High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mms
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 447769
Chr: 17
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-195B18 : RP24-294G12 : RP24-476G6 : RP24-297A6 : RP24-296D10 : RP24-274A7 : RP24-193L11 : RP24-93J1 :
Instance: Plate 282: Well B01: BACs RP24-294G12 RP24-476G6 RP24-195B18 RP24-297A6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 33815011 33815060 50 TATCTATCGTTCCTACAGGGGGTTTGCAAGTAACCTTGGTTAAAATTCTA
U5 33821417 33821466 50 TGAGTAGTAGAGGCTACAGGACCTTACTGGCTGCCAACCTAGGTAGGGAA
U3 33821500 33821549 50 TTACACATAGCCACACCATGTATGCACAAGAATGCAATTGGCTGAGGGAC
D5 33822735 33822784 50 ACCTCTGTGAGCTGCTAACTACATCTAGACTCTCTCTGCTGTCTGAATCA
D3 33822791 33822840 50 GGCACCTTGAGAAGATGCTCCCTCTAGCTTGTTAGGATGCTGAGGGGAAA
G3 33826069 33826118 50 TGTAGGCCAAGTCATTGCTTAAAGTCAGTTTTGATCACATTTATATACTG
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 33959730 33959735 6 CAGCAG
15_E_15 33943362 33974785 31424 CCCCAAGGTGACTTTCCTGGCCTCAGTCCTTGGGACCAGTGAACTTGCCTGAGAGCAGCTTCCCAATAAACCTGCCTTTAATATATTCTAATCTGGCTTGAATTGGCTTGTTTCACTCGGTGGTGGAGAAATAACCTACCAGTTTCTAAGCAGCAAATTGTTAAAACCTCCTTAGTTATGCATTGCATTTGTCTTACTGATCTAGTTCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTGCAACATTTCATTTTTCAGTTAAACATTTTTGGTTTTGGTTTTGGAGATTGAGTAAGGACACACGCTCTACTTATTAATCAATAAAAATATTTTTACAACTTCAAAAATTTTTTACAGCAAATTTGGGTATATTTCTTCAGCTTATCAACCAACGAAAACAGGCCAAGCTTTTTGTAAATGGAGAAAACCAGGGGTTGGGAGTATAGCCCGGCATGGAGGTATGTGGCTGTAACTCCAGGATTAGGGTAAGAAATAGGGTGAGAGACACAGGAGGATTCCTGAAGATCATTAGCCGGTCAAGCTAGGAAAGCTGGTGAACTTCAGGGAGAGACCCTGGCACAAAAACAAAAATGGGGAGCCCTTAAAGGCAGGCAAAAGACCTGACACTCTCCCCAATGGACTATCACCTCACAGTATTAATAGAAAACACTACACACACACACACACACACACACACACGCTATAGGAATGTATTAATGTAGTATCTGACTGTAGCATGGTTACAGCTACTGTAATTGAAACAATGAGAGAGACTGGGAAAGAAGACTCTCCCAGCTCAGGCTGCCTTTGAACTCATGATCCCTTCTTCCAACCTCTTCCCAAAGGCTGGGATTACAGGCTTGCACCATCACAGACTCAGATGGCAAGGCTGGCTTTAACCTGTCAAACTGTGGTGAGATCTTGTTTCAAAAAGCCAAATACACATTGTTTGGGAGGTGAAGGCTGAAGGAGCAGAAGTTCAAGGTCATCTGTGACTTCAACAAAGTCAAAGTACAAAACAAAGCAAAAACCCAGGAAAGCAGAACATGGACAAAACGTGTGCGGCAATGGGCTATGCACAGACAGGCTGGTCTCCAGTCGAGCTGAACCCCGGGACCGGTGGTGATAATTCACCTTCATGGGACAGAAGGAGTTCTCTCATGTCTCCTGGAACCCCGGCTCCTATCAAAGTTACCGCCCCCCTCAGCCCCCACAAGAGAAGCATGGCTAGAAGTCACGTAGGCAAGGTCCCAAGCTTCTGACCTTCAGGCTAAACTCCTCCCCAGTTACCTAGAAACAGTAATGACCATAAGAGGGGCTGCTTGGCTCCACCTCACTCTCTTGCTCTTACTCCCCTTACTCCCCTTACTCTCCCCTCCCCTCCCCTTACTCGCCCCTCCCCTCCTCACTCCCCTCCCCTTACTCCCCCCTCCCCTCCCCTTACTCTGCCCTCCCCTCCCCTTCCCCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCTTTCCCCTCCCCTCCCCTCTCCTCTCCTCTCTCCTCATGCTCTCCTCTCTCTCTCTCCCTCTTCCTCTCTAGCCTTTCTTCTCTCTCTCCCTTTCCCCTTCTCTCCTCTTGGCCATGGCCAGTCTCTCTCTCTCTCTTTCTACCTTCTCTCTTTCCCCCTGCCTTTCTACAATAAAGCTCTAAAACCATGGACTGTCTCTGTTCATCAAGGCTGTGCAGACTCTTGCCTGTGTGGGAACCTCTCTCTCTCAGCCCTCTCTCCCATAACCCCGGGGCTACAGGGTGTTGTCCTGGGGCCCTGGTCGGGGCTGCCCCTTGTCTACCACCCGTAGAGTGGGGTCAGTGGCTTAGATGCCCATCTGGGGCCCAGTGGAAAGCGTCTGGCAGTCCTCCCGCGTCTGCCTGCCCAGAGCAAAGGAGGAACTCTGGCCGGACGTGGGCTATCCTCCCTTCCCCGCTTCACCTACCCCTTTTAGTTCCCACAAAAACTAAAACAAACTAAAAACCCAACCCCTTGCCCAAAACTGGGAACAAACAAACCTCCCTGGTATCCCGCCAACTTATTTCTTGCTGACATATCTAGTTCAAGGTCCCAGTGAGGGAGTTTTATACTTCTTATCTTTGCCTGGAGTATCCTCCTTTTAAGTGTCACCTTGAAAGCTGCCTTCCACAACGTTTCCCCTAAACCCTAAATTCTCCATTCAGTACAGATGAGGGTCTTGCATCTCTTTTTCAGAGTACTCATTACTCCTTCACAGAACCTTGGCTTGAACAAGGCGCAGAGATCTCAGTGATTCCCTTGCCTGACACAAAATCAGCTAGTTATGTTAGGAGGAAAAAACAAACAAGCAAATTGTAGTAGCTTTTGATCAGATCATAACTCCAAATGGGTTAAAGTTAAATGTTTAAATGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGTTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCTTTTTTTGTTGTTGTTGTTAAATGTACTTTTAAAACTTTTTTTTTTTTCTTTCTTCTAGACAGAGTTTCTCTGTATAGCTCAGGCTGTCCTGGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCTTTTTCTGTTGTTGTTGTTGTTAAATGTACTTTTAAAACTTTTTTTTTTTCTTTCTTCTAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCACTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTGGTCCAGGCTGGTCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCACCACTGCCCAGCTAAAAAGTTTTATTGATATATGGTATGTATGTGCATAGGTTGATGTATATAGCACACTATGGAGATCTGAAGACAACTTGTAGGAGTTGGGTCTTTCTTTGCATTACATGGTCCTAGGGATGAAACACAGATCGTCAAGTTTGGCAGCAAGAACCTTTACATGCTAAGTCATCTCACTGACCTTCACAAATGTAATTTTAATTTATTTCTGTGACAATTTTTTGATCTATAATCTCAGTATGTTTATAAGTACACCTGTATGTGTCTATTATATTTACATTATTTTCATCTGTCTATCTGTCTCTGTCTGTCTGTCTTCCTACCTATCTATTGTGATAGGTGCGCTAGACAAGTTCTGTACCATTGAGTTAGATATCTCCAGTAGAGCAGACATTTATTAAGTAACTAGTGTATGCCTGAGGCAGTGGATAAAAAGTTTCCTGATCCTAAAATGTCTAGTAGGGGTGATGATAGTAACCTTGCCTTTCTACTAATGAAAATTGCTATTTAGTTAATAAACCATTGCTATGGCAATGATAATGACTAGGGAAAGGCTGTGCTAAGGATTCTGTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTCTTGTGGCACATAGATTTCAGGGGCACATAGATTGAACACTTAGAAATATAGGAAAGTATCACATATAGATAATATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCATCAGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCCGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCCAGATAATATTTCTTAAAGTGGCACAATATATGCAAAGTTCCTGCGGTGGACAAGATCCAGGCTCTTACGACTTCAACAAGACAGTAGGAATTAAACTCGTTATATAAATCCCATTAGAATAGTTTGCTTAGATTTTTCCTGTAGCTCCCTACTGTCCTGTGAATGAAACCTCTTTTCTTACTCCTGAACCAGGCAGGATTTAGAGGTAGCTGGCTGAGCAGCATCCCACTGCCCTGCTCTGATCTTCTCAGATTCTACTGTAGGCCCGCCCTCAGGCGGGTCCCCACCCTGCCCCCGCCCAGATGGCTCACTCTGTCTTACAATTGGATAGTTCGGTTAGATTCGTGCTCTGGTTGGCTGAAAAAGCCGTCAGTTAGGGGTGAAAGCCTTGATAACCCGTGCGGAGCTTCGAGGGGGCGGGCTCGGGTGCGGTGCGGGCGCTGCCGGGGCTTCTCATTCAGGTAAAGTCAACCACGCGAGTCCTGGAGGGGAACAGTGGACCCAAGTGTCCGGGAGGGGTGTGATGCTTTTAGCCCCCTTCTATGGGTTCTGTGCGTTGCAACGGGGTGGGCGCCGTGTCCTGTAATGGTGACCATTTGGACATTGGGAGCCTCAGGTGGTTTAAAGCCGACCGGAGAGGGGGGACCCTAGATTATTAGGCAGATCGCCACCACATGGCCATCCAGGACCTAACCAGAGGAACTTGTGCGCATTTTAGTCTCCTAGATGCCTTAGGGGACCCTTCCCCAGAGTTGGCTTGAAGACCTGGGAATGGGTTTCTTGCAGTGGGGTGGAGTGGGCGGATGGTACGGAAACGGTGTTGGAGGGAGGAACGGATGTCCCCCACTCCCCGGACCTACTGACAATAGCAGCGGATGGAACCGCCCAGCGGTTTTTCCTGTAGGAAACTGCCCTGTCTTTTCTAAGCGGACTTGGTTCTGTATGTTTGGGGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGATTCAAGGACCCCTTGTCCTGCCATCATCTAGCTCTTTCCCCCATCCTGCGTTTGAGAATCCTATCCCAACATGAAGGGCTCCCACCTAGAGCCTTATCAGTAAGACATAACTTCTTCAGGACCTCGGGTATGCATGCTCTGTGTCCTGTCCTTCAGGTTTCCTGATGACAGCTCTCCTGATCACAGCTCTCTAGACTGATCGCAGCTCTGTGTCCCGAAATAGTCCCAGGGCTGGGTGTGGGGGCGTGTGGCTTCAGCTCTGACAGCCTAATGAGGGGGTCTCAGGCAGGGGATCCGGATTTAACTTTGATAGCCAGGCAGTGTGGGAG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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:17:1:95272651:1, start 33958713: end 33959671
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Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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