High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
3' retrieval block size
 
     
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mqt
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
mqt 13-JAN-12 07.21.18.147231
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 429783
Chr: 15
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-285N9 : RP24-87F21 : RP24-319A12 : RP24-324P21 : RP24-495B20 : RP24-476I7 : RP24-92B3 : RP24-534F13 : RP24-370O12 : RP24-280H11 :
Instance: Plate 277: Well G03: BACs RP24-324P21 RP24-87F21 RP24-319A12 RP24-285N9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 76943071 76943120 50 CTAGTGATTTTATCTTGTCCCAAGGCAACAACACCCTTCATCTTGTGGAG
U5 76948745 76948794 50 CAGTTCAGTGCAACCTGCATGCGACTCCGCCGCCGGAACCCATCCCGTAG
U3 76948795 76948844 50 GCAACACAGTAGCGATGAAGCAAAAGAAAAAGAAAACCCCCAACAGGGTC
D5 76950388 76950437 50 GGGTCTCCTACATGCTGGACCGCTCATCCCCCTCCAGGGTGGGGTGGGGA
D3 76950438 76950487 50 TGTGTCCTGATTGCAGGGCCTTCCCAGGAATTCTCTCAGCAGAAGTGGGG
G3 76954887 76954936 50 AATCCTGTTTAGATTGAGACTTGAGGGATGATAACAATGTATAGTTTTCA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 76764175 76795917 31743 AAAGCCTTCCCACAAGCAGCGCAGGCGTAGGGCTTCACTCCAGTGTGAATCCTTTGGTGCTGGGTAAGGACGGAACGCTGACCGAAGGTTCTGTCACAGTCACTGCACTGATAGGGCCTCTCGCCAGTGTGAGCTCTGCCTGAAGCCCTTGCCACACTCGACACACGTGTAGGGCCTCTCTCCGGTGTGCACTTTCTGGTGGTGAATGAGATTTGAACTTCGGTTGAAGGTTTTGCCACACTGGTTACATTCATGAGGTTTCAACCCGTTATCATCCTGTGCTGAATGAGGGTTGAGCTCTGCTGAAGGTCCTCCCGCATTCGGTACATTCATAAGGTTTTTCCCCAGTGTGGACTCGATGGTGAAGGACAAGGTTAAAGCTACGACTGAAGGTCTTCCCACATTCCTGGCACGCATAGGGCTTGTCTTCAGTGTGATGGAGACAAGGGTGTCTTACACCCTGCTGTTGGATGAGGGCGGAGCTGTGGTCTCACCGGTGTGAAATCTCCGATGCTGCGTCAGGCTAGAACTCTGGCTAAAGGCTTTCCCCGCACTCACGGCACGGATAAGGTTTCTCTCCGGTGTGAACCCTGTGATGCGTAATGAGGTTTGAGATGCGGCTGAAGGACTTGCCACACTCTTTACACGCATAAGGTTTCTCTCCAGTGTGAACCATCTGATGCTTCCTGAGGTGTGAGCGCTGGCTAAAGGCTTTCCCACACCTACTGCACTCGAAGGGCTTCTCACCTGTGTGAACCCTGTGGTGTTTGGTGAGGTTCGAGCTCCGCCTGAAGCTTTTCCCACACTGGCTGCATGCATATGGCTTTTCTTCAGAATAGATTCTTTCATGCTGGAGGAGGTTTGAGTTCCACCTAAAAGTCTTGCCACATTCACTGTATTCATACGGCTTCTCGATCACGTGAGCCTCTTGGTGTTTTTTTTTTTTTTAAGGCTCGAATTCTGGCTGAAGGCTTTTCCGCAGTTGTTACACACATAATCCTCATTGTGGTGGTGAACCTGATGCCTGTCAAAGTCTGACACAGGTAGGCAAGGTTGCCAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTTATTTATTTATTATATGTAAGTGCACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCGTAAGGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCCGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCTGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCTACCAGTGGTTTTTAAGAACAGAGTTTTGGCTAAAGGCCTTTCCACATTCAGAACACATTAAAGACCTCTCCCGAGTTGGCTTCCCGATGCTGACCAATGTCAAGGCTTCCCCTGACCGCTTTCCCACACGCAGTATATATGAATGGGCTTTCAATTGTAGGAAGCCCCTCCTGGCCAGTTAGGGCTCCATTGTGCTGAAAGTTCTCTGAGGTGTAGCATGGACGTGGCCTCTCTTCTGTAGAGATTCCCTGACACTCTGATGGCCTTGGGCTCAAGCTGAAGTTTTTGTCAAAAACATTACAAATCAGACCCTTCTCCCCTAAGGGGCTCCTGAGGAACATGGTCACTGGCTTGAGGTTTCCCTACCGGCAGAGGGGCTGGAGCAGGCTCTCAGCTTCAGAGACATTCCAGTCACTTTCTGGTAGTTCATCTGAGAGCCCTCCAAACTTAGACGATGGAGAAACATCACCAACGAACGACTGTTGGTATTTCTGTCTGTGATTCCAACTCTTCAGAAACGTGATCCTTGGGATAAAACGCGGTCTCCTCAGTACTGCGGTCTGAAGCAACACACATTGGTCAAAGGAAGGACTCCTGTGACTGGAGTAGGGAAGGAGACAGACCTACAGACATGCTGCCCTCGCCCCTGTGGAGGAAGCAATGGGAGCAGGGAATCCCCGACCTTATGGAAGGACCAAGGGACCCCCAAACTGATGAGACCTCATAGAAGCTGAAGACCAGCAAGAACCAGCTGTCCTCTCTAGGTCTCTACACATCAAGGATCCACTTCCCATTTGCCCATTGGCCCAGGACAAGATTCTGAGCATCTCTCAGCTGCCCCTTCAGAGCTCACTCAGCAAATTCTATTGGCTCTACCTAAAAATAGAATAAGATATAAAACAAGTAACATTTGATATTATTAATTATATAATATAAATGTATATATTAAATAAGATATACCATCATATATTATATATTGAATATAGATTAATGTATTATTAATATAAGCATATAAAATATAAAATGAAAGCACCAGGCACTCCTTACCTTTCCCCCATGTAAAAGGAAGTAACACAGGTACACACACAAGTTTTAAAAATTTACCATGTGTGCATGTCTTGATGCCCATGTGGCAGTTACAGGAGAGCTTACTGAAGTTGGTTCTCCCGATCTTTCTGTTTCAGCTTCCTAAGTGCTAACCGCAGGTACCTGGCATATCTGTGCAGGTCATGTTCATCTGTATGTGTGTGCCTGAGTTTATGGATGTGCACCATGTGTGTGCAGGTGTCCACAGGGGTCAGAAGAGGACACTGGATGCCCTGGAACTGGAGTTACCAGCATCTGGGAGCTGCCTGATGCAGGAAGACTGTCACACATCCAAGGGGAAAGTGGTCTACACAGTGAGCTCAAGGTACCTGGGTTACAAAGTGAGGACCAAACCGCTCAAGTCCAACCATAGCTGACAGGCTCAAAAAGGTCTATTAGCTGGATTTGATAACCCAGACTAAGATGAAATGCCACTGAAGCAGACCAAGAGATACGGCAGTAGGGAAGGAACTTTCTACCTTGAGCCATTACTTACTGAGTGTTTTATTAGGAAACGACAGTGAGCCCACACAGATGTGAGTGTGCACGCCCTTAGTGCCAGCTCTGGGAGGCAGAGACAGGTGGACCTCTGGGCAAGGCCAATCTGGTCTCCATAGAGAGTTCTAGGACAGCCAGGGGCTACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAACAGCAACAAAAGAGTGAAACCACTATTCTGGCCATGGTAGCACATACCTTTAAATTCAGTACCCAGGAGACACAGGCAGCCAGGGATACAGAGACCCTCAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGAACCGAGTATGCTAGATTTTATTCATTATTTTAAATAGGATCCCGGTATGTGGGTTTTGGCTAGCTTTAAGCTCACTAAAGCCAGATTGACCTTGAACTCAGAGGTCCAACTGCCTCTGCCTCCTTGTGCACGCTGGGATTTTACAGGTATGTGCCACCATGTCCAAGTAGCTAGTTTTTCTTTTTTCTTTTCTTTTCTTCTTCTTTTTTAAAAAGTGTGTATATCAGGGGGCATTTTGCCTGCATATCTATCTGTGTATCACATATGTGGCATGCCTGAGAGATCAGAAGAGGGTGTTGGATCCTCTTGGAACTAGAGCTATAGTTTGTTTTTAGTTGTCATGTGAGTGCTAGGAAGAATGCAGGTTCTCTGGGTGAATAACTGATGTTTATAACCACTGAGCAGTCTCCCCAAGCCTGTAAACTGTTTGCTTTTAGACCGTCTAGAAGAGTGGTTATCCACCTATGGACCAAGAACCCCTTTGGGGTGTCAAATACTTACATTATGATTCATAATGGTGGAAATTTACAGTTATGAAATAACAACGAAATAAAGACTATTAGAAAGAGCAACCCAAGGCCAGGCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCGGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAACTCCAGGACAGCCAGGTCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGGAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAGCAACCCTGTCTCAACCTCCCCAAGTCCCAACACCAACTAACCAACAAAAAAACAAAAACTACCCCTCCCCCCAAAACCCAAGGGCTCATGGCAAGCTAGTGCCTAGAAAACGGCTTCTTCTGCACGGGAATCGAGGCTCCGTGTTTTCTTCCCAACACCAGTTCTTGCTGCCGCTGTTTTAGGGTCCTTTGTGGACCCCTGGCTCTACTTCTTTACTTTCTCCATCCCCTCTGCCTCCAGTGCCCAGGTCTTACACACACGTTAGGTTTTCTGGAATACCATTTTAAGGAGGAAATGTATTTAATACACCTTCTTCTGCACACCCTAGTTCAGTGACACAGTACAATGTAAAATATGGATTATCTTCATGGAGGTGTGGTTGACTGGCACCTGGGACTTGCTGCTGTCACCCAGAATCAGAGTTGTTAGTTAAGATCAAAACCTAAAATACGGTTTCTATTGAGTGTATTTGTGTGTGTTTGCACCTCCATAAACATTTTAAAGCTGCAGTGTGAAACTTGTTGTAGAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAATCCGGGCAGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGTCAGCCAGGACTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAATAAACAAACAAAGAAAAAAACCCACCACCACCATCACCACCAACAATAAAAAACCCCCCAACCAAAACAAAACAAAAGCCTTGTTGTAGCACTGTCTTTGATTCTCTTGGGTATTTATCTTGGAGTTAACTTTCTGGATCACTTGCAATGCAATGATTACACTTTTGAGGAACTGCCAAACTAGTTCCCATAGCAGCCAAACCATTCTGCATCCCACCATGACTATAGAAGGCTCCCAGCGTTTCCACGTCCTCCCGAATAAGTAAACTACGTTCTGTGTTTTCCTTAAGACTTGTATGATTTTGAGACAGCGTTTTGCTATGTAGCCCAGGTTAGCCTCCTCTACACTCTGTGTGCTGAGATTACAGGTCTGCACCATGTACCTCAAACTTTG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GF4 -1 -1 1 GATACTTAACGTCTTGCGTCTGCTCAG
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GR3 -1 -1 1 GCAGCATTGCGAGGTAATGCAGGCG
GR4 -1 -1 1 CGCTGACCACATGTCGATATGCAACTATGC
Comments:
Created
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creating candidate regions
EXITING due to problem: I dont know where to go to fetch sequence for this gene-build (mus_musculus_core_65_37) at /software/team87/brave_new_world/lib/perl5/EUCOMM/EnsemblSeqFetcher.pm line 214, line 12.
Target: mus_musculus_core_65_37 ENSMUSG00000063236 -- 76779224 -- 76780867 ENSMUSE00000332326 -- ENSMUSE00000424381
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 10 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:15:1:103494974:1, start 76779223: end 76780867
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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