High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 46517
Chr: 16
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ407e12 : RP24-149A12 : RP24-314L12 : RP24-180E15 : RP24-488C3 : RP24-268J21 : RP24-400N5 : RP24-354B7 : RP24-84M15 :
Instance: Plate 61: Well B11: BACs RP24-180E15 RP24-149A12 RP24-488C3 RP24-314L12
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 26469003 26469052 50 TTTTATTACTTCAAAAGAAGGCTGTTCATAGTAGAATTTATTTCATCCTC
U5 26473656 26473705 50 GCTCAGTCATTTATTGTTGCCCTTTTTCATTTATTGGTTTTCTTTGCTAA
U3 26473836 26473885 50 TTATTTATGAGTAAATGTTGGCACATGGAAGTGAAATAGATTGTCTTTAT
D5 26474448 26474497 50 TTTCACCGTTCCTCCTGATTTTGCAAATTCCTTTATAGTAAAATTATTTT
D3 26474578 26474627 50 TTGTGATTTTATAATTAGAATTGACAAGCTACATGAATAGTACTCATTGT
G3 26478892 26478941 50 GTTATCTTCCCCTCCCCCTCCCCAGCATACTGAATTGCAATGAATTGGAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 26389856 26389935 80 CACAAGGGACTTTACACAATATCTTATACATAATGGGCTAATAGCAAATATTCCAAGAAATGGAAACTTATACTTTGGTA
G5 26384361 26384410 50 TTTTATTACTTCAAAAGAAGGCTGTTCATAGTAGAATTTATTTCATCCTC
U5 26389014 26389063 50 GCTCAGTCATTTATTGTTGCCCTTTTTCATTTATTGGTTTTCTTTGCTAA
U3 26389194 26389243 50 TTATTTATGAGTAAATGTTGGCACATGGAAGTGAAATAGATTGTCTTTAT
D5 26389806 26389855 50 TTTCACCGTTCCTCCTGATTTTGCAAATTCCTTTATAGTAAAATTATTTT
D3 26389936 26389985 50 TTGTGATTTTATAATTAGAATTGACAAGCTACATGAATAGTACTCATTGT
G3 26394250 26394299 50 GTTATCTTCCCCTCCCCCTCCCCAGCATACTGAATTGCAATGAATTGGAC
G5_U5 26384361 26389063 4703 TTTTATTACTTCAAAAGAAGGCTGTTCATAGTAGAATTTATTTCATCCTCATAATAGGTTTTCTCCTAGGATTTCTATTTGCCTTATGCTATAATTCTTCCAGACATAAGGTATGTATTAAAATTATTATGTATAATATGAGCACTGATTATTTATATACCAGCTTGGGGTCCAGTTTGATTTTAAGGCTTTTAGCAGACATTTGAGACTGTGAGTGTACTCCTATTTGTCTCAAGACTTCCTACTGCACTGAGGTCCACGTTACAGGAGCTGAGGGTGCATTTGGCCCCATGAGCTCATGAAGAAGGTGCTACAGGATTTTCCATTTTGTTGAAAGAATGAACAAAAGATGATCCATCAAGATTCACATTAAACCCTGAATAAGAAGTATGTCTATAGTGAAATAAATGACCATCTTTTAAAAGGCTTGATCTCATACTTGCTATAATATAAAGAATTAATACATCCATTTGGATCATTTTTTAATAGGAAAAAAAATTAAGAAAAATATCTAATCCCCTAAAGTGTTTAATAAAGCTGGTGGGAAAAGTGTACTTGGCCTAAATGGTGAGGCTTTTCTGGTTTGCTCTTTAAAGAGAACATTTTTATAAAGTAAGGAAAAGGCATCTAATTGTTATTGAGATACAATCTGTGACCTCTGACATGGGTCAGTTAGCCTTACAGACTATGATGCTATGCTTTCTGAGGACAGCATTGTCATGCAGGCAACAAGAGAATTATAGCAAAATCTAAGTGTTTACATGGTTTCTGCAGTGTAAGTCAAGTCATTTAGTGACAGGAGTTCTGGTGGCCGGTGCTATAGAAGACAAAAGCCTTAAGGGACAACTGCTTTGAGATTCCAAATAGTCAATCCCAGGATTAAGTACTAGTTTATGACACTATAGCTCACCAGGAAGAGTCTTCATTGACATAATTTCTAAGGGATTTTGGAGTGATACCAGGTCAGTATAAACCCTCCATTCTGAGTACAGTCACTCCAGCTCATGGATTTAACTGTTGTAGTTTGTTTATTCTGCTCACAAGCACATATACACCCAGGCATTGTGGTCTATCTTTGTAATTCCAGAGCTTATGAATTTGAGATGTGAGGATTACTGCAAGTTCTAGGGGGAGTTAGGGCTACTGGCCCTCTGTTGTATCTAATCAGGAGAAAAAAATTAATAACTGAACATATAGACATATGAAGCAAAAATTCAGTGTCATATTGACCACCTTGTACTTCAGATCAAAGCAGGGTTAGTTATGCATTTATGTGAATTCACAGGAATCAACAAACTTTGTCTCCAATAAGTAACTATTGAGCATCTGTTGTTTATCAGGATGGAGGATGATGGAATCCTTGAAGCAGGGAGCCATATCTACCCTGCTTGCCGCTGCATTCCCAGCATTAATTGGCATGCCGGTTAGAACTTGACAAGCATTCAGTGACATAGATTAGAATGTAACATTGTAGAAAAATTCCTGTGGCATCACAGATTGAAGGAGATAAACTCCTGCTAGAAAGAGCATAGAGAGAGGTCTTATGGAAAAAGGAATGTCTTTTAAGTGAGACTTGAGTTCCAGGTAGATATTTAACAAGCGGAGAACAAAGAACATTGGTTTTAGTACAGACAAGGTTGGAATAACCCAAAGACCTGAGGAACCAGGTCTGTGCATGTGTGAAGTGGTCTTTGCAGGGGTAGTGGGGACATGTTGAGAATATTCACATCGAGATACAAGCAGCCACTCACTGTGGCTGTTTCCATCCATAAACAGCTCAAGAACCAAAGCTGATCAAGTGGACAAGGGAAAAAAGGAAGCCAGGTGTCTGGATTGTCTGTGATATCTCTCCACTTGGAATATCAGCGAGCAGTCAGAAGATGTGTTGTGCCTTCTGCTTTGTTGATGTTTTGGAAATTTTCATCTCTCTTGTGTGGGAAATGATCCGTGTCTCACTCTTTGGACAAATGACATCACTGGAGCAAAAATCCCTTGAACATTGCTTGCCTGTGTTATTCATACAATACCGATTGCATGTTAAAAACAAACAACAGAAACCTCAAAATTAGAACTTTGTATTTCAAATGGCTCCACGAGATTAAAATTTTACAGTTTTTGCCCTTTAAGAAAGGTTAGCCACACTATTTAAGTACTAGTTAGCCTTTAAAGATCCTTATTTTAAGACTTCCAAGAACGTTCATTGGCTTGCCTTGCAAAATAGTTCCTAATAAGCCATTTTCCCCCCACAGGCAGAGAGGTTAATCAAAAGCAATAGAATATAACACAGAGGGCTTTCCTAAAATGATAACTTAAAATTTTTTTAACCTTGTAGTTTGTTCACAAAGGCACCTTTAAGGGTATCTACAGTAAGTGCTGCATTAAACACAGAAGTTTAGTTAATTACAGCCACTCTTCTCACGTATCTTGGCTGAGTGTGAATACCAAGCGATTTAATAGTGTGCCCCTGGGCATTAATACCTAATGAAATTGGATTCCTTGTTTCCTCTAATGACCTCATTGCTTTTCGAAATATTGCCATGGCAGGTAAATGATCAATAGCCTTGAAATTGACACCAGCACTGGGCCATAGCTGGATATCCTTGTTATTAAGAATTGTGTGTTATATCGTGTATAGTAGGAATGGTCACCTATAATGTAAGAAGAATAAGAAAGCATGAACCATCATTGTTTGTTCCACCACGCTAATTAGGATAAGCTGGATTTATGAGCTGAGAGACTGGGGACATGGGTACTAACTAATCCTGCTTTTTTCCCCCATAGTATAGTGGGTCTGTATGTACCCTAACTGTATCAGTTTCCATAACAAATGACCTGGAGCAAATTATTCTCTCATTGTCCTGAAGACCAGAATTTTAAGATCAAAATCTCTTCAAGGTTCCATTCAGTGTCTCTGAAGCTCCAGGAAGAACTGCTCTGGTACTTCCAGATTCTCGTTACTGTGGGTTGTCCATGACTTGTAAATGTGTGACTGCCAACACAGAAGTGGCCCTGTGGCCTCATTTCCATCTGCCTGTGCTTTTTCTTTGTAAAAATATGATAAGGACACCATGTATAAGTTTAGAGTCTCTTGTGCGGCTGATGTGATGCCCTCTTCTCAAGCCTGTAACTCAGTAGTATCTACAGGGCCATAGTCACAGGTTCTGGGGATTAAGATGGGCTTGAGTCTTTTAGAAGGCTGTCATTCATTTCATTATGTCCTCATTTTTGCCACTGTCTTTTTTAGTGAAACCCTGTACTGCCAGTACTTAACTCATGGTATTTAGAAAGTTACCATCATTTTCATTTGAGCTAACAATTTATACTAATTAGCAATTTTTAATATTTGAAACCACCCAGTCATTATCTTTCTTATACAGATGAGGAAATTGAAATTCAAAACAGGGAAGATCTTGCCAAAGGTTACTACACAACTACTAAAATTGTCAATCTGTGTTTTAAAATTATACTCATATATGTGTATATATGTGCACATCTTGCTTTGAAAATCAATGTGTTAGGTTGTACAAGATGGACTTTTCCTCATTAGAATTTTGACCTCTGTGTTTTTTGGGGTCTGATAATCTTCCATAAAATCAACATTATTATTTTCAGATTTAACAGTAGGGACAGCCCGCCAAAGTAATGATTTGAAGAATGAGAGCCTAGGCGTGAGAATCAAGTTAGGACATCTTCACTGAAGGTTGTCTTCCAATATCCAAGTACCAAATACAGGATGCCTTAGCCTGAAAGAGAGTTCTGAAATGAGTTTTACGTGCACACAAACAAGACTTGGGCATACACACATGGATGGACCAGTTGGAGTCTGTATCCTGCATTATTATTGACTGTGCTGTTACAGTATTTTTTTTCTTCCTTATGCATCTGTTTCCTTGTCTGTAAATAGACGATAACAGCTTGTTAATGATCTTTAAAAAACAAATGACATAATAACATACTTAGATAGCTGGTACTTCAAAGTATAGACTCAATATAATTGTTAATCATTACCAATTGCAAATATTTTACATACAAGGCAATGATGAGAGTATCAGGAGAGTTTCAGCAAGCCCCAAATAGAACAAAGTGCAAGAGTTTCAGAGTGCTCACGTTACTATGTTCACAGTAATATGATTTTCTTTTTTGAAAAGTTTTTCTGTCCATTTACTCCCTCTGGACAATGTTTCAACATCTCTCCCTTTGCAACTCTTTCCTGATCTACTATCTTATTTATTCTTTGGGAATGGGGTTTTAAAATTGACTTTCCACAATAACTGCGAAGGTTTTCTAAGCTAACTCCAGATTTTCAAGGTAATGGAATCTGTAATTGAGTCTGACGAAATAATGATATTGCCTCTGCTCCATATTCATGAGCTTTGTCAAGAATACTTGAAACTATCGTCTGCAGGGATATTTACTACTGTTTTTAAAAAGGTTTGTGCTGACTTACCACCCACCAATAAAGGACTAGAAGGGTCAGGACACCGGTGGTACCTTTTAGCGCTAAGTGGATATTATCACCTGCATGCCAATTCCAAGTAAACACGCTTTACAACTGTCCAATTCTATTAGATTACTTCTCAGACCTTTATGTTCATGTCATAGCTTAAAGGTTTGTAATATGTCAGTATAGCAGAGAGAAAGACAATTGGGGATGCTCAGTCATTTATTGTTGCCCTTTTTCATTTATTGGTTTTCTTTGCTAA
U3_D5 26389194 26389855 662 TTATTTATGAGTAAATGTTGGCACATGGAAGTGAAATAGATTGTCTTTATGTTAAAGCACGACTAAACGACAGAAGAATATATTCAGTTCTGGTTTTATCCCTCTCAGCCATGATTTATTTTTCCACGTGCCACTTCCAATCAGGAAGTATATTTATTTCTTGGCCCAGAAAGCTTTTAATTGTCAATGTCTAAGGGAATATATTCTACTGGCATTGCTTTATATAAATAGACTTCTAGTTATGCTTGTAACCACTGTACTTTGATAACAAACATACCTGAGTGACCATTTGACCAAGAGGAAATGGAGTTGCCTTTGCAAAGTGTTTCATACAGTGTCTTTTCCAATCTCCAGGTGAGCACTAAATGCAGAGGCCTGTGGTGGGAGTGTGTAACAAACGCTTTTGATGGGATTCGAACCTGCGATGAGTACGACTCCATATATGCAGAACATCCCTGTATGTATAATGTAAACCTTTCTGTTTCAGTGTGCCACGGAATACTGAGCTCAGATATCCACTTGTTGTATGGTATTAAGGATTTTAATGTGAAATATTGGCAATTAGAAATGGGTATCATTTTTTAAATATGAATGGAAACATATTGTATCATATTTCACCGTTCCTCCTGATTTTGCAAATTCCTTTATAGTAAAATTATTTT
