High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 42097
Chr: 3
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ279m06 : RP24-500K2 : RP24-127J15 : RP24-184A8 : RP24-207I12 : RP24-572L9 : RP24-195O1 : RP24-339I14 : RP24-140C22 : RP24-195P1 : RP24-127F18 :
Instance: Plate 36: Well F01: BACs RP24-127J15 RP24-207I12 RP24-184A8 RP24-500K2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 75111197 75111246 50 TTATCTACATATGCAAAGGTCAAGAGACTTCAGTTCAACCCACACTTAAT
U5 75106224 75106273 50 TTTGTAATTTTACATGTTCTAACATAAACCTCATGCTGTCAGTGTGTGGA
U3 75106166 75106215 50 GAATTACAGGATTATAGGCATGAAGTCACATCAACTCACATGAGTATAGA
D5 75105439 75105488 50 AACTTCATGCTTGAAAAATAATAAAGGACTCACCACTGAGTGCCTAGTGT
D3 75105350 75105399 50 TAGGAAAAGAAAAGTTTACACTTCAATGTTCCATTCATCCCATGATCTGA
G3 75100210 75100259 50 CATGAACTTGCTCCTGGTTTAGCTTTGGTACCTGATATCTGTCTAGAAAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 75191325 75191363 39 ATTTACATAAGAAAACAAGGAAAATATCCCCCCATGACC
15_E_15 75176275 75207198 30924 GTGGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGGGCATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATCCTCTGGTAGTACTATGTCCAATTTTCTGAGGAACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCCTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTGAAAATAGATTCTTATCTATTATCCTGCATAAAACTCAGTCCAAGAAGATTAAAGACCTCAACATAAAACCAGTTACACTAAATCTAATAGAACAAAAACTGGAGAATAGCTTTGAACTAATTGTAAAAAAAAACAGAAAACTTCCTGAATAGAACAACAATGGGTCAGGCTCTAACAGCAACAAATATTATGTGGTATCTTATGAAACTGGATAGTTCTATAAGGCAAAGGACGCTATCAATAAGACAAAATGGCATCCCACAGATTGTGAAATGATCTTCACCAATACTAAATCTGACAGAAATCTAATATCCAAAATTTACAAAGAACTCAAGAAATTAGACACTAAGAATCTAAACAACCCAATTAAAATATGGGGTACAGAGCTAAACAGAATTCTAAACATAGGAGTCTTGAATGGACCAGAAGCACTTAATGTCAATAGACATCAGGGGAATAAAAATTAGAACAACCCAGAGATTCCATCTTATACCTATCAGTATGTCTAAGATCAAAAATTCAAGTGATAGCATATGTTGGCAAGGATGTGGACTAAGGGAAACATTCCTCCATTGCTCATACAATTGCAAATTTATACAATCGCTTTGGAAATCAAATTGGCAGTTTCTCAGAAAACTTGGAATAGTTTTATGGCAAAACCCAGTTATACCACTCCTGAGTATATACCCAAAAGATGTTTGACCACCACTCAAAGGCACTTCCTAAATAATGTTCATAGTAGCTTTATTAGTAATAGTCAGAAACTGCAAAAAACATAGATATCCCTTATATGAAGAATGGATAAAGAAAGTGTGGTACATCTGCACAATGGAATACTATTCAGCTACTAAAAAATGTAAATTTTGCTGAGAAATGGATGGAATTTGAGAATCATACCTAGTGAGGTAACTCAGCTCCAGAGAGAGGGGGGTATTGAGTGTAGTAGCTTATATGTGGACTTTTGTCAAAAAGTGCAGAACAATCATGCTACAATCCACAGACCCAACGATACCAGAAATAAAGAGGTCCCAAGTCAGGATTAATAAACTGTACTCAGAAAGGGAAACTAAGTAGTCATGAGAGATGGATGATGAGAGGGAACTAGGTAGGAGAGACAAGGAGGGAAACCGGGATGATGATATGATGTGGAGGCTGGGTGGAGAGAGGAATTGGAGTAAGAGTGGAAATCTCTGTTGACTAGCTGGAGGTCTGGGTCAGGACAGGGTACTGGGAGTTCATAGAGGTGACCCTAGCTTAGATTCCTACCAGAGGGTAAATAGAGACTGAGCAGCCATTCCCTTTACCGAGGTACAACTTCAAAACGAGGAGAGGGACAACAATCCATCCACAAAACCTACAACCCAAAATTTTTCTTGCCTCAAAAATGTGTACAGAGAAAGATGGAACAGCGACTGAGCAAACAACGAACCAATGACTGCCCCTACTTCAGAGCCATGCCATGTGAAAGAGCCATTAACACTGTTAATGATAATCTACTATGCTTGCAGACAGGAAACTAGCATAACTGTTTCTGGAGACTCTTCATCAAGCAGCAGATGGAGGCAGATGCTGAGACCCGTAGCCAGTCATCAGGCAGAGCTTGGGAGTCTTGTGGAAGGATGGAAAATAGAAGTGAGCAACTCCAAGGGATTAAGGATATCACAAGTAGATCCACAGAGTCAACAAAGTTGGGACCATGGGGGCTCTCAAAGCCTGGTTGCTTCAACCAGGAAGCATGCAGTAGTTGAAACTAGACACCCTACACATTTGTAGCAGATGTGCAGCTTTGTCTTCATATGGGTTCCCTAATAAGTGGACCAGTGGCTGTCTCTGTTTCTGTTCCCTGCCGCTGGATTACCTTTCCCCATACTTGAACTGCTGGTTAGGCCTAAGTGGGAGAGGATGTGCCTAGACCTGCTGGGACCAGATTTGCAGGGAAAGGTGGTACCCAAGCCTGGCTCCCCTTCTCAGAAGAGAGTGGGAGGAAATGATGGCGGGGAGATAAGAGTAGGACTGTGGAGCAAGAAGGAAGCGGGCTGTGATTGAGATGTAAAGTGAATTATAAAAATAAACAAACAATTTTAAAAATAAAAATGAACTAATTAGAATTATTAAAGTATAAAATTAAAGATCTAATTAATTTTAAATTAACTTAATTCTAAAAATATTTTAATTTAATACATTTGTGAAATAAAGCCTCAAATATCTATACTATCTATCTACAGCAAAGCCATTTTAAAGTAAATATTTGCTTATTGCATACCTTTGTTATTACTCTTAAATTCCACACTTAATTTTTGTCTTTCCCCAGAAACACATCATTTTATATTTCTCAAGATTAAAATATACCATATACGTGTGTATAAATATAAGTAATTAAAATTGTTGCTAATATAGTCAAAGCTTCATAGGAATTTAAAATTGCTTTAGAATTAGTCATACAAATGTGAAATATACTTACAAAAACTTATTGACAAAATGAAATAAAAATAATTTCTATTTCCTAAGAAATAGTAACATTAAAATTCTACTGAATACCTTCTGTACTTTTTGAGCCATAATGTTTCCATATATGACAGGCTGTCTTCTGTGAATTCGATATTAATTGGTTCAGTCCACATTTTCAAATTAGTTTGTACTTCACACTCTTCCACAGAGTCTAAAAAAATAAACACTGCACATAATTAATGTAGCCATGCCCCTGAACACTCATATCTTCTTGTTAGATAAAGAAAACTGCCAGTTGTTTATGGAGAATAGTTCTTTGGCATTTATCCCTGTAAATGTAATTTTTATCATGTTAAGATATGTGATATTAATATAATACCAAGTCTACTATGTAAATCATTCTAAAGGCTTTTAAACTTTGGTTTTAATAAATGATTCTGTGGAAAATTTCTTCAAAATCTCTGGAAATAAAATGATTTTTATGAGTCAAAAACTTTCTAAATGCAACGTTATCTTAAATGATAAAGATAAATACAAACAGAATGCTTGTAATTTCCACACACTCAGCACATGCATACACATAAAAGGTGTATATTATAGCCATTTCTAATAATATTTACACATTATAGGGAGTAGAAAATAATTGATAATGAATTTTTTTCATTCATAATGAGAACATTAACCCCCATGAACTTTTGTCTTTTATGTCACTTCCTCCCAAATGCTATTATTTCTGAAGCACTACAAACTAAAAAAATACTACTCAGAGCTATTTGAAAGTGATAAATCTTTGGGCTAAAGGAAACTTATGAACCCAGGAGTTGTAGCCATTCTCACCTTCAGATACTGCCCTGTATCTAGCTTGCAAACACCACCAGAATAAAGTGCTCCAAGAAAGGTAGGAAAAGGAGGTAGTAAAGCTTAAAAACATATTTTTAAGGTATTCAAAGACCAAGCTGGTTCTAACCTCACACTGCAGACTTTAATGATTAGCATTCAGCAACAGCCAAATGCCAGCAGCTAAATAACTCAATGGAGGAATTGAGTTCCCAACTGCCCAAACTACTGTAGTATTGAGGAAAAGAGGTAGCAGAAATTTGGAGAGTAATAGCCATTATCTGTTACATAAAAGAAGAGAAAGAGTTAAGGTTCTAAGTGTGAATCCTGACTATGTCCATGAAGGAAGGGTCAGAAGGTGTGCTGAAGCCTAGAGAATTTGAGCAGAAAAGCTACGAGGTAGAGGAAGGAAGGGGGACTTAGGTTGTTTTTGTTTTTTTCTGAGAGAAAAAGCACGGAAGCACTGTACTTGAATACTGTACTTGACTCTAATATCTGGTTAAAGATGTGAAGAGTACAGGACTAAAACAAGCAACCTGGGTTTCACTTTTCTCCATTCACCGATGGCACAACCTCAGAAAATAAAGCTGAGACCTGCTCCTCGTGTATGGAAGGAGGTGTTGTTTTCCCAATTACCTTGTATAAATAGGTAGTCTTTGAAGCCTTCAAAACTCCACAAAATACAACAGCTAAGGCCATTTCATTAGTGAGAATCATTTGACTAGAGACATGTCAGCTCCTGACAACACCTCATTCTTGAATCAGAGAAGATTTGAGCATCTTTACCTCCAGGCAAGGTTGTTTTCATGGCTAGACAGTCACTGAGCAGAAATTGCCCATTTCATCTACAGACAATATTGTCATCCACCACCACCCACACACACACACAAAAGACACATTGTACAGAATAACCAACTACTTACTTTGCCTAGACAAGGTCAGCAGCCCTTCAAATTTGTTTTATAGGTCTGTCAGATGATCATGGGCCAAAAGGCTAAAGACTGATGCTCCAAAACTTTGAGGATTGAGGTACCTACTGTCTACAAATGGGTTAACTTGAAAAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAATCAGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGACGGGTTCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGCCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGG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