High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 45070
Chr: 5
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-304B14 : RP24-405I22 : RP24-499B17 : RP24-147M16 : RP24-131A8 : RP24-114E20 : RP24-366H6 : RP24-151K5 : RP24-337F15 : bMQ296f14 : RP24-456E15 :
Instance: Plate 56: Well G12: BACs RP24-304B14 RP24-456E15 RP24-405I22 RP24-499B17
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 122647288 122647337 50 GCAAAATCTGAAACACATAATCTCCAAAAAAGAATTTTAGCACAACCCTT
U5 122652214 122652263 50 AACTATCCATTTTCCTTCTGTATAGATTTATTGATTCTGTGCATTTCTTA
U3 122652329 122652378 50 TTTGTGAATTTGAAGGGTGTCCCGGTGTGGACCAGGAGGGCACCAGTATA
D5 122652998 122653047 50 TAAGAATATGTAGCTCAACTGGTAGAATGCTTGGCTAGTAAGCATGAAAC
D3 122653166 122653215 50 CTGGCCCTATTTAAAACCTGTGAGAAAAAAAAAATCCCAACTGAGAAAAC
G3 122657754 122657803 50 GGTTACAATGTATACACTTACACTCACAGAAAGACACCCAAGTGTTGACT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 122897831 122928832 31002 GGAGCGGGGAGGTAAAAACCTCCTGTGGTGACGTCATTTCGTGACGTCATCACCGCGCTATTGCAAAGGGCAACAACCTGTTACCTTTATTTTCTCCTTAATCCCAAATGCAAGCAGTCGAAACACAAAGAAGCCCATCTTGGGTAGCTGAACCAGTTCTCTGCTGGTGTTTCCACTCTGTCTCCTAGAACTAAACATCTTAGACCTGATGAATTCAAGTACCACAGTCCCCCGTCTTCAGCCACCTCCACACCACTCAGCTAGCCTGTCCTTTCCAGAGTGTGTGACGTGAATGAATCCTTTCTCCCCAGATGCTGTAGGCTTTGCTCCTACGCCTAGCCCCCACTCTCACCGCGCTTAATCCTTGACTCTGTCTGGTCCCATGGTTTATCTGCCCACACTTGACTAAGTGCGGCTTATGACGAAGCTCTGTACCGGCCCTTAAGTCTGTGACCGCTGACTTATTGGACCGCTGACTTATTGGAGCAGCATTCTTCCTATGGCTTCTGAGGGCAAGGCGCCTCCCGCGCCCCCCACCCCCTTTCCCACTTGCGTCTTCTCATGGTCTGGTGTCCTCAGGACACTTTAGATTCCCTCTGCTGGGCCTGCTGGCTGCTTCCCCTGAGGCTTCCAAACTCAGCAGCAAGTCACATAATGCCAGGGGTCTCCCTCTACGCACACACCAGCAAGGGTTTTAGAATCAGTAGTTTCCTCGGGGAGTGACAACAGGAAGATAATGGGGAAGTCCTGGGGGGAGGGGGGTCAGGGCTGGGGGATAGGGAAAGTGGAGGCAGTTGAGGGCAAGTCCCTGCTGATAAGCATTTACCAGTAAGGTTTAGTGCCCTGGGAAATAGCCTGGAAGAACCACAAAGCATTCCTACCCAAGAGAGGACCTGGGGTCCCCTGACCCGCCATCGTTCTTATCCCCAGGTAGCTCCAGATGACATCTGTCCTGTGGCCCTATCCGCAGTCATAATGGATTTGGTCAGGGAGAAATGACCAAATCAACCAGGTTTGCTTTCCTAGGATCCCGGAGTCGGTGGATCTGGACTTAGAGCCCAGTGGAATGATGCTTTCTGAAAAGCAGAGAAGTCGTGTGTTCTAGAGACACACAGTGGGTGTCCAGAGAGACAGAACCACAGAGCTCAGGTGGAATTGAAAAAAGCAGCCTCAGCACAGGGAGAGATTTTAGCTTCATATGCTATTCATAGGTCCTTAGGAGATCAGGCCACATCTCAGACACTCCTATAGCTACAGAGAGATACCGTTTCCTGTTATCTTTGCAGACAACTTTATCTGTTACTCAGAGAAAACCTCCAGGTGCCCCTAAAGAAACTGGGCCTTACATCACATACCCATACCACACACATGCAACATGCAAAACATACACACATACATAGACACACACACCACATGCACACAGACACATACAGACACACACACATACTATACATACAGACACATATGCTACACACATACAGACACACACAAGCACACATACTACACACACAGAGACACACACACCACACACACACACACCACACACATACTACACACGCAGAGACACACACACACACACCACACACACACATACACACACACACTCACCACATGCACACAGACAGACATACACACACCACATGCACAGGCAGACAGACAGACAGACACACACACACCCTTTTCCAAAAAAGTCATCCTTCAAATCCTACAACCTCTGTTCACATCACAACCTGGCTTTCTACTTCACAAAGAAATAGACCACCAATGACGACATACTTTTCAAGCCAGCTTATTCTTTGAAAGGCTCCATTGCTTCTGTCTCATCAGCCCCCTGCCCAATCTTCCCTTGACTGCATATCCTCCCATTTAGACCAACTCCTATGCACTTAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTGTGAGTTCGAGGCCAGGCTGGTCTACAGAGCGAGTTCCAGGACAGCCTGGGCTATATAGAGAAACCCTGTCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAATAATCAACTGTTGTGTCTGTTTCCCTCAGAGCCACACCTACACCGGACATGGCGAATCTCTGACTGCCTCCTCTCTCCTGCTTTCATGACTCCTTACTAGGATGCTTGTTCTGCTGGGAGTGTGGCTTTGATTGTTTGGAGGGTTTGGGTGGCACACGTGCTAGAACCAGGGATCTCAGCTATGACAGGCAAGTGCCTAGGTGGAGCTACAAGCCCGTGCAGGGTTTTGAAGATGTGATTTGTCTGTGGGCTATCTAGGTACTACAGGGGTTCAGGGCTCAGAAGGGAACATTAATCTGGAGTTGGAGATTTTATATTTGGTGCTTTGTCAACAAGAATGAGAAGCAAATGCTAGAGAGGGGGCGGGGGCGGGGGGTAACTAGCTACAAGAAAGGGGACAAGTCTCTTGTTAACCATGAGTTCCACCAGTGACTTCCCTTCCTAGAGACCAGCTTTCTGTTCTTCCAGATGCATCCGCTTTGTGGGTGTGGGAGCTGTGTGTTCACAGCAAGTCCTACCCATGCTTAAAGGAACTCAATGTGGCTTTGTCGCCATCTTGAAACTCTTGATTTTATTTTTTTTTTAAAATCAGGGGGACTTCAAAAATTACATAGCAGGCCCTGTTTCCAGCCACAGTCCACACCTTATTAAATATATAATAATATACACATGTGTCCCGCCTACTATCCTTTTGGCTTTTAGCATCTGGTGATGAGATGATTAATTAATTAACTAATTAATCAATTAAAGCGCTGCTGAGATAGAACTCTAGGCCTTACACATGCTATTTATGTGCTTTACCAGGGAGCCACATCCAAGCCCCAGACTTTGAAGATATTTTTTAATTAAAGATTTACTTTCAGGTGTGTATGTATGTATGCTTGTATGTACGCAACCACACATGGGGTTGCAAGTGCCTACAGAGGCCAGAAGAGGGTGTCGGATGCCTTAGAGCTGGAGTTACAGGCAGTTGTGAGCCACCCAAGTCGGTTTTGGGGAAGTGGACTTGTATTCTCTGGGAAAAACAGCAAGGACTTGTAACTGTGGAATCATCTCTCCAGGATAAGTTTTGTGTACTTCTTAACGCAACATATCTGGAGGAAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTCACATGTGCACACAACCATAGTCGTTAACACTATTCACCAAACAGTTCTACTGCTTCTGTTTCTGCATACACCAAAGATACACGGTAGGACTGAATTCCCTGGCTCACTATTGGATAGGTGGGACCAAGACATTACTTTTGGCCAATCAGTGACACACAGGAGAGAGAGCTTTGTTTCTAGGTCAGCATTTAATTAGCTGCTGTGAGAATCCAGAGTTCTCATTCAAGAGTTCAAGATGACGCTACTCTGTTAGCGATGGATGTGTAACACGGATGAGAAATAGAACCGCTACTTTAAGCCACGAGGGAGCTGTGTTACGGCTGCATAGTCTGTCCTGTGCTGACTGACAGGAACACAGACGCTCCGAGGAAGGGTCGATGGAGCTGATGTGTGAGAAGAAGAAGTCACTGAAGGATAAGAGTCCCAGAGGCCAATGAGAAATTAGGACAGCGTGAGACCAGGAGCATCACAGATGTCAGGGGAGGAGTTAGTCCAAGAAATAGAGAGTAAGTGGCCGTGCTAGTGATCGAGTCCCAGAGGCCAAGCAACATAAGGAATACATATATGTCCAGTAAAACTGGCCACTGAGGAGTATGGGTAATCTTATTAATAACAGCTCTCTGTGGTTTGAATAGGAACGGCCCCCACAGACTTGAATGCTTGGTCACCAGGGCATGGCACTATTAGGGAGTCGGGGTGGGCTTTGAGGTCTCAAATGCTCAAGGCAGGCCTAGTCAGTCAGTCTGTCTGTCTGTCTCCCTTTCTCCCTCCCCGTTCTCTCTCTCTTCCTGCTGCCCACTGATCCAAATGTAGAATTCTGAGCTTCTCCAGTACCATGCCTGCTTGCACGCCATGATGATAATGGACTAAGCCTCCAAACCCATAAGCCATCTCCAATTAAATAACGGCTTTCCTTTATAAGAGTTGCTGTGGCCATGGTGTCTCTCCACAGCAATGGAACGCAGACTAAGACAACAGCCTTCACGGACTGTTATAGTAGTGAAAGAAAGAGCCCCAAGGGATATACCATAGAAGATCCATGGGAAAGGCTCAGCAGGGGATGCAAGAGAAGCCATATACCGATCTGCTTGTTCTGGGCATTTCTAGAGATGGGATCATGAGATGTCCTTCTGTGTCTGGCTCCTTTCACGTCTCCCTAGGCTCATCCACGCTATAGTAAGCACCTGCTCCTCACTCCTTTGCATGACTGAGTACTGCTGTTCTGTCATACGGATGTGCCACGGTTTTGTTGATGCGTTCTTTAGCGGATGGATATTTTTTGGACTTGTACGCCCATTCGTTGCTATATCCCCTAGCTCCTTAGACTCCTGGAGGGGGGGGTGGTGAAGAAATGAATGCAGGGAAGGAACTGAACCGTCAGAAGCCATGGAGTTGTTACAATATGAAGCCAGGTTTGGAAATCAGGCAGCTAGCCCTCTAGTTCTACCCACTAGACTTTACTGCTCTAATGGAAGCCCTTTGGCCTACTATTTGTTACATTCATCTTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCTTGCGTGACCACCTGTGCATATTTGTGCACAGTTTTAATGGAGTCAGTTCTCTCCAAGTATTCGGGTCCTGGGGACCGAACTCAGGTCATCAGGCTTGATGGCACCTTCGTCATCTCACTGGTCCCATTTATTGAAGGTTACTGTACTCCTCCGAGTTTTGAAAGAGTAGCGACAAAGGTCAGGGCAGAGTTAAGAGAAAGCGGTAAGAGTGTGCTGGCTAGGGGCTGGCGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCGCCGTCTGCTTTTCCAAAGGTCCCGAGTTCAAATCCGA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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:5:1:152003063:1, start 122913343: end 122913512
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ296f14
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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