High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 44906
Chr: 3
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ109o24 : RP24-389H4 : RP24-301O18 : RP24-386J20 : RP24-293E11 : RP24-326N17 : RP24-363L5 : RP24-131B1 : RP24-225D14 :
Instance: Plate 52: Well A08: BACs RP24-389H4 RP24-301O18 RP24-386J20 RP24-293E11
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 36193632 36193681 50 ATTTCTTTAATAAGCAACTTGGAATTTTGCATCTAGCCTCAGTTCTAGGA
U5 36188667 36188716 50 AAGCTCTATGCGAATGATTGGGAGCCCACCTCAGCACAACACTCTTGCTC
U3 36188534 36188583 50 GGTCGTGCTTCAAATTTACCATTTTGTTTTGAGATATGTTGTATTCATCA
D5 36187965 36188014 50 GTCTTAGCAAAATAATATCTAGAAGAATTAGATGAAATGGGAAAAGCAAT
D3 36187882 36187931 50 AGCAGTTGTGAAATAGCATGTTCTACTTATAGGAAAATAGATAAAGTAAA
G3 36183249 36183298 50 TTTGTTAGCTCATTTATTAGAACTATTCCTGACAGACTCCGTTTTAAACT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 36379481 36379513 33 CTTGGATTAATTTTCAAAATGTTAAGCACCAAG
15_E_15 36364431 36395265 30835 CTGAGAGCAGGGCCAGGGCCTGATGTCTGATTCTGCTTAGGCCATACACAATTCCTTGGACATGAGGCAGGTCAGTAGAGGTCTGTCACAGACAGATACCCAGAATCCCCTTAGGGTGCTCTGACTGATCAAGAAATTCATCCTCCAGGTACTTTTCATAAAGAAATAAACAGGCCAAGAGAAAAAGGCAAAGGTCAGGAATGTCCATGGTAATGTTACTCTTAAAGAGACATTGAAGATAATGAGGTGCTGAGCTGTTGATCATACAGTCTCATAATAAAGTATTGGTCTGTGAGTGAAAAGCTGGCTTAGATGTCTGCGCAGTGACATGGACAGATGTCAGGATATGTGGTCAAGCAAATACAGGAAGAGAACAAAGCAAATATGTCAGCTCAATAAAATATTTATGTCACAGACACAATAAATTGCCATCAGACAGGTTAATTCTCTGGTCTGTGTGCCTGGACCATTCCCAGCCAGGATTGCTGCTTGGCAACCCGGGTAGATGTCCTATAATCTCAAAAATGTCAGAGAGCACCCCATATTTCAGTAACAAACTTCACAGGTAGAGGAGTGTGGCTTGTAGAAGAGTGAGCGAGTAGCTCAGAAGTAGAAGATTCTCCTCTCAGAAGAGACCTCACTGCACGGAACTTTCCAGATGCTTACCTCACATCCGTCATTTCCCAAGCGGAGCAAACTCACTTCGTGCTCTCTAGAATACAGGTGGTTGTCTCGCAGACTATTCAGACAGAGCTAAGATGCCATTAATGCTTCTCTGCAGAATTCTCCGGGAAACAATGGGGATTTCTGTTGAGTTGAGAATAGGCTTGGTGTGGTGTGTTGAGTGGCACCTCAGCCCATGTCTGTTCCTCCCTATCTGGCCCCATCGGTCATGATTGGCCTAAATGTTGCTGAAGACTCTGGAGGGTCCTTGCTTCTCAGGTCTGGAGGCCCAGTCACCAAGCCTCTGTATCTGGAAACCAAGGCAGGAACACTCATCTGGCTGACTTTCTTGCCTGTGTGCTTGTTGATCTTATCAGACACACTCTGCAGCCTTGGCAACTCTTACCCCAGCACAGGCACAGCCACTAATGCCCGGGCATGAGTCATCTCTGCTCATTGGGGAGCTTTGTTTGTTCCATAAAGTTCATAAAGAATCAATCTAGTATAAAAGTCATTACTTTTTACCAAAAGTATATCTGGTTCCCCTACCAGATGTTATTAATGTGCAAGCATGATACTACTCTCATGATGTCTACAAGTCCTATGAGAATTTGTGTCTACTACATACGCATCGGTAGTTGGTGAGGTCAGACTTCTGGAATTGGAGTTCTTGGCAGTTGTCAGCTGTGAGTGCTAAGAGCCTAACCTGGATCACCTACAAGAGTGGGAAAGTGCTCTGAACTACTGAGCCATCTCTCTACCCTACAGTACACATCTCTACTCTATAGTTTTGAAATGCAGATCTCTCCTTCTATCTCTGCCCATCCTTTTATTCATTTCCAATCTTGTTAAGACAGTGTCTACAAAATTCAATTCTAAGTCCTGGAAATGGATTCTCTCTTAGGTTCATTCTTCTCACTTGTAATAATCGTCTTCTTCCTTCTCTACAAACTATCCTTTGACATGGAGCAAATCCTCGGACCGGTGTATAGGCTGCATAGGTAGATTCTCAAGTTTTGTCTTAAACCTAACAGGACAAGTTTGGTTCAAAAGTGTAGCTGATCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTTCCCCTCCCCCTCCCTCCCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCCCCTCTCTCTCATAGGACAAAGGCTAGAAAGATAGCTAGAAAGAGTGCACACTGCTCTTGCAGAAAATCCATGCTCAGTTTCCACCATCCATGCCAAGCATTTTAAAACTGCCTATAATTCCAGTGATATTACTCCACTGACCACTATGGCAAACTCCATGTACTCAAGGGTTTGTTGTTGTTGAGTATTTATTTACGTATTTCAAAAATCTATTTATTTTATTTTATGCACGTGTTTGCCTGCATACATGTATGTGCACCATGTGTGTGACCTGGTGTCTGTGAAGAGCCAATAAAGTGTTGGCTATTGAGTGCCCTGGAACTGGAGTTGCAAATGGTTGTGAGCTTCCAGGTTGTGGGTGCTGAGAACTGAACCCAGGCTCTCAGCAAGAGCAGCAAGTGCTCTCAATCACTGAGGCACCTCTCTAGCCACCTCAATAGTTTTAATTATGTGTGTGCATATATGTCTGTGTGTGGGTGTGTGCCTGAAGAGACCAGAGGGGTTGTCATATATCCTGGAGCTGGAGTTACACATGATTGTAAGCTGCCCAATACAGGTGCTGTGAGGTGAACTCTGGTCCTCTCCAGGAGCAGTTAGTGATCCTTACTGTTGAGCCATCTCTCTAACCTCTCCTCCAATTTCTTTCTTTTTTTATTTTGTTTTATTTTATTTTATTTTAATTAGGTATTTTCTTCATTTACATTTCCAAAAGTCCCCCATACCCTCCCCCTCCCACTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGTCCCTGGCATTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTTGCAAGACTAAGGGGCCTCTCTTCCCAATGATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGATACATATGCACCTAGAGACACGAACTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTGGCTCCTCCATTGGGGACTCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAACATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGCCTCACAAGAGACAGCTATATCTGGGTTCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAGGCTGATTATGGGATGGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGTGCATCCTTTCGTTTCAGCTCCAGACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCAATTCCAATTTCTTTAGAGAGGAAAGTGTGCATATGCACAGGGTAGGATGGTAAGGAGTGAGAATTAATATCTTCTGGATACAAATTGTGTTCATCGCATCCAGTGAATACCCTGCAATGGCTAACTGTTCTGTGGATAGTGAGATACCATCTAAGAGAGCCTCAGTTTCTCCAAGATGCTGCTGAAGTAAACTGTTCTTTAGTACAGTTGTCTTCTCTGTCTGGGCATACCTGATGACTTCCTGTGTTGTCTTCACACATACACATTTGTCATTAAATGTCAGTTTTGGTTACTAAGAAGTTTCTTGTGATTTTTCAGTTACTCTGGCTAACCCGCCCCCCTCTTCATAATTGTTGCGGTGTTGTGCATTTGCTATTCTTTTATTAGCAACCTAGTAGGATAAATACAGGTTTATACAACCTGCCATTTTGACTCAGGAATCATTACACAGTTACTTGTGATCATCCCTGTCATTGGAGCTTTAAGAACAAGCACACACTTGATGAGGTTGCTCCCTGCAGAGAAAAAACGAGTCAGTGGCTTTTCTGCTGCCCCTTTGCCTTGGAGTCTTTAAACATTTTTTGATTGAATCAATTGTGAGGTCGGTTTTTTATGTGTGTGTATGTACAGTTTTCTTGCTCATCTATTTCTAACCTTTCCTTCTATAAAAGAAATCATGATCCATGTTTGCAATCTAAGAATTTTGCCAAGTAAGAGGAAATGTCTGAGATCTTAGTTGGTAGAATAACATTCCATTTTAAAACTTATGGGTTGACCTGATTATTTTTTATCATTGAGTTTTCTCTGTTGTTTCATTGGTCAGTCAACCTAAAATCAATCAGTTAGCATTATCTGGGTTAGAGAAGGAAATGTTCTTGATTTACTAAGGGAGAGACGGTGTCTAGCTCTGACACACTGCAGGAACTTCAGAAGTACTGGCTGAACTCCCATACCTTAGGCTAGGGGAACACTGAAGAAGAGGGGTAGAAGGATAATTAGGGCCAGAAGTCAGAGAGGTTTGCTATGAGATTGTGTCTCCTAGAAGCTCCACCCATGGTTACCCAAACAGGAGCTGAAAGATAACAGTGAACATGCTAAAGTGGATGGGGAAAGCCCATGACGTCTCAACTCTACACGAAGAACTACAGGCAACTGAGGAAAGACAGGAGTGGGAGAGGTGGTCTTCCCTGATAAAGAGCACACTAACTGGCTGCCCAGTGCCAAACGGTCAGCCCTGAAAACATACATACAGGTAGCATTATCCAGACTGAGCAGGCTATATTTAAGAACATATGTGTGTGTAGGTAATATACATATATGCATACAATAACAATTAGTAATAAAAAGAGACCATGAATCTGAAGAGGAGTTGGAAGAGGTATGTGGGAGAGTGTGGAGGCAAGAAAGAGGAGGAATGCTGTAACTCTACTATAATCTAAAATATAAAGTTTAAGAAAAATAATGATTGCTGAATAAATTATAGCACACACTGTCCTTTTTAAAGCATAGCCCATAAAAACCTTCAAATGCTATCTATGAAGGGCAGCAGCATGCTCACACTACCCATGAAGGGCAGCAGCATGCTCACACTACCCATGAAGGGCAGCAACATGCTCACACTACCCATGAAGGGCAGCAGCATGCTCACACTACCCATGAAGGGCAGCAGCATGCTCACACTACCCATGAAGGGCAGCAGCATGCTCACACTACCCATGAAGGGCAGCAGCATGCTCACACTACCCATGAAGGGCAGCAGCACGCGCACCTCCATTTTTACTCACAGCAATGACTTCTTACCATTTTTTTTCCCTGAAGAATCTGCTATTCTTACAGGAAATGAAGTTGAGTGGCTGCATTGTAAACTTTGGGCGATAAAACTGAAAGTTGTTAAATTAGTGCAAAAATAACTCTTAACGGAATGTCAAGTAAAGGAATTTTATAG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GR1 -1 -1 1 GCTGAACTGTCTCCAACTCTCTTC
GR2 -1 -1 1 CCACCTCTGAGTAGCAGGAAGTAG
GR3 -1 -1 1 CAACTCTCTTCTTGATCCACAGTTCATAGC
GR4 -1 -1 1 GTGACACTGGTTCACCATTCTTCCTGCAG
Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:3:1:159872112:1, start 36379704: end 36379766
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ109o24
Found 8 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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