High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 40928
Chr: 8
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP23-416L1 : RP23-343E17 : RP23-77G15 : RP23-449L15 : RP23-434O1 : RP23-78A4 : RP23-40E4 : bMQ80k23 : RP24-553F6 : RP24-376E23 :
Instance: Plate 25: Well E12: BACs bMQ80k23
Instance: Plate 26: Well E12: BACs RP24-376E23 RP24-553F6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 18617197 18617246 50 ATGAACCAAGGCTTTCCCCAAACTCTTACCTACAAAAGATGATTGGTAAT
U5 18622120 18622169 50 TTGATCTTGAACCCATCAGCCTGGGTGGATATTCTAACCCCTGGTTGTGT
U3 18622231 18622280 50 TAGGGGTGTGGGGAATGCTGATTCTGTCTTGGCAATGCTTGGGATTGAAC
D5 18622797 18622846 50 TAAGCATGCCAATGAGTTCATTGCTATTTTTGCATAAAATTTCTAGATAA
D3 18622915 18622964 50 ATAGGAAATGGAAAAGATTGTAGTTAGCCTTGAGAAATTAAAATGTGCCC
G3 18627538 18627587 50 TTTCAAAAAAAGTAAGGAGCCGGAAAAATGGCTCAGAAGTTAGAGTGCTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 18622823 18622890 68 CTGTAGAGGATTTTTGTATTTTAGTTTTTTGTTCTTTTCTTTAGTTTATGAATGCTTTGGTGTAATCT
15_E_15 18607096 18637940 30845 AGTATTTTTCTGGTGTATTCCAAGAAGTGAAATTCTAATGTAAGGGTTTTTGATCATTTCATTTTGACAGATTTTAAATGGTCATCTTTTTAATAACTTTATTTAAGAAATTATGGGTAAATAACAGTAAGTATTTTGTTCTTTTCATTTTGTCCACAGGTTTCAAAAACCTTGAACAAGCAAGTGACCCATGTGATCTTCAAAGATGGATATCAGAGCACCTGGGACAAAGCCCAGAAGACCGGGGCGAAGCTGGTTTCCGTCCTCTGGGTTGAAAAGTAAGTAGTCACCGTGGAGACTGTGACAGCACTGTGTATGGTAGCACAGTGCTACGGAATGTTGTTGCTGTTAACAACATTCAGTAGACTTGCCGTGCAGGAACTTATTTTCTCATAGCTATGGAAGTTTCTTTTCATACATCATTGGCCTGAACGTGCCTATGCTCTCTTGACATTCCCTCTGTTTGTGTTTTTGTCCTCATTTCCCCTTAAATGGTCATGTCACTTCTTAAATATCCTCTCTCCAAATGCAGTGACTTTGAGGTTTGGGTAGGTCAGGGTACACAGTGTGGAGACTTGTGAGGGTGAAGTATGCCCATGTTGAGGTTTGTAACGTTGCTATGTATTGTAATGCTAAATTCTACACTGCAGGTCTGGGTCTTCTACGAGTGAATCCTCAGGTTTACCAGCTTCTGTGCAAACCTTGTTCCTAATAAAGATGCCTACAGCTTATAGCTGAGCAGAAGAGAGGTACTCGGGGCTTTGGTCTCAAACTTGGAGTCTTGAGGCAGGAGGATGCTTGAGGAACAGAGGAGAGAAGAGAGAGCAAGATGCCATGGGCGAGAACTGTCCATAAGGGCTAGCCAGTCTGAGTCAGAGCAGCCCAGGTAGAGCAGGGCAAGTTATAACTTGGGATTATTAATAGGCAAGTAGATACTAATAGCTTAGAGAGTAGATATCTGCCCAGTTCTAACGCTGTTAAGACTTATTATAAATATAAAAGTTTTATGCCTTTTCTTTGAGAACTAAATGATCCGAGGCGGAGTAAAAATGCCCAATTAATATTAATATTTACCACAAATGAATTGTGCTGGAAACTGAGGTTAGGGCGGAAGCTCATGGTGGCGGTGAGCTGTTGGATGTTCAGACCAGACCGGGATGATAGTGAGTAGTAATGACTGACTAGTTCAGGATTTTAAAAAGTCATGTGTGCATGTATATGTATAATTTTCTATATACATGGGTTGCTGAAAAAGGCTATGGTTCATTGTCTGACCTAGGCTGGAAACTGAGCCCAGAACTAGAAAGATGGTTTGGCCATTGGCTAAGTTGGAGAAGGCTTTAGAGACCTGGGGGTGGAAGCTAGAATGATACACATCAGAGTCAGGACTCTACTGAAATGTGCCAAATCCTATTTTGGATATTTCCTTAGACAATGCTCAGTGGAGGTGACAGGCAGGTGAGTGGGTAGACAAATTCAGGGGGAGATTGGCAACCAAGATATGGGAGCCATCTGTACTGGGGATCTGGAGCCTAGAGGATAACGAGTGTGCTACAAAGGGCATGGCTGGACAAGTGACCCAAGCCCTTGGAGGAGCCCAGAAGATAGTGAGTTGGATCCCAGACATTGAACGGTTGGAGATTGATTTTTGCTTTTGATTGTGATTGTGCCCTGATATTTTCCCTCTTGAAGGAAGAAACTGTTTTAGTGGAGCCCACAGTTAAGAGATTTTTAATTGTAAAAAGACTTTGGATTTTAAAAGAGATGGATATTTTAAAGAGATTGAAATTTTAAGAATATGTAAAGTTACATACTAGCAGTGAGCCTTGGTAAACAGGTGGAGGAGAAATAAAGTTGAGTGCTCCTGGGTCTGGAAGTCAGGCTAAGAAGGAATTGGGTTAGGGCACAAAGAATGAAGAATTTATATTTTGGAAAACACAGTTGAACTATCAGTATTCATAATATTTCTGACCTCAGATGTGTGTGGTCCTGTCCTCACTGGGAAAGTCTCCAGCTCAGTTGGCACAAGCAGGATGACTCAGTTGTGACACTGGGCTTTGGCTCAGATTCCACAGGTAGGAACTCAGTCCTTCAGGTCTGCTTTGACTTGAGATGGCAGTCATAAGTCCAGGCCTCTGCACTTCCGTTCCATCAGCTATAAACTGGGCTTCTATTACTCCCTCCTTGAGTTGATGGTTTGTTGGAATAGCTCAGTATTCAAGGAAGAACTTCTCCCCTCCCCTGGCCTTTTAGGGCTCCTAATCCTCCCCAGGTATGTTAGGTTGCTGTCCTCACTCCTCTAGTCTGGTGCCTGTCAGGAACAACTAAGTAGAAGAGCTGCACAGGGTGTTGGCCTGAAGCCCCATACCCTCTGCAGGGGCACTGCTTCTCTGGATTTATAAGATGTGAAGGCTCGTCAGCCAGCCTTGCTGGCTTATATGGGGTTGAATCTTCAGTGCTCACAGTTGGGGGATATGTGAGTGGGGTAGAAGTTTTAGCCTTGAATTCTCAGTTGATTCTTTGGGCTAGCTGAATTCCTGCCGTAAGTCAGCCACTGGCAGAAGCTCATCAAAACAGACCAGGATAAAGGATTAACACTGAGGAATCTTAGGGGAGAAAAGCTTCATTGCAGAAAGTGTGACAGTGGCCAGTTAGATCTCAGACTATAACATGCACGTCTGTTCTAGGCCACGTTTAGTTTTACACAGGATGCCTCAGGAAGTGTAACGCTGACACTTCCTCTCTCAGTGTCCCGTGGTCAGCCTCCTGCCCAAGACTGCTACATTCCTGCCAGGCTGTCCAGGAACCAGCACTCAAATGCTTTCTCATGCCTTACTATATTATATTCTTCACTGTTTTCATTTAGATTTCTCTTAGTTTTCTGAAATAGCAAGGTGACTCCTTTGTGCTGCATGATTCAGGAAACGCCCTATTCCAGAGTCCTTTACTGCTCAAGTTTCTCCTACTTTGGGTAGTTAGTTAAGGAGCTAGAATAGGGGGGATAGATGTGTTCTAGATGTTAAATACAAATCAAAGAGTGGCTCATGTAATCCCTGTCCTTGGGAGGCTACGGCAGGAGAAACACTGTGACTTCTGGGTTAGCATAAGATACAGAGTAAGACCTTGTTGAAGAACAAACAGCAAAGATTATAAAAAAAAAATTTAAACAGGCTCTAAAGAGAGGTTCTCTATGGTGTTTCTGAGTGACTGGAAGTGGAAGTTTTAGTGCTGGGAACTTCACACACGCATGGTTATCTCACATTCAGAATGCTAGCCACCATAAGTGTTCTCAGACTTGGAGATAATTTGCATCCGTTTATTAGATAATCATCTAAAATGTGTAAAGTCTGAAATCTAAAATGGTCAAATGTCCAGTTTTAAGGGCTGTGAATGTAGCTTGGTTGTGGAGTGTTTGCATGAAACCGTAAGCTAGTACATGAATGAACCAAGGGTGCGTATGCCCACCTGCAGGAGGAGCTGTAGGTTAAGTTCAGCCTTGGCTGCATAGGAAGTACAAAGCCAGCCTGCGATACACAAGACCCTGTGTGTTAGGGCGTTTGTGTATTGGTTTTCTTGTTAGCCCTGTCTCAAAGTGGAGAAGTAAAGAGAAGAAAAGAAGGAGTTTCAGGCTTCAGGTTCTTTCTTTCTTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTAAAAATATTTATTTATTTCTTTATTTTATGTATGTGAGTACACTGTAGCTGTACAGTTGGTTGTGAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGGATTGAATTTTTAGGACCTCTGCTCGCTCCGGTCAACCACACTCGCTCCTCCGGTCCCTGTACGCTCTGGCCCAAAGATTTATTTATCATAATACATAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCATATTTCATTACAGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGTTGGAATTTGAACTCAGGACGTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTATCCACTGAGCCATCTCGCCAGCCCCAGAGTTTCAAAATAAGGCTGTTCAATCCTAAAATATTGAGCTGTAGTCATTGCATGTGTCTAATGACTCTTCCCACCTTTGTGTTGATATTATATGTATTATATCTACGTGTACCCTAACTTTTACAATATACTCATCATTTTTTTCCATTGGACAATTGCCTCTATGTTAAATATAGTTAGAAAGTGTCTCATTCACACGTGTAGATACAGATGCTATTCTTATTGATATTCATTCCTAAAGATCCAGGTTTCCTCCAATATTTTTCTTAATTTTTCATTAAATTTTTATATTCATTTATTACATATAGATATCATATCATAAATATAAATATTTTGTTATTTATTATTAACTGTTTAAACAATTTTTCACTGAGATAATAAAATCACACCTCACTCCCCGCCGCCTCCTGCCCCTGGCAGCTCTCAGTCTACCTTGTATAAGATAGGCAAGTACTCTAACCACAGGGCTACACTGAAGCCCACTTGTGAAGTTCTTCATTTGTTCTGGTGATAAGAATTTTATCATATATGTTATTCATAAACCTTGTTTTTCTCTCTTTATGCATTTTCTAATCACTTTTTTAGTTGTGTTTCTTTGACATAGAAACTTTTGTTTTTCTTTTGTTTCTTGTGCTTTAAATGTCACCTTTGAGAAACCATTGCCTCATCAAGAGCAAAAGCTTTCTATCTCTGCTTCCTTTTAAGGGTCTTGTTAGTTTATGTGGTGTACTTAACTCTGTCTATTCTGAGTGAGTGTTGTGTATGATAAGAGAGGATTCTACCTTTGCTTTTTTGCATATTGTAAGGTTGTTGCCCCAACACCACTGTTTGAAGAGATTGATGTTTTTGGAGCCATTGTTGAAAATTGGCTAGCATTATGGGCTTATATCCAGACTCTCAATTATACTTAT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