High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 47477
Chr: 1
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-86F21 : RP24-159B20 : RP24-158B1 : RP24-85O15 : RP24-559O7 : bMQ397l18 : RP24-162L17 : RP24-530A12 : RP24-373D6 : RP24-380N9 : RP24-380O10 :
Instance: Plate 65: Well C03: BACs RP24-158B1 RP24-86F21 RP24-159B20 RP24-162L17
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 164303141 164303190 50 AAAATGATGTCACTGGAATATAAGACATTTTCATTTCATAGATTAAAAAT
U3 164303061 164303110 50 GCACCTGGTAAAAACACAGTCCAAAGAAAGTTTACTTAATATCATAAAAT
D5 164302077 164302126 50 TCCACTCCCATCACGTTTAGAGTATGCTTGCCCAACATAAATTCTTTCTA
D3 164302012 164302061 50 TCAGTTTCTAAATGTAACCTACTTTTATAACTTAGAGGCAGGTCTTGTCT
G3 164297151 164297200 50 TCTTTTTTCCTTATTTATCTATTCTTTTCTTATATATACATACCAACCAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 166138737 166138751 15 AAAGCTCCTTGCACC
15_E_15 166123687 166154865 31179 TTTCCTTTACCCTTCCATGCTTAGGCTCCTTCTGCATTTTAAGGAAGGGCCGTTCTCTCCACCTACAAGCACGGGCTCTAGAGTTTTCCTGCTAATGAAGAGGCAGCAGTTTCGCACCTTGCTAGTGTTTTTAACTGAACTAATGTTTTGCATGCTGATTTGAGGAATAACTTAATTGGAATGTAGCAAATAGTTGTTTGCTTAGAAAATGATTATTTTGGAAAAGGGCTAGGACTTGTAACTCCATGTAAGTTAGATTACTACCAAGCCAAGCAAGTTGTCAGCTTTACCACAAGACAAATCTAATCTCAAGCATTTGATCCCAGATGTAAACTGCTTTCTTGAATGAGCCTGGGAATTAAGCCTATAAATGTTCAGTTGATTCTTTAACACTTGTGTTTTGACCCCATCTCACTGCAGAAAGGTTAGTTTCCTACGCCTGTAGATGAGCAGCTCTGTATGACACGCACCAGTCTGACCCTGCTCTTCCTACAGATGGCTCAGAAGGAAACAGATCGAGAAGATAGCCGAGCAGCAGGCTGTCAAAGAGAGAGCCAGGCAGCTCCGGCTCGAAGCCCGCCGCTCCAAACAGCTACAGAGCAGCCTGTACAGCATACCCGAAGCCAAGGCTTTCCGCTTCACCGACCACTACAACTGAAGCCACCCGGGAAAGACTACATGTGAAGCCGCTGGCACCAGGATGTTGTGTGTTGTTCCCCAGGGGCCCCATGTCTCGGCGTCACTACAGATTGTGGGAGTAGGATTTGCCTTTTGGTGATGCTGGATTTATGTTGTTTTCGCACAAACACAAAATAAATGTCTCTCACAGTGTTGAATGTGTGGTGTCATCTTGTAGTCAGTGCCTCAGACTGATCAGTGAGGAAACTGTTCTACCTTTAAATCACTTTAACATTTCTACCCAGGAAGCCACAAGAAAGGCATACATTTCTTTTTATAGTTCCCATGGTCATTTAAAATTATGCAACAGATGGATGGACGGCGAGATGTCTGTGGGTAAGGACACTTGCCACCAAGTCTGATGACCTAAGTTCAATCCCTGAGCTCCACATGGTAGAAAAGAGAACAGGCTCCCACAGTTGTCCGCTGACCATCTCAATGCTCAGTGGAAAGCACTCCCCACATGCCCACCATAAAATAAATGCAATACACACACCTTTCAACAGAATGTTCCATAAGGCTCGAAGAATGACTTAAGTCTATCAAGGCTTTATCCAAAATTCTACTTGTCAAAGTTGGATTTTAATGGTGGTGATATAGTGTAGAGCAAATATTACCTGTTAGTACCATGGAAAGATAATATAGAATTTCTACACTTAATTCTATTTTGTGCATAAAAGTCCCTGATAGTTTTAGACTTGTTTTAGAATTATCATTGTAAATGTTTTATATACTATAATTCTATGACCTTCATGTATCTAAATATATATTTATATAAATTTATATTAATATATTACATATGTAAGAGTGAGTTCACTCACATAAACTCTTAACATGTATTTTACAAGAATTGGAAAATGCTGAGAGAATAGTTTAGTCTTGTGATTGTTAGTTTTGTTTTTGTGATATGGGGGTCTTTCTATGCAGCCTAGGTTGTCCTTGAACTTAAGAATCCTCCTGCCTCTGCTTTGAGTGCTGGGTTTGCAGGTGTGGACCACTATGCTCTGTGCCTATCTTAACTTTTGTAGCACTCAAGTGGTCCTATAGTTCATTACAATTGGTTTTGAAATCCAAATGCATATTGTGTAATACTCAATTTAGGATTGTTTTATGATTTAGAAGCAAAACTGAATGCAGAATATGCACGGTATCCAAATACTTGATCATAAGTGAAGATAATTTGGGAAAAAAAACCCTCAAAGTTCCACCTGTCCCCATCCGGAGTAAATGTTTTAACGTTTAAGGAAATTAAATCTTTTAGAAGGAAATGGGGAAAATCTTAGTGTTGGGTTTGGGAGCAAGAGGAAGCAGGGTATTAGAATGGGACAGTAAAGCAATATTTCTAAATGCTAAAAATACTAAAAAATGTGTGATAGTATAGATGTCATGTAAGATAGCTGGAAAGTGACAAAAAAATATAAATAGCACCTCCAAAGTTTCTCCTAATTGTGTTGAGGTGACTTCAGAAATAAAACTAATTCTTCTACACCCTCAGTCCAGCAGCAGTTAGCTGATTCAGACATTACGCAGCCCCAGCTCTCTGTGTGGTTCCAAAACTCTCCCATTGCTCCTGGAACCAGCCACTTCCAATGCCTCTCCCGCTGACGCTTTCTCTGAGTAGATACTATGTCTATGCATTTGCCTCCTCTAGACATTTCAGAGAGTTGAAAACATGGCCTTTTATATGTGGCTTCTTCTCCTTCGCATGGTGCTTTGGAAGCTCATCCACAGCATAGCATGTGTCAGCATTTAATTCCTTTTTATGGAATTTATTATAATTTATAATTTATTAAAGTCTGTGCATGCGCTCATCATCTGGGCCATTTTTGTCATTTGGGCATGGTGAGCAGATGCTGTGAACATCGTATTTAAGGAACTATTTAAGTATGTTTTCTCTTGGATATATGCCTCAGACCGGAATGCAGTGCACAGACCACTCACACAGTTTGTCAGTGTTTCCCTCAGTGCACACCATTTTACAGTTTCAGTAACAATCCCCACTTCTATGTAGTCTCATAGTTACTTAACTGGTTTGCATGTTCCTAATAACCAGATATGTGTAACTGTTGGCCATTTGTGAACTGCTTTGGGAGAAAGAACTAAGTCATTCAGTTATTTAAATTTTATTGCATTTTTTGGTTACTTGTGTACTGAGAATTCCATACATAGTGTCTTCTGACCACACCTATCTAATCCCTGTACTGCATATGTCTGAACCCCCTTCACAAGACCCCCCTTCCAACTTTATAGACTCTTTTTTTTGTTTCTGATCAGAAAGACAAGTAGGCATACAATAGGAGTCACTTTGCAATATTTCCTACTCATTATTGAAAAAAAAATCAATATTCTTTAGTTTTAAAACACTTTCCTGCCCTTCTCCAGACCCTGGTACCAGTATTTGCCCATTTGTATCTAACCTAGTTCATGTAATATTCATGTCAGGCATCAAGTGTGCATTTTAGAGGTTGAATGTATTCCTTGTCATATGGATTTTATTTAATCATTGATTGATATTAAGATTGTATTTTAGCATCCATGAACGACACTGCTTCAAAAACTTACACAAACATCTATGACAGTGCCCAAGTTCTCTTGGCTATAAACCTAGAATGGTGGGTCAGGCAAGATTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTCCTTGGAACTGGCGCCATCTTCAATGAAAGCTGCTTTCCACATCTGCTGGTAAGCAGAGCAGTTCCAGATTTCAGGCTTGCCTACAGTTGCCATCTTGCTTTTTTGTTAATAGATACTCAATTTTGTTAATAGTCATCTTACCTACATGAAAATGGTAATGATAGCACTTCACTCATTACTGATGCTGACAATCTTCTGATATGCTTCTATTCATGTGTATACACAAATATACATGTACATTTTAGGTAACTAATAATTTGCTCATTTTGCAAGTATGTATGGCACACATACACGTTGAGTGTGTGCGCATACCTGTCAAGGACAGAGGCTTATGCACTGAGTGTCTTCCTTCATCATTTTCCACCTTACTGTCTGAGATAGGCAGGAGTTACCACTTAGCTTGAAGCTCATCAACTCAGCCAGAGACTGCTCAATGAATGTCACTCCCCCGTTTGTGCTCTAAGTGTGCTGGCTGGGTTATAGATGTGTGCTGCTGCACCCAGTGTTTTTTGTGAGTGCTTGGAGATCTGGACTTGGGTTCTCATGTTGTGTGGCAGCATTCTACAGACTACAGCATCTCTTCAGCCTCTGCCCACTTCTAACTGGGTAGGCTACTGTGTACCTCAATGCATGAATGCTTTTCAATTTAGGTGAAATTCCTCTTTTCATTTCTTGTGCTTTTGTTGTTGTACACAAGAAGTCATAGTCAAATTCAATGTCATGAAAATTTCCATTCCTATGAAGGGAATGAAGGGAACCCCCAGCATAAACAGTCAGAGCCACCTGAAGACTGAGGCCAAAGCATGCTCTTCTGAAAGGAAAGGGCACTAACCACAAAGAAATTGGACCTTTATTGCCATTTAAAGCCATAAAAATGGCTCAGATGAGTCAGACAAAAATAGCAGGTTTGACCCCGACGTACACTGATTTCACCAGATCTGCCTTTTGAAGATTTCTGATAGGCACTGCTCCAACTAATTTGTAAAACTTGGTATATTTTTTGATAACAGATTTTTGTGAATATTTAAAGACAAATGAGCACCTTATGATAAATTATACAATATATTTAATACTATATTAAATTGATGGATTACAATTTTCCCTAAAGATCCCTTTCCATCATCATATTAGCAAGCTAGTGTCTCCTGTTGTTCTCCACACCAATATGAGTTGGTGCTTATGAGTTTGTTTCCTTTGTCAAACTGCAACCGTGCAAAGAAAGAACACCTCACCAAAACTAAACAGCATGAACACTTATTGAAGTATTTGTTGTAGCTCTAAAATACTCTTTTGTTTTCCTATTATATGTTTAGAAGGATTAGCCCCTTACCCCAGTGTTTCTGAAGGCCTCTTGTGTACCCACAATGTGACCATAAAGGGACTGCAAATCCCTTTTTCATGCACCCCAGCTCTTCTACCAGACTTGCTCTATAAAGGGATGGACTTTGCTAGCCACACACCGACTCTGCTGCCCTACAGTAAAGCAGCCAGACAGCGGTAAAGGATGGATATGGCCACACCCCTTTACAATGCATGGTTGGAGTTTGCCTGGTTTTGCTTTATGCACCAAAATGAAACCTGCTTATAGTTTATATAAATATATAACAGAATAATAATATAGGGCCTAAAAGAAAGTTATAAAATCTTTTTAGTTTTTTAGCATAAATACTATG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