High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 46765
Chr: 11
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-132N7 : RP24-105E15 : RP24-548F3 : RP24-92H3 : RP24-425J7 : RP24-332F14 : RP24-541I5 : RP24-483D3 : bMQ413k22 : RP24-86C9 : RP24-356N16 :
Instance: Plate 124: Well G09: BACs RP24-86C9 RP24-356N16 RP24-132N7 RP24-105E15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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U3_D5 20115229 20119095 3867 ATGATTTTCCAGTTTCTACCTTTCAGGTGCTTGCTGAGATTATAGGAATGGGCCACAAAGCCAGGAGGGGCTAATTTTACTGGGTGGAACACAACCTTCTCCTGTCTGATAGGGTAGGGGGCTGGGATTTGATTAGCATTTAAGTCTCTTCAGTCCCCTAAAAATAGGAATCATATGAGATTCCTATTTTTTTTTCTTTGGAAGAGGAAGTCCACTCATCAGAGCGACCATGGTGGCATTGGCTACTTCACTTGCGTGAGTCACATGTTCAGCTGTGTATCGAGGCTGCTATTGGCCTCTTCAGGACCTGGAGTCTTCATAGCAAGCCGCTGCTTACTAGCTTTGCTTTCTTGTAGAACTTACAATACAACATGCTTTTTATTAATGTGGTTTTCCTTCTCTTTTTGCAGTGATTATTTATTCAAGTTACTTCTGATTGGCGATTCTGGGGTTGGAAAGTCCTGCCTTCTCCTTAGGTTTGCAGTAAGTTGAAATTAAAATACTTTTTACAAATAATGGTGTGCTTAGCTATACAAATAATGCAGTGTTTTTTGTTTGTTTTGTTTTAGTTAGACAAAAAAAATCAAACAATTTTATATAGTTAATTCTTTCAGAGTTTATATATCAAAGTGCCTAAGTGCTCCCAAATAATGCACCCCACCCCCAGTGGTATCTTGGACTGTTAAATGTTGTTTTTAAAAGAAATTCAAGGGAAAGCTGGGTGTGGTAGTGCATGCCTGTAATCTTTCCACTTGGGAGGTGAAGGAGGGACATCACTTTGGGCTTGAAGTCAGTTAAGAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAAGAAAAAGCCAAGAAAGAAATGCAGTGCAGCATGATGGTAACGTTCATATCTAGTGCTCTTTGTAGACTCTGAGATTCCCATACAGGGGAGAGCAAGGTGCAATGCTTGGCTTGTATTGAAAGTGACCTGAAAAGAAAGACTCAGCCATATTGTAATTGACTAAACATTCCTTTAACTTTAAATTTTAGCTACTCATTTCATAAGCCACTTGGGGCTAGGGGCTATCATATTGCCTGGTAGTTTATGTCATAGTTGAGGGCCATCATCGCAGAATTATCTTAGATGTTGCCTTACAGTTCTGTGATGATCAGTCATCCATTCTGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAGAAGAAAAAAGCCGGGCGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCAAGAGGCAGAGACAGACGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGCTCCAGGACAGCCAGGGCCACACAGAGAAACCCTGTCTCAAACAAACAAAAAGAAGAAAGATTTATTTATTTTTATGTGTGATTGCTCTAACTGCACGTGCACCATTGTGCCAGAAGAGGGCATTAGATCCTATTATAAAATGGTTGTCAGCCACTATGTGGTTGCTGGAAGTTGAACTCAGGACCTCTAGAAAAGCAGCCAGGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAATTTTGAAATTCTTTTTTTAATGAAAGCTTCTTTTAAAATAGTTACTTATTCCATATGGTGGCACATACCTTTAATCCAGCACTTGGGAGGCAAAGGTAGGTGGATCTCTGTGAGATTGAGATCACCCTGGTCTACAGAGAGAATTCAGGACAGCCTGGGCTACACAGAGAAAAACCCTGTCTCCAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAACCAGTTACTTGTTTTTCTGTGTATGTTTACATGGGGTGGGAGCACAGACAAGCACAGTAGCAGGCTGAAGGTCAGAAGACTGTAGGAGTTGATTCCCTCCTTGTACTTTTTGGGTCCCGGGGCTAAACTCAATGATTGTAGGCAATTTTACTCTCAGAGCCATTTCAGGGGCCCTCATGAATTCTTTCATTTGAAATAGAGCCTCACTGAGTATCCCTGGCTGGCCTTTAATTTCCTAGACCAGCATGGCCTCAGATTTTTAGTGACCTTTCTGTCCCAGACCCCCAAGTACTGAGATTACTGGCAAGTTACAAAAAAGAAACACTGGTTAAAAAAAAAAAAATTGACAAGCAACATGATAATGACCCCCAAATGGAAACTACCTAATTCTTTCACAAACAGAATGTACCAATGGGCTTGTATTCAGCTGCCAAAAAGGACTTAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGTGGCTGGTGAAATGAGTCAGTAGGTAAAATGCCTGCTGCCAAGCCTGATAACCTGAGCTCTGTCCCCAGAACTAACAGGGTGGAAGGAGAAAGCTGACTATCAAAGACTGTCCTATGACCTCCGCATGTACAAACTAGGCATGCACATGTCTATACACATACACACAATAATTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTATGTACCCTTTGACGAACTCTCTATTATAGTCCAGGCTGACCTTAAATTCATAGAGATCTGCCTATCCCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAAGTGTGTGCCATCATGCCCAACTTAATAAAGGAATATATTTAAAAAAAAAACTAACTTATTAATCTGAGTAAGATGTGGTGTGCCTGTAATCTCAGTATTGCAAAGTCTGAGTAGGAGGCTCATGTTTGAGCACAAGCTAGCAGCAAGATTTTCATGTCTGTGAAATGTTCTCTAGGAAAGCTCCATGGATAGTAAACAGTTTGGTTGCCATGATCCGAAACAGAAAAGTATAAACTGCTAATGAGTTTCTTTTGGGATAGTGAAATATTCTGGAATTAAACAATGATTGTAAAACTTTATGTGTTTACTAAAAACCACTGAATTGCACACTAAATGAGGGATCCTTACATGCATTAAATTTCAATTTAAAAACTCAACCAGGATGTAAAACAGACTCTGGAATACATCCCTAAGAGGAAAATGAAGTGAACATTGTTTTGTGGTTAATGAATTGGATATATGAAGTACAAGAACTTTACTGGTTGGCGGTTAGGAGAACTCACGGGGAGTTGGAGAGCTCTGACAATTACAAAATCCTTTCCTGACACATGTAAAGAATTTACCAAGAGATGTTGTCTTTGTTAGGGTTTCCATTGCTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAATTCTTATAAGGACAACATTTAATTGGGGTTGGCTTACAGGTTTAGAGGTTCAGTCCGTGATCATCAAGACGGGAACATGGTAACATCCAGGCAGACATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGGCTTGCAGGCAGCTAGGATGAGGGTCTTAGAGCCTACACCCACAGTGATACACCTAGTTCAGCAGGGCCACACCTTCTAATAGCACCACTCCCTGGGCTGAGCATACACAAACCATTACAGATGTATGAAAACAAAAAAAGAACACTTGAGAAATATCTCAAAGCAAAAAGAAACTTTCTAACTAGTTGGTATTTTGTAGTGAGATAATTACCCGATATTAAAAACTTTGTTTATAATGCAAGTAAACTTTAACAAATTGTCTCTGTTAAACATTGATTTCATTAACTATTCCCCCTCAGGATGATACGTATACGGAAAGCTACATCAGCACAATTGGTGTGGATTTCAAGATACGAACTATAGAGTTAGATGGGAAAACAATCAAGCTACAGATAGTAAGTGGTCTTGGAAATTATTTTGGTAAATGTACAGTGTATATGTATTTAGTATGCTAACAAAGTTGAATATAAAGTTTCTTAAGAGTCATGCATTGATACAGATTTTAGACCAAAAGGCATTTCCCAGGCTTGCGTTTCTCATTGAAATTCCTTCTTCCTTCCTCTTGTTGATGCT
D3_G3 20119161 20126340 7180 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EX32 -1 -1 1 GTTTTCCCATCTAACTCTATAGTTCGTATC
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GR4 -1 -1 1 CACTCTAAAACAGCAATTATCAGCACATAC
Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ413k22
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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