High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 39614
Chr: 8
Strand: -1
Status: Ordered
BACs:
Instance: Plate 1: Well C12: BACs
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 88359507 88359576 70 AAATTTAAATGTATGAACAAGTTGCTATAAAAATGTGGAGTAATAAGACACTGATGCTTTCTAGACCTGT
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D5 88354397 88354467 71 GAGTTAAACTCTTAGAATCTATGTAGAATAGAAAATTGTGTTAGAAATCTGCAAGTTTGTATCAGATTCC
D3 88354276 88354345 70 TTAAAAAAAAAATATCACCTTATTTACGTACCATGTGTGTGCTCCACTACCCACTGTGGCACATGTGGAA
G3 88349897 88349966 70 CAATACACTTTTTAAGATAGTGAAGTGTTTTACTTGTTACGCTGATTATAGTATTCAAAGAAAATAGTGG
Oligos:
Type Start End Length Seq
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U5 91245419 91245489 71 TAAGGCCACTGCCTCTAGTTGGGTGCCTATCTGGAAGGAAAGAGACAGCCAGAGGGTGCTGCTGCAGAGT
U3 91245219 91245289 71 CAATAAATTAATATTTCTATTATGTACATGTGAAGTCCCTCCCCTGCCCCAAGACAGTTTAAAAATTCTT
D5 91244502 91244572 71 GAGTTAAACTCTTAGAATCTATGTAGAATAGAAAATTGTGTTAGAAATCTGCAAGTTTGTATCAGATTCC
D3 91244380 91244450 71 TTAAAAAAAAAATATCACCTTATTTACGTACCATGTGTGTGCTCCACTACCCACTGTGGCACATGTGGAA
G3 91240001 91240071 71 CAATACACTTTTTAAGATAGTGAAGTGTTTTACTTGTTACGCTGATTATAGTATTCAAAGAAAATAGTGG
G5_U5 91245419 91249681 4263 ACTCTGCAGCAGCACCCTCTGGCTGTCTCTTTCCTTCCAGATAGGCACCCAACTAGAGGCAGTGGCCTTAGGAAGTTAGCAATTTGTGACCCTCCCTCCTGTGCTTTCAGTCTTGCGGTGGCTCTGGACCCTGAGCCTCTCTTCTGCCTACCTCCTGCAAGTACTCAAGACTGAAGAGGTCAGAGCACAGGAGACAGATGAGGGAGGAAGTCCCAGCCTAGCAAAAAGGGTGACTGAGATGTGCACACAGTGGCTCCGGGGATGTAAGTCACCTCTTCATCCCAAGGGTCTCACCACAGAGCAGGGCTTATGAATAGAATGGAAGAAGGGGTACTGTTTCTCTAATAGAAACTCAACATCTTCAGGACATAGATCTCTGAGTTCAAAGCCAACCTGGTCTACAAAACAAGTTCCAGGATAGTTTGGGCTGTTACACAGGGCAATTCTGTCCGGAAAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAGACAAAACCCCCCAAAACCCTAAAGATCTGAGTTCAATTCTTTGGATCAATATGGTTGAAGGAGAGAACTGACTCCTAAAATTGTCCTTTGACATTTGCACGTGTGCTATAGCAAGTGCATGCATGCCCATGTGCGCGCGTGTGTGCACACACACGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGACACCTATATGAGGAAAAAGTAGTGCTTTCTATCCTAAGTTCTTTCTCAACTGTGGCTGTATATTACAAGAGGAGCTTTCAAAAAATTAATTAGGATAGGCAAGGCTCACCCCAACCTCATTGTATCAAGGCCCTCTTAAGGAAGACGGGCACCAGGCACTGGTGTAGCCAAGGTTCACTGTGGTATTGGGGTTTGAGTACATGGCAGTGGTATTTTTAATGTTGTCAGGATCATGCTCTACAGTCTAGCTTCTTAAACTATAGGGTGTGAATCAATATGGCAATATATGACCTCGGGTGGAAAAGGGGTCAAGAAAAATTTGGCAATAGAGAAAGGTACAACCAAAAATTAACTCAAAATCAAACTTCTCTGAATCCAAGGTGTTTGTTAGCATTTCCTGTTGTGTGGCGTGGCTTCCCTGTCGGTTGGCCCTTGCACATATATGCAATTCATGCCACACGATGTGACAAATGCTGTCTAAATTAATGCTCAGATTTAGGGGTATTTTATGTTACCAATCGCAGCATTTTGTTTGTAATTATACAAGCAGGGTTCCAGTTCTTACTGAAGCAGTGGTTTAGTTACAGACTCTTACAGTGTCTCATCACCACTGTGCAGCAGGTGGTTGTCAGGTCAGAGGATCTCTTCAGAATGTATTGTCTTAGAATGTATGATTTTAAAAACTGCTATTTGAATTGCTTTAAGTTTCATAAAAAGTGTTAAGATGAATTCTGGCTTGATATTAGGACTGAATTCACAACAATTTCTGGATTGTCCCCAAACACTTCTTTTTATGTACAGCAAAGCAGCATCCTCAGCACTGGCAATTAAAAATTAAATTATGGGTCAGCTCTGAAAACCACTGAAGATGCTCTATGTCCTACATTACAGCCATCCAGCTAAGGTACAATTCATTTGTAAGAATACACACATCTGTCAGTAGTATGCAAATTCACTTTAATCTTTAACAAATAGTAAAAATATATGCACACCAAAGAATGTTTTAAAATAAATTTCAAGCCAGGCCTGGCAGTGCACACCTTTCATTCCCGAATTCTAGGATTAGGGTTCAAGGCCAGCTTGCTTTACAGTGACCTTGAGCTATGTAGACAGATCCCGCCTCAAAACCAAAGGATAAACAAATAAAATAAATTCCACACTTCTTTGTATATTTGATCTGTCTACCTATTTGATGTTCCATTTGAGGCTACATAAAATTTCTTGTGTGAAAAGAGATTATAAGTGGAAAAAAGTAAGCCCAATTTTATAACCTCTAGTTTCAAGTTTGAACACGAGGAACTAATTTAGAAAGGAGAAACTTGCCGTTTCATAACGCCCTTCAAGTTGCCAGTTAAAACAGACCAAATGAGAGTATGTGTCACCCTCTTGGGACTGCTTTTGCTGCCAGGCAAGGTACTCATAATTTATGTTCACATCAAGTCTGTTTGGGTCCAGGCTACACACTCTGACTTTAGATAACTAAGGCAGAGGTGTGGTTTGGCTCCCCTTCTAATTACCACCTTACCTTTGCAATTGTCTCATGAGCTGATTCAAAGCTTCCTGAAGGGGTGTCTGTTCTACTTCTAAAGCAAACAGGAAACATGTGTCAAAAAAAGGGCATAATCTAGCACTTCAGTTTTCCATTTATATAACTCATCTATTCTTACTAAATACTTCACTCAGGAATTCAATTTATCACACAAGTGTTGAAGGCTGAGAATACCAACTCAACACCAAAGCTAACTTAAGAGCTCTCATGCAGCAGGAGAAATAAGAGAACTTATAATAAACTCATTACAAGTCTTTAAGTTGTGAGTCAAGCTAATGCTCAGGCCCTTTCTCCCCCTCCTCCTCCTCACTCAGACAGACAGCTCGGAGTAATCCCAACCTTCTTGTTTGGCTAACGAGCTTGTAAGAGGCTTCTCAGGAGGTAAGTCTAATCTTATAGGGACATGACACTGGAGATCTCTGTCCACCTCATTCTCTGCACGGTCTCGATCCCGCTTCTTTTTATCCTCCTAAATAGAACAAAGGGAAGCAACTTAGAAATATTTCATAATCAACATTTTTAAATACATATCATTTTAGTTTCAAAGGAGAAAAATAATCACTGAAAAGAATAAATTCTAAATTAAGAAAACGTAATGTATTTTGCTGCCATCTACTGGATAAAGTGAACATGTTCATCAAGGAAAATAAGCGTATTTCCTTATGACAGAAATAACTGATTAGAAAAATAATACTATTCACAAACACAATATTCTTCAAGCAAACCTAAAAGAGTCCCTTCTAGGGAAAATCATAAAATATTAGTGAGCCAATAAATAGCAGAAAACCTGAACAAGGAGATATACTTGTTAGTTCTCTCCACAGCCATCAAATTCCAAGTAACACCACTCAGAACTGTAAAGCCGTTCTCCACAAAATCTGAAAAACCAATTATTCCCTTTTTCCTGAGGAGTGAATGACTAAAAACACAACAGTTTTGAAGAAGGTCACAGTGAGACAAGGAGAATGGAAAAGCATTTGCCCAACAGCAGAAAGGATGGCAAAGGCCTGATCTCCAGTGCCACAGTCACAGAAACAAGCAAGGAAGCCAAAGCTATAAATGACAGTAAACCTTAACAGCACTAAACATCTTCATAGTGTGACCGTGAGACAGCGTGGACACAGGGACAGACAAGCAGGACAGACAGACAGACAATAAATCTAGACACCGGCCACACACAGAAACTCCCAGGAAAGTAAATGTACAAAGCAAAACCTGGGACCTTCAGATAAAGAATTCTGAGACTCAGGAGTAGGAGTTTTCCCCATAAATTTGACTTAAAGATGTATGTATGTACGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGCCTAGGTATGTGCATGGACACCACATGGATGCAGTGCACTGAAGGCCAGAAGAGGGCATCAGAAATCCTGGAACTGGAGTTAGAGGCGGTTGTGAGCTGCATGCGATGAGGGCTGGGAACAGAGCACAGGTCCCTTTGAAGAGCAAGTGCCTCTTAACAGCTCTCCAGTCCAAATCTGAAATTTTATTTATAAACTCGGTGCTGCAATGAAACCAGTAAAGCTAAACTACATGCTGGGATGAAGAATGTGAGACACAAACACTCATGAAAGGGAGACCAGCAGTAGATAAATGTTTACAAATCCATGTAAAGACGAAAAAGACATCACAGAGAGGATGTGAAACCTAGCACAGGCTCCCAAACTCAGGACTGATGAGCTTCAAAACTAAAGGGCAGGGCTAGAGAGGTCCAGCAGCAATTAAGAGGACTGGCTGCTCTCCTAGAGGACCTGGGTTTGATTCACAGAGTGGCTCACAACTCCAGAACCATAGGATTTAAGGCCTTCTTTTCACTTCTAATGGGCACCAGGCATTCAGTGGCATACGGATGTACACACAGCAAAACACCCATCCACATTAAAAAATAAAATAAAGATTTGAAAGATAAGTCTCTCTAATGGGCAAAATTTAAATGTATGAACAAGTTGCTATAAAAATGTGGAGTAATAAGACACTGATGCTTTCTAGACCTGTG
U3_D5 91244502 91245289 788 GGAATCTGATACAAACTTGCAGATTTCTAACACAATTTTCTATTCTACATAGATTCTAAGAGTTTAACTCTCAGTTTATTCTTTAATAAAAACCTAACAAGCCAGACCAGGTGGCTCATTAACCCTAGTTCTTACAGGTGGAGGCAGGAGACTCAGAAGTTCAAGACCAGGCTGGGCTAAACAAGATCCTATCATTTCATACAACAAAATAAAATTACTAATTACAATTACCTTTAGTTCTTCTATGGACTGGTAGTCGTTATTCTTGATCTTTTCTTTCATGGTACTAAAATCCATTGGGTGTTTAATAATCATGGAGTAGCCAGGCGCAATAAAATCCGTCACAGGAAATGAAAAGAAAGCACTTGGGTCTTTTCTGTGCAGACATATAAAAGTAACATTATATTTTATTTCTACCACAACCTACTGCCACAACTACTGGCACAGAAGCAGAAGACAGACCCTGTAAACTCTCACGTATAAATCTGCATATGCTTTTCACTGAAAAATTATACAAATGATTTTCATCATATAATGACCAAAATATATAATAAGGGTCAGATACCTTAAACAGCAGTACTCTTAGAGGAGTAGCCTTCCGTGAGTAATCTAGACAACTGTCTCAGCCTGGTTTACCTATGAATATATACCCACAACCTTTCTGGGTCTATACCTAAGAGGTGTGCATTCCTAGTCCACAGTACATATTTTCTCAACCAATAAATTAATATTTCTATTATGTACATGTGAAGTCCCTCCCCTGCCCCAAGACAGTTTAAAAATTCTTT
