High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 43374
Chr: 4
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ273n21 : RP24-150P13 : RP24-186L18 : RP24-426P8 : RP24-486L24 : RP24-477H18 : RP24-121J2 : RP24-334L14 : RP24-401C10 : RP24-166K17 :
Instance: Plate 45: Well B06: BACs RP24-186L18 RP24-486L24 RP24-150P13 RP24-426P8
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 101843134 101843183 50 CATATCCTAGAAAGCCAAGTCTTCCACAGACTGTTACCTTAGGTCCACCT
U5 101838619 101838668 50 TATTAATTTAGGAAATGAGATAAAAGGTCTGTTCATTCATAGCCACCTGG
U3 101838455 101838504 50 CCCTTAAGAAAATATAGTTCTAATGTCACAGGCACAACCCAAGCTTATTT
D5 101836556 101836605 50 AGAGGAATATGCAAAGCATATTTAATGCATCTGAGCAACACAACTGGCGT
D3 101836410 101836459 50 GAGAATTAAAGGCTGAGTGATTCCAATAGAGGAACAAATTGGTTCCTGTT
G3 101831905 101831954 50 TTTGCATCTGACTCTGAAGCCCTTACCATCCTTAAATGTTGAAATATGAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 101656023 101688281 32259 ATAAATCTTTAGAAACAAATGTCTTTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTCCCCCTTACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCCACTCCCCCCCTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACCGGGGCACACAAAGTCTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGAAACAAATGTCTTAAAAACTACAATGATTACTTAACAGCTCAAGCCTCAGGATATTTAGATGATTTGTAATCTTTTATGAACAATTCTGAAGTGAGAAGTCTCATAGACAATTACATCTTGACACATATTTTTTTTCAAAATTACCTCAGAGAACTTGGTTGTGAGTGTTAGAAACCAACCAAGTTGATTTGTGTATATTTTTGTTATTTAATTTTTAACTTGAAGTTGACCACAGTTTGTCATTTATAACTTCATATTCCTTATTTAATTCATAAATGTCATTTATGTTGTAATTAATTTTTACATTCATGACCATAGTTTTCCATGGACATAGCATGCTGAATTCAGAAGTCTTCAGCACATAACTTTGTTACACCTGAGTAGGGGCTAAAGTAGAATTTATAAGCCTAAAGCCTGCAAGCATATGGGCCAAGTTACTATTATAATCTTTATTAATCAGAACTGAGGGAATAGGGACTTTCCCAAATGTGCCATCATGGTCAACTGATATTGAATGTAAGTGTTTTTGCCCAACCAATCAAGTTCATTTGTTCTTCTGTTATTAGGAACTGGCATTATATTTGAGTGAACTACTGTTGCTTAGAGAGCGAGTTGGTCAGCTTAGGTAAAATGGAGTCTGAAGACAAAATGGCAGTACTTAAGTCAAGTTTCTTTTTTCTGATACCAACAGCTAAATACATTTGTATGCATCTCTTCTTGTGGGAATATCTAGAAATAAAGTTTTGTTGTTATTTATCTTTACCATCTCCTGCCAAATAACTATGGATTGTATCTTAGTTTGGGTTTTATTGCTCTGAAAAGACACCATGACCAAGGCAACTTTTACAGAGGACATTTAATTGGGGCTGTCTTGCAGGTTCTGATGTTCAGTCAATTATCATCATGGCAGGAAAATGGCAGCATCCAAGCAGGCATGGCAATGGAGGAACTAAGAGAGGCCAACAGAAGTCTGGCTTACACACAGCTAGGAGGAGGGTCTTAAAGCCACACCTACTCTGACAAGGCCACATCTCCTAATAGTGCTGCTCCCTAGGCCATGCATATTCAACCCACTACATTCCACCCTAGGCACACATAGGCTTGTTTAAGTACAAGTATATGAGGCTGTGGGGGCCATATGTAGCATAGCATTAAAACAATCCATTTAGTCCAACATCAGAAGTCCCCATAGTCTATAACAGTCTTAACAATGCTAAAAGTCCAAAGTTTAAAGTTTCTTCTGAGATTCATTCAGTCACTTAACTGTTATCCAAAAGCCAGCTGGGGAATCTCCAAACTCTGTCTCTCCATGATTGATATCAAAGCACTCTTTAGATCTTCAACTCCTTTCATCTTTGTTGACTACAATGAACTTTGTTTTCTTGGGCTGCTTCCAGTCTATGTTAGCAGCTTTTCTCAGCAGTTATCCCTTGTCTCTGGCATCTCTAACATCTTGGAATCTTTAAGAAAAATTCAACATCACAGTTTAGGAGACAGCTTTATCCCTGTCTCAACTGAGAGTTCTACATCTTGGTTTGAAGACCAACACAAGAGATTTACTGTCCTTCAGGCAGCTAAGAGAAAGGTCTCAAAGCCCACTCCCACAGTGACACACTTCCTCCAGCAAGGCCACACCTACTACAACAAGGCCACACCTCCAAATAATGTCACTCCCTGGGTCAAGCATATTCAATCCACCATAGATTGCATCAGCACCACTATTAGCAACTTGAGGACAGTTCCAGATGCTCCATATACTACATCCCATCTCTGTTGGGATCCAGGAGTCCCTCCACACACCACACAAACACCTATCTCAGTCAGATTCAGGGATTATTATTGAATTCACACCTTAAAACTGATCAATCAGTGCCATAGCTCAGAATTCAGGGGATGAGGCAACAACCTCGAAAATTTTTCTATGTCAGCTTATAAAGGCTACAATTGCAAAAACCATAAGGATCTAATATGCAAGTACTGCTCAGTGGTGGATGCTGACTCAAGCCATTTTAGACTTAGCAGGTTATATTAACCTTTAATTCGATGGGTTTTATGAGAAGCATATAGTTGTTTATGTTCTTTTTTTTTAACTGGATATTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCATTTCCTGGTTCCTCCTGCCCTGACATCCCCTATCCCATCCCCTGTCCCCCTGCTTCTGTAAGAGTGTTCCTCTACCCACCCACCCACTCCTACCTCCCCACCTCGAATTCTGCTACACTGGGGCATCAATCGAGCCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGCATGACAAGGCCATTCTCTGCTACATATGCAGCTGGACTCATGGGTCCCTCCATGTGTACTCCTTGTTTGGTAGCTTAGGCCCTGGGAGCTCTGCGGGATCTGGTTGATTGATATTGTTGCTCTTCCTATGGGGTTGAAAACCCCTTCAACTCCTTCAGTCCTTTCTCTAACTCTTCCATTGGGGACCTAGTGCTCAGTCCAATGGTTGGCTGCAAGCATCTGCCTCTCCCTCTGTGTTTGTCAGGCTCTGGCAGAGCCTCTCAGAAGACAGCTATATCAGGCTCTTTTCAGCAAGCACTTCTTGGCATCCACAATATTGTCTTGGTTTGGTGACTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGCCTTTCCTTCAGTCTCTGCTCCACATTTTGTCTCTGTATTTGCTCTCGAGAGTATTTTGTTACCCCTTTTTTTTTAGTCCCCTGCCCCTCCCCCAACCCCCACCCCTTGTTACCCTTTCCACACCTTGGTTTTCCTTCTTCTTGAGTTTCATGTTGTTTGTGAATTGTATCTTGGGTATTCCAAGCTTTTTGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCATACCATATGTGTTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGGTGATATTTTCCATATCCATCCATTTGCCTAAGAATTTCATGAATTCATCGTTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTATAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTTTTGAAGGACATCTGGGATCTTTCCAGCTTCTGGCTACTATAAATAAAGCTGCTATGAACATAGTAGAGCATGTATCCTCATTACATGTTGGAGAATCTTTTGGGAATATGCCCAGGAGTGGCATCAGATGTAGGATTGGTAAAGTTCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTTGTTTGGTTGGTTTTTTGTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGATCCGCCTGCCTCTGCCTACCAAGTGCTGGGATTAAAGGCTTGCGCCACCACACCCGGTTCTGTTGGTTGCTGTTTTGTCCTATTTGCGGGAAGCGGGTGTGGCTGCATGGGCCAAGATGGCGCCCTGGCCCATTGTCAGGCCCCGAGAACCCCACAAGTTTACTACCTTGCCCGAGCATGTGCAGTAAGCCTGCATGCGTGGGCTGCCTGTTCCTCAGGATCCGGACCTGTCAGCCTGGAGCGTGTATGAATTCTGGATGAGGTGGGGTGGAGCTAGATGAGGGCAGTCAGCGCGAGTATAGGAGGGTTGTTGTTGTTATAGCCCTTGCCCTAAGTAGAAGTTGTTATAAGTAAAGCTGCAAGGAGGGGAAAAAGAAGCTGCAGGGAAGAGAGCTGTAAGAGAAAAAAGCCACAAGTAAAGAAGCTGCTGTGTGAACCTGCCTTGGTGTCTGTGCTGTTCTTGTCTCTATGGGTCGGAGACTGCGGCAAGTGGTGGCCCGTATGGGGAACTCATTGCATTGGTCGGCAACAGTAAGTAAAAAAAGTACAAGCATAAGGAAATTTTAGTAAGCAGCGGTAAGAAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAAGACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCTCATAATCAGCTTCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCAGGGGCCTAGCAAACACAGAGGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCGACCCTATAGGTGGAACAAAATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAGAGAGGTCCATTGGACAGGCAAACTGTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAAAATGGGAATGGGTGGGTAGGGAAGTGGGGGGGGGGAGGGCATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAATTGAGGAAAATATGTAATAAAAAATATTTAAAAAAAAAGAAAAGAAAATTTTAGTAAGCAGCAGTAAGGAAATTTAGGTAAGTGGCCAGTTTAGAACCTCTTTAGTTAGACTGTAAGAGTCTGTGGCTACCTCTAAATTCTGTGTTTTTATCTAAACAATACTGAGAACATACCACTGCTGATTATTTGGAATTTTAACTT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