High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 39696
Chr: 16
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ73i14 : RP24-159J23 : RP24-396L6 : RP24-384G16 : RP24-322M1 : RP24-175K11 : RP24-163F14 : RP24-120D22 : RP24-124M13 : RP24-108N7 : RP24-223D14 :
Instance: Plate 18: Well D01: BACs bMQ73i14
Instance: Plate 19: Well D01: BACs RP24-108N7 RP24-466B19 RP24-460O5 RP24-159J23
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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G3 50261022 50261071 50 TTATTTGTCTATATGCATCCTGGAGTAAGTTGGTAATAAAACATTATCAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 50185248 50185330 83 TACTGAGCCAAGAGCTGGGTGAGAGGAGAGACTCACAATTTTGTTAACACAAAATTCTCTAACGTCCTGACAAGCCCCGAATT
15_E_15 50170198 50201210 31013 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