D3_G3 26389936 26394299 4364 TTGTGATTTTATAATTAGAATTGACAAGCTACATGAATAGTACTCATTGTTGTGTTTCAACTATAACAGCTAAAAAGTAGAAAGTTTAATACTTTTTTTTCACTTGAAGATTTACTAAGATAGAGTAGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGAATATGGGGACCATAGATGAAGACAACAGCACATGTGAGGAACCATTACTCTCAATGCTGGAGACAATTCCCTCATCTTTCTCTCTTTTAGCTCTTAATCCTACCTAGATATCAGCAAAGCCATGTGCCTATAAATAAAGCAAGCTTTTAAATTAACAATCCATTGTTAATGCCCTCAACCTTCTTCGCAGCATTGACATATTTAGAATTTTGAACCATGCCAAGAAATACCAGTCCTGCTATTAAAAGAAAATGCTTTTATGCTTTTCAAAGCCAGTGATGGGTGCTAGTGCTACACAGCATCAAGATAAAAGTGGGTCCTGTGCAATGTACCTCCCCCCCCCCCCAGTCATCTATTTTAGTTCAGGAAAACACATTTAAAGAAAACAATCTTCAAAACAGCTTCATCTGGTATTTGGGAGTTCAGTGTCTGAGATAATTTTTGCCAAAATATATAAGGCCTTTTAATTACATTTTTTTGCTTAGAAATTTTTACAACTTCACATTTTCCTCACTATATTCATCTCATTTTATACACACACACTTACACACACACACAAAAGGAAGAAGCATATGCCTGCTTCTCACTCTGTTTTAAAAATGTAACGTGTGGACCAAGCCAGAAGACAAACTTTATTTATTCATTTTCTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTCCATATTTCTGTGTGTACATGTGTGGGCATGAGCATGCCCAGGTGCAGTTTTGGAGGTCAGAGTGTCATTTATTTCCTTCTTACTGGGTTCTGGGGTTTGAACTCGGATCTTCTGGTTTGTGAACAGACCTTTGTGTGCTGAGTCATCTTCTGGGTCCAGGAAGTCAAGCAAAAGTTAAAGTTTTTAAATTTTAAATACTGGTATACACAGTCATGGCAGAAGAATTAGAGCCATTCATTAGGGAAACAAATGTTGATATTTTAATATGCTCCTGTTAAGGATTTACCTGTCCTATCTCATATTTGACTGTTTTTTTTACTTATTGCTTTCAAATGGTATGTAACTTTCATTTGTATGCAAATATACATTCAAAGACAACAATAATAAAGATGTGTTCTAGAAAAATAACTTCTCTACATCCTCTTGGTTAGAAGGCTATCTACAAGGTGTAGAGATTTCATTTTATTTTCTACTAAATTCATAAAATCAATGTAGATAGATTTTACAGTTTCTCCTGTATGTGGCACCTGATAGTTATTTGTGCTTTGGTGCATCTTTTGTTAAAAATAGTTTGAGCAAGCCCAAGTAAGGATGCTAACTCTGTTCTGGATGCCAGAATTCAACCCTTGACAGAAGAAATTCTTCCATACGTTGCTTGAGCATTTTGCTTGTAACAGATCTGCCCTCCTGGAACCATACTGAACACGGGGCTCAAATCCTAGAGCTTCATAGAGAACCTCCATATGGAACAGAACATGCAAGACTCTCTATAGGAAGAGGAAAGCAGGGCCAATGTAGATGTGCATGAATATCTCATCCTAACAGCACTAATGACTTTGGGTTGTCCAAAGTCTTCTCATTAGTAGAGGGCCCACTTATGTACTGAGTATTGAATTAAAGAAAAATTTTTAAAAATCTAGCATATAAAGGTTAGCTCTTCATAATTTTTCTTTTAGTTTTTTTTGAAAATATATGTATCCATTTGATTTCTATTAGAAATAATGACAATTTTTAAGATAGATATTCCTAGGCTCAGGATAAATACATACTCATGCATTGATAATTGTCTTGGTTTTCTGTCAGAGTTGCTGTGAGAACATGTTCTGACAAATAACTGCAGAGGAACAAAGCTTTCTTTTGGCTCAGAGTTAAAGGAGGCAGGAAAGTCAATGTAGCAGGGACTTGAACCAGCTGCTCACCCTGGGAAGGAGAGAAGGGTGAATGCTTGTGGCCAGTTCATTTTATCATTTTTAAATAGCCCATGGCCCAAGACCAGGAAACAGTGCTACACACCTTTAGCATGGGATTTTCCATCTCAATTAATTTAACTGGTGAATGCTTCGCAGGCATGCTTAGAAGCCAAGCAATCCCTTGGAGATTTGTCTAGGGGCTGTATCCTTTCTATATCCTGTCATTTGGACAACCAGTAGTCATATCATAATAATACATGGGCATATACAGTGTATTCACCTGATGATAAGATAGGAAGAATTTCATATAGTAATTTGTTTTCTTCTGCAAGTATATCATATAAATCTTAACTTTTTAAACAGGGAAAATGCCCTATATTTCTCAAAAACATAAGCCAGAATTTTATCTCCTCATTGAAAAAAATGTAAAGGCAAAAAGTCCCAAATTATTATGAAAATAAGACATAATTAGCATATATGAAATGAAAATATATTAATATTTTTATGATCTAGGTAATATAAATTGTTCATACTCTATTTTTGATGTAATTTTCTTCCTTTTTAGTATTTTGAATCAAACCCCAAACCTTCTTCTGTAGAACTCTGTGTAACTCCCACTCAGTTTTGAGTCACAACTACAGTTGCTTTATGATCATTTTGAATTTCATGAGAAATTATAGCCCCCCATATTGAAGCTTCTATAGATATAAATTCTGAATTCTATGTATGGCCTTATGTTGCTGTGTCTAATCTTGTGTTCTGTGATGTTCCTGTGCAAGTTAATGTGTCTGTACATCTCCCCCTCCTCCTCCTTCCCACATTCCTCCTCTGACTCCTCTTCTCCCACCCCTGCTCTGACTCCCTGATCTTGCAGTGAAGCTGGTGGTAACTCGAGCACTGATGATCACAGCTGACATTTTAGCTGGCTTTGGATTCATCACCCTGCTCCTTGGTCTGGACTGTGTGAAGTTCCTACCTGATGACCCACAAATTAAAGTCCGCCTTTGCTTTGTTGCAGGGACCACATTACTCATTGCAGGTACTGGGCTTGGTTTATTTTATTCAATAATCACGAGTCTCTGATCATGTTCGAGTTGTGCTACACGAATTTATCATTTCTCCTCATTTAAGGCAATCTATCCATACATATCTTGCCTCCTGATAGTGTACAGCTCTTATATATACCAGTGAGTTTATTTAACAAACAATATATACTTGTTTTTAGAAAAGATCTTGAAGACCACTGAATACTCTTTTTATAAATCAATAAACAAAAATTTAAATTACTGAAGAAAATCCTTGTGGGTGTTACAAAAAAGATGAGCAAATTAGGTGACTTAAGATAACTAAAGGCTGGAACCATTATCTACAATTAGTCTGCCAGACACAGAGTTTTAAAGCATGCATTCTGTTTTGTAGTTTTTTTTAAAAAGGTTTTTCCAAATTAGTTGGTAAATGTAACAATGTTCAAAAAAGGGATGGTAACTGTCTTAGTCAGGGCTTCTATTCCCGCACAAACATCATGACCAAGAAACAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACAATTCCATACTGCTGTTTATCACCAAGGAAGTCAGGCCTGGAACTCAAACAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCCTCTCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAAACCACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGCCCGTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACAGTAACTTATATCTTTTTATAATGGTTACATGTTTGAATAGCTTAGATGAACAATTAGACTTATAAATCCAAATAATGTTTAAAATAGATATTACCAAATCTCCAGGAGTTGATAATATGCACTGTCCCACCACGAGAGGATAAGTATTTTTCAAAACACCCTCTCAACATATTTCATTGTCTCCCAGTTATCTCTTATCTTACCTATGTTATACAATTTTTTACTTAAAATAGTGGAACCAATGTGCTATGATTTCAAGTGAGTCAATTATTAGAGAGGGAAAGCTGTGGGCTTCAGTCAAATTGTTGAAGGAATGTCACTTCTTGACCCATGCTTACATGGTCCGGAACACGATAAAATGATTGCTAGAAAAGATACAGTTTTTACATGGGTGTTATCTTCCCCTCCCCCTCCCCAGCATACTGAATTGCAATGAATTGGAC
U5_15 26374015 26389063 15049 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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Entered all non-repetitive oligos
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Inserted sequence arms between oligos

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