High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 44703
Chr: 3
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ357l16 : RP24-362A14 : RP24-541I13 : RP24-346A18 : RP24-208I16 : RP24-67D17 : RP24-90O19 : RP24-304C17 : RP24-394E6 : RP24-221B4 : RP24-573K7 :
Instance: Plate 50: Well E06: BACs RP24-346A18 RP24-541I13 RP24-362A14 RP24-208I16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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G3 89744713 89744762 50 CATTCCTCAGGCTCCATCTCTACTATTCTTCTTTCTGTTTGTTTTTAAAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
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15_E_15 89809638 89840486 30849 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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ357l16
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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