High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 40416
Chr: 7
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-538F13 : RP24-272H7 : RP24-338I16 : RP24-496B23 : RP24-232D15 : RP24-488M17 : RP24-322M16 : RP24-511D10 : bMQ104e22 :
Instance: Plate 56: Well H04: BACs RP24-338I16 RP24-272H7 RP24-496B23 RP24-538F13
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 27623437 27623486 50 TGCATGTGCACAGTACACTCTGTATAGAGTGCCTGCTTCTAGTCTCTACT
U5 27628366 27628415 50 CGCTGCGGGGAGTCCTGTTGGCCAACTCTTGCCTCATGGATCTTTGGCTG
U3 27628425 27628474 50 TTGGCTTCCTTTTATCTCTGCCCTCTTCACAGAGCATCAGTAGCTTGTCA
D5 27629594 27629643 50 AAGCTGATTAACAGTGGGTTATCTCAGGCTACCTTTCACTGGGACTAAAA
D3 27629659 27629708 50 TTATCACGAGGTCTCCTGTTTCAGGAAAAATCAATCTGTTTGCCCATCTC
G3 27634609 27634658 50 GCGCTTTTATGGAGCAGAGATTGTGTCAGCTCTGGAGTATTTGCACTCGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 27338403 27338417 15 GCAGAGGAGACTTTA
15_E_15 27322125 27353467 31343 CTTAGGCTGGCACCCAGCTTCTTATTTTCTAGACAGGGGCTTTACAGCTGAGCCACATCCCAGCTGTGTTTGGATTCTTCTGTGGTTTTTACTATGTAGCCTCTTGTCTCCTGCAAATAAAGGCAATTCCACTACTTCTTCCTTTTCAGTGTGGATGCCTTTTATATTTTTGCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAGACCTAAGTGACAGTTCAGCTACTTTGTAGAATGGAACTTCAGTCAGTCGTGAGCCGATAGTAAGTTTGCTTGTTAGCATTGGTGAAAACAGACATCCTGGTATTGCTCCTGACCTCAGGGAACCTTGCAGTCTCTGCTTTGTGACAGTGACAGCAGCAAAGGCTGTTTGTCTTGCCCTCTGTCATGTTGATCCATTCTGTTCCGAGATATCGAGATAGCGTCTGTCAGTCAAGGTGGTGAACTGCTTTATTACAGTGACTTGTTTTCATAGATTCTGTCTTTTGTTTTCTGTTTCGAGTCATTTTCCTTTTATCTTTATATCTCCTAAGTTGAATTCATAGGGAGTTCATCAACTTGAACCCCTTTCATTTGTAGATCTTTTGGGATGGCAGTGGGGAGCAGGTTGGCATGGCCATTGAACCCAGGAACCTTTCTTTTTGGCTTCCTTCTTTCTCTGATGATCTTCTCGCACTTGGTTCAGGAAGCCGTCAGCTTTTAGAATGCATCATATGCTCAATACCCACATTAATTCTCCTGGCAACCCTCCTGCCCTGAGCTTGCTTGTTTGTAGCAGTGCCAACAGCATGCTGGGTGCCATTGTAGACTCTTCCAGTTTTGCCATGGTAACTTTTGTGGGCTGATCCTTTGTGAATACTCTCCATCCCTTTGATGTCTACACTGCTGCTCTTCTTGTATATTCCCATATATGTGGCCAAGGGAGTAACTCTGCGTTTCCTGAAAGGCCTGGAGAACAAACATTGGTGCCTCCCATCTTTCCCTTTCCTTTGTGTTTGACAGTTAGCAAGTGACTGGAAGACGGAGGCTCCAGCTGGTAGCTGAAGTATATATTTACTTGGTCATAGTGTACAGTTCTCCTCTTCAGAAACAAGCTGTCCCTGTGTTATGCAGGCTGGCCTCAGATTCTTGCCTTTGCTGTCTCTGTGTAGCCATTATTGCAATCAGTTTTAGACTGTTTGGTCTCACTCTAGACTAGGCTGCCCTGGAGTTCCCTATGTAACCCAGGGTAGCCCTGGAACTTCCAGCCATCTTTCTGCCACAGCCTTCCTAGTGCTGGGATTGCAGCTGTGAGACATCACTGCTGGCTTTCAGTGTTCGACAGTTTTACCTACAAGAACCTTTCTCACATTGGCTCTCATAGTCCCACCTCACCCCAGGCAATCCCAGGTAACCCCAGGCAACCTCTAAGCCACTTTTCATCTTCACTCTGGACATTTTATATAAATGGGCATAGACAGTCAGACAGAGCTTCTTGTCATTTGAGGAAGACATGTCATAAATTATAAGCATGCCACTCCTAAGTTCCATGAGCATCATAGTATAGCCACGCCGGACTGGAAGAATTTAGGTAGTATACACTCGAGATTGCAGGGTTGACTGAGAGTCCTCTGTATACTACTAGCCTGGCAAAAGAACAAAATTCAAAGTGTGAACAGTGCTTTTTACAAAATCCCTGTCACTTACACTGTCACACAGCTGGAATATTGAAAGTCAGAATGGCCCTCCATGTGTGCTCTTTTGTGATTGGCTTCTTTGCTTCAGGCAGAAGTAATGGTTCAGCTGCTCCATAGCATGGAGCAGCAATCTGCCCTTTCTTCTGTAGCCCAGCATTGTAGGCATATATTTTTTTGTAAACTACTTTTAATAAGGGTTCCACCCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCACAGTCAGCTATTGGATGGGTCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCGGGAGCTCTTGTCTTTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGGGGGCAGGGGATTGGGGGGGTGGGTATGGGGGACCTTTGGGATAGCATTGAAAATGTAAATGAGGAAAATACCTAATAATAAAAAATAAAAAATAAATAAATAAATAAGTGTTCCACCTCTCCTAGCCCACCACCCAGCAGAGGTAGTGGAAAAGTTATTAGGATGTGGGGGAAGTGGGCCTGTTTACCAACAGTTCTTTGAGGGCAAGTTTGATCTTTCTCAGCAGTTCAGTCCCAAAGAAACACCAAATATGACTCAGCAGCTGCAGTCCAGTCCTTTTCAGCAAGCAGACACCAGCAGCCATAGTTGAATTCTGAAGAAACTGTCATGCTCACCAACAGGCTAAGGCGAGGCAGTGGAAGCAGCAAGTTGGCGCAGGAACCTTGAGAGCAGTTCTTGTTTAGAGCTCCGGGCATCCCTTAGGACAGTCCATGTTGGCACTGAGAGCTTGCTACTGCCATATTTACTAAGGCAGTGTTGCCCTGGGACACTACTGCAGATAACTTCCTGCCAGGTACAACCTGTGGATCACTTGGGCCCAGTGCAGTGCTCCAGCCTGCGTCAGCAGATGCCACCTCCAAGGTTCCCTTAGGAGAGACTCTCATCTACCTTCTTCCCAATGTGGTACCCTTGTGAGTCACTGTCACCCTGGGCTGCCTGTCTGCTGGGACACTGTTTAACCTTGCCCTGACTTTTTCTCCTCTTGCCTTGTTTCAGGTGAATACATCAAGACCTGGAGGCCACGGTACTTCCTTCTGAAGAGTGATGGATCTTTCATTGGGTATAAGGAGAGGCCCGAGGCCCCTGACCAGACCTTACCCCCCCTGAACAATTTCTCTGTAGCAGGTGTGTTTCAGGGCCAGGAGGCCAGAGTTCCACAGCTCACAGCGTTGCTGGCAGGTGTTAGGGACACTAGGGACACAAGGGACACAATTATGCTTGAGCTGGAACCTGTCTTAGCCCGTTCACCCTCAGATCTGACTCCTATCCTTTCTTGCTGTTGCTCTTTGTCATTGGGTGTTTCCTTTCTGGGGATAGTGAGAAGTCAGGGTGCATCTCACGCCTTTTGGCTCTATTGTTCTACCTGGTGTCCTGTCTTCTCTATTAACAAGCTCTCCCTCTTCTCTGTTCCTCTAGCCAAGTAGATGTTAGCATCTGACCTAGCTGCTCCAGGGCTTACCACGTCCTCAGTTTCCTCTGTGGTACCTAACCTGGTGTTTTCTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTTTTCAAGGTAGGGTCTCACTATGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCATACTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAAAGATCTCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACTGCCCTGGTATTTTCTTGACCAGCTTGATAAGCCCAATAATCCCCTTGTCCTCTTGTCTCCTTCCTCCTGTAGACCCAATACCATGTTCTTGTCATAGCTGCTAAGAGACTGTTTCATAGACTACCCTGTCTCTGTTACCCAAGAGTTCATTCTCTCTGAGGGCCTTGCTGCAGCTTCTGCTTCTCCTCGGGCTTTGCAGTATCTGGAACCCAGCCCTGTGCCCACCCCTTCTACAGAAAGCCTTTTTCTGGCAGCTCTCTTCCTGTGCCCATGGCCCTGCCACATCTGCTACCCGCTCCCGCTTCTGATTTGATCTGCCAGCCCGTCTCTAGCAACTTCTTGAAAGTTTTTCTGTGGGTACCCTCAAGGACCCCCATCTTCACCATATCCCATGCTGACCTTCCTGTCTCCATCTGAGGCATCCTATTTAACCGTAGATCTTAGGCAGTGACCTGGGTCTGGCTCTAGATGCCTCTCCCTGCCCTGTAATCCAGTGCCCTTTCCTCCCCAGCTCTGCTCTACTGTGCTGTAGCCATTAACCTTGGTTAACTCTCTGCTGTCTCTGCCTTCAGCAGGAAGGACCTGTCTCTGCTCTACACATCCCCTCCGTGACCCCAGAGACAGAGACAGGTTCCTCAGTGTGATGCCAGGGTTCTGCCCAGGTAGCTGACCCACCTCTCCAGACCTGAGGCTTCTTTCTTCTGTGGCCTGCCTTGCACTGTTCCGCTGTGTCTTACTAACTTGGTCCCCTTGCCTTCCGGATTAAATACCTTCTCTGTCTTTTTCTATCTGGACATGACGCTCTGAGTTGTTGCTGCCAGTTTGGCCTTCAACAAAATATGGTGGACTTATGTATTTGGCAGGCTGAGGCAGCAGACCTGAACAGCTTAGTATAAGACCCTGTTTCACAAGAAAAAAGTAAGCTAGAGCCCTCGCTCAGTGGCAGAGTCTTTGTCTGCTGTGCATTAAACCCTGAGTTCCATCTCTGGAACCCCGGGAATGGGCTGAAATCACAAAAGTAAGAGCAGTGAGGAGGAGCCGGTGAAAGCCTCGTTGTCACTTGTGTCACTTGTGTCACTTGTACCTCATCTGTGTAGTCCTCCCACAGCTCAGGGTTTCGTTGTGTCCTTGAAAAGCAGGAGACTGTAACATCCCATACCCTTGAGGACAGAGCCAAGACTGTCTCAGTTTCTGGCATCATCTTGTATGGGTTGGCATATAAAAAGATGGCTTGGTGAATTTGGTCTATAGGCAGCAGGACCTTGCCTTCACTCTTTTCCTGACTGTACCCACAGAATGCCAGCTGATGAAGACTGAGAGGCCACGACCCAACACCTTTGTCATACGCTGCCTGCAGTGGACCACAGTCATCGAGAGGACCTTCCATGTAGACTCTCCAGATGAGAGGTGAGTCTGTACCTCTCTGTGTGGCTGTCCTGAGGGTAGACAGGCC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