High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 43588
Chr: 6
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ370h23 : RP24-246K1 : RP24-263G9 : RP24-140D21 : RP24-571L1 : RP24-167O7 : RP24-232H15 : RP24-301A19 : RP24-502G3 : RP24-141J22 : RP24-274P24 :
Instance: Plate 54: Well E10: BACs RP24-246K1 RP24-263G9 RP24-571L1 RP24-140D21
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 113441803 113441852 50 CTCCACCTTTCACGTTGAGGAGATTACAAATATTCACAGCCATCTTTGTT
U5 113446770 113446819 50 TCCAATTTGGAATCTTCTGTCTCAGCCTACCAGGGGCCGCTGCTGCTCTT
U3 113446875 113446924 50 GTCTTGCCACTTGATTTCTTGAAACACAGATACATAAACCCCTGTGTTTT
D5 113448332 113448381 50 AGGTAAGAACTACCCGGGGTGAGGGGCACCGGAGGTGTGCTTCAGGAGTT
D3 113448460 113448509 50 ACTGTCCCAGGGTATTTTATGCCCTCTTCCTGCCTCTGGAGATACTTAAT
G3 113453564 113453613 50 GCTTTGCCTATATACACCTACAGTCCACAGACAAGAGGGCTAAGTAACAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 113397547 113429286 31740 GAGGTCTCAAATTCTACAACTCTAAGCCTTTCTTAAAGTACCCACTGACAAGGAAAACCCCCAGCCTTAGCCATGACCCAATGTCTGGGGTGGGGGGTATGGATGTAAAGTGTTGGAAGGGGATATGATAAGAAGACCCTAATGATGGAAGTGGTCCCTGGAGCCAAGAGTAAGCCAGTCCTTTTGATTCAAGGCAGGTTCAGCTACATGTCTCATAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAGTTCCTAGGAAGAGCAGAGTAAATTTGCATGAATGTGTTAGAAACCTCTACGCTCTCTGCATGCTAAATTGATTGTAACTGAAAACCTACTTCAAACGTTTGGCTTGTGTGGGGCACCTGGACCTGCAGATGTAAGGGTTCCAGCCCCATGCAGCTAATACTAATGGGTCGACACAACAGGTAGAAGCAAAATTAGAAGGGGGTAGGGGCAGGGAGAGGCATGATGGGAACAGGGCCCTGCTCTCCAGACTGCATGCTTCTCCTAGTACCGCAGCTGGCAGCCCTGGGTTTCCACTAATCAGGGAGTACTAATTTTTCAAAGAAAGGCTTTCCTGGAAGTTCCAGCTTGGGAGAGACAGATGCAGGGAAAGTAGTGTGGGGGCGGGTAGGAGATGCAGACCGGAAGCACTGAAATCCTGTTTCCTCAACTCCTGACACTTCTGGAAGGTTGTTTTTATGTTTTGTGTAGTTTTACTGTGTGTGAGTGAAAGGGATGTTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAAGTCCTGGGCTCTCAGGCATGACACACCATACCTGGCTCATTTTCCAAGTGTAATAGGAAAAAGAACTGAGAGCCTTTTCATGAAGAAAATACCACCCAGCCACTATTAGCGTGTAAGACAGCAAAGTACTGCCCTCCCTCTGTCACTTGACCATGTCACCTCTCTGTCACACACACAGCTCTCCAGGCACGTAATGCCAACCCTCCAGCGCTGACATCAGAAAGGAACCTTTTTTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGCAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACGCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGTACCACCACCGCCCAGTGAAAGGAAGCTTTCTTAAGAAAACAACACACGCACATGCGCATGCACGCACACACAAGCCTGAAAGACTGAAGTGGTTAGCAGTGTCAACTCTCAGGCCTGAGGAGAGCCGATGCAGAGTACAGGCAAATTCCTTACCTTGTTCAGGAGGTCCTCCAAGCTGTGAGCCATGATGCCTTTGCGAACCTTCCGATCTGCGGTGCTAACACGACAGGGCCTGGCCCTCGGGGTCTCCCGGCTGGGCTTAGACACCAGCTGTTGGGTCACCACTGCCGTGCTCACTGCCACATGCCTGGGGACATTAGTTTGAACATCAGATGACCTGCCTGCTGCCCACCCCTGCCTACTGAGCTCACATCTGACCCTTCCCTCCAGCCAATCATGGCCCCTCCAGGTGGCTTTCTCAAAGCCCATCTGAGGGTGTGCTTCCAATTTGGATGGGCAGGAAAATCAGCAGAAATCTTGCTTAAATCAGACTCACTTCTGTGGCTGTGAGTTGAGCCCAAGGGTTTCTATGTCTAACAAGTCCCCAAACTGTCAGTGTTGTCTGGTTCTTGGACTAGCCACATTCCCCTCTGGGCTACTCTGCTCTGTGGCCTTGTTCAGTTCGCTGTAAAGTTGGGTAAAATGGGGGAGGCAGCCTATAGAGTATTTTTGGACACTCGGATCCATGGGGTAGAAAAAAAGGAGCAGAGAGGATGTGAGTCTGGGGCTTTCTGGGTTCAAGTTCAAAGTTTGTCTTTGCTACAGAGTTGCTAGGCGACAGGTGACAGAATGCTCAGCTTGCCAGTTTCCCCATCTATTGACTTGACATATTAGCCCCCACTCCCCAGTGTAGGCATGAGGCTCCTGGGAGATCAGCAATGAAGGTGCCCAGTGCAGAGCCTGGCCCTCTCTACTCCAGATATGACAGGAACCACAATGGTGGCACTCGAGAAGAGTGTAACCTGGCACTTGTCCAGACTGCAGGCTTGGACACCACTGTAGGCAGCTCAGATCTAAATCAGATCTGTCACGGCTTATGGTAAGATTTTTTTTTTTTTTGCTTGTTTTGTTTTAATGGATTCTCTGCTTGCTTGTCTGTTTTTGAGATAGTATCTCACTATGTAGCTCTAGTTGACCTGGAACTTTCTATGCATACTACACTGTCCTCAGATTCACCAAGATCCACTTGCCTTTGCTCCCCAAGTGCCAGGATTCAAATTATATGCCAGCCACGATGCCTGCCCGTATCTGTGTTTCCACTACACACCCACATGACTTTGTTTCTCTGAGACAGGGTAGCCTCTGTAGCCCTGGCTAACCTGGAACTGGAGATCAAGCTGACCTTGAACTCACAAAGATCTTCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGGTTAAAAGCATAACCGCCCCCCCCCACACACACAGCCACAGCCAGCCCCTAAATGGCTTTTATACCCATTAAAAGTTTAAGAAGTTCTAACTGATGGCTCCTTGGTTTCCCCCTTCCTTTCTGTTCCTGGCTCCCCTCACCTGGACAGCGACCTGGGGTACAGGAGGCTGAGAGACTTCATGGCGTAGTCCATCCTTGTCAGTTGGATTGTGTTGGACCTAGAACACAGGCAGAAGCTTATCTGGTTAGCGAGAAGGGAGGGGTCCTTCTCTTTCTTTCTTTGACCCAATGCGCCCCAACCGCCACGCAGCAACCCTCTGCCCCAGTCTCTCATCTGACCACCCATTTCCCCGGAGTCCACAGTAACTACGACTGAGCCAGCGTCCACCACCCCCACCCACTCCCCAGCTGCTCCCCAGCCTCAGCCTCACTCACTCCATTGTTTCTCCGACCCAAGCTGTGGTCACACTGAGTGGAGAAGCTGAAGTCAGTGCTAAAGAGGCCCGCACTGATTTGTCCCTGTCTCAGGGGACAGAGTCCGCTTCACGCTGGCAGGAGGTGAGTCACACCTCCTGGTGCTGTGAGGGACCTGAAAGTCACCTATAGTCCAGAAACTCCACGGGCAGCCAGACGGTGGAGCCTGCTTTGCCCCATGGGCCCTTGAGCAATAGAGCCCTCCTGAGGTTTAGTGCTGGCCAAGAGAACGTTTCTACTGAAGACCATCTAGGTTTGTGCTCTCCAGTACCATAGCTGCTACCCACACTGAGCCCTTGGCAACATGACTGATGTGACAAAGGAGCTGACTCTGCACTTCTATGGAGCCTTAACTAATTTAGGTAACTACTATGGTTTGTAACTCAAGGTATCAGTCTGGGCATCCCAGCTCTGGTTGGGGTGGTATTGGGCTCACATGCCTGTTTTCCTCCCTGTAGTGCTGTTCTCTGGTTCTTGCCTGCTGGGGCTGTAAGGCCCTGCACAGCCAGTCTCTTTACCTGTGGTACAGCTTGTGTCATACTCAGGACTCCACACAGGCCACCTAGAAGTCCCAGGTTCCCCGTTGCCGCCTCAGGAAAACCTTCCCCAATAACTGGCAGAAGGACCCTCCATCCTGCCCACCCCCTGTCCATGTCTCTGAAGCTCCTGTGTCCTTGATGCCTCTGTTTTCAGCCCTTAGCACAAGGAGCAGAGAAGAACCCAGGAGTGGGCAGGGGACAGAACTGCGACCTCAGCCATGACAAAGCAGTCAAAGTACTCTTCGATTCTGATTAACGCAGGTTCTCCTTGGGTCACCCCTATAGAGTCCCCTCACCACAACCCAACACTACCCAAGCATACTTGTTCCAACCATGTCCCTTATATACCCACCACGGCAATCCCCCACCATCTGCTCTCTAGTAGCCATATACCCCAGCTCCTCACCTCCCCCTCACCTCCCAGCCTCCTGGCAATACCGCGTGGCCAGGCACAGCCCAGGCTTCCCTCCATTTTATTTCTGTCTCCTGTGAAGCCACTCCCCTAGCCCCCAGCCCCAGCTGGGGAAAAGAGCATGGGGAATGAGTTCGAAACTTTCCCCTAGGGATTTTAAGTCAGACTGGCTTCCAGAAGGCCCTGAAACGGGGAAGAAGGCATGTTTCGAAAGCTTTAGAAGAGGTACTGCCCATGGCACTAGGCAAGAGGGCACAGAAGCAATGGATGTGGCTTATGGTCTGAGTTCCGCCCCCACACAGGCTGTCTGTGCTCACACGAGCTGCCTTTTGTTCTCCCCTCTGTGTCAGGAGTAACGTTCATGTTGAAGTCAGGTATGGTGGCTCAGAGCTGTCATCATGATACTTGGTAGGCTGTGGCGTGAGAAGGGCCATGAGTTGAAAACTCTCATGCTATAGAGTTGGCCCTGTCTCACAACCCAAAAACACACATAATAAACATTTGTGCTGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGCAGATTTCTGAGTTTGAAGCCAGCCCGATCTACAGAGTGAGTTCCAGAACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTAATACAAATAAAAATAGAAAAACATTTGTAACTTAGGTGCTCAGTGGATAAAAGTGATTGTTGTTGCTAATATGCTATATGTAATAAATAAAATCAGCAATTATGACAAGGTGAAATGTGTAATATCAAAATAAAAATATCTTGTTAAGAGAGGTAGCTCATGCCTGTAATGCCTACAACCCCAGCACTTGGGAAGCCAAGACAGGAAGACTGCTATAGATGAAGCTAGCCTGGGCTACAGAGTGGCAACCTGGCATGAAAAAGGGGGTGGGAAATCACAAAAGTTGGGTATAATGAAATATATGACTCAAGAGACAGAAAGATAATCTCTAATTCAAGACAAGCCTGAGCTATAAAGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGAGTAT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GR3 -1 -1 1 GCCATCTCTCCAGCCACGCCACGAGGTTC
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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:6:1:149525685:1, start 113413034: end 113414006
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ370h23
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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