High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 46639
Chr: 4
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ361h19 : RP24-244P1 : RP24-363D14 : RP24-67O13 : RP24-473L6 : RP24-158C22 : RP24-278G23 : RP24-477P13 : RP24-93A13 : RP24-104B1 : RP24-372G17 : RP24-469M6 :
Instance: Plate 124: Well F09: BACs RP24-363D14 RP24-67O13 RP24-244P1 RP24-473L6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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A
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GF4 -1 -1 1 GAGGACTCCTTGACTGTGTAAGGAAG
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EX32 -1 -1 1 GAGAGAAACTATATAAGCACTCACCTGGTG
GR3 -1 -1 1 GTTGATGGACTTGGCGGACAACTAGCAG
GR4 -1 -1 1 CAGCAGTCACCATGACTGGTATGAGCTAAC
Comments:
Target: otter_06_09_21 OTTMUSG00000009259 -- 119119722 -- 119119755 --
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:4:1:155029701:1, start 118783040: end 118783074
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ361h19
Found 11 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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