High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 44111
Chr: 18
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-220O14 : RP24-488D20 : RP24-341P13 : RP24-179M9 :
Instance: Plate 46: Well B07: BACs RP24-341P13 RP24-220O14 RP24-488D20 RP24-179M9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 77772731 77772780 50 TAGGGTTGTCAACCATTCTAGTCAAACTCCTTGTGATGATTAGAATTTTT
U5 77776961 77777010 50 CTACCCAGTGAAGTTTTTCCCTTTAATCACTTTGAGTTTTCAATAATTTT
U3 77777019 77777068 50 TCAGCAAACAGCTATAAAAATGTATTTGTAGCCGGGTGTGGTGGCACTTG
D5 77777811 77777860 50 TATAGGTTGTAAAGAGAGTAAGCTAGAAAGAGTTTGACTAAGCCAAGTTC
D3 77777931 77777980 50 AAACATTTGCATAAATTTCAGCGAGTCCCTATCAGTTCCTTTGTAGCTGT
G3 77782614 77782663 50 TAATGCAGGTTTTTATTTAAAGCACGACTTCATGTTGAGTTCCATAAGTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 77981937 77982006 70 CATTGTCTCTCTTCCCCTCATGTGCTGATAAATAAGTTGTAGCCCGAGGCACCAAAATTGAAAGTTTAGC
15_E_15 77966037 77997056 31020 AATGCCAACATTTCAACTCACTCTCGTAGACATTTTTCTAACACCAGCGTTGCCGTCAGGTTCTTTTCAAGTTTTCCCAGTTCAAGCTTCATTTCTTCGCTTTTGGATTTGGTACGAAAAAGGTCAGACGTCAAATCATTCACTGCGGGGATGAAGCTGAAAGAGGGGCTTGGTCACCCTAAAAATGATCTTCTCTACAGAGTTTACATGATCCTGCCGCTCTGTCCATGTATACGACTGTCGCAGGCTGTGCCCATGGCCTGAAATGCCCTTTAGCCGACAAAACGTCCATTTTCCCTTCAAAATTTAGGTAAGGCTGGGTATGGCAAGGAACACCTTTATTCCCAGGACCAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGAGAGTTTACATGGTGAGTGGTGACTTCCAGGCTAACCAGGGATACATGGTAAGACCATATTTTAACGAAATAAAACAAACAAAAACCCTAAAAATCAAACATACAAAAAAACCCCAAATACTCAGGTAAGGTTTAGCCGTCCTGAATTCACACCTTCTGTCTATGCTTGCCAGGTACAGCATCTTTAGTCTTACAGTGCAGCTGTTACCATGGTAATAGTCTCCGGATTGCCCTTCTCTCTCACTTGACTAACCTAAATACAAACTGTCTTGGAAGGCCATGTCTACCTCCCTAGACATCTCTGCTTCCCTAGTGTGTATGTACACACACACACACACACACACACACACACACACGTTATACTTGGTGTCTGCAGAACGGCTTTGGTCTACCCTGCTGCTATGTAGTCTATATATTCTTACACCACCACTCTTCAAGCATTATATAAATCCCAAAGTCTACCCCTGTCAGTTATGCACAACACACGTACATACTTTCTGATCGTGGTAAGCTGCAGTAATAGTCCTAGGTAAGACATGAGCACCAACAGTAGTCATATGACCTTTGGAGCCAAGATTTACCTAGGGGCCCCAAACCTTCTCTCCCTGAGCTTTAAATTCCTCTGAGGACGGGTGGAAGAACCACACAATTATATAGGCGAGATGTCTATCTCAAACAACAAGGGTCCTTAACTTACTCGGTGTTGTCTATGACCAAAATTTACCATGTTCAACCAGATCTTTTAACCTGCAACTGTTCCTGTTTGCTTGTTGGGGGTGGGCTCTCACACAGTCCACACCACACCGGCCTCCAGCTTGCTAAGAAGCTAAGGACGATGACCCTGACCTTCCAGTCTTCTGCCTCCACCTCCTGGCTATTGGACTTCTTGTACATACCCACACACCCAGTCTCCAGCTGGCCTAGTCTGCTTTCTCGTGTTGTGATGAGCACCAAGACCAAAGGCCACATAGGAAAGTGTTTCTTTCATCTTATTCTTGCAGGTCACAATACATCACTGACCGACGTCAGGGCAGGAACTCATACAGAAACAATAAACTCTACTTCCTGACTCCATCTCTCTGGCTCATTGAGCTTTCTTATACAACCCATGACCACCTGTACTGGCTGGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAATTCCAGTTGCAGGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAAATAGTGATCAAGGGGGAGAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAATCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTTCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTGCTGATGAACAAGCAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACCACCCTCCTATGGTATTTCTGAGCTAGCCAGAATTTAGCATACAAACCAGCAACAACAAAAACCTCCCCCCAAACCAACCAACCAACCTACTTCTGCATTCTTGTATTCACTGCTAATTTTCTATGCAGATTTACTGTGAGAACCAAAAGACTCTTAGGTCAAGGCCGGGCAGAATAGCCTCCTATGGCAACACAGACCAAAACCATCACAATAATTACCTTGCTAGTGAAGTATCTTTTATTTCCAGGGCAATTGCACTGTCTACCAGTGCATTCAGAAACCGGGAACCAGACTTAGACAGATTGGCAGGTGAAAAATTCACACTCTCCATGAGAAAGTCTTCAAGACGTTTGGCTGAAATGATACAGGAATTTCATGGTGTCTCAGATGTTTTGTCCCTTTTGTTTTTTAAAACTTTCATTATGTTTTGTTTCGTTTTGTTTGAGATTTATTTTGAGCTAGGCATGGTGGTGCAAGCCTTTAATCCCAGAACTCCAGAGGCAGAGGCAGAGGCAGGCAGACCTCTGATTTTAAGGCTACCCAGGTCTATAGAGAGTCCCAGGAGGCTTGTGTATGGCCATGTGCACTTTGAGTGCAGGTGCCCGTGGAGACCAGAGGCGTAGGATCCCCTGGAGTTGGAGTGAAGAGGCAGTTGGGAAGCATCCAATTCGGGGGTTGGGAACTAACCTGTTCAGTTCCAGGACCCACACGGTGGAACACAGAGCTGACTCCTGCAAGTCGCCCTCTGACTTCCTCATGCTCACCCATCAAAAGCAGTAGATTAAAACAAAAACAAAAACAGGTCTCACTGTGCAGCCTGGTAAGTCTAGATTCACGACGTGGACCAGGAAGGCCTTGAACTCAGAGATCTGCCTGCTCCTGTCTTCGGAGGGCTGGTTCTGAGGATGCATACCACCATATCCATAAAATAAATGCAATTTTAAAATGCATGATCTATGAGTGAGCACATGTGCGCACACATGCACACACAAATAAAATATAATAAAAATTTAATGATAAGAGATCTGGGAGGTAGGGCTGGAGAGATGGCTTAGCCGTTAAGAGCGCTGACTACTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGCAATGGGATCTGATGCCTTCTGGTGTGCCTGAAGACAGTTACAGTGTACTCATGTACATAAATAAATAGATAAATCTTTAAAAAATAAATAAAATTAAAAAAGAAAGAGATCTGCAAGGCATGTGGGGGTAAGAAGGGGTAATGGGATGGATATGATTAAAATATGTTCTTTAGATGGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCGCTTGGAAGGCAGAGGACCTGGGTCTGATTTCTGACATGTTCATGGAAGGGATATGACACCTTCTTTTGGCCTCTGAGGGAACTGCAAGCACATGACACAGACTTACATGCAGGGAAAACACCCAGACACATGAAATAAAATCTAAAAATGAATAAAATAGTAAAAAAAAAAAAATTTCTGGAAATATTCTTACAAAACCCATAAACCCATACACACACACATATACATACATATGAATCCACATAAAAGGAGGAAACATGGTAGGTTCTTGTGATGGAATCGCCTTACTCTGATTGTGGGAATATTGTAGATGGCACACCAGGCCAGGCAGTGGTGTTGCACGCCTTTAATTCCAGCACTTGTGAGGCAGAGGCAGGCAGATCAACATGAGTGAGAGGCCAGCCTAGTCTATAGAGCTAGGATAGCCAGGGCTACACAGACAAAACAAAACAAGGCACACCAAACACAGTTAATGCTAATTTAAGAAGACTACAGGAAAAAGTATGTATGTGTTAGAATTAAATATAACTGCAGTATATTCAAAACATCATATCCGGTCTGGAGAGGTGTTCAGGTTTCTGGATGTTGTTGTTTTTGAAACAAGGTCTCTCTAGGAAGCCCTAGTTGTCCTGGAATTCTCTATCTAGACCAGGATGAACTTGAACTCAGAGAGATGCACCTCTCTCAGCTTCCCCAGTGCTGGGATGAAGGGCCTGTGTCACTGTGCCCAGCTAGAGAGAGCATTTGCTCTTGGTGCAGTTTCCAGCACTGACATGGTGGCTTACAATCACACTTAACTCCAGCTCCCGGGGATCCAACAGCCTCTTCTGACCTCTACAAACACAGGACACCCACAGGGTACACATACATAGGTGCTGGCAAAACCCTCGCACACATAAATCTAACTTTAAAAAAAAAATATATATATATATACCAAATGTCTCCACTTGGTTAAGCATATGGCAAATAGATGTCAGTTTCTGCTTGGTGTGCTGTCATCCTCAGACGTGGTGGGGTTGTTTGTTTAAATAGAATATGGAAAAGTGAGAAAGAGCCCTAGGGTGGGAGGGGTTCGAAAAGAAGGGGTGTCCCAGAGGAGCCGGACCACACATGACCAACAAAGAAGGGGGAACACCTTTCTGAGACAGTTTTGCTATGTGACCCACGCTGACACTGCAATCTCCTGCCTCTGCCTTCTGAATGCTGGGACTGTAAACTTGCACTTGCACTTCTACCAGGACATTTTAAAACCATTGCATGATACATGACCCATGGTGGTCTGTCCAGTCTCACACGCCTCCTGGCTGCCCCCTCTGGTGTCCGGCAAGCTATGTACGGGAAAGAACTACTAGAATCTTTTGTGTTAGGCTAAGAAGCTCTTGTTTTGTTTTGAGACAGGATCTCAAGACCTTGAACTCACAGCTATCCTCCTGTCTCTGAAGTGCTGGGGTTAAAGGCATTCCTCTCCCAACCCCCACCCATGCAAATGTAACTGTTAGTTTTAAGAAGACATACAATAGTGAAACTCCTAATTTTGAAGTTACAATAACAGAGCAGAAGCCAATTTGTCAAAAAAAATTATAATAATCAATAAGTAGTCTACACTAATTCTGTACAAAATGTAGTTTGCCTCTACCACCCTTCCAAAGCTCTAGACTTAACTCACCTTCGGATTCATATTCACTTGCTTTCTGTTTTAAGTCCTCTATTACCAGGCTGATGTCCCTGTCCCGGACCCTGTTGCGTTCTGAAAGGTGATATAA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Comments:
Target: otter_06_09_21 OTTMUSG00000017510 -- 77981595 -- 77981764 --
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:18:1:90736837:1, start 77981594: end 77981764
Couldnt find a BAC at NCBI36 location: 18, 77975594, 77987764
Found 4 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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