High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 41675
Chr: 9
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ331j15 : RP24-112B18 : RP24-406M21 : RP24-198H21 : RP24-356I21 : RP24-204L15 : RP24-296P15 : RP24-302H16 : RP24-503J20 : RP24-397J14 : RP24-265M13 :
Instance: Plate 31: Well H08: BACs RP24-112B18 RP24-356I21 RP24-406M21 RP24-198H21
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 105391721 105391770 50 AAAGAAAATACACTCTTTCTTCGGTACATCCCATTTATCTTGCATGTGAA
U5 105396030 105396079 50 ATATTTGAAGCCAGAGGCGAGGGGGGAAACCAGTAATACTAATCCTATGA
U3 105396161 105396210 50 ATAAAGCTGTGTTTTTCCTTAGCTCAAACTACTCTCCAATGTACCCTACA
D5 105397998 105398047 50 GTAATCTCTTAGTGTAGGTACTAACTCAAACCTAGCACTTAGTACTAAAT
D3 105398132 105398181 50 TTTTAAAAGGGGGCGGGGGTGTCAAGGATTGAACTGTAAAAGAAGTGTGC
G3 105403044 105403093 50 GAATAATGGTGTTTAGTGTCATTATTTTCATAGGCACAGATCCTAGAGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 105239129 105271280 32152 AGGACTAGCTTTGTTTTGATATTCACAGCATACGCATTTGTAGTAGACCCAGGAGGTGGAACCCAGTGAAGGGAGAGAGTGGAGGACAGCTGGGCCACACATCTACAGGGGCAGGGATAACTAAGGGATCAGGTTTGAAAAGATTTCTACAAATAAAACTAATGAGAAAGGAGAAACATGGGCCAAAGTTTAATTAAAATGCTAAGTGACTAGCTCATGTGGGCAAAGCTAAGAAAACCTACTTCCAAAGACATTCTGATAAGAGACTCAAGATTCCGAAGCTCCCACTCTTCAAGACTCAGAAAAGTAGTGTGTTCATATGATAACAGTAACTACATCTCAGCCTTCCCTTCCCATGTGCTCAATAAAGGTCGTACTGAAGAAATTCTATCATTTCTCACTAAACTAAAAGCAGTAAGGTTAATTAGAATGACCTTAAGGCTAAAATAAAAAAATCATTTTAATTTACTAAATTTCATGATGATCCCCATTAGCGAATTGGACCAGCTGAACATTCTTGGGTGTTCAGAGTTTGGATTCTCAAATGGTAATTATTAAGGTAGTGCTGGTACACTCCATACCTGTGTTAAGTGTGTATGATTTCCCTACTCAAAACTTCACAAAACAAATTATATATATATAATTTCTTTGATTTTTAAAAAAAAGGTCTTTTGGTGAGAAAAATAAAAAACAACTTGAGCCAGCTAGACTCATAAGATTTTATTCTTGAATATTTTGCTTTCATCTTAAAATGTTCATTAACTGAGTGAAAAAACAACAAGAAAAAAATTTAATAGGCTTTACATACAAACCTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTGGCTAGTCAAAAAGGACCAGCTACATCCTAAAGCTCTGCCTATCTCTGCCTTCCCCATGCTGCGGTGACAGGGACAAGCCATCGTGCTCACCGTACTTAGAGGGTTTGGGGGAATCATCCGAGTTTGTTTTTCTTTTTTAAAGATTTATTTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACAACACCAGAAGAGGGTGTCAGATCTCATTACTGACAGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGTTTTGAACTCGGGACCTTTGCAAGAACAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAACAGAGTTTCTCATGCTTGCAAGACTGGTATTTTATCGACTGAGCATCCGCCCATCCCCTCCCCCATTTCATATATTTCAGTGAATGTTGGCAGAACCATTAAGTTCCCTACTCAAAACTTCACAAAACAAGCACACCGGGAGGCCAGATGGCATACAGAATTTAAACAGTCTGAAACTCTAAATAAATAGGAGGGGAGCTGAGAGGGTAGTGGAGAAAGGCAGAGAGCAGAGGAGTAGAGGAGTAGAGGCCAGCCATGAGCAGGTGGAGAGAGGGGGGAGGGGAATGGGGAGAGAAGACTTGGAGAGAGAGCAAGAAGGCAAGAGAGAGTGGAGGGGGCAAGCAGCCCCCTTTATAGTGAGTCAGGCACTCCTGGCTGTTGTCAGGTAACTGTGGAGCGGAGCCTAGACAAAATGCTAACATTAGTCTTCTGAATGTACTCTTTCACCATCAACAATGGTAAGAGTGTAATGCTGAAAGCAATCACTTGTTTTCCTTTCATAATAGTAACATCATTTTTAAGAAAGGGGTACTTGAGTGTTGTCTCTAAAACAAGCGTCTCCAGCCTCCTGCCACAGGCAAAAGAAACTCAGGACTCCCCTGGGTCCTACTCACCCTAAACCATTTTCTTGACTAGCTATCTCTGGTCTATAAACGCAGAAGGAAAGCAGGAGGTTTCTTCTATCTAAGATCTACACTAGAGTGGCTGAGGAAAGTCCTCTACCTTGCAAGACTGGCTTCCTTATCACCCTTGAAATAAAGGAAAATAATGGTCTGACTTTGTACTTTCGTCTCTTGTTCACTCCTTCCCAAACCCCGCGTACTGGAAGATGGCCACAGCTTAGCTTTGAGTCTTCTACAGTCCAAGTCTTCTACAGTCAAGGAACTGGCAAAGGCCACAGTTGAAGCCAAGTTCAAGTCTATCCTTACTAGATTTACCAAGGATGGAATTGCCCAGGACTTCATTCAGCATTTTAAAAATAATTTTAGCACATTTTCATAGTATAATTTATATAGGAGATTGGCATATTTGAAAAATGATCATTGCAAAATAAAATGGAAGAAAACTGTTTTGATAGCAGCAAGGCAATACGTAAAGAAACCCTGGATTCCTTCTAACTTGATTTCATGATTCTCCACTCCATAAACCACTATTAAATTAGCTCATCATCCCTAGTCTCCCTTCGCAGATCCCAGCTGCAGAGGACTGGCCATAACATTAAAATGATAGGTTTAATATGGCATATGGAATGAGCTCAAAGGTGAGCCATTAACCCCACTGATGAGCTCTTAGGATGACTCAAAAAAACAGTGAGCACATGTTAAAATGACTAATCTAACAGAAAAATCCACTAAGTTGTATTAGTAGGCACAATATATAAATGCTGGCTTTGCTGATGGCTGCTGGCCTGACTTGTTTTTTTTTCCATTGTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTCGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCATGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCTGACTAGGCCATCTTTTGAGACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCACATCCGGCCTGACTTGTTATTCCCTCTTTCTCTCAGCCGCTCCTGTGCCCCACCCTCCCATCCCTTTCCCCACTTAAACCTCCTTTCCACTGGTCCGCCTTTCCCCTTCATATCACATGTTCTATTCCCGCCTCATGTTTTACCCTCTCCTTAGCAATGGTCTCTGTCTAGTTTCCTGGATGTTAAGTTAAACATACAAATCTAAAGAGTCATGCTAAGTTATGAGTGAGAACGTGATGTTTCTCTTTCTGGATCTGGGTTATGTCACAATAGTGTTTTCCAGCTGTGTCCAGTTACTCAAAATTTTCATAAATTCATTTTTCTTCACAGTTGAATAAAATTCCACTGTATATAGACACTATATTTTCCAACAGTTGATGGGCACCTAGGCTGTTTCTATATCCTAGTAAAGAAAATGGAGCAAGAATGAAAGTGGATAACATGCACACTAGGAAACAGACTCTGCCGGCTACATACCCAGGAGCAATATAGCTGGGTCATCTGGTAGCTGGTTTTCTAGGGTTGTTTGTTTGTTTGAGGAAAAAAACAATGATTTGCATAGTGGCATTGTATAAGCTTCATATATACTATGTGTATGTGAGTGTGAGTGAGAGAGAAAGAGACAGAGCCAGAGAGACAGAGTTTAATTGGAGTTACCATAACAGGGGATTATGTCCCTCCTAAAAACCAAAGGTTGCCAAATAAAAAGCCCAGTGACAGGAATGGGACACCGTCCCTGAAGTTGCTGGTCAGGAGTGTTGAGGAGACACCAGAACAATGAAGTCTATTGCCATTGTTCTTGGCTATCCAACAAAACTTAGTGTTCAGACCATATTGCAGACGACACAACACACATTGGTCACAGGCCATGGAGAAACCAAGCTGGTACTGAGCAGGAAGCTTCCCCCCTTGGAAGTCCCCTTGAGTCATGCAGGCTACTGGTGGGAAATGTCATTCACAGTCTTACAAGCTGTGAACATTAGGAGGTACAATAAAGACCTAGCAAAACACGTCCATGAATGCAACTGTGGTACAAAGTTTTAAAAGATAGCACTGCTTTCTGACTGGATGGAAGACCTGCCTTGCAGTAAGTCTGACCAAGAATCCATGGTTGGAACTACCCTCTAGATTTTTATCTCAGTTCCTATAGCAGAGTACTGCACTCAGAGTCCATGAGAGAGTCACTGTGCAAGGGACAGTGCTTTAACACAGAGACTCACACGTGGCCGAAGTACAGAGGATAACTGTCAGTGCAGTGTTGGGACATGTGTATCGTACCCTGACAAAGGTTCAAGAACCATCATGGAGGGGGCTTGGGAAGAATTTAAGAGCCATAGGCTGAGGAGGACCAGGGTGAAGACCAGGGTGAAGCAGTGTCTTATGGACATAACAGGAAAGCTGTACTCACTTGCAAAGCCACAGCAGCTGTGGGTGTCTGCAGAAGACTGTTCAAGATCAATTTAGTCAAGTGCAGTCATGAAGTTCTAGCCCTGCCTCCACTCCTAACTGACGAACTACTGACAGAGGCTTCTAGAGTAGGAAGAGCCAGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTAAAGTGTGTTGAGCCCTGGTAGGCTGGCCACATTCCAGTGGACTGACTCCATATCCATGACTATCTGAGGAGCACAAACTGGACTCTCCGTGGGTCATGTTTAAAATAAGAGGGAATAAGAAGGGGAAGGTGGGCCTGGGACAGAGTCAGGAAGAGGAATGTGGGTGAGTATGATCAAAATACATTGTGTGGAATTCTTAAATAATTAATAAAATATAGTTCAAAAGAAAATTGACTTATATTGTAAAATTATGCCTTCTGGAAAGAATATCCACTTAAAATTGGATTTGTTAATATTGAACTACTAATATCAATGTACTAATCCTTTGAGAAGAAATAATGTCCTTTTTATGCACAGTGAAACATTATACAGAGAAGGGAGTAAGTTTTAGTTCACGCCTTACAAAATAAACATGTTTTCCTCCATCTCTTAATGTGTCATAAGTAAATTCAAAAACATTAAGTCCTTTCTAATTATAGCTGAGCCTCTTGGCAAATATAATCATAATTTATGTCTGAGTCTCAAATATCCACTGAGTGATGCAGAGTGCTTGCAACTTAGAGTGACTGC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GR3 -1 -1 1 CATCTGGAGACAGGACTGCCACTGACAG
GR4 -1 -1 1 GACTGCCACTGACAGAAGACGTGCGCTGTG
Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ331j15
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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