High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 40719
Chr: X
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ454o20 : RP24-229F22 : RP24-229E22 : RP24-159H24 : RP24-65G21 : RP24-321O18 : RP24-228B20 : RP24-328N2 : RP24-474N1 :
Instance: Plate 33: Well A10: BACs RP24-159H24 RP24-65G21 RP24-229F22 RP24-229E22
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 142349574 142349623 50 ACAACAGATGTGGAGATTCAGCCTCCCTCTGCTAACTAGAACTAGCCTAT
U3 142349444 142349493 50 TTCAATTTCTAATGCCATTGGTGACCTCCATACCTTACCTAGCAAGGCTG
D5 142348848 142348897 50 AATGTTTATGGAAACACTTTTTAAGCTGATTTGAACATAACACAGCATAA
D3 142348732 142348781 50 GAACAAGAAGATATGGTTTTACTGCCCAGGAGGATGGCTAAATTGATAAT
G3 142344048 142344097 50 ACACAATATGACATTTCTCATCTTTGCCTATTTTTTAGTAAACATTTGCA
Oligos:
Type Start End Length Seq
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15_E_15 138948236 138979127 30892 GTGTAGTCAGTAACTAGAAGAAAAAAGGCACCACCACCATTAGTGCACAGTAGTTCCGACGTGCACACCAGGCCACTAGAAATACTGACTCTAAAAGGTGACAGAAGAGGCCTCAGCCAACTCTACATTTTTTCAGCATTTCGACTCCCGTTTCCACAGTATATTTTTCTTCCCAGGGCTATATTTTAAATAGTTACATTTTTAAAAATCTGCTAAAAGCAAGGGACAAGGTCTACCATTATGTAACCTAGGATTCTAAGACAAAAGAATATCACAAGAATTCCTGTTCTATCACTCACTGCATGTATCAAATTACTTGTCTTTGGCTCCATTTCTTCACCTATAAAAAACACCCCGACTTCATATTTAAAAGTACATGCAGTGAAGACCAAATGTGATGATGAAAGCGGCACTTGCTGCTACTTGTCACAAATAAAATGTCCAAGAGCTGTAACCACTGTTCTCAGACAGCAGCAGCGGCATCATCGGCGGCATCACCATCATCATCATCATCACCATCACCACGTCATTAGCCCTTCCTTAGCAATCTGTGGCTACTCTTAGCAATAATCACATCTTCATAGATGGTTTATTATGAACCCAGCACTATATTAAACATTGCTAGCTAACATATGAAGAATGACCTAACCCATCCCTCAAAGGCCTTACCAACAGACAACCCAGGGGAAAATGTATGTGAAACTGTACAGAGAACACTTGAATGCTAATCGGCATGGACAAGCAATGACAGAAATGAGCTAAGAAGCTAGGACAAGGGTGTCAGTCCTACAGAAAGCATATTACAAAAACCTGGCAGCAGCCTTTACAAAACTGCTTCAATTGGAAAGACTACTAGTTGACTTATCCCAGAGAGTTATGAAATCAATAACTGGAACTTGAGTACTCTTGAAAAGGAGTTAGAATGAGATAACCAAGAAATGCAAGATAAGAAAACTGTAGTTCTGTCTTATAAACTTATACACATGACAGTGAGAATGTCCTTTGCCGGTATGTAGATAGGTTGTACCCACTACATTTAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAGGTACCAGGGCATCTTCCCACGCTCACGTCATCCTTTGTAAGTTATCACACAATGTTTTCTATAGTGTTGGGTTCATAATAAGCTATCTAATCAATGAAAACACATGGTGGGGCTCGTGTTTACAGCTGCATATGTATCAGAGGATGGCCATCTATGAAGATGTGATGATTTTAATTAAATTATAATCTGAAAAGATAAAGAAATCCTCTCTACAATGACATATAGGGAGATGTTCATCTTACCCCCATGGGTCCACTATATACCTCAGTTAACAGTCACAAGGACTTGGGCTGCTCCTCCCCTTTAGGAAGGCATACTCCAATCTGTACGTAGAGTAGTTGCATTGCTTTCCTAGTCTCTGTGCCTTTTACCTGGAGACTTCTACACATACGATAGTACTCTAGATACCAGAAGGACCAGTGTAAAACAAACTATCCTTATAAAAGTTGGGCAATGATGACTGGCTATAGCCAGTCAACAGAAAGGGTATTCCTCAAGAAGAAGAGAGAAATTACAGTGAGGTTAAGCCCCAAAAGCTCTGTCAGAGAGATGGCTTGCCTAGGGAAGAAAAGACAGGTATCTAAGATGATAGACGGGTACAATCGCACTAGATCAACAGTATCTTCAAAAAAAAAAAAAACTAGGTAAAGGCATGTTTAGACTTTACACATCCATCAAACAGTGGGTGGGCTAGGACAGACTAAAGGGCTGTCATTTCAGAACAGCTAAAGTAATATAAAGTGCGATGACAACTTTGGCCCAGAGGGAAAGGGCGGCCTAGTGAGAGAATGGGTAGAACCAATTAAAATTAAAGATAGGAAGCAGACTGAGGACTTCAAAGTTGATCAATTCCTGGAATGGTTTCAAAGATGTGATAATACTGACACAACAAATAATTTAGCAATAGGTGGACACTTTGGAATCGGGGTATTACTTTTAGACACAGTTAGCATGAAGTGATAGTAATCTGATTCATCAAAGTTCCTAGGCTGCAGAGGTAGCTCAGAGGTTAAGAGCCCTTGCTGTTCTTGAAGAGGGCGGGATTTTAGTTCCCAGCACTGATTTCGGGTGGCTTACATCCAATCACCTGTAAGCCTAGCCACAAGAGATCCAACACACTCTTCTGGGCTCTGTGGATGCCTGCACTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCACGCATGTGTGCACATGTGATTAAAATGCCATTTTTTATTTAAAAACTTTTCATGCAATATTTTGATAAAACTCTTTTCCCTCCCAACTCCTCTCCACCTCTATATCGACCCAACTCCAAAAAGAAAATCAAAACAAACAAAAAAACCCAGTAAGACAAATCCCCACAAACACACACACACAAAATGTGTATTTTGTGTTGACCTGGGATGGGTCCTGTCCTTGAGTATAACACTCCATTGAAGAAAACATTTTCCCTTTACCAGTCGGTATCAATTGAGCTGATACGCATATGAACTCAGAGACTGGAACAGCATGCACAAGACCTACTCAAGTTCAAACCAGAAAAACAACCTTTAAAAAAAAATGATTCCTATATAACCCTAGTGTTTCTCAACCTGGCAGGATTTTCATGTGCTCAGGAGATATGTGGCAATATTTGGAGCAATATTTGTACAGCGTAGGTGAGCAAGTTACTACTAGTGATGTGATTGTTAATGCCTCTCAGTACACGAAAGGGGCGTAAAACCAAAGCTATGTGCTTCAGGATGTGAAGAGGGCGAAGGCTGAGACACTCTGCCTTTAGGAACTGAAGGTAACAGAAGATAAAACAAAACAGGAGGGATGTAAGAGGGATACTTGCTCCAAGAGTGAAATTCCCCAAAGTGAGGATTGAGATCAGACTATCACCAAACTGTCTATCTATATGCACACCCATAGATTTACATTGCTCTCAACTTTGGCTAGAAACATGAATGGTTAATGCAGAGAACCATAACTGTTCAGAGTGCCTAGTAGGTGTGGGTAGTGCTCAGCTACGGATGGATGAATCAGCTACTATAACACTGATTCTCAGGCTGTGAGTCACAAGCCCTTTGGTAACCCTCAGTCTCCAAAACGATTTACATTACAATTAACAACTGTGGCAAAATTAATAGTTAGGAAGTAGCAACGAAAATAATCTATGATTTTGGGAATCAGTACACCATGAGGGACTGTATTAGAGGGACACAGCATCAGGAAGGTGGAAAAACCAATTCTAGATAGAACTTTCTTCCATCTAATGAGGAACATGTCATTACATCAGAATACAAGAGCCAGAGGATGGGCATGTTTGTCAAATGCTAACTTCTGAACACAATGTGGCTGTTGTACATATCAACTCACAGCAGCTATGCTTCCTATACAAGACCTGCACAAGACTACGCCAGTGAAAATCCCACAGGGTTCCTAAGACCCCACCTTGGCAGAGGAGTTATTGGTAACTGAGAGCTGCTGGGATGGAAAATCATTCTTTGGGAACGTGGCCAGCAATAGGTTGCCTACATCACAGTAGACAATTCCATACCATGTGCATATGGGCAGGAGTAACAGAATACAAAAAATGGAAGGAGAGAGGACTAAGGGCCCTACTGGTAGCTGGAGAGATGTAATGCTGTATGGATATGACCAAAATCTGCTTCATTCATTATGACATTGTGAAAGAATAAAAATAGAATTTTAAAAATTGATCAAAGAAAGAAAATTAAACTATCACGACAGAATTCTGAGGCTTAAAGCTAAAGGGTACATATGATACTTTCAACTAAGTGTTTATAAAGCTAACACAGGGTAGGCTTGGAGCAAACTCTTTTTTGCTTATGAAATGTCGCTATTGCTGAACACACCATTTTAGATACAGGGCCCAGAGGCCCCTGAGCTGGAAGTAACCTGCATGCCTCTCCCCCTGAGGATTAGCTGTCCTCCTATCAGAAGCAGCCATGCTTCCAAAGGAATGAAGAGACCACTAGTCGATGCCAGCTATGATGCCAATGAACCACAAGAATGACCAACATGACAAGATAACTCTATGGGTGCAGCAGTGGTAACCAACAGCTCTCTAACTGGATATAAGACCTGCTCAACAAGAGAGAACCCATGCCTAGTTCTGGAAGCCTAGCCAACTACCCAGGGCTAGAAGTCATGGATCATGGAGGATAATTCACAACCATTAATGTAGTAAGCCAACATAATCCCTAACCACACTCTAAACACTCACAGGTAAGTGTAGTTCTCACCCTTCATCAAAGAAACTTCTCTCTGCAGCATCTGGGAACCATTACAGAAAACTACAACCCATCAAAACTGTGGAACCCAGTCCAAATGGATACATTTCCAAACCAATTCCTGCACCTAATGTTCAGGCAACAGGGCGCGGCTGGGAGGGGAGCCAGAGAATTAAGGAGGGAATTTGCTGTGTGATCATATCTCCTGGTAATGTCACAAGCTACATCCATAAGATCTCACCAATATACCTGAACAGTGACAATGACAGGCATGCCAAATTGGATGGGGAAAAGACAAGGAGGCCTCAGCCCTACAACACAGGACAAAGACAATGCTGGGACAGGGACAGGTCTTCTTCTACAGGGAAAGCACACCAGTTGGATATTCAATACCCAATGCTCAGTCCTGCCAGGCGGTAGTGTATGCACCTTTAATCCCAGCACCCAGGAGGTAAAGGGAGGCAGCTCTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAATCAAAATGGACAGTCCTGAAAACATACATAGGAGTAACACTATACGGAATGAGCTGGTTCTAATTGGAAATCTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAACTATATGCATGTTACAATTTTTTTAAAAAGAGT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