High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 43546
Chr: 16
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ_233e14 : RP24-138G24 : RP24-375B21 : RP24-63P13 : RP24-463F3 : RP24-210M23 : RP24-172M17 : RP24-134H8 : RP24-541A15 : RP24-475F20 : RP24-218J3 :
Instance: Plate 51: Well H05: BACs RP24-63P13 RP24-138G24 RP24-463F3 RP24-375B21
Instance: Plate 201: Well G06: BACs RP24-63P13 RP24-138G24 RP24-463F3 RP24-375B21
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 38341651 38341700 50 CCTTACCGTACAGGTAATCGTACGTTCGATTGGCGAATCCGCCCTTGGCC
U5 38336883 38336932 50 AGCATTATGCATCAGAAAACCTTCAAAAATGCCATGGAGTTTACTTTGTG
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D3 38335211 38335260 50 TTTCTCCCTTCCATTCTCCGCAGAGAAAGGGTACCCCCCCAACCCAGGCA
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Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 38254500 38254592 93 CCAACCCACCCTGGCACATCAAGTCACTTCAGGACTAAATGCATCCTTTTGTACTGAGACCAGACAAGGCAGCCCAGCTAGGGGAAAGGATCC
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U3_D5 38254593 38256078 1486 AGAGATTACCTCTTACTCAGTCCTGTTTTAGAAAGAGGGATTTACATCACAGCTGTAAACTTTCAAATCATGTAGAGTAATTAATCCTTTAAAATATCAAATTCATTAAAAACGTGGCTATGTTTCAGAGCAGGAATCCCTGGTACATACGCAGCTTGAAGCCGGAGTACTTCTTTGTGTTTGGCTTCTTGTCCCCTCCACTCTCGAGTGACGTGCAACGGGACAGGGTCTGTCTTGCTCCAGTACATAGAGTATCTTGGGTGATGAAACAGGTTACTGAACATGGACCGAAAGTTGGGAACTTTTTTCTGATGTTAGGAACGGGAGGCAGAGGGGAAAAGATCAAAAATTGTATGGTCAGATTTTCTAATACGAATCATATTGTAAGCTTTTCCATAAGTACAGATGACGTATGTAGCAGCAAAAGAGGAGTCACTGGTACCCGCACACACTATCTCTATGAGGATATGCAAAAAGCTGGCAACAGTGGCAGGTATGTGGCAGGGGCATGGGACTATGTTACTCTGTATTACATATGCCTTGCCAACACATAAACTCTCCTACATGGGTGCATACATAATTCCCATTGACTTAGTTTATGGGTTCCTGCGTGCGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATCCAGGTGCCCAGAGAAGTCAGTTAAGGGCATCCAATTCTCTAGAAATGGAGTTATGAGCAACTCAGTTACAGATGGTTGTGAGTCACCAGACCTGGGTCCTTATACAAGAGCAGCAAGCGCCCTTAACCTTAAGCTATCTCTCCAGCCCAGTGTATGGGGTCTTTGTTTGCTATTACTTGAATAAATGAGCTACATGTATTAATGGGCCTGGTCCCCCATAATCATAGTATTGTAATTCCTACAGTTTCCCAGATCCTGACTAGTGAGTAGCCAGACCAGATGATTCGGATTGACTAGGTCGTGTTAGTAGATGAATTAGACTTACCAGTCTGCTTCGAATCAGGGTGGCTTGGATATTGGCCTGTGCATGGTCTCGCTCACTCGACACAATAAATAACGGGTCTGTAAGGCAGTAAAATGACATAGAGAAGGAAGCATGTTTACCAGGAACAGAATGTGACTCTCTCATTTACCTCTCTCATTTTTATGTGTCTTTCTATTTTTTAAATTGAAAATAGATTTTAATACAATATATTCTGATTAGCTTTCCATCCCCAAGCCCCTCTGGATCTTTTTCTCCTCCCCTCTCATCCAAATCCATGCCTTTCTCTCTCTCTTTAGAAAATAAACAGGCATCTAAAAATGATAATAAAATAAGATAAAAATCTCAAGCAAACTGGGATAAGATAAAAGAAACAGAACAAAAAGGCCCAGAAGAAGAAAACGCAGAGACAGAGACACACATGTTGGCTTTCCCAGGAATCCCATAAAAACACAAAAATGGAAACCATAATATATATGCAAACAATCTGTAAGGTAAA
