High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 40520
Chr: Y
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ246e13 : RP24-540G19 : RP24-573J16 : RP24-96F8 : RP24-531M9 : RP24-528N24 : RP24-247J6 : RP24-503J19 : RP24-171E5 : RP24-112O9 : RP24-311E24 :
Instance: Plate 33: Well C10: BACs RP24-573J16 RP24-96F8 RP24-540G19 RP24-531M9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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G3 1021554 1021603 50 ATGTTACAGAAAGACTTACCTATGTTCTACTAATAAAAACGTTGGATATA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 336962 368395 31434 TTTTCACCAGAGACTATGAAAGCCAGAAGAGCCTGGACAGATGTTATACAGACACTAAGAGAACACAAATTCCAGCCCAGGCTACTATACCCAGCCAAACTCTCAATTACCATAGATGGAGAAACCAAAGTATTCCACGACAAAAACAAATTCACACAATATCTTTCCACAAATCCAGCCCTTCAAAGGATAATAACAGAAAAGAAGCAATACAAGGACGGAAATCACGCCCTAGAACAACCAAGAAAGTAATCATTCAACAAACCAAAAAGAAGACAGCCACAAGAACAGAATGCCAACTTTAACAACAAAAATAACAGGAAGCAACAATTACTTTTCCTTAATATCTCTTAACATCAATGGTCTCAACTCCCCAATAAAAAGACATAGACTAACAAACTGGCTACACAAACAAGACCCAACATTTTGCTGTTTACAGGAGACACATCTCAGAGAAAAAGATAGACACTACCTCAGAATAAAAGGCTGGAAAACAATTTTCCAAGCAAATGGTATGAAGAAACAAGCTGGAGTAGCCATCCTAATATCTGATAAGATTGACTTCCAACCCAAAGTCATCAAAAAAGACAAGGAGGGGCACTTTGTTCTCATCAAAGGTAAAATCCTCCAAGAGGAACTCTCAATTCTGAATATCTATGCGCCAAATACAAGGGCAGCCACATTCATTAAAGAAACTTTAGTAAAGCTCAAAGCACACATTGCACCTCACACAATAATAGTGGGAGACTTCAACACACCACTTTCACCAATGGACAGATCATGGAAACAGAAACTAAACAGGGACACACTAAAACTAACAGAAGTGATGAAACAAATGGATCTGACAGATATCTACAGAACATTTTATCCTAAAACAAAAGGATATACCTTCTTCTCAGCACCTCATGGTACCTTCTCCAAAATTGACCACATAATAGGTCACAAAACAGGCCTCAACAGATTCAAAAATATTGAAATTGTCCCATGTATCCTATCAGATCACCATGCACTAAGGCTGATCTTCAATAACAAAAAAAATAACAGAAAGCCAACACTCACGTGGAAACTGAACAACACTCTTCTCAATGATACCTTGGTCAAGGAAGGAATAAAGAAAGAAATTAAAGACTTTTTAGAGTTTAATGAAAATGAAGCCACAACGTACCCAAACCTTTGGGACACAATGAAAGCATTTCTAAGAGGGAAACTCATAGCTCTGAGTGCCTCCATGAAGAAACGGGAGAGAGCACATACTAGCAGCTTGACAACACATCTAAAATCTCTAGAAAAAAAGGAAGCAAATTCACCCAAGAGGAGTAGATGGCAGGAAATAATCAAACTCAGGGGTGAAATCAACCAAGTGCAAACAAGAAGAACTATTCAAAGAATTAACCAAACGAGGAGTTGGTTCTTTGAGAAAATCAACAAGATAGATAAACCCTTAGCTAGACTCACTAGAGGGCACAGAGACAAAATCCTAATTAACAAAATCAGAACTGAAAAGGGAGACATAACAACAGATCCTGAAGAAATCCAAAACACCATCAGATCCTTCTACAAAAGGCTATACTCAACAAAACTGGAAAACCTGGACGAAATGGACAAATTTCTGGACAGATACCAGGTACCAAAGTTGAATCAGGATCAAGTTGACCTTCTAAACAGTCCCATATCCCCTAAAGAAATAGAAGCAGTTATAAATAGTCTCCCAGCCAAAAAAAGCCCAGGACCAGACGGGTTTAGTGCAGAGTTCTATCAGACCTTCAAAGAAGATCTAATTCCAGTTCTGCACAAACTTTTTCACAAGATAGAAGTAGAAAGTACTCTACCCAACTCATTTTATGAAGCCACTATTACTCTGATACCTAAACCACAGAAAGATCCAACAAAGATAGAGAACTTCAGACCAATTTCTCTTATGAATATCGATGCAAAAATCCTCAATAAAATTCTCGCTAACCGAATCCAAGAACACATTAAAGCAATCATCCATCCTGACCAAGTAGGTTTTATTCCAGGAATGCAGGGATGGTTTAATATACGAAAATCCATCAATGTAATCCACTATATAAACAAACTCAAAGACAAAAACCACATGATCATCTCGTTGGATGCAGAAAAAGCATTTGACAAGATCCAACACCCATTCATGATAAAAGTTCTGGAAAGATCAGGAATTCAAGGCCCATACCTAAACATGATAAAAGCAATCTACAGCAAACCAGTAGCCAACATCAAAGTAAATGGAGAGAAGCTGGAAGCAATCCCACTAAAATCAGGGACTAGACAAGGCTGCCCACTTTCTCCCTACCTTTTCAACATAGTACTTGAAGTATTAGCCAGAGCAATTCGACAACAAAAGGAGATCAAGGGGATACAAATTGGAAAGGAGGAAGTCAAAATATCACTTTTTGCAGATGATATGATAGTATATATAAGTGACCCTAAAAATTCCACCAGAGAACTCCTAAACCTGATAAACAGCTTCGGTGAAGTAGCTGGATATAAAATTAACTCAAACAAGTCAATGGCCTTTCTCTACACAAAGAATAAACAGGCTGAGAAAGAAATTAGGGAAACAACACCCTTCTCAATAGTCACAAATAATATAAAATATCTCGGCGTGACTCTAACTAAGGAAGTGAAAGATCTGTATGATAAAAACTTCAAGTCTCTGAAGAAAGAAATTAAAGAAGATCTCAGAAGATGGAAAGATCTCCCATGTTCATGGATTGGCAGGATCAATATTGTAAAAATGGCTATCTTGCCAAAAGCAATCTACAGATTCAATGCAATCCCCATCAAAATTCCAACTCAATTCTTCAACGAATTAGAAGGAGCAATTTGCAAATTCATCTGGAATAACAAAAAACCTAGGATAGCAAAAACTCTTCTCAAGGATAAAAGAACCTCCGGTGGAATCACCATGCCTGACCTAAAGCTTTACTACAGAGCAATTGTGGTAAAAACTGCATGGTACTGGTATAGAGACAGACAAGTAGACCAATGGAATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGTCACTTGATCTTCGACAAGGGAGCTAAAACCATCCAGTGGAAGAAAGACAGCATTTTCAACAAATGGTGCTGGCACAACTGGTTGTTATCATGTAGAAGAATGCGAATCGATCCATACTTATCTCCTTGTACTAAGGTCAAATCTAAATGGATCAAAGAACTTCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTAGGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGCACAGGGGAAAAATTCCTGAACAGAACAGCAATGGCTTGTGCTGTAAGATCGAGAATTGACAAATGGGACCTAATGAAACTCCAAAGTTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAATAAGACAAAAAGACCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCCTAAATCAGATAGGGGACTAATATCCAACATATATAAAGAACTCAAGAAGGTGGACTTCAGAAAATCAAACAACCCCATTAAAAAATGGGGCTCAGAACTGAACAAAGAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGTCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGCCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAATGGAGTACTACACAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAGGAACTCACACAACATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAAAACCTAGGATACCCAAGATATAAGATACAATTTCCTAAACACATGAAACTCAAGAAAAATGAAGACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAAGTGGGAACAAAACACCCTTGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCTTATCCAGGGATCTACCCCATAATCAGCATTCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCCCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGATCAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACACAAACTTTATATGCCCCAGAACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGCGGGTAGGGGAGTGGGGGTTTGTGGGTATGGGGGACGTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAGAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAATGTTAGGTCCTAACAGCATCTTCATATAAGTAACAAATATCTAGTCTAGTCATTTGGGTCATTGGATATTGCTGGACACTTACAGATGTGACTCTAAGCCAAGAGACT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