High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 43532
Chr: 6
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ249n12 : RP24-81G21 : RP24-105G17 : RP24-202B21 : RP24-102D8 : RP24-537B19 : RP24-537L17 : RP24-485P13 :
Instance: Plate 47: Well E11: BACs RP24-81G21 RP24-102D8 RP24-202B21 RP24-105G17
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 142298059 142298108 50 TATGACTTCTCCATTTCCCTAGCATTCTCTTTGCATATAAATACACTTTA
U5 142302795 142302844 50 ACTTCCTGTTTATTCACAAATGTGACTGTGTGAGATGCCTCATGCGTTCA
U3 142302918 142302967 50 TATGGCATCTTTGCACCGATATTTTAATTGAGTAAGCTCAAGAACCCTAT
D5 142304987 142305036 50 TAATTGGAACCATTGGAAATAACATTAATGCACACAAATGTCTATAATAG
D3 142305041 142305090 50 ATACCATTCTTCAAACTGAGGTCTCACTATGGAACCCTGACTGTAGCCCA
G3 142308767 142308816 50 TATAACTGGGCAGTTTTTGAAATTTATTTTGTGCTGGATATGATGATTCA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 142262259 142262262 4 TAAC
15_E_15 142245017 142277312 32296 CACTCGGCCATAGATGGCTTTGTCAACACAGAGTTTTAATAAGGAGATCTAAGTAAGCTGGTTCTTGAGGCATCAGTGTTGCTTTGTAAATTCTTATTTTGATATAACCAAAACACTTATCATTAACATTTTAGCTTTAACACTGATCAATACCAAATACATGATATGCTACTTATATTCCAGTCATTGCCCCTTGTACTAATAATTCTCCTCTTAATTTTCAGAAAACAATTAATTACACTTATTTATTGGGAGGTTTGTGTGTGCATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTTGTGTGTTCTCAGGATTTGACTCAGGTCTTCATGTATGTTAGCAAGTCATTATTGTCTACGGAGCCCAGCCTCTTTTTAGGTTTGTTAATATTTCCCAAGACCCAATGCACTCTAAACACTGCTTTTATGTGACTCTCTGTACTTTCTTCAGATAAGAAGTAATAACTCAGCCTTTTCTAGGGAAGAGGGAGATTCTTGACCATTTACAGAGAATATCATAGGGCTGAAGAGATGTCTCATTGGTTAAGAGCACTTGCTGATCTCCCCAGAACACACATCAGATGGTTCTGAAGCACCTCTAACTCCAGCTGCAGGAGATCCAACACCCTCTTTCAGCCTCCATTGGCATGAACACACTTGTGGCAGACACAAAGACATACATACTTAAATTTGTAGTAAGAATTTTCTAAGAATGTCAGCTTTTCAAAACTCCTGTCGATACAAATATATCCAAAGTCCCATGAAAAGGGACAAATATGGCACAGTTTGAGTGGGAATCCTATTTGAATGATTTGATGTCTTCCCAAAGTGGGAAGACTCGAGATATCCCTTTGTTCCAGTATTAGTAAGCTGAGCTTTGATTATGTGGTTTGTGTAGACCTCCCAATTCTATCACTATCAAGATAGTGATTTCCCATTTGTTTCATGGGATGTTTGTATGGAGTTCTATAGATCATACAGTCTCTTGTCTATCTTGATTCACTAGTTTTCACTTCAAGTGAAAATTTAAAAATTCATTCAGTTGTATTAAATGCAGAAGATGGATTTCTGTGGTAGGATAGGGTTTTCCCTTATCTCCCAATATAGACTAGTTTAAGACACAAACGTTCATATTTTTATTCAATTTAGTGGATTACAGTCTAATCCCTTGATCATTGCAGTCATTACTTTTCCCATTTCTGAGACAAAATATCTGACAGAAGCAATATGAGGCAGAAGATTTTTGGCTCAGACCTTGAGCATGTCGTCCATTATGGCGGGGAGGTGGTAGAAAAACTGAGAGGTGGCTGTCTCATTGCATCCACTGTCAGGAAGCAGAGATGGGTGTTCATGCTCAGCTTACTTTCTCCTTTCACTCAGTCTGGAAAACCCTAGTCCATAGGATGGTGACTACCACCCATGTCCTTTCCATGACCATTGAGCATTCATGATGTGTCCCACAGATACATGGGAGGGTGTGCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCACACATGCACATGCATGTGAGGGTCTATTCATGTTGAGAATCTTCCTTGATTATTCTCTACCTTGTTCACTGAGGCAAATTCTCTCATGTGAATCCCACCACAAGTCTAGCTTGCCAGTTTACCAAGGGAATCCTCTGTCTCCAGGGACTATCTGCCACCACACCTGTCCTACTTTTACACAGTGCTGAAAATTCGCACTCCAGTCTGCATGGTTGCCTGGCAAGCCCTAATCTACTGAGTCGTGTCCTCAGTCCAGCGGTAATAATTGTTTAAAATGACGAGGCCAGTGGAAATGCAAACATCATGGGATTCTTAATTAGAGTGTCAGAGAGAACTCGCTGAAGTGGAAAACCTCCTCAGTGCTGGTGACTCAACGGTGCTTTCCGGGCTGTGATGGCTTTTCAGGCTAAACAAAGGTTTTCCAAACAGGCCTTCTGGAAATTTTGGAAACATTTTTATAGTTAGCATTTGACAAGCTTGTGTGCTTACATTACACCCTTAGTTAGGAACAGGAAGAGAGGACGATTGGCACTCAGCTCACTTCCTCGTGTTTTATTCTGTTCTGCAATACATTCAGGGTGTGCCTTCCCTCATTTATCAGTTTCGGAGACACGCCTCTGTACGGCCACACTTGACTTTATACATAGGTAAACAAACATTGATTGTAATCTAAACACCATAAGGCAATGCTTCAGTTTCATCTATTCTAAGCTACATTTCCTGGGTCAATGGTTTCTGGAAACCTACAAGGAAGTAGCCTTGTAGCCTCTTGTGAGGGACATTTGTTAAGAGTTCGCAAAGCCACAAATACTTCCCTTCTGCAACCCTGTTGAAGGTAACACTGTTATATGAGAAGCAATAAGTCAACAAAGATGAATACCTGAAAACAAGGCAAATTGATCCAGCACAGATGGCAGTGAAGAGGATAAATGCACGTTAAAATAAAAACAACAAAATTCTTCTGAAACATGCAAAAGTCATTTCTGAAAAAAGTTTATAGGGAGCTATCAACATTCTATAAATATGACACTACAAAGAATTAATGTCAGGACACTGAACAGAGTGTCATCTCCAGTTCATCAAGAAATTGTAAAACAGCTCCCTAAAAGGCATTTTTTTAATTGCCCTTTCTTGCTTCTTTTTTTAAAATATTTTTATTAGGTATTTCCTTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCCACACCATCCCCCCTCATTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTCGACTTGGCGTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAATGGGCCTCTTTCCAGTGATGGTCGACTAGGCCATTTTCTGATACTTATGCAGCTAGAGACACAAGTTTCGGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTACCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGTCCTGTGATCCATCAAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCCAGGCACAGGCATAGCCTCATAAGAGACAGCTATATCAGGGTTCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTATATATAATGGTGTCAGAGTTTAGAGGCTGATTATGGGATGGGTCCCCAGGTTTGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTCCGTATCAGCTCCAAACTTCGTCTCTGTAACTCCTTTCATGGGTGTTTTGTTCCCAATTCTAAGAAGGGGCAAAGTGTCCACATTTTGGTCTTCATTCTTCTTGAGTTCCATGTGTTTTGCAAATTGTATCTTATATCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTACATATCATGTGAGTTCTTTTGTGGTTGGGTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATTCATTTGCCTAGGAATTTCATAAATTCATTGTTTTTAATAGCTGAGTAGTACTGAATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTTTTGAGGGACATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTTGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGAACATCTTCTGGATATATGTCCAGGAGAGGTATTGTGGAATCTTCCGGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGGGGAACCACCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTAAAAGCTTGCAATCCTACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCTACATCCTGGCCAGCATCTCCTGTCATCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGCTGAACATTTTTTCAGTTGCTTCTCAGCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTCTTTGTTCACCTCTGAGCCCCATTTTTAATGGGGTTATTTGATTTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATATATTGGATATTAGTCCCCTATCTGATTTAGAATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGTTGGCCTTTTGTCTTATTGATGGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGTTTTGAAATTTTATGAGGTCCAATTTGTCCATTCTCAATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTTCTCCTGTGCCAATATCTTCGAGGCTTTTCTCCACTTCTCCTCTATAAGTTTCACTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTGATCTAATTAGACTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGAATGGATCAATTTGCATTCTTCTACATGATAACCGCCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTGGATGGTTGTAGCTCCCTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAACTCTATTCCATTGGTCTACTTGTCTGTTGCCATACCAGTACCATGCCGGTTTTTTTTTTTTTTATCACAGTTGCTCTATAGTACAGCTTTAGGTCAGGCATGGTGATTCCACCAGAGATTCTTTTATCCTTGAGAAGATTTTTTGCTATCCTAGGTTTATGTGTTATTCCAGATGAATTTGCAGATTGCTCTTTCTAATTCGTTGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGGGATTGCGTTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTTTTACTATATTGATGCTACCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATCATACAGATCTTCCACTTCCTTAGAGTCATGCCAAGGTATTTTATGTTATTTGTGACTATTGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATCCTTTGTGTAGAGAAATGCCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCT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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:6:1:149525685:1, start 142260527: end 142261183
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ249n12
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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