D3_G3 38249267 38254499 5233 AGAACTGTTCAAATTCATTTACCCTTCAACAAATCCCTATCATGGAAATACAATGGTTCCTATTTTACAAATAAAGATGCCAAGGGACTAAAAGTTGACGTCAGCTGCGTGGGGTGGAGTCGGTATTAAATGCAGCAGTCTATTTTGTGTTCTTACGTATCGAGGTTATCCCCTAATGGGGCATGAATTGGAAGCCAGATTTGACTCCGAGATGAGATGGAAGAAGTATATGAAAACAAAGCATATCGACTGTTAAAAATAGCGACCTGTGTAACATGGTTCATGTGTCTACTCGCAGGTGAAGGCTGAAGAACTATTACACATGTGCTATTCTGAAACACCTCTTTATCGCACTCCATGGTGGGGCATGGGCTCCAGGCACAGAGATATCGAGGACTTCATTCGGTTTAAGCTCGCATGGCCTGAGTCTATGTCCTGAGTCTACACAATACTGCATCCAACATCCCTGCCCTGGTCTCGCTGTGCCCACCCTCAGCTTCCCTGGGGTTCTTAGGAGAAACGCTCCAGCCTGGCAGATAGAACATAAGATAGGATTGCTTTAACTCTGGAACGTGCCAGATTTACCTTCAGAAGGCATTCACAGCTTCCCCCCTCCTTTCCCTCCCTCCCTCCTTACCACACAGCTTCTAGTCCATCTCAGTTGCCCCCTGCGAACTTTATAAACCAGAGTAGCTCACTGGAAAGGGAGTTTGAGAAAGGTAGCTGACAGTTAGACCAGCAGCAGGAATCTGGGTTAGAATTCCTTGGAGGTGTAACTTAGGAAGGAAAGACATCATATCCATTGCAGCACGAGCTTCTCACTCCCAGGCATGGTGTGTCTCTGCCTCCACCACACCTCCATAGGCCTAAAGAACCGTTTTAAACTTTCCTCTCTAAATTCTGGGCGTGTCCGGTCACTAGGTGACTGAGCCCACTCTACTCTGGTGTAGCTATTCTGTGATCTTTTCCATTAACACTTCTATTTGCATTACAACCCACACAGCAAAGTTGCCCGTCTTTTCTTGCATGTTGATTTCACGATCAGCTCCCTTGTGGGTCACACTTTTTCGTCACTTAGTGTGTTGTTGTTGACAGGGTCTCGGCTGTCCAACACTGTCTAGCCTAGAACTCACAGAGATCCACTTGTCTCTGTCTCCTGAGTGCTGAGATTAAAGGTGTGCACTGTCACGCTGGCCTTTTATTAGGGTTTGCTTTCTTTGTTTTGTTGCTGTTGTTTTTAAAGATTTTTTGTTTGTTTGCTTGTTTATTTATTTAATGTATACGAGTTCACTGTCGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGCACCCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCGGCCCAGGGCTTTGTTTGCTTGTTTGTTCATTCGTTCGTTTTGGTCTTTTGTTTTGTTTGTTTTTAATATCACAATTTTATTTTACGTGCACGGGTGTTTTGCCTGCATGTGTGATACTGCACCGCTTTCATATCTGGCACTCTGCAGAGGCAGGACAAAGCCATGTTCCCTGGAATTGAAGGCACAGGTGATTGTGAGGTACCATGGAGGTCCTGGGAGTTGAACCCAGGTCTGCTGGAAGATCAGCCAGTGTTCTTAAGCACTGGGCCATTATCGCACCCCTTTATCCGGCTTTTAAATGAGCATTGTTTACAAATAAAAATAGTTTTGTTGCTGCTAGCTGAACCTCATCCCATATTTCACCTTTACAGCACTTCCTCTCAGTTCATTTTATCTCTCTGTCACATTCTGGAACTACCTTTATTTATTTGTTGTTTTAAATACATCTGCTGGCCATTTGTCTTCTTTTGAGAAATGCTTCATCAGGCTCATTGCCCATTTTTAAATGATGTTATGTCTTCTCGCTGTTTGCCGTTCTTGTATATTCTAAAGGCGGAGACTAGCCCCTTCCTAATACTTTTATGCAAACACTTTCTCCCAATATGTGAGTTATTTGCTTCACTGTATAAACCAGAATCGCCTGAATCTGGGTCACTCCTAGGAACTCAGTAGTATATATTACTATCTGTAATACTCAGTGAGAATTGCCAACTCACCCCAAGTCAGATTAGCCAGGGTCAAGAGCTCAGGGATGGTGTCTTGACACACGACATATTCTGGAGAGTATGGATCTGTTTGAACGTCTGCATCCCGGTAATCAGTCTGAGTGGCCACAGTGGACTTGGTAGGGATGATTGCGTACTTGGAAGACTCGGGAGTAAGAAGAAGTGGTTGTGTCCTACAAGGGTAAAAGTAAAGGCTGAAACTCAATGTGAACACTTAAAATACTACACAACCAGGTAAAAGCCACTGTATCCCCATGGACACAGTGATTTATGCTTATTACACAAAGGGTATTAAAACAGCAACATTCATTTAATGCTTCCGTTATTTCTAACCTTATTCCTTTAAATATTACCCATGACACACTAAAAACAAAATTAACAGTGAGTTTTAATATCCCATATAACAATAATACCCAGACCTTGGCATACAGAAAAATCACCAGAGGGACCAGGAAGGCTCCTGCCTACGATGGCCGGCAATCCATAGCTCGCAAAGTATTGGCCTAGAGAGCTGCCTTCTGGAAGCAAGTGTGAGGTGAATGGTGGGTTAAGACGGTTTTGAAATAAAGTCACTTACTTGACTGGTGATAAAACAACGTTCAAAGGCATCTGTTGAAGAAATGGCAGGAAGGGCCTGGGGGTGGGGGAGAAAGCACAGGTGAGGTTTTCATACTGGCTCGCAACTTTCTTCTTATTTTAATTATTCTTCCCTAAAACTCAGCGAGTTTGAATAAACTTTAAAAAAAAAAAGGAATATTCAAAGTTTTGTGTATACAAGACCACTGGAGATGTTCTTATTTAAGATGCAAACGTCCAGCTGTGGCCCAGGAGATCCGGCCAGAATAGGGCACATCTGGAACTGTGCACTCACTGTGCACGCTGGCATCTCCTGGGCAGCCATATTCTCAGGAGCATCTTTCTACTTGGCCTTCTGATACTTGCTATTCTCCAGTGGCTTCTCAAGTTCTTGAAACCTTCTGAAACAATCAAGGGCTTCCTTTAAAGCCTCCCCGCTTCCACCAAGAGCCTAAGAATTTGTATCTACTTTAGTTAAGAAGTTAACTTTTTTTTTTTTTCTGAAAAAAAAAAAAAAAGTATCAGAACACTTCTATTAAGGGACGATTGAAAGGAAGCTTATTCAGATGTGGTATCAAGGTTATTTTCTAACCCAGGATTGGGAAGGAAGTCCTCCTTTTGGATTAGTCTGCCTTGAGTCTGCGATTATCACGGGAGTATGAATCCCAAATGAAATTCAGAAAATCCCTTGACTGGGTTGAAGCAGCGTTCACAAGTATTGTCCATTTGACACACTTAGCAATTTCCCCGCACCGTGACTTCAAGATACATGTTATATTTGGCTTCATTTGATAACTCCGTTTTCTTATCAACTATGCACCCTTTGTTGCCATGGTACCTCATTTACCCTCTGTGATATGTCTGTTGTGAAAAGTAGATAATAATGAGGTAAAGAACTAGACATGATGGCTGACATTCTGACCGCTGCCCCACCATAAGGACCTCTCCCAGCACTGACGCTCTGATGTTTATTGCTCTTTACTTTCTACCTGTCAAAGAACTTATAGCGGTTCTTTCCAGAAACATCCGGATCTTCATCCTTTTCCTTGGGCATCTGGAAAGAAGTGTCCATCCTAAAATGAAGCAGAGAAAGATGTTCAAGTCGTCAACTCTACATGTCATGTTTCTGTGTGTTGTAGGAGGGACAGAGAGAGCATTTGGCTGGCCTACGTCTTACACTAGATACAATCATTGGATCTGGTAAGAGGGAACGTAAGACCTGGGAAGTAAGGAGGTTTATAAAATCCCAAATAAAAATATTGCCACTCTTAATGAAAATAGCAGAGTTTCAAGGGTAGTTTTATGCCCTGTCTGGGACACAACATTATTAATTAGCTTACCATGACTTATAATTCATTTAAATAATCAAGATTTCAGTAGAATTATTTTTGAAGTTACTTTACTTGTAAGTAAACAAAAGAACAACAATAGCAAACCAACCAACCAAAAACAGCCCAACCATAGTTAAGGTTCTAGCAGAAAACATCACTTGCAATTTCTGAGGTGAACCAAAAGAATAACAGACTGGGTCATCCCAGTCTTTGGTGGTGAGCTATCCTTTAACGTACACATAAATATGCATTCCAACCTTCTGAAGACTTTTAGCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATACATATATATTTATATATAAATTATATATAATTTATTTTTATAATAATATACAACATGTCAAATATAATATAAGCATATATAACTGTTACCTCCTTCCAGCCTAGCAAGGCTGGCTGTGACCATCCACCACCGGCTTAAGCGGAGCCACCTGCTGTGCTGCTCCTTTGATGTGCCACTACCCGCCTAAGGTCCAACCTGCCCGAGGCCTAACCAGTTCTCTTCCAAGAATTTTCCGGAGTTAGCACCAAACTGTGATCTTTGATCTTCGAGAGTTCCCACTAAAAGGCTGACCTATGTACTTCAAAGAAACTTTGCATGGCTAGGGATGGGCCTCCCCTCTTCTTTATAAAGGGTGTTTGTTGACATTAAAATTGAACCTTGATCAGAATGACTGTCTTGGTTACAGCTTTCTCTAGCTCCCTCTTCTCTTCCAGATTCCAAGATGCCTTTCCAGACTAGAACCCAGACATGTGAGTCGCTGGCCGGACACAACATATAACAATATTATGATGTATGTAATAATATAATATAATAATATGTGATTATATATTGTATTATAGTAATATATCACATGTATTATGATATTAATTATTATATGGTTATATATTAAGCAATAA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U5_15 38256122 38271172 15051 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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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inserted results of aos runs
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Entered all non-repetitive oligos
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