High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 44323
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ439a16 : RP24-483N9 : RP24-433D18 : RP24-143J14 : RP24-477M12 : RP24-424G8 : RP24-539H10 : RP24-362M14 : RP24-240M1 :
Instance: Plate 52: Well D05: BACs RP24-143J14 RP24-433D18 RP24-477M12 RP24-483N9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 3772733 3772782 50 ATCAGTGAAAGAAGTGTTGACAGAATAGGCTGCAAATGAATGTGCCTTCT
U5 3777779 3777828 50 AAATGGCCACCTAGTTTTTCTCTGAGGAATGTAGAGTTTCCCTGAAGTCT
U3 3777936 3777985 50 TTGGATGTTATCTCTAAAGGTTTGAGAGCCTCCTTCAGGTCTGAAAGATG
D5 3778937 3778986 50 GATTCAGATCCCCAGAATCTATGTAAATGTGGGGTGGTTGTGGCATGGTG
D3 3779040 3779089 50 AAACTAGATAGACTTTGTCATGTTGACCAACCCTGAATTAAGCCAAGAGA
G3 3784481 3784530 50 TTCCGCCTCTGAGAATTATTTTCCTCAACCAAATAAACATGTATGGTAAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 3696259 3696311 53 GCCAGCCTGTAATTCCAGGACTTGGAAATAGACAAGGGATCCCTGAAGTAAAC
15_E_15 3680051 3711361 31311 ATGCAGCAGATGGGCAACAGCTTCAACTTGGAGAAGAGGCTAAGGAGACTGTTAACTGTAGGGAAGCCAGAAGCCAATTAGTCCTGAGAACGTTTCTTGATAGGATAGGGATGGGAGCTGGAACTTGTGCAGTGTTACTGAGCAGCGGAAGAACCACATTGCTGTTTTTAGTGATGCATTTCCTGTCTTGGCTGCCTGTGGACCATACTTCTCATGCATGGACCTTGAGGGCCATGAGTACAGGACCTTTTATCTGAAAGAGCCTCTGATTAGCAAAGAGTCACAACCTGCCCTCAGAGGACGATTGAGGAGGAGGGTGTGTCTTAGGGTTTCTGTTGCTGTGATGAAACACCATGACCAACAAGCTAGTTGGGGAGAAAAGGGTTTATTGGGGTTACATTTCCATACTGGCATTTACTGGTGAAGGGAGTCTGGACAGGAACTCAGAACAGGGTAGGAACCTGGAGGCTAGAACTGATGCAGAAGCGGGGAGCTGATTATTGGCTTGCTTCCCATAGCCTGCTTTCTTATAGAGCACAGGACCACTGGCTCAGGGATGGCACCACCCACAATGGGCTGACCCCTCCCCCATTTTCCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATGTCCTCGACTGAGGCTTCTTCCTCTCTGATGACTCTAGTTTGTGTCAAGTTGACACACAAAACCAGCCAGTGCAGGATGTTTGCTAAGGCTTTTCCCTTTGTGATATTTTCTCAAGAGTCCTCAGACTCAGTCATTTGCTGGCCTAATCCCTAATTGATTCCTGGGTTTGATAACCCAATCTGTTGTTAGGACCTCGGATGATACTAAGCAGGTATTGGGCTCTGGCTTCTATCTTCATCACACTGCGCTGTTTCCACGTCTTCGAGTGGGCTAGCTGTCTGGTGGCCTTGCATAGATGTGCTTCTGATTGCCAGGGCCAAAGAAGCTTTCTCCCACTATTATACACACCTTAAAGAATTAAATAATATTAATAATATAGCTTATCATGGCATTCTAAACTCTGCCCTTAAAGGATCTGAGACACCTAAACATTGTCTCTCATAGCCTGCCATGTGGAGAGTTTTTATGTATGCATGTATGTATGTGTGTGTGTATGTATGTGTATTTATTCTGTGATCCTGCCCTGGCTTCTGTAGGCAAGCTCCCTGCCTCTGAGCCATATCCCAGCCTGGCACTGGTGTCTTTTTATTTGCCTTGTCTTCAGATTTGTTTCTAAAGTTGTCTGAATATTCACCTTCCTTTCTAAATGGGCTTATTCAATAATTGTCCTTTACTCTGGCTTTCCTCATAATTGGCCAACTTTAGACACGGTGTGTTTTTGGCAGTGCTGGCTGTTGAATGGCTAGAAGGTAGAGGGAATACAGTTAGTTGTATTACCCACTAGCATTCTTGGAAAGCAGCCCAAACTTTTGCTTGCTGATTGGCAGCATCACACTCTTCTGATGAAGCCACAGTGCAATCTAGGGTGCTACCCGGACACACCATTCTCCTTCCTGTAGCCACGGTACAGACATGAACAGCTTGTGGTTAATTGGCAGTATAAATTCACAGTAACACCAAAACTCGATCTTACACACACAGGCCTAGTGAACGTTCTGTCTGATGTCAGCAACATGGAATGTAGACTTGTAAACTATCATAGTGGCTGTCAGCTCATTGCTTATCTGCCTGCGCCTTTGCATAGGGTTTCATGGAGCATTATACAAGCAATGCGTCTGTGAGGAGCTCCCCTCATTTCTGTTTCCATCCTTTTGGAGTTCCATCAACTGGTGGTTAATTCATGTTCCACGAGATATGTGGGGGAGTAAATGCATTGCAAATGTGGACTGGGTGTACCTGCTTTTCTATAAGACCTCTGACATTTATGTCACTGGCCTATGTTCAGGACATATATTTATGCAGAGCAGATTACCAAAAAGCCCAATGAGAGAGGAGGCCACTCAGTTGAAGAGATCGGACTGAATCAAGGAGATTGGGGAAGTTCTTGAGGGTTTCTAGGCCTTGGCAGGATGGGATCCACTCAGGGCCTGGCCTCTCGGGGATTTTCTTTCTCTACTTTTTCACTTTCTGTCCCTTCTCTTTCACCCTTCTGTGTCAAGACTGGAAAAAAAAATGAACAGAGCCATTGACTTGGTTCATCCATATTAACTCATCCTGTCAGACTTGTAGGATGCAGTCATCATCCATTTTCCTGGCACCTTCATTAACGGAGAGGTAGATGTTGAGCTGGTATGTTGGGGCACGGATGGGCACTGCTGGCCTCAGGTGGGTCCCACAGGACTTCTCATGCTTAGAACATGCCACAGCTATTGGATTGTTGGCTCTGATTTCCAGTTAAGAAAGTTGAGATGCAGAGTAAGCCATTTAATTAAACAAAACCACATAACTGTTGAATGACCTAAGCAAGGGCCTATCTAGGGTCACTGGTCCTCAGGCCAGCTCCTTCTCATTGTGTGCATACATGGATGGACATGTAATGCATGCTTTATATAATAGCCAGTGGAACCTTATGGAAAGTATATAAAGCAGACAGAATAAAAATGTTCCAAGATGCAGTATAGTATTAACATGCATCCATTTTATTCTGTTAAGTTTAGATGTAGGATTACTATGCCTACATTTCTAATGAGATGTGAGGCCAAATTCTAATAGCATTGTAACAACAAAGTGATTCTTAGTTGATAGTCTCAACAGCAGTGTTATATAAACTGTGTTCACTGAGGTGTGTTTATTATGCCTACAGAGAAGGTATCCACAAGAAAGTGCCATGTGATGATCTGTGTAACCAAACTGGTATTATTAGCACATGGAACACCATACTGTAGAATTGCCCTCCTCCCACCTTATGTCTTCCCTTCACCATCCATGCCTAAGGTAACATGATATCGAACAAGGGGTTGTTTGACTGCTATTTACTTAAATTAGACACCCAGATGGTTCTTTTGTACTACTGGCACCTGATTGGCCCTGACACTGGTCCAGTTTATCATGGCTATTGGTATGTGCTCTGACTATTGGGTATTTTTGATTCCCCTTCATTGTGCCTTCATCTTTCGCCATCTTCTAAATATAAAGTATGCTCCTTGTTTAAAAATACATTGGTGGGGGAGGGGAGCTGAAAAAAAAACTGATGAGAAAGTGAGTTTGGACATTTTCCCAAGAACGTCATTATGTGGTGTTTGGACAGCAACATATTGGGAGCAGATCAGTTGAGATTATATCACTATTTTAAATGGGCCACTTGGGAATCCTAGGGTCCCCTCTAACCGTCATAGAGCTTGGCAGAATATGAAAAAGTAACACTGCTGTGTTTATGCAGATAATCCCAGAGGAGCGCCTTTTCCCAGCCTTTCTCCTAGCAGATTTGTGTCCACAAAGGGTCCTTCAAGTATTTGTCAAATGCTTTTGGGTATCAGACGATGGCTCCTTGTGGTAGAGTGAGTTTGTAGGTTCACCTCAAGGCCAGGCTGTCCTAAACACTGGCAGATGAGGCCAGTTCCGCTGGAGAGAGAGACTTGCACTAACTCATTTTCCTGTCTGTCTGGGAATCCAGGGGCAGAGGGAGGAGATTGCTATGGATCCAAGAAGCCCCTTCCAGTTTTCAGGCTGATCCACGCCTAAGTTTGCCAGCTACTGTCTTAAGTGTTTTGGGGATCTCAGCTCCTAGCGTTTGCCAGTCTTCTGGAGCCAGTTTGGGGAATAGGTTCTCGGAAAGAATGTCTTGAAATACTTTTAGCATTCTGGGAGTAGTTGTTGCAGTTCAAAAGTTCAGTTATTTGGGACTGACTGAATTCTGCTGTATGTGTACGCATGCATCTGGTATATACATTGCCACGTCCTGATGCTTCCAGATAGAATTGGATTTAAAAAAAAAATTGGGGCAAATGAAAATTGGCATAATCTCTAAATTCTGATTTTCAACCACGAAAGGTTAGTTTTTTTGCATTTTGTTTGTTTTATGTACAGATGTGCAAAGATGGACCAAGAATAATAGCCTGATGGTGCAGCTCAGCCACAATAAGTGTGTGTTCTCTTGGCTTGGTGGGGAAGGTTTACATTGGGAATCATTATCTAACTCAGAAAAGCACTGTCTGTGGCCATTAGAATGCAGTGTATTACCTCGGTAATGTGGTAGGCAGGCCTTTTTAACTCTGCCATAAGGGTCTGTGTTTGTAGCTTTGCTGGTAGAACTGTGGGATGCTGGGCTGGGGAGAGCACTTAATAGTTAAAGATGCTTATTGTTAAGCGTGAGGACCGAGTATGATCCCAGCGTCCATAGAAAGCGTTGGGCACGTTGGAGTGCACAGGCAACTACAGCACTGGGGAGGCAGAGATGGGGCGGCGGCACTGGCGGCGCGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGCAGTGTGGAGTTCTGTGAGCTCACGAGAGGCCCTGTATCAAAAAACAAGGTAAAAGCCCCTGAGGAATGACTGTTGGATTTATCCTCTGCCCTCCACACCTAAATCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGACACACACACACACACACACACACTCATATACAACACACTATGCATCCACATGTACTTACTTACTGTTACTAATGAGGAAACTGTATTATTCATTTGAATTCATGATTAGAAGAAAATATGACCCAAAGAAGATAGATATCTCTAGATAAAATATGTAATGGTGTCGGCTATAGCTTGGCTAGCAACACCGCCTACTCAAGTACTCACTCATATCCTGGGTAATAGCACATTGCTGCCACATTATTTCATTCATTTTCAAAGACAGCTGGGGAACTGAAGTCATGGAAGTTACGGCTTGTCTAACCACTCAGTTGTCTTTCTTTAATTAAGCCAGCACTGATTTTTCTTCCCTTGACTGATACTTGATAAAA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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
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Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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