High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
3' retrieval block size
 
     
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
rm7 31-AUG-11 10.50.44.362858
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 395510
Chr: 1
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-154A22 : RP24-450H17 : RP24-375D13 : RP24-184B24 : RP24-142M6 : RP24-532C12 : RP24-531A1 : RP24-184H9 : RP24-410M16 :
Instance: Plate 262: Well C11: BACs RP24-375D13 RP24-184B24 RP24-154A22 RP24-450H17
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 175984877 175984926 50 AGGAACCTCTCCCTATTGTATGTGGCTGATGAATTTTCTAAAATATAATT
U5 175978853 175978902 50 CTCATCCATGGCGAAATCTTCGCCCCCCGCCTCATGAAGATCCAGCACGT
U3 175978803 175978852 50 TTCCGTTTCTTCGCTTTTTCTTTTAGTTTGTGGATGCTTTCGTCCCCATC
D5 175978285 175978334 50 AAATTAAATATAAACACAAGGTCCGCCCTAGCCCTGTTTAATCCAAGGCA
D3 175978235 175978284 50 CATTTATTTTTTTCTAAAACTCAAAAGCAATGCCAAGTAGATAGGGTAAG
G3 175973858 175973907 50 TATGAACTCATTGACATGGGGGGAGTGTCTGCTTCAGTTTTAAAAATTAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 177893366 177924033 30668 AAGAACATGTTTGTCAGAAGACAGACTGATACCCTCAAAACCCTGGTATCAGAAGACAAGGAACAAGGGGACAGAAATGAGTGTTTTTCAGAAGTCTTGAAGGCTGGCATGAAATGGAGGTGCCTGTGCTCAGCTGCCTGGATAGGTCTTAGAGAGGATATGTCAGGGCAGATGCTTGGTTCTGTCTGCATCTTCTCCCCCCTTCCTCTAATTCCAGAATTCAGCAATATTAAAGGAAAGGGCTCACCTCATGTTATTCTTCTTAAAACCAGTGCTGATGGGTCAGCAGAAAAGATTCTAAAACCAGTAAGAATCAGGAGACAAGAACCAAGTCGTAAAATGTGTTTGCAGTCATTAAAAACTAACTCCTAGGCCAGAACAACATTCTCTGTCAGAGCTCATAGATACAAAAGTCTTAAATTTAATATACAGTGCTAAGATGTTGTTAGCTAGATATTACATGTCATTCAGAGAACATTTTAAATAAGTGTGCTTTTTATTTCTCCTTAATAAAAGAAAAGATGTAGTAAATTGTTGTCTTTCCTCTAGTCCTTCCTGCATTTGGTCTGAAGCCTTGTGTGTCTGTTAGTGAGCTATACGCTCAGCGGCTCCCTCCCGGTGGCATTGGCCATGGCAGGTTGCTTGGAGGGAGACTTGAGTTTGGACAGGCTTGAACAGTTCGGTTGTTTGGTGGGCTGTATGGATTTGGCATAAGGCGAATACCAGTCCCTCTCAAACACGTCCTTCAGTTGCTTAATGATGCTCCTGTTGTCTCTCACATCTGCCTGGTTGATGACAAGGCCCGTGCCAGCGTTCTGGGTAAAGTCATTCCCTACCCAGTCAAAATTTCCTACAAATAAAGAAATGATGATGAGAAGGTACGGTCCACTGGGAAAAGTCCCACTATAATGAAATACAGAACAGATTATATATACATATATATATATATGTATATATATATATATATATACAAACAAACAAACACCCAAAATAATAAGAGAGGCAGAATCCTGATGACAGCTCCCGAGGAAAAAAATTGCTAGAAGCTCCACATATGGCAGATTAATATTTGCATATTATTTTGGCATTTTCTTCAGCTTCGCTCAAGTCGAAACTCAAAACAAGAAATCTGCTGTTCTTTTCCTGTAAATGTTATTTCTTATTGATGTTCACAAGACACACTAAATACAGCAACATTTAAAATATATAGGAATACACTTAAAAATCCTGTGAACAATTACTACCTTCTCAAAGAGACAACATCGAATCCATATGCATAAACATTATTATGCAGAGATGCTTCACCACTGAGACAAAGCAGAAGGCAGAGATATGACTACAGCATTCCCTAAGGAGACTGGAAGGTATCTCCCCAGGGTAGGACTGGAGGCTTGGCCAGGATTGATGGCTGATTTGGTTTTTCTCAGAGCTTTCTTCACAAAGTGCCAGAAACTAGTTGTTTTAAATGGAAGAAATGTTCTCTTATGCCTTTGGAGACAAAAATCAAGGTTGTTTCCTTCTGAGAACTACAAGAAATATGATGGCTACTTTTTGTTGCCAACTTGACACCTCTAGGAAGAACAACCACCATCAGATTAGCCTCTCGCCATGTCTATGGGGTATTCCCTTGACTGCTAATTGATGTCGGAGGGTCCAGCCCATTGTGGGCATCACCATCCTTGTGTAAGTTGGCCTGGACTGAATAAGAAAGGTAGCTGGCCATGAGTTCTGAGATCAAGAGAGTAAGCAGTGTTGTGCCTGTGGTGACTGCTTCAAGCTCCTGCCTTCTCTTGATGGATCATAATCTGCAAGCTGAAACAAGCCCTTTCCTCCCCAAACTACGTTTGCTCATGGTGTTCATCATGGGAGTGGGGAAGCAAACTAGGATGGAAAGGACGCATTGCAACTTCGTCTCCTTCTGGGTGGCCCCTTTCTCCCTGTCTCTCCATACCGTCTTTCCTCTATGGGTGCCCTTATCCAGCCTCCTTCCTTGTTTCCTTTCTTTTGAAGCCGGATGTTACTATATAGCCTCGCCCTCACAGCAATCCTTCCCCCTGGGCCTTCTGAGAGCTGGAATTACAGGTAGGGGGCACTATGGGTACACAGTTCCTCTGTGCTTTTGTTGTTGTTGTTTAAAGAACATGTGCCACATTAGATTAATGCCCACCTTAATGACCTCTCTTGAGAGTGATTTTCTTTCATCACCTTCTCTCATACTAGGGACCAGGACTTCCACAGATGAATTTTGAGGTTGGAATCATCTCAGAAGAAGCTGATAATGACAATGCTATTAGTGCTGAATCCATCTCTAAGGCTAGGGCGATTTGAAGAAAAATGGCCCTCATGTATTTGCATGCTTAGTCCCCAGTTGGATAGCTGTCAGGGAAGGTTTAGGAGCTGTGTTCTTGGTGGAGGTGGGGTGTCACTACATGTCGTGGTTTGAATATGTATGGCCCAGGGAGTGGCACTTATTAGGAGGTGTGGCGTTGTTGGGGAAAGTGTGTCACTGTGGCGTTGGGCTTTGAGACCCTCCTTCTAGCTGCCTGGAAGCCAGTCTTCTGTTTGCTTTCAGAACAAGATGCAGAACTCTCAGCTCCTCCAGCACCATGCTCCATGCCTTGATAATGTACTGAACCTCTGCACCTGTAAGCTGGCCCCAATTAAATGTTCTTTATAAGAGTTGCATTGGCCATGGTGTTTTTTCACAGCAATGGAAACCCTAATGAAGACACTAGGGGTGGGCTTTGAGGTTTCAAAAGGCCACAACAGGCTACAGTGTCTTTCTCTGTCTGCTTGTCTGCTGCCATAGGGTCAGGTTGTAAAGTTCTCAGCTACTTCTCCAGCACCATGCCTGCCTGCATACTACCATACTTTCCACCAAGATGATAATAGAGTAAGCCTGTGACACTGTAAGCAAGCTCCCAACTTAAATACTTTCCATTGTAAGATTTGCCTTGGTCATGGTTCCTCTTCATAACCATAGAACACCAGTACAACAAAGGTACAGGAAATGGCTCACCTCCCATGTATTTCTCTTTGGTGTCAAAACCAAGGTCTGTCCTTGGAGGGGGACAGTGCTAATTATTTATTGGATCTTCATTCTCCTGTGCTGTTCACTGAGTTACCCAATGTCTACCGGGTCCGATATTAAGAGTGTAGATATAAAACTGAAAATGAAGGTTCCTGCCTTCACGGAGTTCCAGAAAGAGTCACTACAACAGAGATGGTAAGAAAGAGCACACTGGGATTTCATACCCAAGCACCAGAGAGAAGGATTTCCATCCCTGGCTCAATATGTCAAGAAGAAGCTGTGCCCTGAGTAAATGAGAGACACCCTCAAGCTTAACTAGGACAAGAGAGATCCAGATTCCAGGAAAGGAGAGCGACACCTTGTGGTCTGAGATCAGGTTGGAAGTCTGGAATATTTGGGGTTGTAGTCAAGCTGCAAGGGAGTCTGAGGGGAGACCAGCCTTGAGTTACTAACTGTCTACTTTGGGCAAAGCATAATACTTGTGTTTATGTCCAATATTTTGTATGATGGGAGGGATTTGCCATGAGAAAGGAAATGTTCACAGAGATCCCTACAGCTTCCCCATGTTTTATGGCTAACCAATGGTGCTTCACAGAGAACTATTGGAGCTGAAGTTCAAAGCCAAATTTAAGTCCAGAGGCTGCATTTCACCTTTGACCCTAAAGGCATCCTCTGCCCACTTCACCCTGAACAATGACTTCAGCTCAGGGTCTGGGGCATTGAAGCAGCCATACTGAGATTTCTGCTCTATGCACTGGCGGATGAAATTTTCTGGAGGAAACACATATAGGTAAATACTAAAGGGGCATCCCTGGGAAGAGAAAGGAGGATGGAGGCGGGTGAGGAGTTTGGGGCCTTAGCCTGTAAATCTAGCCTTTGCCCTGCCATACAGAGAATGAGCCAAAAGCATGGTGTTTGTGGATTGCAAATGCCTTAGTTGGCTTCTTTCATGACAGCTCTGGGAAGCATCATGCTGACACAAATTTTGGCGGACCTTCAAGGTGACATATGCCTCCATAATTTTTTTTGAAGCTGGGCTACATTTTTTTTAAATCTTTTACCTTTTTAGACTATTTTAGTTCCCCAGAATGCACACTAAGGTTATAAAGGTTGAAATATCCAGAATGTAGTGTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCCCCCCTCCCCCCCTCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTCTTAGGGTGCCAGAGAGCTCAGCTTCTTGGTAGGCAGCCTTAGGCATCTTTGAGCACCTTCAGTTAACCTCCCCACCCCTCCTTAGCTGTCTAGTTGCTCAGACACCTTCCAAACAAAATTTCCAAGCTTAACTCAGATACACTGGTGGAGACTATAAAATGAGAAAGATCATGCTGTCTGAAGTGTCTTCGGGACATCTCATACAAACTTAATGGAGTTATACTCCCATGTCCTGAGATTTTTTTCTTGGTTCCACACTATCAATGAGTTAATTTCCTTTTGACATGCTTTGAATGTTTTTGTATTGGAACTCTGCTTCTTTCTAGAGATCAGTGTTTTACTAAAACTGTTGCCTATAAAATGAAGTTATTTAATAATGTCTTATCCTATGTTTACTAAGACTCCAGAGTCATTGTTTGGAGCCATTCATATATTATCTCATTTAATCACCACACCATCAAAGGGTGGGTGCTATTATCCCCCTTTCACAGATAGGGAGACTGAGGCTTACAAGAGATTATATGGATTGCTACTGTCTCCCAGTTTGTGTCAGTGCTATAATTCAAATACAGATTTCTCTGATTCCCCAAACACTTAATTAATTTGTCCAAGAAATGTTTGTATATCAGGTGAGTCATTTCAAGACCAATAAACATTAGTTTACAATCTACTGCCAGCCCATGTGGTCTTGGTTGAGTTCTGTTTTCTTCTTTGATTAAAGAGTCACTGAATGTGCA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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
AOS Produced 10 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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