High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mqt
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 429384
Chr: 3
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-492A2 : RP24-68M24 : RP24-254O11 : RP24-399J1 : RP24-467H24 : RP24-467L24 :
Instance: Plate 273: Well H06: BACs RP24-68M24 RP24-399J1 RP24-254O11 RP24-492A2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 93558183 93558232 50 AGACAATTTCATCTGTATCTCCTCTACTTTGAGTCATTCATTTAACAAAT
U5 93563767 93563816 50 AGAAGACTTCTCCGAGTCTTCTCTAAAAGCAAAACCCAGTGTCCTCATTA
U3 93563892 93563941 50 CAAGAGAGATCCCTTTTAAGGATCTGACCATGGTGTCAGGAATGAAAATT
D5 93564797 93564846 50 TGGATCTGACTTTTCTATTTGTTTTTCAAACTATGTCTAAGTGAAGAACC
D3 93564864 93564913 50 AAGAGGGCTCTTCAAGAATGTAATCTAATTCTGTAACTCCTCAGCATAGT
G3 93568720 93568769 50 ATTTATGGTGCGAAATCCTATGTGACTGTTTGTGCCAACCAAAACAGAGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 93368769 93368785 17 AAACCTCAAAGCGTTCC
15_E_15 93352689 93383835 31147 TCATCTCAAGTCACCTCCCACCACAGTGGTGGTTTTCAGTTCTGCTATCAGACTAACGTTACCCTCACCTCGATTCCCTCCCTTCCCCCCCCCCCCGCCCCGCCCCCCGCCGCCCTGCCCACAACCCTAGGTCCTCTTCCTCCCTTAAATCTGGGTTTCAATATCCCCAACTCAGGGCAACCTTCTCTGACTGTTTATCTAAAACAGGTCCCCTCTAGTCTCCTCATAGAATCTTATTTTTTCCATTATGGAACTCATTGCAACTCACAAATTTAAGTTTTCATCTTAATTTTCATTTCACTTCTCTTTTTCACTAGAAGAGGCTCATGTCTTAGTTGGGGTCAGTATTACTGTGCTAAAACAAAATCAGTTTGGGGAGGAAGGAGTTTATTTGCCTTTTGCATCCACACCATCATTTACCACTGAAGGACATCAGGGCAGGAGCCTGAGTCAGGAGCTGATGCAGTGGCCATGGAAGAGCACAGCTTGCTGGCTTGGTCTCCATGGCTTGCTCAGCCTACTTTCTTATAGCACTAAGGACCATCAGCCCAGGGAGGGCGCCATCCACATTAACCATCCCCCAACAATCACTGATTGAGAAAATTCCCTCTAGACTTGTCCACAGCCTGATTTTTATGGAGACATTCATTGTCTTAGTTGACATTCTCTCCTCTCAGAAGGCACTGGTTGGCGTCAAGTTGACATAAAATTATCTAACACAGCTCTGGGTCAGAGATTTTCTGTCTTGGTCACTTGCAGGAGCCAAATCACTGTGGGAATTGATAAATTGCTCAGTAAATATTTGATAGAGTATAATCATTTGAATTTGCATCTTTTCTAGAGATGGAAGTGGTGATTTCCAACCTTGAACTAAAAGGACTTTTGCAGGACTGGCAGTAGGGCTCAGGAGTTAATAGAAATTGTTGCTCTTTGAGAGAACAGCAGTTCACTTGCCAGCATGCACATCAAGTAACTTCAAGTCCAGGGGATCCAACAACCTCTTCTGGTCTGGGCAGAGACCTGCACTCATATGACATACATATGGCACATATACATACAAGTTAAAAATAAATATTTTTTAAATGGGGGGAAATTCTGTAGGAAAAACAAAAGCAATAAAACACTAGTCGTTCAGTTGCTGCCACTTTAAGACGGAGATAAGTCAGCCTTGTCTGAATGAAGCCTCCACTCACTTTTGGTAGTGGCCAACAGCCCAACCTGGTTCTTCTAAAGCTACTTCTCGTGCAAAGTAGATGACACAGAAGAGGTGGTACCTGCAGAAACTGAGCAAGACAACTTCATGCTCATTAGATGGCTCAGTTTTTTTCCTGCATGAATACATCCGCCCCCATTTTACCCACAATGAAACAGCTGACTGGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGTGTACCTAGATAGAGCCTTAGGGCTAAGAAGGAGAGCGGCTCACTTCCTGTTTATATTCTTCAGTGGCTTCTTATCTTAGACCCAAGCTCACACTTCCTAAACAGAGGCCAACAAAGGCACCAGTGTCAGGACTGTGAGCTTTAAGGTCTTTGCGTTTTCCCTGTACCACTGAGGACACTCCTGAGTCCATACCAACACCTGACTTTTCCTCCTATCTACACCACCATCCCAAAGTTCCTGATCGCTACTGGTGCTCTAAGATTCACAGAAAAGATACGTTCCTTGTAGGAATCCATATAAAGCAAGCATGTGAGCAAAGATGTTTGCTGGTCCTTTTGGGCTGGAGAAGTGGCTCAGTGGTTAAGAGCACCAACTGTTCTTCCAAAGGGTCCTGAGTTCGAATCCCAACAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTGACACCCTCTTCTGGTGCATCTGAAGACAGCTACCGTGTACTTACATATAATAATAAATAAATCTTTTAAAAATTGTTCCTTTTACATATTATGTGATTTGAATCAGCGCTCGATATATGGTACAGTTTCACCCATAGCCAGGATTCATGGGTCCAGGAATCAAGGGGTGGAAAAGGGAATAGTTCCACTTATTATCACTCCTAGTGACCCTCTAGGAAAATTTTTGCTTCCTGTCCCCATAACTCTAGGTTCTGCTGGCCTAGAAGTTTTGGCTCCAGAGAGGGGAGTGCTCCTACCAGGAGCTACAACAAACATTCCATTGAACTGGAAGCTCAGACTTCCCCCTGGTCATTTTGGGCTTCTACTGCCCTTAAACCAACAGGCTAAAAAAGGAATAACAGTGTTAGGAGGGGTGATAGATCCAGGTTACCATAGGGAAATTGGATTACCTCTTCACAATGGTGGTAAGCAAGATTATTTCTGGAGTGTAGGAGATCCCTTAGGGCGTCTCATAGTACTACCATGTCCTGTGATTAAAGTCAATGGGAAACTACAACAGCCTAATCCAAGCAGGATGACAAAGGACGCAGACCCATCAGGAATGAAGGTATGGGTCAATCCTCCAGGAAAAGAGCCAAGACCTGCTGAGGTGCTGGCTGAAGGTGAAGGAAATACAGAATGGGTAGTAGAGGAAGGTAGTTATAAATACCAATTAAGGCCACGTAACCAGTTGCAGAAATGAGGATTATATAATATTATTATATATTAATTATATTATATAATATTATTATATAATATTGTATTATATAATAATATTATAGTTAGAAACAACTTTAATATTCAGCTCTCACTATTTTGGGTACACTAGTATAGTCATATCTATTTAAATCAGTTTTTCTTCTTTTCCTTTCTGTTTTGCCAGAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAGGCTTGACCAGATCAGTGTAACTGAAGAGCACTGAACCTGCAGGATTGACTGCTATGACTCCTCCAAGGGCATTGAAATTGATGAATAAAGTTTCTTCAGCTATGATTTATGCTTACCTAGTATCTGGTAGATGACAGAATGTTAGACTAGGCTGTACAGGTTTCTTCATGGTACAGGGCACAAAGATACGACACACAAAGAAAATACTGTAACTTCCAGGAGCTATGAATACTTCACCCTATCAGTATCTAGGACAGATTGGTCAATGACCCTGTGCTGCCCAAAATACTAGCACTCAAAAGAATGTTACTCCATTTACTCGGGTTATGTTGTAGCAAAAGACCCTAATTCTTGGGGCTTTTTTTTATCCCCCTCCTCAGCCCAACTTGCCCAGCGATGGGTTCTTGGTCAACAAGCAATTTTCTTCCTTGTATTGATTTGGGGATCGAGGCTCTTCCCAGCTGTGGTTCTTCTACCCCAAGAGCCTTGGAGTCTTGGCAGACATAAAGAAGAAACATAGAGAAGTCACCTTTGCTGCCTGAATATGGAAATGACTCACCTGACTTGTAATCTCATTCCAGGGATGACTAGTCACATAGTCCCAGCCAGATGCAAGAGGTGCTAGGAAATTAATCCTTGGTTGAGTGGCTATTTCCCAGAAACAGTTCTACCCCGTGGAAGAGAAATTGAGCACTGGTATTGGGATTTTATTACTATGCCTCTTGGAGAAGGTGGAAGAATCTCTAGTGTTGCATTGCCAGTAAAGCAACTCTCCTGCTGGTAGCATTCTGCACACTGGAAGGTGCCTGGTGGACAACTTGTAAGTTACTTCCTCTTTATTCCAGGGGCCACACTGCACCCAGCCCTGTTCCTCCAGTGCCTGCTCTCTCTGTGTCTAGGACCAATCTGTCGGAGATATTGATGGGGTGAAGTGTTCATGGCTCCTGGAAGTTACAGTTTCCTTCTGTGTAGTACTCTGTGTTGTGCCCTGTACCGTGAAGAAATCTGTACAGCCTACAGAACTGGTCTCTGCTCCAGTCAACTGTTAGTAGGGAAGTAGGGTTGGTTTCACTTTGTCCATGTGGTTAACAAGGCATAGCCATTTCCTGCAGAAAGAACTTGGCTGGGTACATTTTTCCTGGAGAGAGAGGTTTTGGTTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTGACAGTCTCACTATATAGGCCAGGCTGGCCTCAAATGCACAATTTTTTTGCCTCCCAAGTGCAAGAATTAAAAACATGCCTCACCACACCCATCTTTAGCAGTGGAGCTGAAGTTTCATGGACCTTCAGTTCACAGAGCAGCTAAGGAGCTTCATGGGGAGTTAGTGAGAGAGCACTTGCTATAGTGTCTATCCTGCTGGCTCTGTTCATCATGTGCCCTCAGCATCTTTGTGGGGCGGCACCCACTAGGACTCCAGAATCCTACAGCCTTGCTAGCAGATTGAAAAAAAAAATCACTAAAGGAACGAAAAGGGGGGAAACGAGTGAGTGATCATGGTGATCTTGATAAACAGCGACACAGAAAAAGCAAAAGTGGGCCAGAGATAGAACTCAGTAGTAGAGGACTTACCTAGCATGTGAGAAGACCTGGGCTCAATCCCGATTAAGCCTGGCACCTCAAAAATATTGAGGGGTGGGGAGAGAATGAATACTAAGGAACAAAAGAGGATACTGTCAATCTAAAAAAAAATCAATATAAAAAAATCAATATAACCATATGTATAGGACTAGAACAAAATACATGAAAATAGTTATTATTTGGTCCATACATTTATAAATAATTATTGTTTTAGCTGCTGTTTTCCAAACCCTCCACAAAGGGAATGTGGTATTTGGGTCAATGGGGTTTCTGAGGGTAAAGGTGCTCTTGTGTAAGCCTGATGACCTGAGTTCTAGCTCCAAATTCCACACCAATGAACTGACTCCTGAAAACTGTTCTCACAGTGCCACGTATGTGCTCTGGCACACATGTACATGGAGGCACATGCACAGACACACAATAACTTTTTAAAAAGCACTCCGACACCTCTATACCTCTATACCTGCCCAAAAGGTTATAATAGATTTTCAGATTAAAGAATCACAATGATTAATTGTTGAGTTCTTATCAAATGTTGCTTCCTCTGTGAATCAGACTGTTGCCCCACTATGGGG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Comments:
Created
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creating candidate regions
EXITING due to problem: I dont know where to go to fetch sequence for this gene-build (mus_musculus_core_65_37) at /software/team87/brave_new_world/lib/perl5/EUCOMM/EnsemblSeqFetcher.pm line 214, line 12.
Target: mus_musculus_core_65_37 ENSMUSG00000041959 -- 93368165 -- 93368565 ENSMUSE00000300830 -- ENSMUSE00000300830
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:3:1:159599783:1, start 93368164: end 93368565
Found 6 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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