D3_G3 91240001 91244450 4450 CAATACACTTTTTAAGATAGTGAAGTGTTTTACTTGTTACGCTGATTATAGTATTCAAAGAAAATAGTGGCAAATCAGAACTGATTAAAAGAAAAAAAAAAGTAACAAACACCACTAGAGTTTTCCTTGAAAATTCATTACTCACTGTGAGTGGTGGCACTCACCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAAGCAGATCTCTTGAGTTCAAAGCCATCCTAGTTTAGATCCCAAGTTCCAGGACAGCCACATAGAGACCTGTCACTAAACAAAACCAACAAAACACATACTCTCTCTGCTGTCCACCTACCCCTTCCTATCTCATATGTATTATGGAGTGAATGGAGACTAATTGCACAGTGTACTTTTACAACAAGCAGGCTTCTTGTTCTATTCTAGCTTCCGGGAATCTTTCTAAAAGAAACAAAACATTTTACATTCTCCTTCACAAATTTTGCTAAACATAAGTGAACAGGAAGTTGTCTAAATATTAGGAATGCACAGTTAATCATCAATTCAAATGAATTTCTCAGAGCCAAGCCTACAGACATCAGATGTCTGCACACCTAAGCTTCTGTCAACTGTAGAAATTGAATACAGGCGATTCAGAAAACCTAAGTGAATACATGTGACAAAGTCTGTCATCCTTGAATTGCCCCAAGCCTGATTCCTTTCTCCTACCAGTCTCTGGAGCACACTGAAACTCCTTTCTTCTTGGTATAATCCTCCCCTATCTGGTTCCACTCTCTTCCCTATTTTTGTTCTTATCTGGAACTGGAAAAGTCATGTTACAAGTTACATTGGAGACTAAGATTAAAGTCCCCCTCCTTTTTATGGGTAGACTCACACACTTTGTTGCCACAATTTATGTGCAGCAGAGTTTAAGCTCTCTCCTACAGAAGGATGACGGCTCACATAAAAGGATCACCCTGTGCAACTCCAGCTGTCCTGGAACTCACTGTGCAGATCAGGCTAGCTTTGAACTCAAGAGAGCTGCCTGCCTCTGCCTCCCACCCAGTGGCTCACACTCTTTATTGTGCATTATCACCCTCCAAGGAAGGAACCTGCTCTTGTAGAGGCAGCTTTGAAAGATTGCAAACTAATTCTCATTTGTGTACTTTGTTTCTTACTACCCTAAGCCACTAGGAAGTGCGGGGCTGATCAGGACACTAGATTCCATCACTAAGGGAAACTGAACTTTTCTCCTAAAAGAACTCAACTTCACCCACTTTTATTCTGAAAGTCAGGCTGCTGTTTCTCCCACAACAAAATAAGTCTGTCAAGAGCCTATCGGGAAATAATTAAAAGGAGAGGCTGGGGATGTAGCTCAGGTGTCAGAGTGTTTGCCTCACATGCACGAAGCCCCAGGTCTGAGTTCCAGCAGTGACTAAAACTGGGAGTGGTGGCGTATGCCTAACCTCAGTCCTGAGGAGGTGAAGGCAGAAGGATCATCAGCCTTGGCTAAGTGGTCTATTCACAGCTAGCCTTGGCTACATAAAGCCTAGTCTTTAAAAACCAAAAGGAAGGCTGGTGACACTTGCTACCAAGGCTGACAATCTGAGTTTAATCCTCGGGATCCACATATCAGGAGAGAACGGACTCCCTACATTTTGTCCTGACTTCCACACACATAGGGCGGCAGGCGGGTGAGCAGGTGTGCACATGTGCACGCACGCACGCACACGCACACGCACACGCACACACACACACACACACAAATACATAAATACAAGTAGTAACTTTTGAAAAATAAATAACTATATGAGCATCTACCTAGCTTTCTTGACATAAAAGTTCTCCTAATTTCTCACTACTTTAATATGGTTTGCCAACGAGGAACACATTAACTTTAGCAAACACAGTTTGATAGTATTCATTAGTTTGTGAGAGTTTCTTTACCTGACTGAGAATTTTCATCCCTGAGTGCAACAGCTTCTTTGCAGCTTTATAATAAATGGTCTCTGGCTTATTGTAAATCATTGCATTAGTACACATTAGCTTGAAGTTATCCTACAAAGGGAAGTAAGAGGAAAAAGGCATTAGAAACAAACTCTTTAGTCTTTGTCTAAATTCATATAGGCCCTGCAAAAATTTGGGAAAAAACCATAAACTAAAGGACAAAAGAAGACCATCTTTTTCTGTCACCATTTATTAAATAGCATCCAGTCAGTGGTCACACAGGCCTTTAATCCCAGCACTCGAGAGGCAGAGGCATGTGGATCTCTGTGAGTTCTAGGCCAGCCTGGACTACAGAGTGAGTTCCAGGACGGCCAAGGTTACAGAGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATTTAAAAATCATACACAAACAATTTGAAGAAAATATTTCTCTCAAATTAAATAATTCAAGCTGGGTAGCTCATATGATTAGAAATATTACCCTTAGTTTTTAAGATAACGTTGTTTCTATTTATGAGTTAAATATTTCACTTCAAATTTTAATTAAAAACTGGGACCAGAGTTAAATTCTAACAATTTTTTTCCCTGCCAAACCCAAATAAACGGATAAAAATGTTTAAATATTTACACTACTTTAAAGTGTTTAGACACTACCATAAATTAAACATAATTTGCAGACATTATAAAACCATGTGATTATGAAATAAACTATATCTCCTCAAGGAGTGACAACACGTAACTGGAGTAGCCAAGTTATCAGAACTGCAGTGGGGCTTACACTTCAAATATGTGTATGTCCTAAGCAGAGCCCCACCCTTTCTCCTGGTAAGGCATCTACACATCTGTAAGCATGTGTGATCATGCCACTGTCTTACTGTTAAAATGGGGGGATATCCTACAAAGAAATGACCCATAAACTTCCAAATCCCAAACAAAACCACTCAGGCCTCACTGGTTAGTAGTGACAGCACTTATAATAAAAATAGATCAAGTTAAAACCAGATGGAAATAGATGTGAACATTGAGCTCTGGTGAAAACTTCTGCTAACCTCTAGACCTCTCAGAATCCTCTGTGAGCTAGAGGAGTGTAGCAAGGTAAGGCATTAGACTGTTATGTACACTCAGTAAACTAACACTTGGTTATAGCTGGCAACAGTGAGTTTATGAATTGGCAGGAGATCACCTTAATGATTCTATGTCTTGTCTGTTAAAGCAATTTATGGTGCTGGAGCATAAACCTAGGAACCAGCTATATATCCCCAGCCAAGGTGGCTAAGATTCTTTAAATTTTAGCTGCTAAGAAAGTTAGCATTATTGTACTTTGTGTAATGGCACTTGATCACTCAAAAAGTGGAATCTTTCTGCATAGTTTTCTGCCTGTGGAAAACTCCAGAAGGCTAAAATAACCCCTTAACTTAAACATACTCAGGTGAGAAACTACTCGCTCCTGTGAACATGTGGTGGTTTGAATAGGAATGGTCCTCAGAGACTCATGCTTGGCCTATAAGGAGTGGCACTATTAGGAGGTATGTCCTTGTTGGAGGAAGTGTGCCACTGTGGAGGTGGGCTTTGAGGTCTTAGATGCTCAAGTTAGGCCTAGTGTCACAATCTCCTCCTGCTATCTACAGATCAAGATGTGAAAACTCTCAGCTCCTTCTCCAGCATCATGTTTGCCTGTACACCACCCATGTCTTGCCATGATGAAAATGGACTAAACCTCTGAAACTATAAGCTAGCCAATTAAATGTAATAAAGTCTGAAATAAAGTTTCAGACTAATTTTCACTTGGTGAAAATGTCAGGAAAAAATGTCCATTATTAAGAAAAATAATGGAATTAAAAGTTTTCCAAGTAAGTGGATTATTATCTACATCCTGAAACTACAACTGAAGAAAAATAAGAATTAGATGCTAATCTGCATAAATTTTAGCTGATTCACATTGGTGCATTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGCCAGAGGTGGGTGTCCGTGTATGTCTCTTCCCTCGGCTTATGAGGTAGTCTCTCACTGTACCTGGAGCTCTGTAATTCAACTAGACTAGCTGGACAACAAGCCCGTGAGATCTGCCTGTCTCTTCCCACAGTGCTGAGATTATAGATTCCTGCCGTCAGGCCTGGCTTTATATAGGTGTTAGGGATTCAAACTCAAAAGGCCCCATTGCTTCTATAGCAATTATTTAGGCTACTAGGCTTTCGTGGCAAGTGCCTTAGCCATCTCAACAGGCTCAGATTTGCAGATTACTAAACAAAATCTATTTACTTACTTATTTATTGAGGCAGAACCCCCACATAGTTCCGTCTGTCTTGGAACTCAATATGTTGGCAGGCTGGCCTTGAATTGACAGAGATCCATTTGCCAAATACCAGGATTAAAGATGTATACCACCATGTTTCACAACTAAATACATTTAAAAAAAAAATATCACCTTATTTACGTACCATGTGTGTGCTCCACTACCCACTGTGGCACATGTGGAAG
U5_15 91245419 91260489 15071 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