High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 45961
Chr: 14
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-70H16 : RP24-370O13 : RP24-310E18 : RP24-247L17 : RP24-258N18 : RP24-531J1 : bMQ88f16 : RP24-176K16 : RP24-179L24 : RP24-390E21 :
Instance: Plate 61: Well B05: BACs RP24-70H16 RP24-310E18 RP24-370O13 RP24-176K16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 49249102 49249151 50 AAAAGCTATAATTATAACCCAACAGGAAGCAGACGATGCTATATGGTATT
U5 49244281 49244330 50 AAGAAGAGAAAAGATGACACAAGTATATGGAATATGTACCAGATAACACA
U3 49244112 49244161 50 ATAGAAACTTACCGACTAGTCTGTACTGGAAATGAAATCCAGGGTCTCAC
D5 49243482 49243531 50 GTCCTTTAAATCTCTAGCCTATTTCCTTGTTAACAACTTTTTTTTGGAGT
D3 49243356 49243405 50 TTCTTTCTTATATTGGCCTAGAGAACTACCTGAATGACATAGATCAAGTT
G3 49238781 49238830 50 ACAATCACTGACTTAGGAGAGGCTGGTTTTGTTTATTAAAAGACAAGGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 48165357 48165432 76 CCAATGTGGTGTTTGACTGGAATAGTATTAGTAGTTGTCATTTTCAAATACTCAGTCAACCAAGTGCTAGATTCAG
15_E_15 48150307 48181281 30975 CTGAGTGGATTTTGGGCATACAGAGTAGAAGACAGTGTATACAACTCCAGGATTAACCTACCCCCCTGCCCCCCAAGGGGAAGGCAACGGATTCTGATCTGTACAGAGGGAATAAGGAGTGGGACACTTTCCCAGTGGAGCAATCTCCCTAGCCCTTATAGGTCCTTTTATACACAGGAGATTAACTTTGCATGAACCTTACATGGCTGATACTATTAATCTCCATTTCATACATGTAAAAATAGGGTTACCAGAGCGAAGCAATAAATGTACTTAGATATTCTTTTAAAAAATAAAACAATGCAGAAAAACCTATGATCGAAAGGCTGCTGTATGTAAGACTCTGCTCTAGGAAGAAAAGATGTGCCTACCCCCAGAGAGGGTGTACTGTTGGAGTTCAGCAAAGACTTTGATTCCAATTTCAGTGCTTTTCCTCCAGCTGTATCTATGTCCAGTCTCTGGAGAGCCCATGGCCACATGAACATGGTAAAATTCATCATACATACATATATCAAAAACCATACATCAAAAAGAGTGAAGGTCACTTTATGCTGTACATGACTACATATTTTTTATGAATATGCGTAATTTATCATATGAATAAACTAAAGCAAAATTAAAGGTGGTTTTGTTTTAGAGAAGCAGCAGAAAACAAAGCTCAGCTTCTGTCTCACAAGAAGCTAACATTTCCATCTTATCTTCTGGAGGAAAACAAGAAATGGTGGATATCCCATTAAATCAGTGAAGGCTGGAAAAGAGGACCCTGCATTGCCAGACCCCAACTACCAGAATGCCCAGGACTGCATATGAGCTTGGCTATGTTCCATTCACAGGCGAAAACAAAGTGAACCACTTTTAGAAGACAGGGAAAGCAGTCAGAGAGGTTCCGTGTGATCAGTAAGAGGGAGCCTTTGCTAGAGGCAGTGGCAAGAACAGCCAAGTGTGCAGCCTCTGGGGTGGAGCATCCTGAGAAGTTTCATCTCTTACTATCTGGCTGTGACCTGGTGAGTGGACCTGTCCTTTCTGGATCTGGTCTCCTCACCTGTGAAACACAGGTGGTAATGATCCTGACTTTTTGTGGTTCATAGGGGAAGAACTCAGTCCTGTGATTAAAATCACTTTCTAAATGCTAGCTCTGTCCACTATTATGCCAATACATTGCAAGTTTCTGTCAATAGGGCTGTGTATCACGAATGGAAGCAACAAGAGAATGGGAAACTTTATTGAATCACAGTCTCCCTGTCTTCAAAGAAATATATGGTGATACTTCACTTCTTGTGTCAATTAATTTTCATTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGCTCTTCCAGAAGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAGAACCATCTGTAATGGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGCGTCTGAAGTCTACTCACATACATGAAATAAATAAATAAAGCTTAAAAAATTAATTTTCATTATCAGTTTGACTGGATTGGGAATCCTCCAGTCTGGGTGGATCTTTAAGTGCTTCCAGACTTTTAACAGAGAAGAGAAGACATACCCTAAATATGGATGGCACCACCCCATAAGCTTGGGTTCCGGACTGGGTAGAAAAGACAGAGGAGAAAGCAAGCTGGAGGGGCAGTATCTATCTCTGCCTCCTTTCTCGCTGCAGATATGATGTGACCAGCCTCTCCCACCATCATGTCTTCCCAGCTGTGATGGACTGTGTCCTGGAACTGAGAACCCGAAAGCTCTTCCTTCCACAAAACTCTTGTCAGCAGTTTCATCACAGCAACCAGAAATGTAAGTAATAGATTTCCCTGTCCTGCAGCTTCAGCAGCAGGCAATGATGTTGCTGCACATATCACCCTCCGTGAGATCCCAATTAATTGCGATCCAATTTAAATGAGAACAATTAGAAATTTTTGTTTTTAAAAGTATTTATCTATTTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGAGTGCTCTATTTGCATGTATGGCTGCATGACAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTAAGGATGGTTATGAGCCACCACGTGGTTTCTGGGAATCAAACTCTGTATATTTGGAAGAACAGCTAGTGCTCTTAACTGTTGAGCCATCTCTCCAGCCTCTAGAATTTTTAATTCATGCTAGCAAGTTATTGTTTCTAGGAGCATTTTGTCAGGCATATTCACATACACACCCAGCCATTGCAAAGAAAAAAAATATCCCATAGACTTTAAGGGTTGATGGCACTGAGATCAAGTCCATCTGAGGTCAGCTCATCTCCACAATCACTTGAGGAACTAAAATGTATGGTTATCCCACCATCACTATCTAGAGATGCTGGTCTAGGATGAGGATGGGAGCTGGGAAAGTTTCCACTCCTCAAGGGATTCTGCTGCTGACTTAGTCTCTCTTTGGTGAGAGAGATGTCCAGTAGCTGACTCCAGCTGGGGTTCCTCTTTCTGCTCCCTTCCTAGGAAGGTCCTGAATAGGGGCATATGAAGGCCAGCATCTATGAGCTTCAGCTTCCATCTAGAACTGGAGAATGTAGCCTTCTCTTCAAAGATGGGTAAGGGATTCCAGCTTTAGGCCTGCATACTTTCCAAGGCTGTCCTAGACCAAGCTGTGGATGCTTAACCCCCGAGGAAGGTTGTGGTAGTAGTTAGGCCACAAAAATGTGAATTCTGCCTGTGTTACATTATGCGTGAGTGTTAACTCTTCTAGTCCTATTAGAGGAGAGAATGTGTGTCAAGACCAGATCACAGGACCAGCTGGTTGCTCTCTCTTTTGAGATAGGGAGTCCAGTTTGGAACCTGAACTCACTATGCAGTCCAAGGGACTCAAGTGGCCAAGGACTGGGATTACAGGTTTAGTTTAGAGAGAGGAGTCAACAAACCACAGCTGGAGCAGAGCAGAGTGAAGCCTCTTTAGAACGTCTCAGGAAAGCCATAGAAAACACTTGTCTGCTGTCCCTCCTGTGTCCCCCCAAGCCTGGCACATTTTTCTTGGGCCCTGCCGATATATGTGTATTTAGGCTTGTTCTCTGGAGATGGCTTTGCAGTGATTAACTTTAGCTGAATGCCTTTTTTCTTAGTTTTGTCAACATTATTTTTTTTGTTGTTGCAAAAGTTGTTTATTCCACAACATGTGGTTGCTGGGAATTGTACTCAGGTCTTCTGGAAAAGCAGTCAGAGCTCTTAACTGCTGAGCTATTTCTCCACCCCCTGCCTGCTTTTTTTTTTTTTAAGAAACATTTATTTTTATTTATGAGTATGTATTTCTGTGATTCTATGGAATGTGTGGGCAGGTTCTGGAGGAGGCTGGAAGAGGGCATCAGATTCTCTGGAGCTGGAGTTACAGGCAGTTTTGAGCCACCCTACATGAGGGCTGGGAACCACACTTGGTTTCTTTGATAGAAAGGCAAGCACTCTCAGCCGTTCAGCCAGCTTTCCAGCCTGGTGATGGCTTTCTCAACAGGGCAGTGGTATGGTCAGATGTGCTTTCTATGAAGTTGCTCTGTGTTGACAGAGTGCTTCATGAACTAGAACTTCAGAACATGGGACTGGGAATTTAGCTTTAGCCTAAGTGGCATGGATCATGAGGGCCTCCCCAGTAAAGATGGTGGCTGCAGCAGGAGCCAGTTGGAAAAGGCAGTGGTGCTAGACTCACTGTTGACATTCTTGGGGACCCAAGAAGGCTGAACTGCTTGGCCAAGGGTGCTTTGAGGGATAAGGGTCTGATAAGTATTTGTCCTGTGAGTACAGACGTCACGGATCTGTAAGAGCCTCCCCGTCTCTGGTAGTAAGATGATTCTATGAGCCTGTCTTAGGGTTTCAGGAGTGCCTTTGAAGCACTTAGCACCTACAAGAAGAGAGAAGCCTGAATGGAGAGCTTAAGCTTTTATCTTTTCCTCCCAGAGATGCAAAATACAATGCAATGTACACTCTCAGATGTCACATAGCCCCCCAGCAGTAGGTATTTGCTGTCCCCTAACTCTTCTTCCCCTGCCCATCATGGATGTTTATTTGATAAAGTTTAAAACATGCTTGCATCTCAGTGTGTAAAATATGGAGGTGGGGGCAGGGTGGGGGCTTGAGTTCAAGTTTGACCCTGTCTCAAAACAACACTAGGGAGCCAATGATGTAGCTAGGCTGGCAGACAATTTGCCTGCTATATATAGAGTCCTAGGTTTAACACCCAGCGTGGCATAAACAAGCCAGGGAGAGTGGTGCAATACAGTGCTTGGGAGGTGGAGACAGGAGGATCAGAATTCTGTTCAAGGTCATCTTTGACTACATAGTGAGCCTAGCCTGGACTACATGGAAATCTGTCTTAAAACAACTAAACTCCCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACACCCCGTGAAATGTTTTACTAAAGAAATGGCTCACCTGGATCTCTGTTTATGTTTTCATTAGGCAGTATGGTGAGAATGTCATAGCCGTTGCTCCTTGGCTTGCTCTGGGCGATTTTATTGCCATTATGGTCCTTCAGCTTTTGCATATCAAGCATCGCCTTACTCAGAAGACTCTTCCTCAACTCCATTTGGGCCTGAAATGATCAACTAGAAGTGGTTAGTGTCCCCCTAAACCGTCTTCCCCTGCCTGAACAGGTTAGCATCTCAGCAACATCAAAGGTGGACAGTTCACAGACCTGAACACCCGTGAACACAGTGGAGTGGTTTTCTTCCTGGGAACTTTATTCTCAGGCTTGTTAGGAGACAAGTGAGCATGCTCACTGTCTCAGAGAGGCATGGCCAATGGAAAGAGGAAGCCTGCTGGCCTCTGTCTGTAGATGTGGTGTTTGGAATTACAGAGGATAGAACCACAGGATGCTTCCTTAGAGAGCGGCGTTTAGGGTAGGACACTTGCAGAGCTGTACTGGAGAACGTATTCCAGTGTGTCTTCCTAAAATCTAGATTGGAAACATATCCCT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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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