High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mms
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 415443
Chr: 12
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-310E4 : RP24-162F3 : RP24-116O10 : RP24-373C22 : RP24-169K17 : RP24-422J21 : RP24-249L9 : RP24-371M21 : RP24-238M3 : RP24-297F6 :
Instance: Plate 267: Well H12: BACs RP24-310E4 RP24-116O10 RP24-373C22 RP24-162F3
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 3414352 3414401 50 AGACCTTTCAGAGCATCTATACTTTCAGGAAGGGGTTGTCAACAAATACA
U5 3409151 3409200 50 TGGCACAGATCCTCCTTGCCCCAAAGCCTGTATTTTTTCTCTACAGTGTA
U3 3409083 3409132 50 AGAAAATATGGTCCTTCTGAGTTCAGAGGAGAGTTGGGGAAGTCGAATCT
D5 3406606 3406655 50 ACATCGGAGGAGAAATAACTGCTCAGTGAAAGGATGTCTGTAGAGCTGCT
D3 3406529 3406578 50 CTGCATTCCCCTTTTCAAGCTCGCCTTTCTCTCCAGCTTTTTCAAAAAGT
G3 3402383 3402432 50 CTATTTGTTACTTAAGACCCAGTGCCTAGAAGATGTATTATTTTACCACA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 3406579 3406605 27 GTTTGGAGGCTGCCCACAGCGATCAGA
15_E_15 3391529 3424200 32672 TAATTCTATTTATAGGTTATATTCACTTTTTCCAGTTCCCTAATTATATAATTTACAGATGTTTCCCTTCCCCTAGCCCTGAGATCATTATTACATTTAAATGCCTGTTTAATCTGCAATTGAGAAGGGATATTTGTTTTTGTTTTTTTCCTTGAGACAAGAGTCATGCAATGTAGCCAAGGCTGGCCTGAAATTCACTGTGTAGTTCAGGCTGGCTTTGAACTCCTGAGTTCAGTCCTCCAGATCCCTGCCTCAGGAATGCTGAGGTTACTTGTATGTGTGACATGTGCCCTGTTTAATTGAGGAAAGGAAACAAATGGGGACAGCATATGACATGTACGTATGACAGTTCCACCATGAGACCCATTTCTTTGCATTCTAACTTAATTTTATTTTAAAAACATACTTTATTTTATTTTTTTAATTGCCAACTAGTCACTTTCCTTCTTAAATTTTTATTTAAGTTTTTATTGCATTTAGCTGTGTGTTGGGAGATAGGTGAGCTTGACCCAGCGTTCATTTGATGTCAGAGGACAACTTACAGAAGTTGAGTCTCTCTACCATGTGGGTCCCAGGGATTGAACTCAGCTTGCCAGGCCAAAGCACAAGTGCATGATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTATGAGTGTGTGCATGCTCTGTGTGTGGATGAGAGTGTGTGTGATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGTGTGTTCATGCTCTGTGTGTGGATGAGTGTGTGTGTGTGTGGATGAGTGTGTGCATACTTTGTGTGTGTGGATGAGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGTGTGTGTATGAGTGTGTGCATACTTTGTGTGTGTGTGTGTGGATGAGTGTGTACATGCTTTGTGTGTGTCTGTGTATGTTTGTATGTGAGTTTGAGGTAAGCACTCATGAAGGCAGGTTGTACCTGCCCCTTTTGCCCTTTTTATGTACTTGAGGCTGTCCTTGAACTCCTGATCCTCCTGCTTCCACCTCCCAAATCTGGGATTACAGGCATGAGCCAGCATACTTAGTTGAGTCAGGGTCTCACTATGTAGCCCAGGCTAGCCTTGCTCCTCTGTCTTAGGCTTCCCAGGGCTGGGATTGCAGGAATGTGCAACCTCATCTATTTGAGGCAATTCTTTAAAATTAAAAAATTATTTTTTCTCTTTAGTTTAACTTTATGTTTTATGTGCATGCGGGCTCTGCCTGCCTGTATGTCTGTGCATCACGTGCTTTCTTGGTGGCTACAAAGGCCAGAAGGTGGCACAGGATCCCTCGTGAGCCACTGTGTTGGTGCTAGGACTCCTCGGGAGGAGCAGTGGCCGGTGTTCTTAACTACCAAGCTGCCTTCCCAGACCCCACTCCTTGTTTCTTTTTAATATCTGAAAGTTGTTAGTGTTGGAATAAAGAAAATAGTTCCTCCTGCAAACCCTAGCTGAGACTGAGAGTTCACAGAGAAGCCAGGGGGTGGGCTGGTGGCGGAGGGGAGTGGTGGCCACCCCCCATCTCCCAGACTACATCTGTCCCCTTGATCTCTACTTTCACAACTGGAGCTTGGGGGAGGGGAAGGCCTTGAACATGGGTTTCTGTGAGAAGAGGGTGCTCTGGAATCTGAGGCGGTGGAAGGACCCTCCCTCCTTTCCTTCCCAGACATCTCCCACAACTCACAAAACATGACTCACGCAGGGCTGAAAACACAAAAGCTCTGTCTCTCACCACTAAAGCATTGTTCAAGTTGTGGGCTGTTTTGCTTTGCTGAGGCCTGGGATACTCTGGGATGAGAACACTGAAGACTGCACTGAGTGGAGAGACATTGTTTGAAACAAATTACCTAAGGCTGGGCTGTCCCTTAGGAAACAGCTTTTGTTAGAAGCAGCCACCCTCCCTTGATGACAGCCACAAGGATCACCCCGCCCAGGCCGCTCTCCAAAGCAAGGGGTCATTGTTACCATGGGACAATGTTTGAACATGGCTATGTCAGCTTATTTGGGAAGTCTTTTCTTCTTTCTGTCTCTTTTACCTTCATATTTTGGTTAGAGTTGGTGGATTATGCTGGTTTGTGAGTGTGCCTGTTTAATTTCTCCCTTGTTTTGCTTCTAGGGATAGAGGTTAAACTCAGTGATAGGCACTGAGTGTCTACTTTGGTGTCTACTTTGTCACACGAGAAAATGGTTGGGCTTGACTTTGTTTTAAAAACCAGTCTTAGCCAGGCGTAGCGGCGCACGCCTTTGATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTAGGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTTAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAACAAACAAAAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAAACAAAAAGAGAAAGAAAAAAAAGGAAGCATAAAGACCAGTCTTAGTCCATTGCTCAGGCTGGTCCCCAACTCCTGGTCTGAAAGGACTCTCCTCCCTTAGCTCCTCAAACAGCTGGTACTACAGGCACATGCTACCCTGTTCAACTCTGAGAAACTTCTGGCATTTATTTACTTATTTATTTATTTATTTAAGTTAGCCTCTCACTCTATAGCCCTGGATGGCCCTGAATGTAGCATGTAGCTAAGGCTGGCTTTGAACTCCTGACTTTCTGCCTCCCCAGTTCTGGGATATATATGAGGGTGTGAGACCCCGTGCCCAGACTTGACCCAGCCATAGAGGAGCCAGTCTACAAACATTCTCCATGCCATCATATTGATGAAGACACCAATCTCCTGAGTCACAAGTTGGCCTCAGATGCCCCTCATCTTCTGAGTCTTCTGCTTCTACCTCCCAAATGCGGAGAGCATAGGCCCGTGGCAGCATGCCTGTTTGGTACAGTGCTTAGGATCAAACCCAGGACTTCATGCATGCTAGGTACACTCTCTACCATCTGAACTATGGTCCCACCCTCCCCACTTTGCTTTCATAGTTTTGAGACAGGGTCTCCTGTGCACTAGGTTGGCCTTAAGCTCACTTTGTAGCCATGGATGACTTAGACCTCCTCATCCCCCTGCCTTCGCCACCCAAGAACCTGGACAGAAACATGAGCTCCCACACCTGGCTCCGGGTTAGGAGAGCATTCCCTCCTCCTACAGGAGGGAAGAAGGCCAAACTGGGTTTGTTACAGAGGCAACTTTATTTTTAAAATCTTGGTAAAAACATTCCTTAAATCATATGTGGTAGCTCGCTGCTGTAATCTGAGTACTCTGGAGGCTGAGATAGGAGGATGGCCTCATGTTTGAGGTTAGCCTAGGCTGCACTTAAGTTCCAGGCAGCCTAGGCTACATTAAGACCCTGTCTCAAAAAAGTCTCTATGTGATAGGTGATGGTGGTGACATGGCTCAGCTTATGAAGGGACTTGCTAGCAATCCTGAGGCTGCATTTGATCCTTAGGACCACACTGTAGGAGGAGAGACCTCCTCCTCCAAACTATCCTCTCATCTCCACATTGGGACCATGGCATTTGTGTCCTTACCCCCAAATGAATAAATTAAGAAATTTACAGCTGCCAGGTGGTGGTTGTGAAAGCCTTCAATCCTAGCATTCAGAAGACAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGTTCAAGGTTATCCCGGTCTACAGAGTTCCAAGACAGCCAGGGCTACACAGAGAGACTCTGTCTCAAAAAGCAAAAACAAACAAACTTTAAGTAAAGCTTCGCAGGGTGTGAGACTTGAGAGGAAGAGGACAGTGAAATGCAGACGCACAGGGCTGTGAAATAAGGTGAGCAGGTGAGCTGAGGAGAAAATGGGAGCAGACACAGAAAAGTCCCATCTGCTGCCCTGGGAATGTATGGAAGACCAGGAAGTCCAGAGGGTGCTGGATGCCTGTTCTCAGAGTAAGAGAAGAATGCCGTAGCAGGGAGCTGGAGACAGGGCTCAGTAGTCAAAGGCATATGCTGGTCTTACAGAGAATCTGGGTTTGAGTCCCAGCACCTGTGTCAGGCAGATTACTATGCCTGCCTGTAACTCCAGCTGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTTTCAAGAGAAAAGAGTGACTAGAAACAACTGACAATGAGAACAGTGTCCACCCTTGAGATGGAGCTTAAGTTTCCATTTTACCACTGTTGTTTTATTTATATGGGCGTTTTGCCTGCACAAATGTCAGTACCAGTTGTGTGCTAGCCGCCCACAAAGGCTAGAAAGACAGTGTTGGATTCGTGGAAATTGAAGTTGTGAGCTCCTGTGTGGGTGCAGAGACTCAAACTGGGGTCCTCTAGGAGAACTGAGTGAGTGCTCTTCAGCACAGTCATCTCTCTAGCCTCTTCTCCATTGAATTTAAAGTCAGGTTTTCATGTAGCCCTGGACTGGCTGGTGGACCTTGAATTTGTTGTGTAGACAAAGATCTGCCTCCTGAGTGCTGGTACTACAGGAGTACGCCCCTGCCTGGTATATGTATGTGGTCCTGAGTGCTGGTACTACAGGAGTATGCCCCTGCCTGGTATATGTATGTCGTCCTGAGTGCTGGTACTACAGGGGTATGCCCCCTGCCTGGTATATGTATGTGGTCCTGAGTGCTAATACTACAGGAGTATGCCCCTGCCTGGTATATGTTTGTGGTCCTGAGTGCTGGTACTACAGGAGTATGCCCCTGCCTGGTATATGTATGTGGTCCTGAGTGCTGGTACTACAGGAGTATGCCCCTGCCTGGTATATGTATGTGGTCCTGAGTGCTGATACTACAGGAGTATGCCCCTGCCTGGTATATGTATGTGGTCCTGAGTGCTGGTACTACAGGAGTATGCCCCCTGCCTGGTATATGTATGTGGTCCTGAGTGCTGGTACTACAGGAGTATGCCCCTGCCTGGTATATGTATGTGGTCCTGAGTGCTGGTAC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Comments:
Created
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:12:1:121257530:1, start 3406689: end 3407924
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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