High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 40480
Chr: 1
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-74C12 : RP24-142C6 : RP24-261H8 : RP24-78M20 : RP24-309J15 : RP24-547H8 : RP24-339C10 : RP24-243G6 : RP24-214M12 : RP24-214I12 : bMQ92h06 :
Instance: Plate 46: Well C12: BACs RP24-78M20 RP24-142C6 RP24-261H8 RP24-74C12
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 43733284 43733333 50 TTCTATTGCTGAGATAAAATACTATGGCCAAGACAACTTATAAAATAAGA
U5 43738052 43738101 50 CAACCCACTGCACATTTTATGAGCAACTAGAAAAGAGTTTAAAGCTTCCT
U3 43738157 43738206 50 CCTTGCGTGTATATATAGCATACATATTTACAATTTCTATGTGTTAATTC
D5 43738823 43738872 50 TAGTAGTGTGTTCTCTGTCGCTCTGTCAAAATATCAGAGTTCATGTTTAG
D3 43738938 43738987 50 ATAATAGCAGGAGCAAGTGTTAAGAAACTGTGACATAAAAAGCAAGAAGC
G3 43743734 43743783 50 TAATGTATTTTAGTTATCACTCACAAGGATGGGGATTTTTGTGATCTTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 43683418 43683482 65 CTTGTGGTTCTGGAGGTCTGAAGTCACAATCTGGCTCTAGTAAGAACATCTTGGTACACGGTGTC
15_E_15 43667597 43698532 30936 GGGGAAGTAGGGAAAGCCTCTTGAGGAGGCGACACCTGAGCATGGCTTGAAAACATGGTGGGTGTGGCAGGTTTAAGAACCATAACCTCTTTGATATTCTCCCATTGACCCTTCACTAGATGCCATCAGTCCTGTGGTTCTTAAACCAACAGAACACAATGAAATTGATTTGTGCCAGTTTACAGGTTAAGACTTACAATCATGGCAGCTCGCTTTTCTTGTCCTCTGGAATACCTGTGCTTGCAATGCTCCTTCTGGGAGCCTAAAGTCATCAGGCTTGAGATGCCACAAGAGCACACCTCAGTGCAGTTCAGCTCCATCATGCCACCAGACAGATGAGTGTAGCTGTCCACCTTAGTCTCTCTACCAACCAAACAATATAAGTGATCTCTAGCAGCACTTCACAAGAACAGAAGAACCACCTGGCTGAGCCCAGCTCAGACTCCTGACGCACAGGACCAAGAAGCATAAAGAATATGGTGGTTCTAAATCAGTGTTTATGTGGGCATTGTTGAAGTAGTGCCTGGGAAGTGGGGTTCTGACTAGGAACAACGAGGAAACAATGTCATATCAGAAAATGACATTGGTGCAGGCAGACCTGTGGAGCTATGAAGGCACCTAGAATATATTCAGTAATTGAACAGGGGTCACATGCAGTCCTATATTCTATGGTTGTGGGATAGCACTAAGGTCCTGCATTTTAATGAATATTTGTAAATACATTCTGGAGAAGATTAGAATGAGGCACCATTGTCTTACTTTCTTAGGTCTGGTGTAACAGTACATTTTAAAATGAGAACCTTGTAAACAACAGAAATTGATAGCCCACAGTTGTTGGTGCTGGCACCTCCCAGATCAAGGCAACAGGAGAATGAGTCATTGTTGAGGGCTCAACTTTTAGTTTGTAGGCAGCACCTTCTCAAGCTGTCTTCCCATGGTGGAGAGGGGTGGGGATCTCTCTGGAGGCTTTTTATAAGGACCCACCTCTATTACCCTGGGGAGTAGGATTTCAGTATATGACTCTTTGGGGTATACATGCATGCAGACCTAGGTCCTATACACATATTACAACTGGAGTCATGGTGTGCATGTTTTCCTGACAAAAAGAATTTATTATAATTTTTTAAAAGGATTTTTTTTGTCAATAGAGATAGTCTTATTCATATATTAAGTAGACCTGATCCTTTAATTGCATGACTTCTTCCTGCAGAAACCTTTAAGGTCAGTGTCTTAGTTTAGGTTTCCATTGCTGTAAGGAGACCCTATGATCAAGCCAACTCTTATAAAGGGTACCATTTAATTGGGGTTGGCTTACTGGTTCTGAGGTTTAGTTTATTATCACTATAGCAGAAAACATAGCAGAAACCAGGAAGGCATGGCTCTGAAGGAGCTGAGAGTTCTATGGTTGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTCGTTTGTTTGTTTTTTGGTGGGGAGGGGTGGGAAGAAAGAGTTTATTTCATCTTATATCTTACAGTACATTATAAATGGTGGTCAGAACAGGAAATCAAACATTAACTTGGAGGCAGGCACTGAAGAAGAGGTCATGAAGGAATAGAATTACTATCTTGTGCAGACTGATTTTTTTTTTACCGTTTTGTAATTTATAAAGTATAAGATATGCCTAACATCCAGTCCATCATCTTTGACAATTAAATCTATCCAATTAAACTCTATCATCTATCCTAACTTAAAAGTCTTATAAATCCATCTGTTATGTCCTAGTTTTGCTTGTATACCATCTGAAAACTATCTTCTCAAATATATTTTCTCAATGTTAAATAGCCTGGGTTGACTATGAGACTATAAATAATCTTTCATACCTGTCAGAAATCTGAGAACAAGCAACATTATCTGAAAATATAGGAAGCCTAACTCAGCTTCCAGAACTGTGACAAGTTGTAGAGAGAGCTGCCTACTCACACAGCTCCAGTAAGGCAGAAAGTTGGAGCATCAGTCCAACTGGGCCTTCTGGCCCAGGATCATCTGAAAGACCTTTGAAAAACAGGAATTATTAAGGGCTAGCTTATTCTGTCTCAGCAGAACCAAGCTGTCCTAACCTACAAATTGTGTCCTCTCAAGAACAGTACAGGTTTACAGGAGAGATAGGCAATTGCTGCCCAGTGGCCACCTAGCCACAATGTACAACCTCACCTGGAGGTGAGATGCTCAGCTGCTTCTTTGAATCCACAAATAGGAAGTTGTTAGGAGCATTTTTGTCTCAACAACAAAAGAATAAATAACATTAAATGTCACATTCTGTGGATTTCTGACAGTTTTGAAAACCAACTATCTATGTAAAGTAATCTGGACTGTTGTCCATTAACTACTCTTAGCTATTTCTAATTAAATTATCTGAAAACACCATAACAATAAACTCAGAACCATGAATTTGCTATTTGATCCTTAACTCACAGGCTTAAACATCTCAGATCAGTTTGTAATAACGTTATAGAAGGGCTGGGTCCAAGCCTTGTACTTTTAAATTTTTTGTATCAATAGAAGAAATTTATACTAATAATAACCTTGATTCTGTATCAAAACAAATTCTGTACCAAAATAAGAAACTATGACTTCAATTTAGTGACTATTGTAAAGATTTCTACCAAACGCAGTTATCAATCAATTGATACACAATCAATTCTAGCTCTTTCCTCCCTGAACCAATTATGATCATTTCAATATTCCCGAGAAAGAGAACTAGAATAACCACCTCTAGACCCCCATGTTCGGAGAACTGGGGCAACGATTCTTCATAACTTCTTCAAGATGAATATAAATGCTGAGATATCTTTGAAGGGGGTGAATGGTAGGAAAAATGGGAGAGTTGGATGACCTTAAAAAGGCCACACCAACGATTGTTTTAGTCTCTGACATCTGTGTCCTGACTGGATCCAGATGAAAGTCCAAGAGATCAGGAGTTCAAAGCAGGTCAGTTCAGCATGTCTGCTGATGAGACTCACCAAGGCTGTATATTCTGTAATATACAAATCTCAAAACAAAGTTTTAGAATCATCAAGATACCCTTTTTGTTTGATTCTCTGGAATCTAGTTCTCTGGGGGCCTCCCTTTGTCATATCTGATCCATATAACTCTGGAAGGTGTATAGACACTAATCACCTTATCTAAAAACACAAAGACAAAACCTTTCTCCCAAATCAGCATATCCTTGGGCCAGTAACCAGAAAAACTTTTATTTTGACCTCTCTCCCAGAGGAATAATATAACCATAAAACCCCAAATCACCCCCATTTTGAAAATTAAAACAATCTAAAACAAATGTAGTAAACTAAAATACTATATGTGCCCATTCTTAGTTTTTTTTTCTATTTTGCCATGCCAGGAAATTAACCCAAAATTCCCGTGGAGTCAATGTTCAAAAGAATATGAGTTATCCTGCAAGACTTCAAATCTTCCCTAAAACAAGTGTTTTCGTACAATCTCTCTGCTATCCTAAAAAATCTTTTGCTTATTGTAAAAACCTATTCTCAGGCCTTTTTCCTAATCTGTCATATCAGGAAAATCAATGCAAAATTCCTGTGAGCCCACATTCAAAGAATATGAGTTAGTAATCCTGCAGACCTTATTATACCATTTTTTAAAACAATTGACTCACACTTCTATCTATACCTGCTTATAAACAGGGAGCTTGTCAAACCAGGATTTTAACCCAAAATTTCCATAGAGCCTATGTTAGAAAGAGTATGAGTATCCTGTAAGACTTATTAAAGCATTATATTTTATACTATCTTTAAAGCAATTAATTCAAACTTTCACTAATATCTGCCTATAAAAAGCAGGTAATTTTTACTTGTTAAGCTCTCTGACTAGAGCAGCCATCCTGTTATACCATCTAACTATTATGCTCTCTACCTGGAGCCACAGACTTATCCTGTCTGTTAGTCTGTGTCTTTTTATTGGGGAATTGAGTCCATTGATGTTAAGAGATATTAAGGAAAAGTGATTGTTGTTTCCTGTTATTTTTGATATTATTTTTATGTTTGTGTGGCTATCTTCTTTTGGGTTTGTTGAAAAAGATTACTTGCTTTTTATAGGGTGTAGTTTCCCTCCTTGTGTTGGAATTTTCCATCTATTATCCTTTGTAGGACTGGGTTTGTGGAAAGATATTATGTAAATTTGGTTTTGTTATGGAAAATTTTGGTTTCTCCATCTGTGGTAATTGAGAGTTTTGCTGGATATAGTAGTCTGGGCTGGCATTTGTATTCTCTTAGGGTCTGTATGACATCTGTCCAGGATCTTCTAGCTTTTATAGTCTCTGGTGATAAGTCTGGTGTAATTCTGATAAGTCAGTCTTTATATGTTACTTGACCTTTTCCCCTTACTTCTTTTAATATTCTTTCTTTGTTTTGTGCATTTGGTGTTTTGACTATTATGTGACAGGAGGAATTTCTTTTCTGGTCGAGTCTATTTGGCATTCTGTAGGCCTCTTATATGTTTATGGGCATCTCTTTCTTTAGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATAATTTTGTTGAAGATATTTACTGGCCCTTTAAGTTGGGAATCTTCACTCTCTTGTATACCTACTATCCTTAGGTTTGGTCTTCTCATTGTGTCCAGGATTTCCTGGATGTTTTGAGTTAGGAGCTTTTTGCATTTTGCATTTTCTTTGATTGTTGTGTCAATGTTTTCTATGGTATCTTCTGCACCTGAGATTCTCTCTTTTGTCTCTAGTATTCTTGTGTCTGTGACTCCTGATCTCTTTCCTAGGTTTTCTAACTCCAGAGTTGTCTCCCTTTGTGATTTGTTTATTGTTTCTAGTTCCATATTTAGGTCCTGAAAGGTTTTGTTTAATTCTTTCACCCGTTTGGTTGTGTTTTCTTGTAATTCTTTAAGGGATTTTTGTGTTTCCTCTTTAAGGGCTTCTAGTTGTTTACCTGTGTTCTCCAGTATTTCTTTAAGGGAGTTATTTATGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGG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