High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 47610
Chr: 11
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ304p03 : RP24-92O17 : RP24-72J21 : RP24-393C15 : RP24-264D11 : RP24-100O9 : RP24-100I13 : RP24-116G10 : RP24-142M14 :
Instance: Plate 71: Well G03: BACs RP24-393C15 RP24-72J21 RP24-264D11 RP24-92O17
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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15_E_15 97672019 97702856 30838 GTTACCTAGAGAATTGTCTGTATACCTTTATGGTTATATTCTAATAACAAATTTCTATTATTCCATATTAGTAAGTACATATTTTACCTGATAGTTCATCTACAAGACTGATGACATCATCTGCTGTCCAGCCTTTGGCACCTGTGTCATACAGTAACTTAATGGCATTAGCCAAACCTTTCAGACTAGATTCATCTGTAGGTCCTTCTATCATTTCCTGCCAAATCACCTGCCCTGGATTGGAACAAAGGGTAGAATATGATCAAACAGATGGTTTTGTGATAAAGACTTGAGGAATTGTTTAGAATGAAAAGGATTATACACTCCTATGCCTGGGAACAGCACTGAGACTGGCTGAGACACGAAAGGGAATATGCATAGCCAATAAATCTTGTTGGCTACAGAGCCCTCAGGACTTATCATGCCACCCTTTCAAATGGCAAGGGTGAACATTTATATTACAGCTTGGTTATAGAGTCCAAGCTAACTGATAAGGAAAGACAGAGGCCTTACCTGCTCAAGCAAAATGCAAAGAATCACCTTTAGCTGCTCTGTGCATAGTGCACAGTCCATGCATGTGTTAATGCAGAAATGTACATTATCTTTGAAAATTTATATGTTCACAAAGAAAAGGAACCAAACACCAGTAAAGTTAAAGCAGCAAGATTCACCCTCAAGGATGCTGAAAAGAATGAGGAGACACTGAGATGTATTTATTCCAGCATCATGCTGATCCAACCTCAGACTGCCTCAGCTACTGTTTCATCAAAACTTGCTTCTAGGACAGCTTCAAAGCAGCTGACCCCAGCAACCCAGCCTCTCAGGCTGTTCCAGTCAGTTCTTCAGTTGCACTTTTATATCACACAGAGACTGGACAACCAATGTTACAGCTAGATTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTTCTTTTCTTTCTCTTTTCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTTCCTTTCCTCTCTCTCTGTTTCTCTCTCTCTGTTTTTTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTCAAGACAGTATTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGCCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTACATCACCACTGCCTGGCACAGCTAGATTTCTTTCTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGTAGCTAGATTTCTTAAGACTGACCAATATCCCAATTTTTAGGGCCTCCCAAAGAGAGGTCACCCCCAGACAGTAGGAAGCAATTTTAAGAAGATGATTCTACATTCCCAACAAAGGGATAAGTGGCTTTTGGTCATTCAATGGATGATGAATGTCTGTTATCATTTTAGGAGGGTCAGTCACAAGTTATTAATGGTCTTGGTCAGGGATGATACAAACTAAAAGAAGTTAGATTCAGGGATTTCTCTCTTTTTCTCTCCTCTATTCTTTTTTCTCTCCTATCTAGTATTAGTGAGGAAAAGAGTGAAAAGAGATAAAAAGGAAAAAGGGGTGATATAGGCATGATAGACTAAAAAGGTAGATTATTAAATCTACTTTTAAACTAAAGAACACCAACAAACTAAATATTTTACATTAGTATGAATTTTGTATATTGATAGGAGTTTAAGGTAATTTTTACTATAACATACTATATGTATGTTTCAACTTTTTTTTGGGGGGGGGGTTTCTTTGTAGGCCAGGCTGGCCTCAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACTGCCTGCATGTTTCAGCTCTTGTATAAGGTATTGTACCTATGCAACTTATTTAAAAATGCAATGTGATGTTCTAGCCCTTTTGAAAGCTGCTATTACAAACTGTTTAGAATAACTAAAAATTACTAGTTAGTCAATCAAACTTATGTTTATGTTAGGTACTAGTATAGTTAATTACAGAAATATGTTTCCTAGGTTGAACAGATAGTAAATAGCTAGTAACAATGTTTGCCTGTTCAGTTATACTATATATAGAGAGATAGATGGTCTTCAAAAACTTCAGAGATGTACAAAATATGGCATTTTAGGATGTTTTATTAATAAAAGGCTTTTTAGACAATGAGACATCTCAGCTCTTAGTAGCACCCCATTCCACTTCAAAGAAGATGATGATGAGTGTGATGGTTCATATACTCTCAGTACAGGGAGTGGCATTATTAGAGGATGTGGCCCTGTTGGAGTAGGAGTGGTCTTGTTAGAATAGGTGTGTCACTGTGGGCGAGGGGTTTGCCTGGAAGCAGTCTTCCACTAGCTGCCTTCAGATGAAGATGTAGAACTCTCAGCCCTGCCTGCATCATGCCTGCCCAGATGCTGCCATGCTTCCTCCTTCATGATGATGGGCTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCTTTTATATGACTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACAGCGAGCATCAAAGAACCTTCATAAGCTAGTCCTTCATAATTCCTTCTTCACAGAAAAGTCTGTTATATACTGGGCCAGAAGGCCGAAGAGTACTGTGCCCAGAGATCTGGCTGCAGTCTGGATGTAATGTTGTATAAAAATTGTTTTCCATCACCTCTGATTGATTAATAAAGATCTGATCAGCTAAGCCAGTCCGTAGAGGAGGAAGGTGGGATTTCTGATCCCTGAGAGGGTCTCTGGTAGGGACCAGAGAGAGATAGGGAGATTCATCACGAGAGATTTACCATGAGGAGGTCGCAGTTGCCATGAGGACACCCATGAAGCAGGAGGAGCCAGGAAAGACTAAGTTAGCAAGTAATGGGGCAGCTGGCTGGGTAACCATATACAGGTTATAATAAGGTTATACTATATAAGTATCTGCCCAGCTATAGTGCCAAATAAAGCTTATAATAAATATAAGGTCTCCATGACTTTATTTGGGAGCTGGAGTGGGCGTAGAAAAGCCAGAGTTACTTCTATATATATTAACATATCTTTTTAATTTAACTTTCTTGGTACTAAGGATTATAGAGATTTTGTTGATATTATTACATATGTATGAATGTTTCCCCGAATATATGTCTGTGTATCATATGCATGCCTGGTGCCACAGAATTCAGAAGAGGGCATTGGATCTCCTGGGATGGGAGTTACAGGTGATTATGGGCCACCATGTGGGTGCTAGGAAACAAACCAAGGTCTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTGACCACTAGCCAATCTCTCCAGTCCTCTGTATTAACAAATCCTTATTAAGTCACAACTTGGCTTCATACAAAGGAATAGTGCTTTTATCTACTTATTATTTATTTTATCCTTTTTGTTTGTTTGGTTGTTTGTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACGCCCGACTATTTTATCCTTTTTATGTGTCAGTATGTGTGCATGTGGAAGCCAGGGGTCATTCCGCAGGACTCATGCACTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTCACTTTAATTTTGTCAGTGCTGGGATGACAAGCACAACCCACTACATGCAACTTCTGACCTGGGCTGGGATGAGAGTCAGATCTTCATGGTCATACAGTAAGCACATTACCTACTGAACTATCTTCCAGCTTCACACAGCACTTTTAGTTCAAAGATGATACAGAGTGTAACATCAATTGCTATAATTTTACTAAAGTCAAGTAAAATCCACATGCATCCTTCTAGAAAGGAGCATGGTTCTGTTAGCATCTTTCAAACATTTGTATTGCACTAGAGCCACTCAGTCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCACCAATCTATACACAACATTTTAATTTCAAAATAAAATTCCTGGGCTGCTAGACAATGTGCATTAAAACTGGTTATCTACTGATAAAGGTGGAAAAAAGAAATGTAAGATAATTTTTAACACTAATCTAAGCACAACCTAGGTAACAAAAAAATCCAATTATGAATCTGAAAATCTAAAACTAAGTAAATCGCCGACGCAGACTGTTTTTTTTTTTCTTAGCATCATCCATCCTCCACAGCAGCAAACATGGATTGGAATCACATTAATGTTTGAAATGGAAAAGCAGCACTCAGGTAAATACGAAATGACAGGAACATATCTTGTTCTGTACTAGAGCAGAACAGCGTCTGTCTTGAAGCTTTGGGTATGCATCAGTTAATGTAGTTTGTCTTTGAGATTATGAGGCACACTTTAAACACTAGCAGTGATGAAGCTGAGTAAAGACAGAAGCCTTCCTAGGGCTGCTGTCTGCTCAGTGGATAATGGTGTAATGGTGCTTGCTGTCAAGCCTGCTGACCTGAGGTCCATCCCACAGCTCTACAGTACAAAGGGAGAAGTGATTCCTGCATGTTGCCCTATGACCTCCTCAAACACACCATGTTACACACACACACAATAAATCAATTAATCAATCAACCAATCAATCAATGTACATTTATTTGTCTGTTTGGTTCTGTTTTTATTTTCGAGGCAGAGTCTTACTGGTATCTCTGACTGGTCTGGAACTCAATATATGTCAGAATACAGTAGTCTAAGAATGGAGTCCTGTGAGAA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done inserting candidate regions
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Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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