High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 39688
Chr: 15
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ462h23 : RP24-161J24 : RP24-88E4 : RP24-419F14 : RP24-170J18 : RP24-195C17 : RP24-217D6 : RP24-270P8 : RP24-511J8 : RP24-133K18 : RP24-151E16 :
Instance: Plate 18: Well C10: BACs bMQ462h23
Instance: Plate 19: Well C10: BACs RP24-161J24 RP24-390B4 RP24-133K18 RP24-511J8
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 96344944 96344993 50 TTGTGACATAGAAATATACTACAAGTAATTAAAGAGCTGTTGGTTATCTC
U5 96349516 96349565 50 TTCTTAATTGAGTATACCCTATCTCAGATGACTTTAGCTCCTGTCAAGGT
U3 96349617 96349666 50 CTGGCTCATGGTCACCTTACACAGAGAGCAGCTGTTGCAGCAACTGTATA
D5 96350285 96350334 50 TAGAGCCCTTTGCACTACAGATTATGGAAGAAAGTTTTGGGATTTTTTAA
D3 96350375 96350424 50 TAGTAAGTCTATCCTGAAAGGCCAATAAATGAGAAGAGGGAAGGTCTATT
G3 96355398 96355447 50 GTACTTTCTGTTTGCCTATCTTTTGACTTTGAAAGTTTTGTTAAGTGGAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 96178368 96178407 40 AAGTAAAATTTCTTACTGATTTTTCTTATTAACTGATCAT
15_E_15 96162549 96193457 30909 TATAGGTGTGCACCACTCCACCCAATAAATGTTTGCACTGTGCATGCTCAGCACTGTACTCCATTAGCTGAGCTATGTCTTTAGCAAAGGAGACAGTTTTAATACAGAAAATAAATGTCATTCACTCAGTACTTGATCTGTCTTCTCAGCAGGTACTTACTTGGTATCTAAGAAGTGCTCAAAATGTTCCTTCCTGCCTTTTCTCGAGAGTATCAATAGACTGCAAAGCTTGATGGCAAAAGAATTGACTGGAGAAATTACTGGCTGGGAAAGACCCAGAGTAACTAATGAGCTGACTGCCATGATTGCTATGGGGCAGTGTAGCCCAGGCATTGCTGTACAAGTGGGGCTAAGTCACTGCTTCTGGGCTTTTCCTGCAGTGTGCTTCTGGGACTCTGCTGTATTTGACTATTTTGTATGGGATGCATTCAACTTCTGTTGTTCTTGCAACGGTTTCAAACCTGTTGGACTTTTTAATTTAAATTAAATTTGAGGAAAATGCAGATTTAGACCCATACACATAGTTGCCTGCTGTTTTAATGTGTGAGTGCGTGTGTGTTTGTCCTCACGTTTTGCCTGTAGCTTGTTTACTTTCGTGGTACAGATAGTTTGGTCTTTTCCTTCTAAGGTCTTAGGAAGTAGGGTTATGGTTACCTCTTAGACTCTCCTTTAGAAATATATATGTATGTTAGATATTAGATAAATTCCCACTGGCAAAGATTTATAACATATACAGTTTTCTTTGTGGGGAGGCTTATAATTACATATTTTTAAAATAGTTATGCTAGCCAAGTACTGTGGCTACAGGAGCTGTGATTGATGCACCCTTTTCAATATTAATATTGATTATTAGAATTCTGTTTATCCAGTCATTGGTTTTACCAGAAGGTAGTCAGTTTTGTTAAATGTTTACTAAGAAACACTTCAGACTATGTTCATCTTCTTTCTATATATAGTTTTGTATTTCATTTATTTCTGCTTTTTTCTTTGTTGTTTTCCTGTTAGTATTTTAGTCTATTTGTGTTGTGTACATATTTGTATAGTATATGTGAATATGCTTTGTGTATTTGTGGATGGTTTGTGTAGGATACCTGTATGGGCATGTGAAGGCCTGAGGAAACTATCAGAGGTTTTCCATGGTCACTCCTACTCTGGGGCTCATTAATTTATCTAGGCTGCCTCTTAATGAGCTCTGGGGATCTCCCCGTCTCTGCTCACTGCGTCCCACTCCCCTCAAACACTGTGGGTACAGATATCCATGCCTGTATGCCCAGCTTGTACGTTAATGCTTGGATCTGAACTCATGTCCTTGTGTTTGTATGCTAGCCATTTTACAAACTGAGCTGTCTCATCAGCACATCCTTGACTTTCAGAACAATACTATTATAAAGTTTATGTTATCTCTGACATTATGCATTTTGCTAATATCTGCTTTGTTCTGCTTTGTTTTCTATTAACATAATTCTCTCAGCTTATCCTTGGTTATTCAATGTAATCTGGATAAGTAGCATATAACTAAATAGTTAATATGTAGTTCATATGTAATATGTAGTTGGAAAACTTGTGTCTTTTAACTAGAGTTTAGTCTGTACATAATACAACTAGCAATATATTTGGATTTAAATCCAATATTTTAATTTTTACCTTTTTTCTCTTTGCCTCATTTAAATTAAATGCAGATTTATTTCTACCATGCTTAAGTATATGTTTGTAATTTATTATAGTAGAATTCATCCTTATTAACATCAAATGCTTGGTGTTTCTGCCCTGTTTCATGAACTGAAAGACTGCTGAGACTTTTGTGATGGTCCCTGCCTCTGACTTATAGATTGTTGGTGTCACATTTTTTTGTGTGTCTTAATTTTGTCTGTATATAAATCCCAGAAGACACATTGTTCTTGAAAGGCAAACACACACATACATACACACACTAGTGCTTTTGACAACTGTCATTACAAGCCTTGGGTATAATAATCTTAACATTTGGAAAGTAGAAGCAGAAGTCCTCTATGAAAGGAAATTGTGAAAAGTTCCTGATTAAACAGAAACCGTTCCATCTCCATCTTGTTGGGTCTTTGTGGGGTTTTGGTACCAGCGTAACTATGGCTTCATAGAATGAACTGGGTAGTGTTCCTTCTGTTTCTATTTTGTGGAATAGTTTGAAGAATATTGGTATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAATTCTGCACTAAACCCATCTGGTCCTGGACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTGGGAGACTTTTAATGACTGCTTCTATTTCTTTAGTGATTATGGGACTGTTTAGAAGGTTTATCTGATCCTGATTTAACTTTGGTATTTTGTATCCATCTAGAAAATTGCCCATTTCATTCAGATTTTCCAGTTTTGTTGAATATAGGCTTTGTAGTAGGATCTGATGATTTTTTTAAATTTCTTTAGTTTCTGTTGTTATATCTTCCTTTTCAGTTCTGATTTTATGAATGTGGATAGTCTTTGTGCCCTCTGGTTAGTCTGGCTAATATCTTGTTGATTTCTTCGTATATTTCTTTTTTCTATTTGTTTTGATTATTTCCTGCTGTCTACTCCTCTTGGGTGTATTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTCAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTTTTTTTTGGAGGCACTTAGAGCTATGAGTTTTCCTCCTACCACTGCTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTTGGTATGATGTGTCTTCATTTTCATTAAATTCTAAAAATCCTTTAATTTTTTGCTTTATTTCTTCCTTGACCAAGTTAGAGCATTGTTCAGCTTCTGTGTGTATGTGTGCTTTCTGTTGTTTTTGTTGGTTTGAAGACCAGCCTTAGTCCGTGGTGATCTGATAGGGCACATGGGATTATTTCAATCTTCTTGTATCTGTTGAGACCTGTTTTGTGACCAATTATATGGTCAATTTTGGAGAAGGTACTGTGAGGTGCTGAGAAGAAGGTATATTCTTTTCTTTAGGATGAAATGTTCTATAAATATGTTTTAGATTCATTTGGTTCATAACTTCTGTTAGTTTCACTGTGTCCCTGTTTAGTTTCTGTTTCCATAATCTGCCCATTGATGAGAGTGGGGTGTTGATTCTCCCACTATTATTGTGTGAGGTGCAATGTGAGCTTTGAGCTTTAGTAGAGTTTCTTTTATAAATGTGGGTGCCCTTGCATTTGGAGCATAGATGTTCATAATTGAGAGTTCGTCTTGGTAGATTTTTTCCTTTGATGAGTATGAAGTGTCCTTCCTTATCCTTTTTGATAACTTTTGGTTGAAAGTTGATTTTATTCAATATTAGAAAGGTTACTCCATCTTGTTTCTTGGGACCATTTGCTTGGAAAATTGCTTTCCAGCCTTTTACTCTGAGGTAGTGTCTGTCTTTGACACTGAGGTGCATTTCCTGTATGCAGCAAAATGTTGGGTCCTGTTTACATATCCAGTCTGTTAGTCTATGTCTTTTTATTGGGGAATTGAGTCCATTGATGTTAAGATATGTTAAGGATGAGTGATTGTTGCTTCCTGTTATTTTTGATGTTATTTTTATGATTATGTGTCTATCTTCTCTTGGGTTTGTTGAAAGAAGATTACTTTCTTGTTTTTTCTAGGATATAGTTTCCCTCATTGTGTTGGCATTTTCCATCTATTATCCTTTGTAGAACTGGATTTGTGGAAAGATATTATGTAAATTTGTTTTTGTCATGGAATATCTTGGTTTCTCTATCTATGGTAATTGAGAGTTTTGCTGGGTATAGTAGCCTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTTTATGATGTTTGCCCAGGGTCTTCTGGATTTCATAGTCTCTGGTGAGAAGTCTGGTGTAATTCTGATAGGTCTGCCTTTATATGTTACTTGACCTTTTTCCCTTACTGCTTTTAATATTCTTTGTTTTGTTCATTTGGTGTTTTGACTATCATGGAATGGGAAGAATTTCTTTTCTGGTCCAGTCTATTGGAGTTCTGTGGGCTTCTTGTGTGTTTATGGACATCTCTCTCTTTAGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATGATTATGTTGAAGATATTTACTGGTCCTTTAAGTTGGGAATCTTCGCTCTCTTCTATATCTATTATCCTTAGGTTTCATCTTCTCACTTTGTCTTGGATTTTCTGGATGTTTTGGGTTAAGAGCTTTTGCCTTTTGCTTTTTCTTTGACTGTTGTGTCAATTTTTTCTATGGTATCTTCTGCCCCTGAGATTCTCTCTTCTATCTCTTGTATTCTGCTGGTGATGTTTGCGCATCTATGACCCCTGATCTGTTTACTAGGTTTTCTATCTCCAGGGTTGTCTCCCTTTGTGATTTCTTTATTGTTTCTATTTCCATCTTTAGATCCTGGATGCTTTTGTTCAATCCCTTCACCTGTTTTGTTGTGTTTTCCTGCAATTCTTTAAGGGATTTTTGTGTTTCTTCTTTAAGGGCTTCAATCTGTTTACCTGTGTTATTCTATATTTCTTTAAGGGAGTTATTTATGTTCTTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTACTATTATATCTATGTACACTTTAGATTCACCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCATTACAGATGGTTGGGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTATGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCATGTCCTTCTTAAAGTCCTCTATCATCATCATGAGATGTGATTTTAAATCAGAGTCTTGCTTTTCTGGTTTTATGGGAGACCCACTCTCTCCTGGTAAGGAGCACTGTGGCACAGGATCAGCTCCAGCCGCAGACAGAAACCCGAGATAATTTTTTAAAGCAGTGAAAGTGTGCTTCCCCCTCCTGGTTTCCATAGTTTCTAGTGCATCCCTCTACTGCTCTTTCTGTCCTTGTTAATTTAAGTGAAGACATGCTTTTTTCTTGGATCGACTTTAGT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