High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 40299
Chr: 5
Strand: 1
Status: Ready to order
BACs: RP24-424A7 : RP24-390E7 : RP24-405I22 : RP24-499B17 : RP24-131A8 : RP24-151K5 : RP24-337F15 : bMQ_220l19 :
Instance: Plate 30: Well E10: BACs RP24-405I22 RP24-499B17 RP24-390E7 RP24-424A7
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 122713929 122713978 50 CCATGCCCGGCTGGCTTAACCATTCTTTGTCTCTTTAATGTCTCTTAACC
U3 122714038 122714087 50 GGATTAAATGACCTACTGCGTGTAAATCAAGTGGAAACTGTTGTTATAAT
D5 122714682 122714731 50 GGATGTTATTTCTCCCACAGAACCCTTGAGAGCTTTACAGCGCTGTAGTA
D3 122714803 122714852 50 AACAAAGGTCTTAAAAGTCCTGGGAAGCAAGGCAAGAAATAACACCTTCT
G3 122719757 122719806 50 TATAATTATGAAGTTTGGAAAATAACTTGCGAGTCAGCCCCCTCCGTCTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 122959545 122990468 30924 ATCAGCTTTAAACAGTCCGTACTTAGCTACCATTTCCAGAAGGAAGGCGAGAAACACAAATGCTTGGGATGGACAAGGGGAAGTGGCGTAGGTGGGGCCAACCAGTTGCTCCCCACCTTATTTTTTGACACAAGGTCTCTCCCTGAACTTGGAGCTCACTGGCTTGCCTGAGATGGCCAAAGAGCGCCAGGGATCCTTGTGTCTCTGCCTCCCCAGTGCTGGGTTTGCAGACACTCTCCGTCCTTGGCTCTTCACATGGATGTTAGGGATCTGAACCTATGACGTCATATGTTCAAGACAAGCACTTTGCCAACTGAGCCATCATCTCCCCAGCCCCCCAAACTCTGGATTTTTAAACCCTATCTCCCTCATAAAGAATACATTCTTCTAGGTGCTTGCTTGAAGTTGGCTAGATTAATCAAAATGTCAGCAATTGATTCCGTTTCTATTTAGGTTTTCTTTTCTTTGGAGGAAGTGGGCTCTCACTATGTGTCCAAGCTGGCCTGACTAGCTATCCTCTAACTCAGCCTGCAGGGCTGGAACTGTAGGCATGTGCCACACACCTGGCCTCGGCATCTGCTTTTCCGGCGTGAGCACTAGAAGCCCCCATAGCCCAGGGGAGGCTAGACAGCGCATCACCTCAGAATGTACCTCACTTACAGCTGCACCTTACACCACAGGCACAGCCTAAGTGGGATCAGCCCTGGGAGTTTTCAAGGTGAGTCTGGGTAGTTTGCAGCCTTTGACTCTGGGCTGGTCCCTCTTAGAACTTCATTTCCTCCATTACAAGGATCTGTAATTCCCCACCCAGCAGATGGGATGCTGGCAGAACAGAAATCCAATGATGGACTTCTGTCTACAATAGATACGGAACTTTTACATCATAAAAGGACAACCTGCAGTTGGGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCAGAATTTGAGGCCAGCCTGATCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGGGGTTGGGGGGGGGGGAAGGAACATGAGAGGAAGTATCACGTGTGTCTGTCCTTATGATATATTCCACCACTATAAGAGGGCAAATCAAACATATAAACACATACATATTAAGTGTTGGTAGATTATATCCATGTTAATTTGTTTCAGAGCAACTAAGGGGTGTTAGATAGTGGTTATATATTTAGCCTCTTTGTGCCAAGTGAGTGAACCTTCCTCTTTAAATACCCAGACATTTCGATATTATTTTGGGAGAAATACTTCCGAACACGGGTGATTATTTCATTTGACCGGCCCCGTGGCTGAATACCACTGTGGCAAATGCCAGTCTTATCATGCTTATAACCAAATGACACCCTAAAGCACACCTGGGTGTGTCACTGCTGGCCTCTTGACTAAACGGCCCCAGACAGTTGAGCTTTTCCGAGTTCTTGGCTGTGCTGTTTATAGAGACTCATTTCTTTTTAAGGTCTGCTAATTTATTTATTGCTGTTTAGTATTAGCTGCCTCGGGCTGTGCCTCCCACTTCTGTCTAATTTTCTGCATTCATACAAACATTTGTTCTAACACCTACATTTCTGGTGACATTTTCAATCTGTTGGATCCTAGCACCATAACCAAGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGACAAGATTTTTTTTTATAGCCCAAGATAGCCTCAAGCTTCGTTAAGATAGTCAAGGATGCCCTGAACTCTGGATCCTCCCTACTCTATCTCCTGAGTGCCAGGATCACAGATGTGTGCCTTGATACCCAACATCATGTTTACGCAATTCTAAACGTTAGAGACTTAAGTTTAGAAACAAGCACTCAGCCCACTCTCCTTTGCTAATCTGTTCCATTTTGGCCTCTGCAGCCGACCTTTCATAACTTCTCGCGTGGGTGATGTTTATGTTCGAGATGCCTGTAGAGAACAAAGAACTGTCTATACCCAATGCCACAGACCAAGAGACTCTGATTGGTCAGGATTGGGGCAAGCTGCCATCTATGGTCCAATCAGCTGTGGCCAGGGGGATAAAGACAGATAGCAATAAAAATGGCTGCTGGGCCACCCATGGGAAAGGGACGAACTAGAAAAGGGAAGGAAGAAATGGCTTAACAGTTAAGACAGAAACCAGATAGTCATACTATTTAAACTGTGTTATCTAAAATAAACACACTCTTTGTGAGGTCTTCCGGGTCCTCCCTGTGAGTAAACAGAGTTCTGGGGCCACTGTTTTAAATTACCTACTTTTTTTCCCCCTCAGGTCTTGACTGTTTACTCCTGACTCCTTTATTATTGTATATTACACAATGCCACAACATTTCATCTCTTAAAAGGTATTACTTGGCAGGTGAGGTGATATGTACCTGTAATCCTGGCCCTTGGAAGGCAGAGGCAGAAAGGACAGAAGTTATCCTCAATTATATAGCAAATTTAAGGCTAGCCTGGGCTACATGAGATCCTGTCTCAAACAAAATATATAACCTTTTAAAAAATTATTTAGGAATGTAGAAAGATACCTCAGTTGATAAAAATACCTGCCCTGAAAACATAAGGACTTGAGTTTGGTCTCTAGAACACACACATAATACTAGATATGGCAGTGAGCCCCTGTCATCCCAGCACTTGGAAGGTGGAGGCGGGTGGATTCTTGGGGCTCACTAGCCAGCCAGCTTAGCCAAACTGGCAACTCTTCAGCTGTAGTGGGAAACCTTGTCTCAAAAAAAACACCCATGTGGGACACCAGGCAGTAGTGGTGCACGCCTTTGATCCCAGAACTCAGGAGGCAGAAGCAGGTGGGTCTCTGAATTTTAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAGTGTTCCAGGATTGCCAGGGCTACGCAGAGAATCCTGTTTCAAAACAACAAAAACAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACAAAACCCAAAAACCACAAAGAGAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACCAAAAATCAAAGTGGAGTGGCCAGGAGTAGTGGTACATGCATGCCTTTAAAATCGCAGCACTCAGTAGGCAGAGGCAGGTGGGTCTCTGCAAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTTCGAAGACAGCCAAGAATACATACTGACACTCTGTTTAGAAAAAAAAAAAAAAGAAGCAAAGTAGACAGCTCCTGAGGCTGATCTCTGGCTTCCACAAATACACACATGTACTGACAGAAACAGAAACATACCATGTATGTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCTTGCCCTGAACTCGTGATCCTCCTCCTGCCCCAGCCTCCCAAGAGCTGGTGTTACAGGCCTGCACTCCCATGCCCAGCCAAAGTACAACTTGGCAGCTTTTAGAGTCCCCAGAAGCTCCCATCGCTGGCTCGTTTCAAGAATATTTTCCTCTTTCCAGAGGGAAACTTTCTACTCAGCAGTTTCGTTTCCTTTTGTATCTCAGTATTATTCTAATAGACGGCTACAGGGTACGCAACTTTTTTCCCCCAGAGTCTCACTGTGGCTGACCTGGAACTCACTGTGTACAGCAGGCTGACCTCAAACTCCCAGAGATCCTTTTGAGTACTGGGGTTAAAGGCATGCGCCACCATGCTTGGCTGGATATCTACACTTTATCTATCTATTATTATTGTTGTTATTCTTATTTTCATCCTATGCACTCCTCCTTGATCTCTTGCAAACTCATACCCTTTTCTCGTTACACGCATACATGGATATCTATCTATAGGTAGTTAGATAGATATAGATAGATTCCTAAATATAACCTGATTGGTTTCTATCCTGTTACTTACATATATGTTTTCAGGGCTAACCATTTGTTACTGGACAGGCAACCGCTGCGCTCCTCCTGGGGGAAGACTGTTTCTCCCACCCTCAGCATTACTTAGTTGCCTGCAGTTCTTTGTATAGGGTTGGGAGCTCGGGGTCTTTCCCCTGCCCATTTGGGCATGTCTATTATTGTTGTACTTTTTTGGGTAATGTTTATGCAGTCATAGTGTGTGTACCTTCTGACGTCACTAGGAGGCACAATCTTACAGCAACCTCCAGATCCTCTGGCCCTTACAACCCCTCTGTCCCCTCTTCCACAATGTCCCCTGAGTCTTAGGTGCAGAAATTGCTCTGTAGCTGCATCCATTAGGGCTGGGCTTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCCAACTCATTTTGATTTGTTGTCATTTTCTGTAATGATCTCCATCCATTGCAAAGAGAAGGTTCCTTGATAAGGGCTGTGGACTACACTTACATCTGAAGTGTTGGAACTAGAATCCTCTGAGAGAGAACCTGTGATGTGGATTTTTCTGGGACTGAGCTATGTTTTGCCTGCATGTGTGTATGTATACCACAGGTATGCCTGGTGCCCACTGAGGTCAGAAGATGATGTCAGATCCAATGAGATTTGAGTCTTGGTGGCCATGAGCCTTTGTGTGGTGCTGAGAATCAAAGAGTCAAAGCTCTATCTGCTGAGCCAGCTCTACAGCCTGAAAGTCTATCATTGTTATAAAGCCTTGCTAGTGTAGATAAAATGGTATCTCAATGTGACAGTTTATCTTTTTGTTTCTCTGATGACAGTGTGTACCTCTCAGATTCCTTACATATTTACATTTATTTTTTAATTTACTTCCCCCCATTTTGGCTTGAGATAACTCTGGCTGGGCTCGA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