High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 44475
Chr: 5
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ389e17 : RP24-474M23 : RP24-486L9 : RP24-312J19 : RP24-115E4 : RP24-234D7 : RP24-361C17 : RP24-75P16 : RP24-134G21 : RP24-419L9 : RP24-361A19 :
Instance: Plate 56: Well C01: BACs RP24-312J19 RP24-474M23 RP24-115E4 RP24-486L9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 107339362 107339411 50 ATCCTCCTGTGGCACTCTGGTTCTATGTCTCTGTTCATAGCATAAAATAT
U5 107344414 107344463 50 GATGGCACATTAATCTTGGTTAAATTTTCTATCTATTGCCTAAGTTGGAA
U3 107344551 107344600 50 ACTGCAGCTTTCACATTTCCTTAGTAGTAGCTTTGTCTTTCCTCAGTGAT
D5 107345600 107345649 50 AATGTTATTGGGTCTAAGATTTCTTTCCCTCTAGCTGAAAATATTTTACT
D3 107345834 107345883 50 ACCCCCTTTCTTAATTTGTATTTTGAAATAGGGTTTCTTTAAGTTTTCCA
G3 107351107 107351156 50 ATAGTACTGTTTTATTTCTTGATACATGCAAACTCAGACCCAAAGGTTAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 107585952 107586135 184 GACTGAGCTGTCTGTTATACCCCCTTTCTTTTTTATTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCGTGCCTCTGCCTTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACACCTGGCTTAT
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Comments:
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done inserting candidate regions
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D31:5:107586022:107586141_43 was rejected with 7 alignments
Entered all non-repetitive oligos
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Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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