High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
3' retrieval block size
 
     
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 400662
Chr: 3
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-70A16 : RP24-277K19 : RP24-349G1 : RP24-549F8 : RP24-550C21 : RP24-498A8 : RP24-319F13 : RP24-549I13 : RP24-358N15 : RP24-480E14 :
Instance: Plate 262: Well G02: BACs RP24-277K19 RP24-70A16 RP24-549F8 RP24-349G1
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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GR3 -1 -1 1 CAATAGACAACTTAGTAATTCCGTCTGAGC
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 10 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:3:1:159599783:1, start 55586969: end 55588240
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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