High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 42166
Chr: 15
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ310g23 : RP24-167K18 : RP24-373B2 : RP24-537C17 : RP24-122L12 : RP24-356L7 : RP24-500N9 : RP24-303H13 : RP24-83N6 :
Instance: Plate 36: Well G09: BACs RP24-122L12 RP24-537C17 RP24-167K18 RP24-373B2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 55089613 55089662 50 AGAGCCTTGCCCACTTGCAGTTCAGTCACTCAGCTTTGTGCTTGCCATAA
U3 55089440 55089489 50 TAGATTTAAAATTAAACCTTGGGAGTGTGGTGCTTTGAAAGAGGACCCCG
D5 55088682 55088731 50 AAAAAAGAATTAGTTACCTAATAAACTCACTACATTAAGAGAAAGACCAG
D3 55088555 55088604 50 ACACCCTCTTCTGGCCTCCAAGGGCATGCACATGGTTCACAGACCTGCCT
G3 55084119 55084168 50 AATCCACAAGCTGAGTCACATGGTTCAGAAGTTTGATCTCATAATCAAAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 54903637 54934744 31108 CACATGACAGCTCACAACCATCAATACAGCTACAGTGTATTCATATACATAAAAAATAAATAATAAATAAACTTTAAAAAAAAAGATAGACTGGGGAAAACTTGCTTTTTTTTTTTCCACGGAGGTGCCAATCTGCTAAAAATCTTTGCTCAGGAAGCTGGAAAGTAACATAACCATCTGTGGTCTCACTGGCTTCTTCTAGAAAGGTGGATGCGACTGTCTCAACATCACTACAGGACACAAAAGTCCATATAAATATAGATACACACACGTATGGTTGACAGGCCTGTGGTCTGGTTGAATCGCTGTTGGGGTCAATCCTTAGGCCAGTGGCTCTCAATTTGTGCATCATGACCTTTTGAGGGGTCAAAAGACTCTTTTGACAGGGTCCCGTAGTAAAATGTACAGATGTGCACATCAGATAGTTAGGTTCCAATTCATAACAGCAAAGGTACAGTTATGAAGTCGCACTGAAAATAATTTTATGGTTGAGGTCAACACACGAACAGTATTAACGGGTTGTAACATTAAGAAAGTGGAGAACTGGCAGGGCGTGGTGGTGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTACTGAGTTCAAGGCCAGCCTAGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACAGAGAGAAAAGAAAAAAGAAAGTTGAGAACCACTACTTTAAGCCAACTGTTAACATGACCTCAATTGATTCCCACTGGCCTCTGTTTGAGTTTAGTAGGTCAATAGTTGGATCTAGTAGGTCTTCACTGGTTGGGTCTGTGAGTCATCATTGATTTCATCTATGTATGGACTGGGGGAAGCCATAGCTGGGGCACACAAGACAGAGTGCCAGGACTTTGCAGAGCATAGCTCCTCGTTGAGAGTGGGAGCAACCAGTGAACAGGAAGACGGAATTGCCAAAACTAGAAACGATTTATAGTTAGCTAGTGAGTTTTACCCACACAGGGGAGTACTGCTCCTCCAGTATTCTTCACATAGAATGCAGGATTAAGCCCACTTTATCAGTAGTGCATAGTCAAGTAAGCAGAGGCCAGTGGTAAGCCCATTTCAGCAATGTAAACAACTGATACACTGTTGGTTATTCTTGGTTGTCCCTTTGATTACATCTGGAATTAGCAAGAATCTAAGCAGCTCAGTACACCTATGAGAGATTTCCCTTAATTAAATGTCTAAAGTGGGAAGACCCACCTTTAAGCTGGATATTTTCAGGTGGGAAGAGCCACCGTTAATCTGGGACACACATTCTGGTAGTAGCCAATATAGAGGACAGGGAAGAAGGAAACTTTTGCTCTTTACCTGTTTGTTTTTGCTCTTGCTGGCAAGCTCATTTCTTCAGTGGTATTAGAGCCTACTTCTTAGAGCTGGAGGATACCGAAGACCAGCTCAGACAGACACACAGCCTCATAGACTGAACAACTACTGAAATCCTGGACTTTCCATTGGAAGATAGCCATTGTTGGACTAACTGGACCACAGCCTGTAAGCCACTCTAATAAATCCCATGTGTCTTTGTGTGTGTGTATACACATATACATGTATGTAGATAGTATATATAGAAACAGCTTTTAACAAAATAAAGCTCTGAATGAGACTATTACTAATAGTTCTTCAGGAAACTTTTAAAATGTATTAATAATTAGGACAGCAAATAAAGTTATGGAATTTTATATATGAAAAAAATAACTTTCTACAGAATTCTTACAGACTTCAAGATATAATAGTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCCTTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCACCTACTTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATCAAAGGCATGTGCCACCATTGCCCAGCCTGCCTCTGCCTTCTAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTACTACTACCACTACTACCAACTGACTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTCCTTGTATATAGTGAGCAACTTACAAATGTGACTGGAAGGATATGGAAATATCCTATTACATTTAAGAAATTTGGGGGGATAAAAGGGGGGTGAGGGGAGGAAGGGGTAGTAGTTACAAGATGCTGAAGAGGAGAAAAGGTATTCATAGAATTGGTTTTAAAAGCCAATAAGGCCAACAAGATGGCTGAGCAGGTAAAGATGCTTGCTAGCAAACCTGGCAATCTGAGTTTGACCCCTGAACTTGAAAGGCAAGAGGTAAAAAACGGCTCTGCAAGGAAGTCCTTTGATGTGTACATGCCTGCTGTGGTGTATGTACCCTTACATGCATGTCTGCTGTGGCATGTGTATGTACCCTTGTGTGCATGCCTGCTGTGGCATATGCACGTACCCTTGTGAACATGCCTGCTGTGGCGTATGTACCCTTGTACACACACATCATTAGCATATACAATAATCATAAGGAATATTTAATTCTTAAAGAAGTCAGGGATAAAAATATGCAAAAGAATTTTTTTATTGTATCCAGCAACTTTATAAAGTTGTATATCATTCTTTTAAGAAATGAGTCTCCTGGAATTATAAACTTTAATGCCATTTTGCATTGAGGAGCGAGAATATTTAGTAAGCAACGCACCTATAGTTTGCTTCTCTCCGCACAAATCTCTGTGGAATAAAAATAAATGAACACCATCAACATTTTCAGGAAGGTAATAGGATACAACGCTATTCACTTTATTACTACCTGGTAAAGCCATCTTTCTAATATGTGAGAGCAGTGGCAACTGGAGTAGGCAGATACATGTGTCATTTCATTTAACCTTTATAAGAATAGGTGTAATGGGTTATTTACCCTGTATTAGATACGAGGAAACAAAATCAGGTAGTAAATGAGGTCAAATTTGGCCACTACGCATGCATGACTTTAATGTCCCATATATTATTGTCATTATGTTATCTCTACATTACAAATAGAAGCAATGTGATATGGAGGAGCCTGCCATTAAAGAACCTGTATCCTACACTTGCCAAGTGTGAGCTTGTCTAGATTGTCTACCCTTCTTGGACTTTTTATGTACCTTCAAAAGAAGACTGCTTGAAGCATATTGAGAAGGGAGCAGATGACACAGAGAGACGGAGCAAAGAGGGCCGTGATATACACACACAAAGGCTTGTGACTTAAAAGCAAAGCTAGCAGTAGTGTTTTAAAAACAGTTAAAGCATAATATGGTCTGAGCTTTAAAACAATGAAGGCAATGAGCTGATGATGGAGGCTGGGCAGTGAGAACATGGAGGACTCATTATGCCCTTACTTTGTAAGGTTTAACAATTGGTAGGTCGTGGAAAACATCAACCTCTAAGCTAGAATAAAAAAAGTAGCTGGGCCTTGTCGAAGGAAGATAGACAGATAGACAAATAGACAGGCAGGCAGACAGATAGACAGGCAGGCAGACAGATAGATAGACAGATAGATAGATAGACAGATGGACAGACAGACGGACGGACGGACTGATTTAAAAGGTTGAGGGTGAGATGACTCAGCAGACGCAGGCATTTATTTAGCCCCAAGCCTGACGGCTTGAGTTCAATCTCTGGGATTGAACACTGTAAGAAGAAAGAACTGACTATTAGAAGTTGTCATCTGATCCTACATATGGTCCATGGCACACTCTTCTCCCTCTCCCACAAATAAACAAACAAATAAGTAGGGTTGAAGACAAAGCTCAGTAGTGGAGAATGTGCCTAGCTCAATCGGGAATTTCCTTACAATGGGGAGGAAAAAACCATGGGGCTGCATTGCAGTCTGGGTGACACTATAGACTACGTGTCGTGGGGGTAACTCAGGACGGGAGAAGAGATAACTTGGCTAAGTCTTAGGAAAGGCCAGAAGAGATGAATCAAGTGCAAAGAAAGGACCAGGGTCATGAGGAGGGACAAAGGAACTGGAGAGATGGCTCGGTGGTTAGGAGCACTTGCTCTACAATCATGAGGACTGGAATTTAAATCCCAGAATACATGGTATCAAACCAATTGTTCCCCAAACATCCCAGCTCCAAGAGAAGTAGACACTGGAACCTTAACCCTAGCCCTAGCCCTAGCTCTAACCCTAACCATAACTCTTACCCTAGCCCTAACCCTAACCTAGATAGGATAGAGCTTGTGTTGTGGCTAAGGAAGCTCCATGTTACGCTATCTTAGTATACACTAACAGTCCGTCTCTGACTCCAGTCCCTAGAAGATAAGTTCCCAATAACCCTGACTCAGTGACTCCCACCCAAAAACATACAGCCATGACTATCTACTTGTTATATGACCACTTTTTTGCTTCTGTAACTTGCTAACACAGATTCTCAAAGATTAGGGATTTGGGGGGGGGAGGTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTTTTTGCAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCACCACTGCCTGACTCAAAGATTGTTTTGAGTTGCCTTAACCACTTAACTTGGCAGAACAGAGCAGAGCAGAACAAAGCATGTTTTTACTTGCTTGTATTGAAGATCTTCGTGTGGTTTTTTTTTCCCCCTTTTAAAAGTCTTTGCCCAGTCCCCCCCTACATGGCAGTCTCAAAGTTGGCTCAGAAATTATTTGTCCTCCAAGCAGCTAATCAATAAATCTTGTAATTATAATTAGATTGAGTCCATGGTCTTTTCCCAGGGGTCACAAACTCCATAACACTTGCTAGCTTCAAACCTAGCCATGACAAGTCCCAGGTTTGTGAAAGGGCTCCGCCTTAGGGAAACAGGCAGAGTGATTGAGGAAGACATCTGGTTCCCCTGTGCATGAGCATCCTCACCCTCACACGTGAACCCAAACTCACTCACACAGATAAATACAAACACACTGAAGACAAAAAGA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