High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 42403
Chr: 6
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ259o04 : RP24-298K12 : RP24-321J8 : RP24-193P5 : RP24-359N22 : RP24-284K18 : RP24-285K20 : RP24-332H22 : RP24-192E9 : RP24-495D10 : RP24-537B22 :
Instance: Plate 38: Well G12: BACs RP24-193P5 RP24-321J8 RP24-359N22 RP24-298K12
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 122308359 122308408 50 TTTGACAGTATGCTTATCTAGCAAGATGCCACAATAGGAAAATTCATTGC
U5 122312782 122312831 50 TTCACAGCCATGATACTATGTATGTTTTTCTTCTCTTTCACAGAAAAGTA
U3 122312890 122312939 50 TGGCTTCATATAAGACTTTAGAAACCTCAAACAGACACATGTAAACATAT
D5 122313595 122313644 50 AACTTTGATAAAGAGAATGTAAGATTGGACACACAGTTCAAGGTAGAGCA
D3 122313679 122313728 50 TTAATACCACAAAAAAGGAAGACAGAAGAAAAGGATGGAAAAGGAAATAT
G3 122318856 122318905 50 ATAAGTAACCTCAAAACTCTAGAGATGAAGAAAAACTACACGCACAGTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 122279264 122279297 34 TTTGCCCACATGCACAAAGTTCTGACATTGATCC
15_E_15 122263401 122294347 30947 CACCACCCCTACCCCCTCGCAGCCCCACTTGCCAGCTCACCACACCATCCCTACCCCCACCCCACCCCTATCGAGCATCAAAGACCTCCCTCTAGCCCTGTTTCCCAAGGGGAAATGGTCCACGCCTCCACTTAAAGTTTCCCCTCCTGGCCAAAGGAAGAAAAGCACATAGCTACCTTCTCAGCTCCTCTAGAAAGATGAATTCTTCCCCATCCCCCTCGCAGCTGATTTGAGTCCAATCTCAATGAATATATATTGAGTCCAATCTCAATGAATCAATCTATGAAGAAATCCCCCTCCAGCTCAGTATGTCTTAATGTAACCTACCGCAACCCTGCTCCACCACCTCACCTCCGGGAGTCAGATTATGACCCTAGCCTGTCCAGACACAGTTGCATTTTAATAGTGTTCAATTTAAAACATATTCAATTCTCAAAGTCCCAAGCTACCTTATTTAACCTGCAAAACCCTTTCAGTGACACCGTTGGCCTTCCTCAACCTCCCTCTCCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCTCTCCCTCAAACACACAGTTTCTCTCTCCCCTTCCTCTCCTTTCTGCAACTAAAGTCCTTGCTCCTCCAGTCCCAGAGCTGTAGACCAGCCTCCCACGCCCACATCCCACACCCCACACCCCACCCCACCCCTGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACACCTATACCGCTGCTCTCAGCTAAAAGCAATTCACAAACTTATAAAGGGTAGGACCACCCATGTAGCAACCCTTCTCTGCCTTGTCTAAACGCCCCATACAACCTACTTTCAAAAGTCTTGTGGAAGATTCCAAAACCTTCACCCAGTGCTCTACCAGTGTCCCGCTATGTATTATTTGTTTGTTTACCTGCTGCGGCTGTGTTTGTAAGGGTCTTATTGAGACCTGTCCATATCATCTTTCTTAAAAATGATTTATTTTTATTGTATTCGTATTGGTGGGTTTCCAGCACATATGTCTGTATGCGGGTGATGGATGTCCTGGAACTGGAGTTACAGACAGCTGTGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGATTTGAACCGTGGTTGGAAGAGCAGCCAGTGATCCGGTCCCTTGTCCATATCATCTTATATCTCAAAAGCAACTTAAATAATAATAAGTCCACTTTTAAGGTTACAGAGTATCATACACGTGGTTTTTAAGGTGTGAGGCATGTGTGTGTTAGTATGTATGTGTACGTAAACATTTTAAGGTGCTGTTTCTGTTCAAGGACATCTTGGAATTTGGAAATAATCCTAACGTGTTTCATTATGTTATGAATATAATTTATATTTGGGGATAACAACAAAATTCTACAATGCAATTTCCTGAGTATTCATTAAAAATGCAATTGTTTAGTTGATTGTTTTTAAAAGACTTATTTATTTATTTTATGTATGTGAGTACACTGTAGATGTCTTCAGACACACCGGAGGAGGGCATCAGATTCCATTACGGATGGTCGTGAGCCACCATGTGGCTGCTGGAAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGGCCCTGTTTAGTTGATAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGCCGGCGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAATTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGTCTGGGGGGGCGGGGGGGAGGGACAATAAAACAATGGAGAAACATCTAATAGGAAAATACAGGAGAAACAAGAAGTTACATCAGGCCTTGACAGACGGGGAAATGGGCCACAGGAAGATAATAAAGTTGGCAAACTTCTGGCTTCTTCCTGGCCTCCTGACCAGACATAACAGCCTAGCAGACTAATTTTTCCCCCACTCTGCCAGGAGGGGACTCCTGCCAGCTAACCAGGAAAGACTAACTAGCTGGATAAACTCAAGGGCTGACCTCAACCTGATCCCTCAAAGTTGTGGGCTTATCAGCTTTCCCGGTCTAAACTGGCCAGTGCTGAATTATACTTGGCTTGAACTGGCTCATGTAATTGTCTGCAGAGAGAAGATAGGGAAAAGGAGCTCTTCCACTCCCCCATCCCCCACCACCTGCCCTCACCCCTCACCCACAACCCCCACTTTCCCTGCTCCTGGCTCCACTTCTTCCTGTCTCAGTCTCAGCACCAATCATTTCGTCCTCAGAGATAACTTATCATTCTTGTCTTTCTCTCTCTTCCTTTCTTTCTCTCTTCCTTTCTTTCTCTCTTCCTTTCTTTCTCTCTTCCTTTCTTTCTCTCTTCCTTTCTTTCTCTCTTTCTTTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCCTTCTTTCTTTTTTTCTTCCTTTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTCCTGTCTTTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCTTTTTCTGTTGACAGTGTTTGTCTGGGTAGCTTTAGCTGTCCTGGAACTAGCTCTGTAGACCAGGTTGGCCTTCAGATGCAGAGATCTGCCTGCCTCGGCCTCTTGAGTGCTGGGATTCAAAGTACGAGTCACCATAGCCCAGCCAGTAAGCATTCTTAATCTCTGAGCCATCTGTCCAACCCAGCTTCTTTACTTTAAATTAAAGTATTGGGGTAGGGGGAGAAAGTTGGCTCAGCAGTTAAAAGCACTGGCTACTCTTCCAGAGAAGCCACGTTCAATTCCTAGCACCCACAGGGCACCTGGCACCTCACCTCTGTCTGTAACGCCAGGTCCAGGAGATCCTACACCCTTCTGCTATGTGCAGGCAAAACACCAATGCACACAAAATAAACATTAATTAACTTTTAAAAAGAAATGTTTTTCATCTGTTGTTTCTTCCTGTGTGGTCGAGATCCCCCTTCACTTTCCCCCTGCCTTTTACTTCTTTAATCGGTAAAGAAAACAACCCACTAAAGACCCCTAGAAACAGATATAAATTGTATTTTGGACCAAGAAGATTAAAGAAAAAGGAAACTGCCTTTAGATGAGAAAAGATGTGAAGTTTGGTCAGTCTGACACAGTTTAGAATCACCTGGGAAGATGGTCTCAATGCAGGACAGTCTAGACTGGGTTGGCCTGTGAGCATGTCTGTGCAATTACCTTTATTGCTTTAATAGAGTTGGGGAGATCTGCCCTTTGGGCAACCCCATGCCGTGGGCCCTCACCATCCTAAACTGTGTAAGAGTGCTGAGTGAGCAGAGCACACACAAGTACACATACACTTCATCCTTTATCTTGACTCGGGGTGTGACAGGCTGCTTCCAGTTCCTGCTGCCTTGACCTCACTGCAATGATGGACGGGAATCAGGAATTGTATTTATTTTACCTTTCTTTAAACCCTTTCTCTCCTAAGTTGGTTTTCATAAGGTATTTTATCGCAACAACAGAACCAAAACTAAGTCAGCAAGGTCAAAAATTGTTCTCCCACAACTGTTTGACACAATTAGACAATGGTTACAGTGTTGTAAACAGTTTGCAACACTTGAGCTTGGTAAAGGATGTCATGGTAAGAGCTAAGTGCACTGTAACTGACGTTTGTTCAAAACAAAACAAAAGCCTAAGATCTACTTCCATAGCAAGAGAGTAATGTGTTTATAGTTAACTAAAGATTCCTTATGCATTAGGATCTTGATGGACATTTCAGCTTGACTTAAAATACAAGATCTAGGCCAGACATGGTTGAAGGGACTCTGGCCAGCACAGCTCTGGCAAGCCTGGCCTTTCTTCCCCACTCCCTCTGCCTTACCCTTTAGATTATATTCCTAAAGCTAGCCAGCAAGGTCTATTCTCTTATTTGGCCAGTTCCTCCTCCTGAGGCTGACTACCAAGGCCTAGTTCTCAAAGTATTGAAGTCCAGCAATCAAAAGTCCCCTTTGGTTGACCTAATTAATATGCTCAAACAAAATATACCACTGCTTCCTAGCCCATCCTAACGCAACCCTCCCCCTTTTCTCTTCTTAAAAATTTCAACTGAGTCCGTGCAGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCCGGTGGATTTCTGAGTTTGAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGGCAGCGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAATTCAACTGAAAGGTCATTTGCTGCTGTTTTCCTGTCTGAGTCAGAAAGCAGCCACTGTAACTGTGCTTCCCTGCTTAATAAAGGCTCTCTCTGTGAAGACAGGTGTTTGAGTGTGGTTTGTGTCCAGTCCAGCGTAGAAAGGAAGCCCCCTCCCCTGATCTTGGAGTCTCCTAACAATGGTTGATTGCCCTCACACATTTCATTCCAGCACACAGGAGGCAGAGGAAGGCAGATTCATTTGAGTCCCAGGCCAGCCAGGGAAACATACTGAGATCTTGTCTTTAAAAAGATACAAAATAAACACATAGTGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTATTTTGATTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTACTTTAAGGATGGGAGGGAGCAGTCAGGGTAGAGAGACTGTTAAATGGTTAGGAGTTCTTGCTGCTTTTATAGAGGACGGGGGTTCAGTTTCCAACACCCACATCTATGGCTTACAGCTGCCTATAACTCTGGATCCAGGGTATACAGCGCCCCGCTCTGGCCTCCTTGGGCACCAGGCACAAACACAGCACATATACACACATACAGGCAAAACATTCATACACGTGGGAAAAAAATATTTTTCTAAAATGATGTGGGAGAATCAAAAGGACAAAGGAGACACCCATTTGTTCTT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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ259o04
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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