTGAAAAATATCTCTGAACTAAGAAAAACATATATTTTAAGAGAAGTATGAACCTTGCTTACTGCAGAATTTTGATAGACCTCTAAGCCTTGATTTTTCTCATTCTTAAAGTAGAGATAACGTTAACCATTTTTACAGACTTTGTAGTAAAAATTCAAAAGTTGTGTGTGAAAGCATCATGAATTGCCTGACATATAAAATGCTTGATCTGTGTTGACAATCCTACAGGAGTACCAGCTCATAATGGGGCTTAGAAATTGGATCATCTGGATTGGTTATTTCTTCACGTTCTTCCCGTTATATGTCATCATTATCCTTTTGATATGTATATTACTCTTTGTCCAGGCAAGTATCCAGTTTCATGCTGTCTAACAGATATATAATTAATTGCTTATATAATATTGAATTTTTACTAGCTATAGAAGTTTTTTTAAAAAAACAAACATAAGGAGAAAGAGACAAAATTCTTTTAGTGATATGTTTAACTCAGGTCTTTAAAAATATTCTTTTACCATATAACAATTTTTAAAATAGTGTTTTTGTTATTTTAAAAATCTAATGTGTTTTGTGTTACTGTACATCCCAATTCTGACATGAAGGTTTTTAATGGAAAAATATACTATTTTTGACAATACTATAGTTTTTATTTAAATTTAAACTGTGTTCTTAAAAATAAAATTGAATTCCATAGTCATTCAAGCTGTATTTCAGGTGTTCTATAAATACATAGGACAAATGTGTACTCTAACAGGTAAATGAGTTTCAGT
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done inserting candidate regions
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finished running aos
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inserted results of aos runs
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Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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