High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 45718
Chr: 8
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ_206b22 : RP24-349A7 : RP24-278L9 : RP24-219A21 : RP24-400L14 : RP24-441D3 : RP24-108D4 : RP24-115J12 : RP24-367P12 : RP24-226F18 : RP24-264H22 : RP24-465O3 :
Instance: Plate 58: Well G11: BACs RP24-278L9 RP24-400L14 RP24-349A7 RP24-219A21
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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G3 93979827 93979876 50 ATTCTTATGTAATTCTTTATATTGTTCACTCTTGTTGATACTTCCTTCTG
Oligos:
Type Start End Length Seq
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15_E_15 96858656 96890135 31480 GTCACTGAGGGGAGACAGTTCAGTAGCACAGTAATTGAGGAAACTGTCTTTCCTCTTTCCCCTCAGCCCCCTCTCTCCTGTCTCTCATGTGTGCATGTGTGTGCTCTTGCAGGCACATTTATACACACACACACACACACACACACACGCATACACAAACAGGAATGAGAGCAGGAAGATGGGCATCTTCTTTTGGCTGCAACTCCTCCAGCACATCTGGTTTTATGGTTCCCAGTGACCTGAGACTGGGGCAGGAAACAGGGAGAAACAAGCCCGGCCGCCCCTCCCGTCTTCCATGGCCAGGGCTTTCTCTCCAAGAGGAAAACAGGTGCTTCCAAGGAGCTCAAACCGCCCCAGCCTTCTGCACACCCACTGTGATGCCAAAGGACAAGCTCAGCCCAAAGACTCTCCTGAAGGCTTCTCCTTGGCTTTGCTTGTCCCACTGCTGCTAGGTCCAAGGGTCTCAGCAGGTGAGGCACATGGGAAGCAAGACAAAACAGCTTGGCTCTCAGAGTCTGAGCTTTTCAGCCAGTGATCTCTCTATGACCTCTCAAACTATGTGGCTTTGCATAAGAACTAGCAAATGGATTGCGACTGGGCCTACCAAAATGCCTCACACCACAGGCCAATCATTAGGCAAGCAGCTAAGGGCATGTTCTGTATCAGTGTAATGGGGAAACCTTACAAGGTCTATTAATGAAATCCTATCCCAACAGCACCCCACGTGGAAATTCTTAGCTCAGAAGACACATGTCATAGCCTTTGGTCATTTGAACCCAGCATGGTGTATGTGTGAAGGTGTAGACACAAAACTGTTTCAGACCAAGTCTAATGGTCCTGTCCCCAGCTGTCATGGGTACCTGGTAAATGCTGGCACACCCAGAAGGCTCTTCCACCAAGCCACACCTCTTTTCCAGTGGCTTCCTTACCAACTGCCTTCACTTGCTGAATACAGAGGGAACCACTCAACCTCCAACCAATCTACACCTTGACTGTTATATCAGACGACAAACCAAGATCCCAACGGCAGGCCAAAGGTGAACACGACCAGACCAGTCTGGATTTCTCTCAAAGTGAGTTCTAGCAAGTTCTTTCCCAACTTACCAGTCTATAAGTGGTTTTTACAGAGAGATAAAAGCCAATTTTGTTTGAAACCTTAATCTTCTCTTTCCCCCAGTGCTAAACATAGAGTCCCGGACACTGTGCATGTTAGGCAAGGCAGTACCCAGCAGGTTACATCCTAGCATGGCCTTCTTTCTTAAGGGAAAGGTAAGAAATCAGTTTTTGGGAAGGCTAGGGAGAGGAAGGTTTAGTACAAGCAGCACAGGGGCAGACTCTATACATTATTTATAAACACACACACACTCCATGTACAGCCAGGGTGAGAACCACCTCCAAACGTATTGAAAGCAGACATGGGGAATGGATCTTCAGGTAGGACAGAGAGCCTTCTAAAGCAGACAGACACAACTCCTTAACAAGCCTACTTGTGTGTTCCCAGCTACCAAAGAGCTCTCAGGGAAGGGTCAGGACTGCTGGCTGCAAACTGACGAGCACTGTCTGCACCGCTCTAGGGAAGGTCAGAGGCTACCTGAGCACCCAAAAGTCAACCCAACCCTAGTGTAAATCTGCAGTCGGTCACCCTCTCTGCTACATAAAAGTGCCAAAGCTTAAAGAAAAAATTAAGGATCCAAGAAGACAAAAATTAAATATGGCCAATAAGGAAAAGAGGACTACAGAATAGTTCCAAAATGACCCAGAAGCCTCTTGGAGCTGGTGCCTTCACTTAGCACTTGTCCAGTGTCCCCAAGAAATGATGAAGCCTTCTACTGCACCCAGAACCCTTGACTCTTCAGATTACTTCATCACCAGCTTCCCTTTGACCCAACCCATCTACAGAGGGAGCAAACCAAGCATAGACTTGGGGCGTCTCTCCTTGGACATCTTAAGCCATGTTAAGGCACTTCCATTTACATCTGTTCAATATTCTACAATGTTGTAGACCCTCCGAAACGGACTGCAAGCGGTTCCCACCTTCCGACATCTGAAATGGAAGAACAGTGGACTTAGCTTCCCCTTTATTTTCATGTGCAGCCTGGAAAGGTGTCAAAGACAAGCTCAGTGCTTCCTCCTCCAAGTAAAACACAGGAGCGACCACGCCCTCCCAGTTGAACAGCATTATAAACCACGCCCCTCCCAGTTGAACAGCATTATAAACCCCAACCCAAACGGCACACACAGAGCAGCGTGGGACTCCACTGCCCCCACACCACACTACAAGAGATTTTCCTTTTTATTATTGTTGCTTTACAATAAAAACAAATTGCTACGCTCTCAGCAAAACAAAGTAAAACAAAACAAAAACCCACAGGAATTTAACTAACAGCAGTTCAAGGTAAGGCTTTTGAAAGATTTATTGAAATAAATTATCTTCACCTAGGCGCCTGTTATCCTTTCTCAGTTACTTATCAACAGTCTAAAAACTTCCAGGTATGTAAAATACATTTAACTTTGCCAATAATTTTAGATAATACTGGATTTTTCCCAAAAGGACTACCATAAAACTATGTTTTGAAACATTAAAAAAAAAAAACCTTAATCCAATGGGACATAAAACTATGTATCCTATGATTGCATGTTTCAAATCCTTAAATACGTGGAGAATTTGAGCCGATCTGGGACCGAGTCTGCTTGAGGCATGTGGATTATTCAACATCCTCTGTTTCCGTTTAATGAGACCCACAGGAACAAAAGCAGGGAACTCAAGGGCTCCAGGGACAAAGATACGAAAGGTGTTTCTTCAGCAGTGTCCTCCAAACACCCCTGCCCTTGCTGGGCAGGCCCCATGCCTTTTTCCAAGGATCAAACCCATATGTTTAGCATAGCCTAATTGGGTTGACCAAGGAATTAAAGTCATAACCAAAGGAAAGGAAGAGGCGGCAGCCATGGGGGCAAGCTTCTGTGATGCGAGAGCACCAGAGTGACGGAAGTGAAGCCAGCTGGGGACTGGGCTCAGATTGGTCCTGAATGTTAAGGGCAGAAAAGGGCCTCCTCATTCTGCAGCCCTGAGCTTCCTCTTTCTACTCCAGGTACCAAACCAGTTCTTTCTACACCATGTCCTGCTGGTCTAGAGGTCCAGGCGCCTGTGGGACTGGCCTCCTCCCTAAGCACAGCATTTAATCGTAGGCTACTTTGCCATAGTGGTGGTCAGGCTCCTGCTGCGCACCTTCTGACTGCTGTTATGCACCCTCCCCAAGATCCGTGCTTCCTTCCAGCTGTGGTGCTAAAATACTCAACATCTGCTGTGGTTTATATCAAAACAGAAATTCAAACTAGCTGCTGCAGGCAGGCGAGCGCCCCAGTGCCCACTTCTTTTTGCTCGTCCCCTACTCCCAACAAGTCCAGTCAACACCAGAAGAGGCCATGCCTAGAGTTAAAATGTGCAATGTTTCTAAGGGGAAGAGAAATGTCACAAAGAAAGTATTACAAAGGATTAAATTTGTCAGCTGTCCACACACTAAAGACCACATGCTTTATGCAGCAGCAATGCAGTCGCAGGTCTCCACACAGCAGGCAGAACTGGGACAGGCCTCTTCCGGTAGGTAGAGCTGGGCAGGAGGCTGAGGAAGGTGAGGAAGCACTAGGTTGTCCGTTGCCTCTGAAGTCTCCGCTCAGCAGCGGCTGCCAGCATCCTTCGGCGCAGGGTCACGGGGTCAGAGGATGTGCCTTCAGAAGGGAGGAGTCTCTCTGAGGCCCCATCATCTTCAGAACTTTTGTTTAAGAACCGCCTATAAGAAATAAAGCCACAAGAGAGAGAAAGATGGGAAACGGGAAGACAGTTTCCCCTTCTCCACAGGCATCTTCACAAAGCTGTCACTCAAGCCCATCCTGTGATGAGAAGAGCCTTGCCCATGGCTCGGGTACAGTGCAGCTCAGCAGCAGGGCGCTTGCTCAGTGTGTGTAAAACCCTGTACTCAACCCAAAACTATAAAAGGAGAGGAAGCGAGGAAGAAGGCAGAGCCAAGAAGGATGCAGAGGGAAGAAGCCAGGCAGGAGGCCAGCACAGACTCGTCCATGGATGAACATAATTCCCAGGGAGAGGATGATCAAATGGCAGTTCAACTTTCTCTGCTCTCCCTCTCTCCCTCCCACAGACAGCACTGGGTCTTATGGCAACAGGTCTGTGCAAGGCCCACAACCCAGCTGCAAGAACTGAAGTAAGTTTCTTCCCACCCCCAAGCACAGTGCATGCTCCAGCCACCACCAACTGCAGGGAACTCATGGATCGCAGGTGCCTGGCTCAGACTGCCGGTCCAAGGAACAGTGCTCAAGAGGAATCTTAAAGGCAGACCTCCCTCGGGTCCTGGCAGGATTAACCACCCTAAGTATCGGTTTATTACCTGTGTCTGTCACATGGGTTAACAGTGTTCCTCCTCAGAGCCAATTCAGGTATAGGCTGAGACACATTGGCACCCGACTGCCATCTGCCCCGTAACTTATGTGTGCCAACTAGGGCTGGAGAATCAACTCACTTTCGAGCCTGCTGCAGGAGGTCATCCTTGCGCTGAACTAACATGCGCTGTCTCTCATCAGCAGACTTGGAGAAGCGGCTTCCACGGGCCTCAAAGTCTTCCACCTCAATAGGCTCTAGTTCTACCTCACTGAAGTCCAAGGTCTCCTCTAGGCGAGGACTGAGGTCCAGTGGTACACGCTCCGTCTGGACAGAGAGGCAGCTGTTAACACAGGCCTTTGCCTTCCCTTGACAAGTGCACCCCTACACAAGTGTCTGCTGGAACTTTTGCCAGACAGGAAGCAGAAGCAGGAGTCTTGGGCTCTGAGGAGGCATACCACCAGGGCCTGCTCCAATCACGAATGTGATACGGGAAACGGGACTCTAACAGTGGGGTCTAGCAGGCAAAAGTAAGTTACTAGTGTCAGGCCTTCCAAGGTGATAACCCTCTCCTGTCTCTGCCCTGCTCACTGCTTTCTAGCCTGTGATG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EX32 -1 -1 1 GCACAGTCATCATTATTGACAGCTAGTTC
GR3 -1 -1 1 CATACTGGCCTCGCATGTCTCCAC
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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:8:1:132085098:1, start 96873962: end 96874601
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ_206b22
Found 11 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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