High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 43715
Chr: 1
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ199k23 : RP24-243E12 : RP24-501G14 : RP24-549G1 : RP24-532A2 : RP24-182C5 : RP24-550J9 : RP24-363N2 :
Instance: Plate 46: Well C09: BACs RP24-243E12 RP24-501G14 RP24-549G1 RP24-532A2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 87760082 87760131 50 TTCAGTATTGACCCAGAAACTACAAGCAGAAAAGCATGACATGCCAAATA
U5 87764849 87764898 50 TTCTCAACAGAACCAGCAGTACCTGGCACAGGGATGGGATGCAATACTTG
U3 87764983 87765032 50 TGTTTGGTTTACCATCACCAGTCTTTCTACCCATAAAGGCTCAAGATTTG
D5 87765575 87765624 50 ACGGGTCAGCAGGCAGCCAGGATAGGACACAACAGAGGAACCATCAAGCA
D3 87765722 87765771 50 ATTTACTCTGTGATCCCTCATAATTCTTCCTGATACATTCACTTTTAAGT
G3 87770708 87770757 50 TGATAGTCACTGCATTTCTTCTTGTTTTTGTTTTGTGGCTGGGTTAATAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 89596796 89596892 97 ACATGAGGCCTGTTAGCAGGTGGTGAGCCAAAACCAGACCACTGCTCTTAACAGCAGCATAAGAAAAATGGTGGGGAAGTCGTCCTGAAGAGAAAAA
15_E_15 89581020 89611942 30923 GAAGTCATCCTTATGGGGACTTCCCAGAAGTCATTGTTGCTGGTAATACAGCTGTTTTAGGGTCATCTATACTCCTGTAACTCCTCACTCAGGCTCTGTAAGCAAGACCCATAAACTCACTGCTTCACCAAGTTGGGTTTGGTAGAATCATTACTGTGGACTGTCATTGGTACCCTACTGGGGGGAGTAGCCGCTTGTTGGTATCTGCCTAGGGAAAGTCACACAACATACACTTAGGATGAGAATTTCCTGCAAAGTTCTCAGCAGTGGAAGTTATGCCACTGAAAATCCATTATGCAAAAGCAAGCAGTGCTTTGTCTCAGTGAAAGCAGACTTTCAACAAAGTGCTTTAGTAAATGACATTCCTTCTACTCCCGTGAGCAAATCTATGCTGATTATCATGTTGCTAAAGGAGCTGGGAGATATTTCATATTTTGCCTATACCCATTATGGGCAGTCAGAATCTATTTTTCACATGCTGCTTCCCAGCAAAGCATGCTGAATCCTGTAGACACTTGGTATTTACCAGAACAGAGAGAAATCTCTTCCGATCTATTATAAGTCACCTTTCTGTTATTCATCTCTGGTCTATTTGTTTCCCTTAAAGTTCACAAATGCACCAACACCTTCCCCCCCCCCCCCCCCCGGTCACTGCCTGCTGCCCGTCAGGATGCTCTCTCTACTGGCTAATTTGTAGATGAATTACAAATCACTTAAATTTGTTTTCTAGCCTGTGTAGTGGCACATTCCTTCAATCTCACCACTCAAACGGCATAGGCAGGTTGATCTCTGTAAATTCGGGACCAGCTTGGTTAACATAGAGTTCTAGGACCACCAAAACTACATAGTGAGACCCTGTCTGTAAAAATAAAATATAAAATAACATTTGTTTGTTTTATGGGTCCCAGTCAAGCTGAGCTGCAATGCCAGTTGGACAGGAAATCATGTGGGTGAGTGGTCACCATGGACAGAGTGCTGGCATCCAGCTGCCTATATCTGAACCCAGATCTAAGTAGGCTTCTTCAGGCAAGTACTTAACACAGAAGATCTATGGTATATGCTGGTTTTTCTATGAGCAACTGACAGAATCTACAATAATTTAACCAATCTCTTCAAGTTGGAAAAAACATCTCTAACTTGACACTATTAGAAGCAACGCTATGACAAACATTTTTGCATATGGTTATGCATCAAAATATTATTTGACATAACTTCAAGTGGTTGCTAGCTGAGCAAATTAGCAAACATACCAATTATGTTTTAATTATATGCCTGTCAGAAAATTCTCATGATTAGTTGACAAGATTTGGTGCCATGTTGAAGATAACTCTCAGGACCTGCTTCCTCATTTACTTCCCTGCAGGAGGAAATAACTTACATGTGATTCCCAGGGTTCCCTTTAATGCCTCCAGAGAAACTATTGGGGTATCCTTACTACAGGTCTAGAACCTGTTCTCCATGTTTGTTCTGTTCCAACGATTTCTTAACTGTCTATGAAGGATCTTCTTTTTTGTTATTCTTTGATTCTTTTTTATAGTTCAGTCTTTATCCCCCTCCTGGTCTACCCTCTGACTATTCCTCATCCCATACCTTCCCCCCCCCCGTGTCTCCAACAGAATGTCTCCACTCCACCCCCCACCAGATCTCCCTACTCCCTGAGGCCTCAAGTCTCTTGAGGGTTAGATGCATATGAAGGATCTTTTTACTAGAAGACTCTGACATTCCATTCCCCTTTTGTGAATCCTACATTGTGTGGCTCCATATCTTTTTAATCAAATTTTATTTACTGTTTGTACACATGCACCTGTGTTGTGTCTATGTGTGTACATGAGTGCCCCAGTGTGTATGTATGTGTGAAGGTCAGAGGAAAACTGGCAGGAGTCCATTATTTCTAGTGTATGTGCCCTAGGTCTTGAACTCGGGTCACCAAGCTTGGCAACAATTACCCTTACCTGCTGAGCCATTTCATTGGTCCTTGTTACAATCTTACTAACCTGCTAAAAGCAACATATTCACTAGACTGTTAAAGGGAATGATGTTCAGACAATTCTGAACCAATTTTTCTGTTCAAGTGAGCTTGTCAAACAAAGCCATCTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAAACATCATGACCAAAAATCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTCCATTCAGCTTATACTTCCACATTGCTGTTTATCACAAAAAAGTCAGAACAGGAACTCACACAGGGTAGAAACTTGGAGACAGGAGTGGATGCAGAAGTCATGGAGGAATGCTGCTTACGGGCTTGCTTCCCCTGGTTTGCTCAGCTTGCTTTCTTATAGAACCCAAGACTACTTGTCCAGGGATGGTCTGGGCCCTCCACACTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGACGTATTTCCTCAAGGGAGGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTTGTGTCAGGTTGACACATAAACCCGGACAGTACACCATCTTTCTAAGGGTCTGTGTGTCATCAGTTTCTCCCTTCTAACTTCTACTAGTATTGGATTGCCTTCTGAGGCTCCTAGGAGTATAATGAAGGACAGAATCTCTGATTCATTGTTCACAGCTTTTATTAGCTCTATTTTCATCCATCTCCTTCTCGTGGTGGTGGTGGTAGTGAGGCATTTCTAAGGTCAGTGGTTCTGAGCACAGAGGCACATGACTATAGATAGTCTCAGCTACTCCAGAGGGCAGATATAAGAACATCTGGTAGAATGCAACTTGTGGAGAGAATCTGAAAGCAGGGGGTTCTAGGAGACAGCTTAATTCCCTGCTCCTAACTTTGTACAGCTTGAGAAGCAATTGTGAAACCATGGCCCAACATTCACAGCAAAACGTCAACTTTCTTAACAGAGATCCATGCGATCATTTCCGGGAGCATGAAAGGTCACCAAAAAGGAGCCAGAGATGAAACAGATGTCTTAGGTTTTTGGTGGTTGGTTTTTTTGAGACAGGTTCTGGCTATCACAGAACTCACCATGTAGACCAGGCTTGCCTCAAATCATGAGAGACCCACCTGTCTCTGCCTCCCCAGTGAGCCATCCAGCCCAGCTTTCAGTCTGTTAATCAAGAAAACAATGCACAGGCTCGCCTTCAGGCCAATCTTATGGAGACAGTTTCTTAGAGGAGGTTCCCTCTTCCCAGACTGCGTCAGGTTAAAAGAAAATAAACAACAAACAGAACACAAAACTAGTACAGCATCAGGAAAGCTACCAGACATCTCTCCTAGATAATACTGTAATATCCGAAATGAATTCAAGACCACCTAGTACCTTCCCCCTCTGAAAAGGACTTTCCAAACTATACAAGCAGGCCAAGTGCAGAGCCAGGCTAAACAAATGTAAAAACATAGTTTTAGCAGTCAAAATTACTAACTTTGCTACTGCTAAAATAATATTAGCTGTTCTCAGAGAAATAACCATAACAAGATTAGCAATTCTCCTACTCTGCCCCACACTAAATTCTGACAAAGACCACAAACCACCCTGACCTTGTTGCGAGAATTTCCTTGATGTTAATAGCTGTGACGTTAATAGCTGATCCATAAGTTTAAAATGTACCATTACTTTGCTGACCAAATCATAATAACCCACCATGGGGGGGCAAGAAAAGTGAGGGACTAGGCCAAAGGGTTATTTAGTCACTACACAAACCAACCAATGCCTGAAAGAGTTACTTGCTACACCAATGAGAACCCTGTCGCTCAAATCTGCCCCTTACAAAGGTATAAAAAAGTGTGTTCTTTCTTTGTTCTGGGTCTCTCCTCTGGCCTGCGTGCTGAGAGGGAAGTCCCCAACATGTTGGATCAATAAAAATCCTCATGCGTTTTGCAGTGATGGCGGCGGTCTCTGTGGTCCTTGTAAGAGTCTTTTGATAAACTACAACAACAATAATAATGATAATAATAGGGATAATAATATATACAAAGAGCTCAAGAAGCTGGACTCCAGAAATTCAAATAACCCCATTAAAAATGGGGTACAGAGTTAAAGAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAAAAAGTTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACATCCCTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGGGAGGATGTGAAGAAAGAGGAACATTCCTCCATTGCTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAGTCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGGACATAATACTACCAGAAGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATACCCAGAAGATGTTCCAACTGGTAATAAGAACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGTCCCTCAACAGAGGAATGTATACAGAAAATGTGATAATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAACAATGAATTTATGAAATTCTTGGATAAATGGATGTATCTGGAGGATATCATCCTGAGTGAAGTAACCCAATCACTATAGAACACACATGATATGCACTCACTGATAAGGGGATATTAGCCCAGAAACTTAGAATACCCAAGATACAATTTGCAAAACACAAGAAAATCAAGAAGAGGGAAGACCAACAGGTGGATACTTCATTCCTCCTTAAAATAGGGAACAAAATATCCATGAAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTAAAAGGATGGACTATCCAGAGACTACCCCACCTGGGGATCCATCCCATAATCAGCCACCAAACTCAGACACTATTGCACACACTAGCAAGATTTTGCTGAAGGGACCTTGGTATAACTGTCTTCCTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATAAGATGGATCACAGGGCCCCCAGTGGAGAAGCTAGAGAGAGCATACAAGGAGCTGAAGGGGTTTGC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done inserting candidate regions
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