High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 47364
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs:
Instance: Plate 13: Well A01: BACs
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 49484008 49484077 70 TAATAGCCTGTTTTATCTTTAAATTTTACTTATTATATGTTTATGGTATATGTATGTGAGTACATATTAC
U5 49488128 49488197 70 AAAAGGTAAAGCTGCTCTAAGGGGACTAAGTACAGGACATTTCAGAGGCTGTTGATGAAAGGTGACCAGA
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D5 49488960 49489029 70 GAATGTTAAACATGAGATATTTAAATCTGTTTGTATTTTCATTTGAGCTTGGAGATCACTTTGAGTTTTA
D3 49489193 49489263 71 GTACCAACATTGGGAGGAATTCTATAGTAAAAGAGCAGTAAAAAAAATTACAATTAGAATTTTATTAAAC
G3 49493846 49493915 70 TTTTAAGACCATTAAAACATATAAAACAAAAAATTGAGGTTGGCTGTAGAAAACATGTCACCTATTGATA
Oligos:
Type Start End Length Seq
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U5 49310136 49310206 71 AAAAGGTAAAGCTGCTCTAAGGGGACTAAGTACAGGACATTTCAGAGGCTGTTGATGAAAGGTGACCAGA
U3 49310327 49310397 71 TTCATCACCACTACCACATTAAGAAGAAAATATTCAAGTCACAGGAAATAAGTCTGTGTTATAAATTTTA
D5 49310968 49311038 71 GAATGTTAAACATGAGATATTTAAATCTGTTTGTATTTTCATTTGAGCTTGGAGATCACTTTGAGTTTTA
D3 49311202 49311272 71 GTACCAACATTGGGAGGAATTCTATAGTAAAAGAGCAGTAAAAAAAATTACAATTAGAATTTTATTAAAC
G3 49315854 49315924 71 TTTTAAGACCATTAAAACATATAAAACAAAAAATTGAGGTTGGCTGTAGAAAACATGTCACCTATTGATA
G5_U5 49306016 49310206 4191 TAATAGCCTGTTTTATCTTTAAATTTTACTTATTATATGTTTATGGTATATGTATGTGAGTACATATTACGTGGTTCTACTATGAAAGTCAGAAAATAACTTTGAAATTGGTTCTCACTTTCCATATTCATGTGGATTCAGAATGAGGTCATTGGGTTTGGTGGCAAAGCTAGGTACCTTGCTGAGCCATCTTACCGCCTTTTAAACTTTTCCATTGTGGTGGTAAATTGGAAACAGGGTTTCATATAGGTCAGTAGGAAGCTCAGACTTGGATGACCGTGAACTTCTAAGCCTCAGAGATGGAATGGCAGGCCTGTTGGTTAGTGCCTGAGTTAAGAGGTGCCTTGGAGTGATATGCTAATGCTGTACCCTTGGAGCTATCCCAGCAAGTGTACTTTTTACAGTTTTAAAATTGGGAGCAGATATTTCTTTTTCTACTATGTAGGTTCCAGATATCAAATTCTTATCATCAAGCCTGTTGTCAGGCTCCTTTACCTGCTGAGCCATCACTAAGGCTACAGGGCTGCCCCTTTAAAGGGAAGATCAGGTAGTGCTACTATTTTAGTTACTTTGAATGACCAAGTCACCAGCCAAACCACCACAGATGAAATCCTCATCTATTAAAATCTTTTGATAATTTTAATACTTTAAAACTTGATTATATTAATACTTTAAAATGTTTTATACTTGGAGGGAAATGACGTTTTTATTAGAAGAATCCAAATTGTAGCTTTTTTGTTTGTTTGTTTTATTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGCGCCGGGACTAAAGGTGTGCGCCACACCGCCCAGCTAAGAATCCAAATTGTAAAATGTGGTGCTATTCAACCCAGATTCTTATTACCCAAGTCTGCAGACTGTTGGTATTAAAAGAATGTGGTTTCTCATCTCTACTTTAACAAATGCCCTTGCCCTGTGAGGATAGAATAGTCCAACAACACTGGAATCAGAGTCCTGAAATTTGATTCTCTGATATAGATGTAATTTATCTAGGAACAGATTACCTGTTTGATTCTCAAGATTGTTGTGATTATAGATGGTCTCTAAGAGCTAGAAAATACTTTGTAACTGAAAGGAAGGCATTGCCTGTCTTGTCTTACTTTCTATGGCCAGCCTTAAGTATTAGAAATGAAAACACAACTAATCCTGTCCTAAGGGCCTTCCGTTTGTTGCTGGGCCTTTGTCCATTTTGTTCATGTTGGTTTTGCTGCCTGGATTATTTCTTTTATTGCTTTGTCAGTTCGTCAGTCTTCCTAAAAGTCTCAAATTAGATTTGCATTCTTTGGGCATCTTTTCCTGTTGTCCAGAAACAGTGGTTTGACTAATTGAAAAGAGACATACTTGTCAGGTTCAAACATGATTGAATACTTGAGTATTTCCCTTTTACCAAATAAGCTTCTTAATAGCAGAGACAGTGCTCATTCACTCTAAAATTTCAAGTGACAAGATAATATCAAAGTCTAACAGGTACACTTAAACATGTTGGAAGGATGAGTGACAATAAATAATTTTTAAATTTATCTGCTGCAGCATCAGCTAATTTTCATACTAGCCTAGTGCACTTCTGTATCTTGAAGCTTTTTTTGCATATATGTGTGCTATATGTATAAATACTTGAATATATGTGAAAAGCATAAGTAGAGCTTAATGTCATACGGTATTGAGTTATTGATCAATGCTTTTACATAAAATGGAATATCAGAAGAATGGAGAGAAGATGAATAGTCTCAAGAGTATATTCCAGACCTGGATAAAGAATGAGGACAATGAGTGGGTCTGATAGAGAAATGGAAAGGTTAATAAACTGAAGCTTTTCATAAAATCAAGGAACAAACTGTTAATAACAGCCTAGAGCTGTTTGTATAATGAGGAGTGGAAAGTAGAAGTTGTTTGTCTTGAGGAGAGGACCAGGATTTTGAGAGGTGAAGGCAGGCAGGAGGATGCAGAGGAAATGGTGGGCATTGTGATTCTGGGGGAGCATGCTTGGGGAGAGACATGCTGATAGAATGAGAGATTGTGTTTATGAAGCTTAGAAAATGAGACAGTAGGAGGAGGTAGCTAACCTGCCTTGCTTTATTCCAATATGATGGAGAAGCTCTGTGAGCATGATAACCCTAAATAAACAAATAAACAAAAGTCTGTGAGACCGAGGGGCTTATAATTGAAAGGTATATGAATTTGAGAAATGATAAAAAGAACTTTAAAGAAAAAAAGACTTAGAAGGGTGAGAATGATTTATAGGGCCTAGAGTGTCATTTCCTAGGAGGGAACGTGTATGTCTAGATTATTTCACTTTAAATGTGCTGTTCTAAACATGGATCCTATAGACTGTGTTATTTAGAAGTAGGATATTGTTTGCTCATTGCTGAGGATACTACAGATAAGAATAGCAATTTATGTTACTATTTGATGATCTCTAAATCTCTTGAAGGCTTTGGTTACTTTTATTATGAGCAGCAAGACCTTCTCAGAAATTTATGGTATTGGAATTCTTTAGAAATTTTGGTTGCCAGTGATAATAGTGTACATATTTGTGACTGAAATATTTTTAGGATAACATTCTTTTTCCATTCAGTATCTTTGGATATTTTTATTTAAAAATTGCTCTTCTGATTTTTAAAATATGATTTAAATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATCAAAGGCGTGCACCACCACACCTGGCCGATTTAAAATATTTTTAAGATACAACTAAAAAGCTTTTAGTTATAACAGTGTTTGTTGTTTTTAAAGCATAAAAGTTAGTGGGGTATTTGACATTGTATTTAAAAAAACCAATGACGTGGAGGGGCTCAGCGATTGAGAACACGGCTGCTCTTGCAGTGGAACTGGGTTTCGTGCCCAGTTCTCCTACGTGGTAGCTCATAGTCATCCGTAACTTTTGAGTGACATGAAACACCTATTGCTTACAATGGTAGACTGAAATATTATTGATAATTACTGCATCTCACTTACCAAGCTACTAGGAGCCCATGCTATGTCTGATGGTGAAAATTGGATTGTGCTTGGAATGTGACACCAAAAGGCACACATCACCTGCAAACTGAAGCCATGTATATATATAGATAGTGAGAACATATCACATTTATTTTTCATGACATTATGATGGTGTTCACAAAGTTCATGGTTGAGAACCACTCAATTTAATTATTAAAAATATCAAAAAAAATCTCATAATGTTTAAGTAAGGCTGTGTTTGAGTCACATTCATAGCTATTGTGCCCATTGTGGGACTGTGGTTGTGAGTGTGGGTGTTGCCTATATGGAAGGCATGAATGAAGTTAATATCTAAGTTCTTAGGCTTTATAGAACTTCAAAAAGTAAAATTGTATAAATGATATAATTAAGAATTTGGCTTCAACATATGTAGCCAAGTTCATATATGATTTATCACTTAAAATTATGTGACCATGATAAGTTACTAAGCATATTAACACCTCAGTTACTTTGAGTGCAATATATTTTTTATTTTCTAAAATACTAGTAATCTAGTAGATTTAATTTATTAAATATATATTTATCAGCTTTTTTTTGCTGTTTTGTGCAATTTGGAAATGTAAAAGTTTTTCATAAGGGGCAGAACTACTTGTGCTTAGCAGGTGGATGGACAAATGAGACTTAGTGTATCTTATGTAGCTAATGGTATGGAGGAAAATAAGGCCTTTCAAGAAGTGATGGACAAGCAAATTCTAGGAAGGCCTCTCTGATAGATGAAACTAAAGAATTTCAAAAGTAGGCCATTTGGATACAACTTGAAAACAGGAAGAAACATTGTGGCTAGAGCAAAAGGTGAGAGGTTGAGAGATACAGAGCCTTAGGACTCATTGAGGAATTTATCCTTCTACTGACCCAAACGTGATCATTGTGGGAGTGGCATGACCTGGCTTGCTGTCTAAAAGGTAAAGCTGCTCTAAGGGGACTAAGTACAGGACATTTCAGAGGCTGTTGATGAAAGGTGACCAGAA
U3_D5 49310327 49311038 712 TAAAATTTATAACACAGACTTATTTCCTGTGACTTGAATATTTTCTTCTTAATGTGGTAGTGGTGATGAATACCTCAATTTATTTAGCACCCAAGGTCTATACTGACTATAAACATGTATATATGGTCTTTAAGAATTCTACTTTTAAAAATTGTTATAAAGTTATGATGCTGATTATAAGCTGCAGGAATTAAGGGAGACGGATGGTAATGCTTTCTTGGCTATGCAGAAAAAACCTGTGGTTTAGCGAAGGAGAACTATTCCAAATCGATTTTTGCATTTATCAGTTAACAAAGTAACGTTTAAATAGAATTATGCACGGAGTTAATATTACTAACACAACTTACATTACCTACTTTACATTTTCCAGGAACATCACCTACAGCGAGCTATTTCAGCGCAGCAAGTATTTAGAGAAAAAAAAGAGAGCATGGTCATTCCAGTTCCTGAGGCAGAGAGCAACGTCAACTATTACAATCGCTTGTACAAAGGGGAGTTCAAACAGCCCAAGCAGTTCATTCATATTCAGCGTAAGTTTGCTAATGGATTGTTTTCTCTTTGTAATTTTAAATTATCAGCCACTGAAAATATTCTGTATTGTCTGAGATTTTAAGCTTTTAGTTCATATTCTTTGGTGAATAGAATGTTAAACATGAGATATTTAAATCTGTTTGTATTTTCATTTGAGCTTGGAGATCACTTTGAGTTTTAA
D3_G3 49311202 49315924 4723 GTTTAATAAAATTCTAATTGTAATTTTTTTTACTGCTCTTTTACTATAGAATTCCTCCCAATGTTGGTACATAAGTGGTCACCACCTCCAGTTTTAGCAGTATTTGACGATCTCTTTATTGTAACATTTTTACTACCCTCTGTTTTTCATCCTTATGCTATTCTGTCTTCTTTACAAAGTCTTGCCTTGCCACCAGAGTTGTGTTCCAAATTCTCAGTCTCATGCAGTCATGTTCTTGATTAAAACCTTATTTCCCGTATTGTTAATATGCTGCACACAAGTGTCAGTGTTTCCTATCTTGTCAGAGTTGCCATCATGGTTTACACGTTGGGTTACTTGTTAAGACAGAGGTTCAGGGGACGTCCTGCTGAAGCTCTGCTCTCTGACTGTCCACGGGTATGCTGACTGGAAATGTATATTTGAAAGCACTGGGGATTAGGTCTGGGGTTTGTTAATGCTTGGCATGTACTCTACCCCTGGATTACACCCTCCTAATGATACAAATTGTAATAAAGTCCCCTAGGTAATCCTGAAACATCAGCATATTTATGATTATCTTCCTTTGATCCTAAGATGTCCATCTTTGTTTTTTATCTTTGAATTGAGTTTTCATCTTGAATTCCTATTGTCCCGACTGAAGCTTTTATATACATGTTAACTCATTGCTTTTAAATGATACTAAAAATTAAGCCCTATTGTGAAAAAGTCATTTTCCAGAAACCTCTTTTTGTTTTGTGTTCTCGCTGTACTCAGGATGGGACAGATCTAGGCAAGCACTGTACTACTCAGCCACAGTGCAGCCCTTTCCCTGAACCATAAATATATTTGCAAACATTACTTACGTGATTTGTTTTATCTTTGAATCCTTTCAGTTTTTTGAATTGCCTTTATTTTAATATCAGTGAGAAAGGAGACAGATTTTCACTTAAACATTTTTCCAAACCAAAGAAACAGTTGTTTTGTGTTTATAAATTTTTCTTGGGAAATAAAACACCAAAACTAACTGTAACACATTTGAATCAGCCCCATTCAATAAGCACGGCTCTTAACATTGATCTTTCAGTTTGTCATTCATTTTATTTTAGCCTAAGCTTGTTAACATGTAGTATGTACTGTATTATATTTCATATTATATATGTGGTTTTATATTCTGCCTTTTCCACTTATTTTTCAAATTTTAGGGTTTTGTATCTATAACCTGCCATTTTAAGTTTAGGTAAATTTTTTGTTAAATCGATATTCCACAGTTTGCTCACTTTATAGACCAATTGTACTTAAGGTTAGGAACTCTCAAGTTCGTTTTTTTAATTAGATTTTTAAAAAGAAAGTCTTAAATTTAAAACACGACTTCTTGTAAACCCTGTAAATACAAGCAACCTTAGAAAATGCCACTAATTTTTTTTTTCTTACTGAAGATTTCTAAGTATCCAATCATTTACATTACTAGGAGCAAAAACCTGCATTAAGTATTGACTAAAATCTCCTTCTGTGGTGTAGGTTTGTTTTGGCTGGAGGAAGAGTAAATGCTGTTGGGATAGAACTTACTTAGAGTTTAGACCTTTGAGTCAGTCATATGCGCTCCTACAATTGTGCTTACCCATTTAAAAATGCCTTAGCACCTCTTTATCTGTTATTTATATGATAGACGTTTTAGCCTGCTTGTATAATGTAAAGCCTTTCTCTGTGTCTCACCAACCATGTTTGGCTCTGCATAATGTCACTTTACTGAACTGAATTGAAATTGGGTGTCTTTCCTCCCCTCGCCTCCTCTGCCTTCTAAGCTCATTAGGAGCCTATCCCATTCACTACAGTATAGCATTACCCAGTGCAGTCTGAAACTGCAGTCACAGCAAATTTTGGTTTTCTAATTTCTCTAGCCTTTCACGCTTTAAGCTATAAGAGTGGTGAGCTCTAAAACTTGCTTTATGTATACCTCATTTGCTTGTACCTTCTTAATCCTTTACACTTACTTTTATGATAAGTCTCACTCTTTGTTTCCTGACTCTGTTCAGCAAAATTCTTAGTTCTGTTCACTTTAAAGCCCCCTTCTGATGACTCTCTAAGCCATAAAGCACATTGAGATCTAAAATTCACATTTTAAAAATCTAAATCTCCTTGCCTAGTAGACTATGTAACATGATTATGATTACAATGAAATGTTTGTTGAATAAGTGAGTAAATGAATTGGAAATTAAAAATAAATACACACAAATCATGATCATTCTCAATCAGTAATTTTGCCAGACATAAAAATTATATACAGAGTTAAATATAAGACTAAAGTTAATAACACATACAGTCAAATCTGAAGACTTACTCTATGGCATCCAACTTAGGAATTTAAAAGGGAGTGCTCTTAATCATCAGCAGTGTTAGTTTAGAATAGATGGATTGGGTAGAGATCAGGTTTGATGACACATTCCTATAATACCACCATATGGGAAGTAGAGTCAGGAAGGTTGTGAGTTCAAGGCCAGTCTGAGCTACATAGTAAGAGTCCACCTCATAAAAGCAAAAGCCAGAAATAAAGGATAGTGGTAGAATATTTGTCCAGCATATACAAAGCGCTGGCATATACTCCTAGCATAGACTCCCCACTCCCACCCCCAAGATGCTGAAAGTGGAATAAATCTGGATGTGTTCACTCCTGTCTTCTTCAGTGTCTGTTTTCTGGAGTCACTGAGCTGGTATTCTGAGAATTTACTCATAACCCAAGAGGGCATTCCTTTTGGACTTCGATAAGTTAATTAAATTTAGATCCCCTTATGAGCAGTGGTGGTTACTGTCAGTCAGTTATTTAATTTCCCAATACCCTTTTGTTTACTGGGAAAATATTTTTAATTGTTGTCAAGTGTCAGAATTTTAGAACATGAATAAATTTGAAGTGTTGCATTACATTAACTTGGATCTGCTTTTGCAGCCAGTAGAATGGTTCTTGGTAGCAAGGCTGTGTTTCTTAGTTTAGAAGGAAGGTTCATCTCCTCTTTCACTGTATTCTGTGTCTTAGTTAGGGTTACTTCTGTCATAGTGAGGGGTTTACTGCTGTGAACAAACACCATGACCAAGGCAACTCTTGTAAAGGACAGCATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAAGTGGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGGGCCAGAGGAGCTGAGAATTCCACCTGTTGTTGCAAAGACAGCTAGGAGAAGTCTGGCTGCCTGGAAAGGAGCTAGAATAAGGATCTCAAAGCCCATGCCCACAGTGACACACCTACTCCAACAAGGCCACATCTACTCCCAACAAACCCCCACTCCCTGGGCCAAGCTATATACACCATCACAACCTGCGAATATGTATCTATAGATTACCTGCCCTGCAGAACTAGGAGAGAGTTCAGGATAAAGGATTGGTGAAGTACCTTCTTATTACCTGTCAGGTTGAAAACACACTCAAAAAAGATTGAGTTTTCTAATCTGTTCCTAAGATCCTGAAACCAGAGAAGATAGGTATGTGTGGACAGTTCTTTCACTTCAGTATACTTGGTGTAGGCTGTTTGGTTAAGCTGATCATTTTCATTCTACATGGAAAAAAGGGAAATTTAACACTCAATATAAAGTGGGCTTTCATATTGTTTTTATTTTCAACAAGTAAAATACATGCCAGACTAACATTTAATTTTACTCTTATCCATGCATAATCTTCAGTGTTTTCCCCAGTGAACAAAACTGATCATACATCCTTTTCCTTGAGACAGGGACAAGCAAAATTTTATTGAAAAGAGTTAGGAATGATCTATTTATACTTTGACTGAAAGAGAAAAGGCCAAGGCAGTGACCGAGCTTTGCTGCATTTCTGCACTGCACTAGAATTACCTGTCGGAAAGAATGTCCTTCTGGGCTGGCGCTCTCGTTCGTTCGTTCGTTTGTTTGTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTCCCCTCTCTCCCTTTCTCTCCCTCTCTCTCCCTCCACCCCGTCCGTCACTGAGTATTTGTCAAGAAGTCAGACTGAGTATTATAGATTCTATAAAATGGCATTCCCTATTAAAATAAGCAAGCACTAGAAAAACAGTACCACCAGTTAGAGGCAGTTTGTATTCAGTTTGTGGCACTTTCCAGATTAACCTGGTTCAGGTGTTTAGAAGAATGACTGAGATAGCCAGCATGGCCAGACTCAGACAGCAACTGTAGTTCAGATCGGCTGGTTCTAAAATTCTTGGCTCCGGGTTACTCAGTAACTCCTGCCACCTCCCGAGTCTGACATGAGCTAGATAGAAGTGACAGAGCAGCACCTAGATGGGCGCTGGTTCAGTAAGGAGGGTGTTCCTGACCTAGAAGATGCTACTTAGTAAAGGTTTTTTGGGAAGAACAAAGTAATCAACCCCTTGTTCATTTTGGTAGAGAGATGAAAAGTCTTGAGTTCAAGGAGAATGCATGCTCCTTTGACCTCAGTAATTTGAATGTCTGGTATTTATAAAGAGGGGAATGGATTTACCATCACCTAGATTTAAATATAACAGACTGTCATGAATAAAGCAATCAGGGAGAAAGTAAACACTCTAATAGTTAAATTGCATGTATTGTCACATGTGTTTTAAGACCATTAAAACATATAAAACAAAAAATTGAGGTTGGCTGTAGAAAACATGTCACCTATTGATAG
U5_15 49295136 49310206 15071 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