High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
3' retrieval block size
 
     
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mqt
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
mqt 13-JAN-12 07.16.36.620541
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 423411
Chr: 10
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-89A15 : RP24-97F24 : RP24-219H3 : RP24-494K18 : RP24-296J2 : RP24-196P11 : RP24-276E13 : RP24-219C11 : RP24-158P6 : RP24-395G12 :
Instance: Plate 283: Well A04: BACs RP24-89A15 RP24-494K18 RP24-97F24 RP24-219H3
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 23955158 23955207 50 TTTTCATGACTGCACGCTACTGAAAATGTCAAAATTAATAACACTTGGGT
U5 23960751 23960800 50 CATGCCCTTCAGTATGATCCGGTCCATCGAGTCATGCTGGTACTTCGGAG
U3 23960801 23960850 50 ACCTCTTTTGCAAAGTTCACAGCTGCTGTGACATCATGCTCTGTACCACA
D5 23961745 23961794 50 GTGCACCACCACTGCCCGGCTAGATTCTTTTTAAAGAAAGGGAAAGAGGG
D3 23961795 23961844 50 ATGGGTCTGTTAGACAAGAAAAACTTTCCAGCTGAGACAACGGCAACCTG
G3 23966186 23966235 50 CCGGTGGAGACATATTATGTAATTAGTTTTAGTGATAGAAAGATACATTG
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 23665557 23696650 31094 TATGATAGTCTCCTGAAAGACTTTTTAACATTTCCATCAAATTTTGTTTGGCAGGGCTTATAAGTTTCTATGTGGCCTATAAAAATGTTTTTACAAAGTACAAAGACTGTGTAAAGCATGCCTTAATAATGGTAAGGCATTTCAGTAGTGCTAAAGTGCATTTTGATATTGTATCAACAAAAATAACACATACTATTTAAAGCACTTCCAGGTGCCACATGTTATTTTAATATTTTCCCTTGCAAGCAGCGTTTATTTAAGAGTTTCTGTGGCTGCGCACTTGTCAAAACTGCTCCCTCTTTCCAAGAACACAGAATGCCCAACCGGAATTGCTGGGTCTCTAAGAACACAGAATGCCCACACGGGAAATGTGAGGTCTCTATGATCTAAGAGTTCTTGTTCATTCCATGAAAACATTGTGAGGTTGTTTCTTTGGGGGATGGTCTGATTTTTCATTTCAAACCCATTTCCAGGAAACGAGAACAGGGCTGGCCTATAGATTAAGTCTAATAGGATGGGTTGAGGCCATAAATACTTGTGCTGCCCAGGTAAATCAGCAGTATATTGTAGACAGAGTCGGATGAAGGAAGTTCCCTGGAACAGGGGCCAGAAGAGCTGGAGTTTAATACTGGTCTCAGTGTATAGTTGCAGTGCCCCCCCTCAAGATCTGAGATGTTTCATGTATATGCAATAGCTGGACCATGCGATAAAGCAATCACATGTTTGGCAGACTGGGTGTGATGTGCTGTGTCTGTAATCTCAGCATTTGCAAGTCTGAAGAAGGATGGTGGCTGTGGCATCCGGGCCAGCCTTGGTTACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAGCAAAATAGAACAATATGCAAGAAGAACAATTTGGTCTAAGTAGTTTTGAAACTTTTAGATATCTAGAATTTTTACCGTTATCTGAGTTTTGCTTGTATTTGGGGGAGTGGGAGGGAGAGGCAGGAGGCAAGGGTTATTTGCTACTTTCTAAACAGCATTTCCTATTTCCTCATTATCTTAAAATTTTCCAAGACAGATTAAAGAGTGGCAGGAGACAGAGTGCTTTACTATTTAATTAGGTTTCAATGATATGTTGGAGCTAACTTCATACTATTTAACAAATTATTCCTGCCCTATAGATGACATTGTATTATGCCATCAAGTTTAGCAAATAAATGGGATATTATCTCACTTCTCAAGAAATTTACATTAAGACAAAACACAGTACTAGAAGGAAAGGAATATTTGAAACAGCTTCTAATTTCTATAGTTATATCAATTATTTTTGTAAGATTTATTTCAACTGGGAGAGTTTTTAAAACAAGCTTCCAACTCAAGCCTTTAATTTTAGCACTTGGGAGGCATAGGTAGGAGGACCTCTGAGTTTGAGACCAGCCTGGACCATACAGATAGTTTTAGGAGAATCAGGGCTACGCAGAGAAGCCCTCCCTTGAACATACATTAATAAACAAACAAACAAACAAATAAACAAACAGGAAAGCTTCTGGAAGCTAATATTGTTTGTGCTGATTCTTAGGACAGCACGGAGACCACAGCAAGGTGCAGCAAGGGGATGGAAGGGAGGGGAGCTACATCAGAGTTTCCATGGAAATGGATGCTGAATATACATTGATATACCTGCAGGGCCAGTCGAGGTGTGTTTCCCAGACTCTCCCCCTCATCTACCTCAAAAGGCAAACGTGGTCCTTACGAAGGATGCCTTCAGTAGATTCTGTGCTATCAGATCTAACAAAGCGTCCTGTGCTTAGTTTTGGTAGATACTTTCTGTTTTACTAATTTTCAAAGAAAGCCACATCTAATGTAAGTTGTAAGAAAGGCTCATCATGATTCTCTCTCAGCTTTCTGTCCTGTTCAAGCTGCCGTCATCATCCTGTGTAAGCATCAAGCATCTAACAGTACTTAGCCTGCTCGTACCTGCTTTTCAGAAGATAGCGTTCAAAAACTACCTCCCTACCTGTTGTCAATGTACAAGAATCATTTAAAAACTGGCAGTTGCTGCTGCTTGTAATTTTTGATGCTATCAGTATCAACTGCTGCATGTTCTTACAAAGTAAATTTATAGGAGAAATGTTTCCCTTTTCCCACGTTTGTTTTCAGTGTGACACTTGGATATAGTCTCCCTTCTACCAGTCCTGCAGTGGTCTCCAAGTAATCTTTCCTGTTGCAGTCTTAATGTTGGCAATTAGCGAAGGGAACAGAAAAGATCTAGTCACACATCCTAGGAGATGTATTGTATCTTTCCTAGTGTGCCCACGTCAGTTATACTTTATAATAAAGTCTTTTCTATTTTATAAAATTATTCATGCAGTTATAATACCACCCAAAGAATGGTTTGGAGTCTTTACAGAATTTAAATCTGGCGATTTGTGCTTAAAGGTGCTTACTCCTCTGTCTGGATGTCTGTTTGTCTCACTTCCTTGTTGAAACTCACCATGTGGCCCACGCAGGTCTGACATTCTGGCAGTCTTCCAGCCTCAGCCTCCTAAGTCCTGGAGTGAGCTGCCACTTTATGCTCTGAGACGACTCTTTAGTGAACTGTGTAGAGCTCACATTATTTTCTGACCTGTGGAACTAGACGAAGAACCAGAGTTAGATCTAGACCCTAAAACTGGACGTAGTTATGTTAAGAGAATGGCGGTGTCTGTGTTACTCGGTAACGTGCACAAATATTTGCATTCTGTGATAGAATTTTGGATGCAGTTTTTAGTTCAAGCATAGCTTGCATTATTTTCATTTTTAAGGCGAAGGAAATTAGAGAATGCAGCTAACATAGCTTGCATTATTTTCATTTTTAAGGCGAAGGAAATTAATTAGAGAATGCAGCTAAAGTTCAGTGTGGAGTCACTATGCCTCCTGCTGAAATGAAGGTGTCTAGCGAAATGTTGATAGGTTTTAATTACATAACAATATACTGCATTACCTGCCCGACTTTTGGTAAGTATACGTGTCTACAAACATGCCAGCTTTATCAGCTCAACACCAAAACTAGGAAAATAAAATCTCCCAATGATAAACTATTTAAAATGATTATGAACATTTTCCTTGAGCAGTGTGTTATTTCTGATGCCTAAACTGTCTATGGAATGTTTGCATGTGAAGGATTCGCATTACTGAACAAACACACAGGAGAGGACTTTGTGATTTGACTTAAGATTTTACGTATTCAGTATTTTGATGGTGGAATACATCTAAACTTATTGTAGTTCTTGAAATGAGGCTGCTTAAGATAAATGTCCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAAAAAGAAGAGAAAAGAAAAGAAAGCTATTTGGCAATCTTCCAGTTCACTACAAAAATAAAGCAATATAGCAGAGTGAAGGAGGGAAGGAAGAACTAGAATAAAAAGATCAGGAATGAACTATTCATCTTTCATTTTTCTAATGCAGAAAATAAGCACAGTAGGTATAATTTTGAATTTTTAAACATGTATTCTATTCTTCATGTATGGGTGCTCTGTTTGCGTGCCAGAAGAGGGTATCAGATCGCTTTATAGATGGTTGTGAGGTGACTTCCGGTTACTTGGAATTGAACTCAGGACCTTTGGAAGATCAGCCAGTGTTCTTAACCACTGAGCTATTTCACTAGCCCCTAGTTCTGAATTTTTAAATTAATGGTATTTAGTGTGAATTTAAGGCAGATGACTTTGAACATGAATGTACTCCTGGCAGGTGAAGTTCACTGGGATAATTTGAACAAAAGAAGAAACCCTGACTTCATCCTGGAAAGGAACTTGAAGGATAAAACACCATGGATCTAATATACATTCCCGAAGACTTATCCAGCTGTCCAAAATTTGGAAATAAATCCTGCCCTCCCACCAATCGCTCTTTCCGTGTCCGCATGATAATGTACCTGTTTATGACTGGAGCCATGGTTATCACCATCTTTGGAAACTTAGTGATAATCATTTCCATATCGCATTTCAAACAGCTACATTCTCCCACCAACTTTCTGATCCTCTCCATGGCAACCACGGACTTCCTGCTGGGTTTTGTCATCATGCCTTACAGTATGGTGAGATCAGTGGAGAGCTGCTGGTATTTCGGAGACAGCTTTTGCAAATTCCACGCGAGCTTCGACATGATGCTAAGCCTGACGTCCATATTCCACCTGTGCTCCATCGCGATCGACCGGTTTTATGCAGTGTGTGACCCTTTGCACTACACCACCACCATGACGGTATCCATGATCAAGAGACTGCTGGCTTTTTGCTGGGCAGCCCCAGCTCTCTTTTCGTTTGGTTTAGTTCTGTCAGAGGCCAATGTTTCTGGTATGCAGAGCTACGAGATTCTTGTTGCTTGCTTCAATTTCTGTGCGCTTACGTTCAACAAGTTTTGGGGGACCATACTGTTCACTACCTGCTTCTTCACTCCTGGCTCCATCATGGTTGGTATTTATGGTAAAATTTTTATTGTTTCTAGACGACATGCTCGAGCCCTCAGCGATATGCCTGCGAACACAAAAGGAGCAGTAGGGAAAAACCTGTCTAAGAAAAAGGACAGGAAAGCAGCTAAGACCCTGGGCATCGTCATGGGGGTGTTTCTAGCGTGCTGGCTGCCTTGCTTCCTGGCTGTTTTGATTGATCCATATTTAGACTACTCCACGCCCATCATAGTGCTGGATCTTCTGGTATGGCTCGGGTACTTCAACTCTACTTGCAACCCCCTCATCCATGGCTTTTTTTACCCGTGGTTTCGGAAAGCTCTTCAGTTTATAGTGTCAGGAAAAATATTTCGCTCTAATTCAGACACTGCAAATCTTTTTCCTGAAGCACATTAAGGAAACCAACCAACTAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACTAAACCAAACCAAACCAAAACGATAATAAATAAGAACTGAATACAGAAAGTGAAAGACATTATTTTGACCCTTAGCAAAGCAGGGGTGG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ATGTGCCACCCCTTACCCCCACCCCTGTGAGTCTCCCTCTCCACTCCCCA
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GR3 -1 -1 1 CAGTACCTGGTGGACATCAGCCGCGCATAG
GR4 -1 -1 1 GATCCAACTATAATGGAATACGCTCCAG
Comments:
Created
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creating candidate regions
EXITING due to problem: I dont know where to go to fetch sequence for this gene-build (mus_musculus_core_65_37) at /software/team87/brave_new_world/lib/perl5/EUCOMM/EnsemblSeqFetcher.pm line 214, line 12.
Target: mus_musculus_core_65_37 ENSMUSG00000069707 -- 23680606 -- 23681600 ENSMUSE00000286231 -- ENSMUSE00000286231
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 10 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:10:1:129993255:1, start 23680605: end 23681600
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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