High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mqt
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 428624
Chr: 17
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-84N9 : RP24-272K13 : RP24-85N6 : RP24-161B5 : RP24-371D15 : RP24-112B2 : RP24-484O22 : RP24-175L24 : RP24-351B13 : RP24-106I3 :
Instance: Plate 276: Well A07: BACs RP24-272K13 RP24-161B5 RP24-85N6 RP24-84N9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U3 73944234 73944283 50 AGACTCTAACTTTGCATCCATGTGTATGCCTGCTCAGATTCTGTGTGTGA
D5 73943634 73943683 50 TTGCTGAAGAAGTCTGAAAGAAAACCATGAACAGCCTCTCATTTGAGGAC
D3 73943551 73943600 50 CTAAAGTAAATGACCATGAAGTTCATGGGGGCTGCCGAGGAGGACTTTCA
G3 73939999 73940048 50 CTCTCCATATAAAACTCTGAGCCAGGAAAAAAGGGGGTTCTATTCCAACT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 74292941 74292973 33 TGGGCACAGAAAATCCTTCAATTACTAGACTCT
15_E_15 74277891 74308777 30887 ACAATTGCTTCCAGTGGAGAGTGCAACACTGTTCATAAGAAACAGAGAAATCCTGCAGAGAGATCAGTGAGGGTGTGGCTGAACATGACCAGTTCTGTTGGAGAAACTGTGAAACTGTGAAATAACACCTTCAAAAGTAACTCATTCCACTTTCCTGACAAGGAAAGGGCTATATTATTAGTACATTATTTGTTCTGAAGAAAACGTTGTTTCCATTTAATGAAAATTATTTTCATTTTCTAGGGAACAACCTTTACTGAGTCATCCTATTTACTGTTTATTGGGAACTTAGCGATCAGACCTCAGATTCGGACTTAATGTTTACAAAGGAGTTTAGGTTAAGGTGAAGACTGATTCAGAAAAGCCTTAAAAGCCAACCCTGGTGTTTTGGGGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGTAATGTGTAAGTGTCCGTAATTAGAGTGGTTGCATCTCCACCTTCCACTGCTCCAACAACCGGCAGACCCAACAGCATTGAACAAAGACTAAGAGAAACTATAGAAGCTGAGGTCATGTTGCTAGGGTCATGAAGGCCGAGACTGGGGTGTTCCTCTTCTGGAATTCCGGGTGCTGAAGGCAAAAGGTTACACACGACCCTCCTTTCCAGGAAGCATCCAGGACAGGAATAGTCTAGAGATTCTTCCTACGTCTCCATTATTATCCATTTAATGTTTATTTTTCCGTAGTCACCACCTTTCCTTCATTTTGATATGCATAGTCTGTATTTGTCCCTTAGCTCGCCTGGCTCAAAGCTTATTGCTTTCATTGATTTATATATATATATATATATATTTTTTAAGAACTAGGTTTTGTTTTGTTGATTTTTCTCTATGGAATTCCTGGTTTCAATTTCATCAATTTCTGCTCTAAATATGGTTTCTTCTGCTTCTTTTAGATTTAATTTGCTCTCTTTTATTCACCTAAGGTGTGAGCCTATATTATTGATTTTTAGATTGTTTTCTCCCAGTATTTACATTCTCTGATATAAATTTCCCTCTAAGCAATTTTCAATTTTATTATATTTTCAATTTTACCCAGTTCCAAAATATTTTTAAATTTACTCGGGGATTTCTTCTTTGCCCGTGTGTTGTTTGTTGCTCCTCCTCACAGAAAGCCTTTTTTATATTTTCCAGCTCTCTTTCTGTTGTTGGTTCTAGTTTAACCACAGTCTAGTCCCCAAACAGACATTGTATAATTGCTATTATTTTTTATTTGTGCTATAGTTCAGAATGTGATCTATCTTGGTGAATGTTCCATAAGGAAAGTGTCCTTTCTCTCATTTCTAGCTATGGTGGTATAGAAACTCTAGTAACTCTAGTAACGTGCAGCTAAATTGATGGTTCTGTTGAATTCACCTGTGTCTTTCCTATTTTTGTTTTCTATTTGCAAGATATGGCCATTTCTGATAGAATAGTGATAAAATATTAAACATTAAAACCCTCCATTTTGAGTCCCACCATGTGTGCTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCTTAGGAGTTGTGGGGGTACTGGCTAGCTCATATTGTTGTTCCTCCTGTGGGACTGCAAACCCCCCCAGCTCCTTGGGTCCTTTTTCCAGCTCCTTCACTGGGGACCCTATGGTCAGTCCAATGGTTGGCTGCGAGCATCCACCTCTGTATTTGTGAGGCACTGGCAGAGCCTCTCAGGAGACAGCTTTATCAGGCTTCTGTCAGCAGGCTCTTGTCAACAGTGTCTGGGTGTGGTGATTGTAAATGGATGTATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTAGATGGTCATTTCTTCAGTCTCTGCTCTACACTTTGTCTCTGTAACTCCATCCATGGGTGTTTTGTTTCCCCCTTCTAAGATGGATAGAAGTATTCACACAATGGTCTTCCTTATTCTTGAGTTTCATGTGGTTTGTGAATTGTATCTTGGGTATTCCAAGCTTCTTGACTCCTGGGCTAATATCCACTTATCGGTGAGTGCATATCATGTGTGTTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACACATGGTGAGACTCATGGCTCCAGCTGCATATGCAGCAGAAGATGGCCTAATCGGACATCAATGGGAGGAGAGGCTCTTTGTCCTATGAAGACTCTATGCCCCAGTGTGGAGGAATACCAGGGCCAGGAAGCAGGAGTGGGTGGGTTGGTGAGCAGGGGGAAGGAGGAGGAGATAGGGAAAGGGTGTCTTTTGGAGGGGAAACCAGGAAAGGTGATAACATTTGAAATATAAGTAAAGAAAATATCCAATAAAAAAATTTAAAAAAACCCTCTGTCTTTTCAGTTCTGTAATTTTCAAGTGTATTCAGCTAACACATTTTTTAAACTTTATCTTGGAATATCTTTTCCCAGTGCTCTGCTCATACTTGCATACATGTTAAGAGCCTCTGTGTATTTGTACTGTGGCTTTTGGACCCATGAGCTCACAGCAGGAATGCCTGGATGTAGCCTGCACTAGACAGGGATCATCTACATTCACAAAGCCCCATTTTCTTATGAGTTGTCTTGCTTAATAAAGCCCCACATGTGCTTTTAAGAAAACACTGTGTCTTCTTAAAGCATCGGTTCTTTTATTGATCCATTCAGTGGCCTTGAATGCAGCCTGACTTCAGCCTGGCTTTAAGCTTAGGGAAATCCTCCTGACTCTGCTTCCCAAGCACTGGGATTACAGATGTGTAGAGAATTTATCTCGGTGGAATTTCCCCTCCTTTGGCGATTTCAGTATATGGCTCCATTCTCCTCTTCGTTCCTCAGTTGCTTATAAGGGGAACATGAACTTTAGCTGTGTGTAGATCAGCTGTAGTTCTGGATTCTTTGGTGGACTGTTTCTTATTTTCTGTAGCTTGACTTAATTACATGTTGTCGGGATCAGGGTTCTGTTGATTTCGTTTCACTTAGTTCAGTTCTTGGTGTTTTATTTTGTTCTTTTTGACACTGGTCCACCTTGGTGTCCTCTGAAATTCCTAGTTATGTGGTTTGGACTCAAAAATCCATTTGAGGAAATCCTCATTCATATTGTTGAAATATTACTCCTGCCTCTTGTTTTCCTCTTCTTCTGGCTTCCCCCTCACATGCATGTTACACTCCTGTGGTTCCATAGTTCTTGGTCTCCTGGTTTATAATCTCCTTCTCATCTCTTCTCTTTGCCCGTTGGCTCTAGGAGTCTGCATTTTCATATCCTCAGTCTCAGAACTGCTTTCCTGAACATTAACGCCACAAATAAGCCCAGCAAGGTCATTCTTCATTCTGTTATAGTGGCTTTGATGCTAGTGTTTCATTACCTATCTATTACTGCATGTCTATTTTTTCCATTAAGACCTTTAGCAATTATATTATTTTTATAAAGTCGTGATTCTATCATTCTAACACCTCTGTCGTATCAACTCCAATCCTGTTGTATGTTCATTCTCTTCAAATTGTGTTTGCCCTGTGTATGTATTGTGATGTTTATTTTTACTGGAGAGAAGATATGTTGTACTGAATTAAAAGACCTCTGTCAGTATACCTGTACTGAATAAAAGGACTTCTGTCAATATGTGAGTCTGCCCCTATACTATGAATGTCACAAGGACCTTTCTGGAGTCTATTCCTTCCTTAGATGAGTCAAGGTGGTTGGAGGAGTCTGAAGTTGAAAATTTATCTTCTTCCTAGTTTGGTAGACATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATATGATAAGAGAAGAAGAAACTCTGGTACAACATCTATATGTTTCTGCTCTTTTCAATATTTTTTTTGAGATTGTACTATAATTATAATATTTTCTCTTCCCTTTCATATATTCCTTCTTGTGCCTGTGATTGTCTGGACTTCGCTGTCTATCTTCTACCTGAGGAACAGCAGCTGGTCCTCTAACTTCCCTCCCCACAAAGAATCAGAGTAGAGTTGTTACCTTCCAGTTGTCTGGCTTTGCATGGACTGAAAACATCTGCACCCCTCACACACCATAGTGGAAAATGGAAATCCTGCTTCCGCCTGTTCTAATGGCTTATCCTTCCACTTCCTCTCTGGTAAACACACACAGTCATTCTTTATGTCAGCCATGTGCCCAGCTCTACCAGAATCTGCTCAAGCTTCATTAGCCATGTGATGTATATGAGAAAATAGGAAATCCAAGCTTGATACATCCAGGGACAAAAGTAAACAGTCTCTAAATAAGAATCCCAGAGGCTCCAGGGAAGGAACATGAAGGCACTTCTACATGCTTGCTCAGTGCCAGGCCTTCAGGCTGTTTAGAGCTCTCCTCTCAACTCAGGAAGGACTGGGTTGAGAGGGATAGAGTACTCCACATTGAGATCATGCACTCAGTCCAGGAGACCCGGAGGAGAGGAGAGCTGCTGACATTGGTCTCTTTTGAAGCACTCTCGGGGCTAGATTGTATATCTTTAAGCAGGACCCTAAGATGTGTGCACGAGACAAGATCAACAATCCTTGCTTCTCAGAGAAGCCTGGGCAGTTCATGAAGAGCATATGTCAGATAAGAGAAGACAGGTGTCAACACCATCACTTAAAGTGTCACTTGTTGAAGGCCTATTGTACTAGGTATTGTCCCTAAAAGCTCTGTGAGTGGTACTTGATTTTTTTTTTCAAACTCTGATCATGTGTTTGCTCCTCTCAAAGTCTTATTTATTACTGGACTCAGATATAGTAGAAGCTCTCAACTAGGAGAGCTGACATCTCTCAGCAATCTATTCCTGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCATGTGCATGTGTGTGTTTAAGTTCCTTCATTCTCTTTACCAAACATTTAGCATAGTCCACAGCCTCCGCATTTTGCTAACTACTACATTATTTCCTCAGAGTAATACACCAACATTTGTGTTTCAGGACACGTGAAATAGCAAGTTGCTGAATCTTTGTACTTTGGCTCTGGGCTTAC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GF4 -1 -1 1 CTTGATTGACATGTTAGGTTGGAC
EX52 -1 -1 1 GCCTCGAAGAAGTCTACACAGCTGTG
EX32 -1 -1 1 CACAGCTGTGTAGACTTCTTCGAGGC
GR3 -1 -1 1 CTAGCCAGATATGAGCATTCCACTGCTCTC
GR4 -1 -1 1 GCCAGATATGAGCATTCCACTGCTCTC
Comments:
Created
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creating candidate regions
EXITING due to problem: I dont know where to go to fetch sequence for this gene-build (mus_musculus_core_65_37) at /software/team87/brave_new_world/lib/perl5/EUCOMM/EnsemblSeqFetcher.pm line 214, line 12.
Target: mus_musculus_core_65_37 ENSMUSG00000024066 -- 74293187 -- 74293244 ENSMUSE00000137922 -- ENSMUSE00000137922
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:17:1:95272651:1, start 74293186: end 74293244
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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