High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 44448
Chr: 8
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-549H7 : RP24-489P2 : RP24-109F1 : RP24-392L13 : RP24-494A17 : RP24-97K3 : RP24-147I16 : RP24-390P11 : bMQ_243i19 : RP24-76G22 :
Instance: Plate 56: Well A11: BACs RP24-109F1 RP24-76G22 RP24-489P2 RP24-549H7
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 94740965 94741014 50 GTAAGTCTCCTGTCTCATTTCCCCCAGGCATTGTAGTTGGCTTTTTATGA
U5 94746221 94746270 50 TCACGGTGAGGGGTGAGGCAACTACAACCAACCAATCAAGTGTCTGGAGA
U3 94746394 94746443 50 TGTCTGAGTCTTGATTCTGACTCTGCTACAGTCTCACCATGACCTTGGAT
D5 94747399 94747448 50 GGTAGCCATTTCAATCAGAGACATACTATTAAGAGCTGATACCCATAGAT
D3 94747500 94747549 50 ATCTTTAAAGCAATTCTACAAGGAGATTAACCCACGTCGTAGGTGAGACC
G3 94752879 94752928 50 TAAACTCCATCGGCAGTCATCCTGAAGGGCTCTGGTAGGCGTGGCAAATA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 97620350 97651678 31329 ATAAATAATTATATAATAGTATATTGATATATAATATATCGAGATATAATAAATATATATTCATATAAGTTTATAAATATGTGCATGTATATATGCTTATTCATATATGAACAATTAAAGAAAGAGAGAGCAAGGGGGATTACATTTCATGGAAGGGAAGAAGGAAAGGAAAGGGAAAGATAATGTCATTGTAATTTAAATTTTAAAAATTATTTAAAAAGTAAAACCTAAATTAATATGTGTAATGGCTTAAATGTGAATAAGCCCCATAAGCTCATATTTGAAATCCTGGTTCCCAACTGGTGGGAACCATTTTGGAAGTGTAGCCACCAGCGGCTGCGGGTTATTGGATTCCTGAAAGGAAAGAATGGGGTTGAATGGGAAAGGTGGTGAGAGAAATAAGGAGCCAAGACAAAGTTCTCTGATCAAGGCCCAATGTTTACTGATGGGTCTGAGCTTATAAAGGGGAGGAACCCATCCCCCACCATGCCAGGATCTTGTGGTCACTTATCTGTCAGGAAAACAAGCTCAGCTGCTAAGCAGGTAACTTCTTTCAGGAAGCTGCAGATGTGGCAGACAAAAGACTTTACCTAGGTCAGAAGACTGGGCCCTAGGTGAGCTAGCAACTGTGGCAAGCAAGGTCTGAGACAGCCTGCTCGAGGCTGGGGGGAGGGCAGTATATGTAATTCTCCTGTGTAATGATTCTAATTGCTGCTAGCTCATGCATATATGTAATATGCCTCTGGAGTTATACTAGGCTTCTACGGTGTAAAGCTTAGGACACTTTACCAAGCTGTCCTCTGAACTAGCATCATCGCCGATGCTACTCTTCCACAGGTTTTGTGTGTATATTCCTAGTTGAATCATGGGTCTTTTCTTGAGGCTAAGGTAATTAGATGTGCCTTAACCCTGTGTGCTCCAAGCTGTGCCACCTCATAGGTACTGCATGTTAGTCACCTCCTCCAACAAGGCCACACCTTTGAATCCTTCCCAAACTGTTCCATCAATGGGAATCTGAATATTCAAACCTATGGGGCCATTTTCACTATGGGGCCAACTGCCACAACATTATTGATTGATTGATTGATTGATGATTGACAGATTTTCTTATTTTAATTATTTTTTAAAATCTTGTGTGTAAGGGTATTGTGCCTCCTTATATGTCTGTGTACCATGTGCACGCAGAACACACAGAAGTCAGAAGAGGTGAACAGAGCTCCTGGAATTACAGTCAGTTGTAAGCTGTCATGGGATGCTGGAAACCGAATCCTGGTCTGCTAGAAGAAATACTCTTAATTGCTGAACCATTTCTCCAGCCTGATTCTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGAGTGTATGCCTGCATGTTCACACCACTGTCCGGCTGTTTCAACAGGCTCTAATCATATTATTGCATGATATATATATATATGGGATTAATTGGGTTGTATGCTAATAAAACAGAATTTGTTCATGCAATATCAGAGGCCCACCATATACAAACTGGTCCCACATAAATATGTCTCACAGAGCAGAAGAACATAGCATATTCCCGCACTTCCATCCTGCGCCCTTAGGAAGGGGGTGTCCAGTGGCATGGGGCTGCACACTTTTTGGAGTGGGGGAGCTGGGGGAGCGTGCCTACAAACACAGGACCTGTCCACTCTGGGAGAAGACTGGACATATACAAAACGCTCATGGGAAGGAAGAAATGGCCCATTCTCATGGCTCTGTATGCTTCCCTATTACCGAAGTTCTAGCAAGGCCTTAAGGGAGGCTTAACTGCAGTGGTACTTCACCTCCTTGGTTTGGTTCAATCCTAAGTGTTCTATCCATTTAGGCCCCTACTGCCAGTGGCATAATTTTGGCCTGATTCCCTTCTCAGTAAGCTTGTTGGTCCATGGGAAAGATACTTATCTTTGTGTCTCAACTTCCTAACTGGCGACGTGGATGGCAAATGTTTATCAGCTCTGAGTACTTTGGGGCCGTCAGGGAATTGCCCCCCCCCCCAGGATCCTGTGGGTTGTAAAAAAAGAGGTAAGTTGACTTCTTCACTTCCTCTCCATAAACCTTTTCTTCCTTTCTGATTGATCCAACTAAGACTTGAAGGACTACACTCGATAGGACAGGCGAGGATGGCCATTCCTGTCTGACTCTGACCTGAGAGCATCTTGGGTCATGCCCCTGTGGTATTGCTGGCTTGGATGAGCCCTTGCTTCTGAGATACTGTGCTGTCTTCCTTCCATTCCTGGTTTCTTCAGGGCTTTTACTGTGGAGAGAGGTGGGATTTTGTTGACTTTTTTGTGCACCTACAGAAATGATCGTGTCATTTCTTTCCCCAAGTTTTATTTATGTGTTCTGTGAACAGGACGGTGATTGCTTGGAGAGGTTCTGGAAAGAACCTTGGGCCAAGGAATGAATATCTGGGGCTTTCTCCTTTCTTCTCATACCACGATGGTTCTCCCTTTCTTTGCTTCCCTTTTCTGCTTCCCTTCCAGAAGGATATCATCTCCTGACCTAGTTTTAGGCACCTCATGTCTGGGTACTGAGCCAGGTCTTTCCCGGGCCCAGCACCGTTGCCCCTCTTTCTGGCATGGGTCTTCCCAAAGATTATCATATGCTTCCAGCACCCGTGGCTATTGTGAATTGTGTGTGACAGAGAGCATAAAAATCCTTGATCCTCAAAACAACCTGGTGGCAGCGAGGCTCACTAACCCACAAGCCACACCCACTGCCAGCTGGTGGTAGAGACAAGACAGCTGTATCTAGGACAAGGGGCATTAGTACACTGGTCACACCCTGCAGGCTCTAACACATCTGCTATTTTTATGACACACTGAAAAGCCAAATCAACACTCCACACAACGCATCAAATGGTAAAAGAGGCAGGTGGAGCATGGAAGACTGCTGGCCTTCTAGGGCCCTCAGACATAAAAAGCAGTCAGGTGGGTCTTGCTTTAGGGGCCCAGGCTGGAGCATGGGTTCCACCCAGGACAAAGTCTGGAGTGAAATGCTTGTCATCATTCCCTGGCTACATCACTAGTCACTGTGGAGACTGTGTGGCTCTTACCAAACCACTTGTCTCTTTGGGTCCTTCCCCAGATGCTCCTGCACGCATTGAAGGTCACGTGACTGAACATGATCAAAGCAGATGCTCTCAGCTTCCAGGCCTGGATCAGAAAAGTCACCTACAAGCTCTGAAAGACAACACAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGCACAGGAGAGCCACTTTAAACTCGGCCCCTGGAGGAGACCTGCACTGGACTGGGAACACCTACTTCTGGTTTCCTGTGAGGAGACCCGGGAGATAGATGCACAGGTTGGGGGACATGTGATGGGGATTGGGCATCACAGAGGATGAAGGGTGGCTGTGACCTTAACCAGCACTTGGCATGATTCATTTTCTCCCTAAGCACTGCTTAGCTACACCAGGGCGAAACTGGTAGAGATGGGGGCTTCCCTGGGGCCCTGGATTCTCCAGGAGGAAGCAGGAAAACAGGAGTAGGCGTTATGACTGCACATTGAAGGTATAGGCAAACGTTGCTTACAGTGGAAGCTGAAATAAGGACAGGGTAAGGGAGCCAGGGACAAGGGACCAATTCAGTCCCTTGGGGCTGGATGGCAGGAATTGGATGCTTGGGACATTGAGCTGGAAGGTCGAGATGGGGGTGACAGTGAGGTGTTTGAAGGTGAGAACATGTCCTAGCAGTTACCAGGGCTGGCATGGTCAAGGGCATGGCCGTGGGCAGGAGAGGCTGAGGAGGTGAGGCCCAAGTTCTCTGGAAGAGACGGGGCTGTGAAACCAAGAGAGATGAGCATGAAACATGCTATGAAAGAGAACCCTGGTGAGGAGAGTGACCATGAGCTGGCAGCTGTCATTGTCAGCAACAAAGGAAGTAGGTGGTAAGGGGAGAATGTGTGAGTGCCCTGAAAAGAGGCAAGGCTTTTAGGGAAGGGAGATGGCGGCTCAGAAGAACTGCACAGAGCAAGGAGGGTGCCTTTCCCAACCCTGGCTCTGTATGGGGCAGTTGTGTGGGGACAACGCCTCCCAGAAGCCTACAGGGGGAGCAGAGACCTTAAAGAGAGCCAAAGGGAGCCGGGCATGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAACCTGGGCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGACAGGGCTGCACAAAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGCCAAAGGATGAGAAGCCAGACTGAGTGGGCTGTGTCTATAACTCTGGCATTCGGGGAGTCTGAATCAGGAACATGGCAGGCTTGAGGCCAATAAAAACTACATGAAACCAGAAAGGGACAAAAGAGCAAGAAGAGACAGAGGGAGCAGGGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGGCAGCACTATGGAAGAGCTGTTAGTCCTGAAAATCTGGAAACAACCTAGACCCTTGGTGCTGAGGGGATCCATAGACAGCAGAGGAGGCCACAGCAGGACTCAACACAGAGAAAGTGAAAGTGGAGAGCCCCGAGGATCAACAGGACTGGAGGAGAGCAGGCAAGCACCCACTTGAAAACGGCTGGCTGCAAAGTATGGAACACAGCAGCACAGAACCATGCTGTATTCTATTTAGAAATCTACAAAATCATAAGCATATACTCAGGGAAGGATCCCAAGTGATGTCAGGGTCCTGGTTTTGTGGTTATGCACAGAAAAAAAAAGAGGGGTGAAAGGTGAGGAAGAACAGCTTGGGTGGTATCAAAAAAAAATTTTTTTTAACTTCTTAATGACCAGAAAAGAAAAAGAAAAAAAAGATTCACAAAGGGATGAAACAAAATACAGTAAAATGTTGTCTACTGCATAACCTGGG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Comments:
Target: otter_06_09_21 OTTMUSG00000016635 -- 97636031 -- 97636154 --
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:8:1:132085098:1, start 97636030: end 97636154
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ_243i19
Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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