High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
3' retrieval block size
 
     
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 393702
Chr: 12
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-345C1 : RP24-280E3 : RP24-170E14 : RP24-281N1 : RP24-137A17 : RP24-251P22 : RP24-468I15 : RP24-151C5 : RP24-185O19 : RP24-512H10 :
Instance: Plate 258: Well H11: BACs RP24-280E3 RP24-281N1 RP24-170E14 RP24-345C1
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 83944505 83944554 50 AAGCCAAGACAAAAATGTGCCTGGATTACAGAGCAAGGTCAACAGTGCCA
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D5 83952491 83952540 50 AGTTCCGAGTTAGTTTTTTGAGGATGGCTGGAAAGAGTGCCGTTGCGACT
D3 83952541 83952590 50 CTCCACTACCGTTGCCTCTCTTTTTAAAGAGGTCGGGTTCTTACCTTGCT
G3 83956988 83957037 50 TGTGGGTTTTTTTTCTCAGCACACGGATCTATAGCCATACATACACTAAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 85276903 85308540 31638 GAACAAGCTCTGGAGTAGCCATTAGATTCTGAATCAGTGGTCAAATGAAGCAGTGTCATCTTTGTGCCTTCCTTTAAGCTCTGTGCATCCTTATCTAGAATAAGCCAGGGGCCTTGTAGAACAAAAACTACTATACCTTTGGAAGGGTTGCTTACTTGGGAAAAGCATAGACTTCTCCATACATCCCCACACGTCTCCTTTTGTACAGTTTAAAGGGCATTCTTTTATTCAGGAAATGTTTCTTGATTAAGAATTACATACAGGGGGCTGGCGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGTGCCAACTGCTCTTCCGAAGGTCCGGAGCTCAAATCCCAGCAACCATATGGTGGCTCACAACCATCCGTAAGAAAATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGACTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAGAATTACATACAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGTTCTTCCAGAGTTCCTGAGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGTGGCTCACAACCATCTATAATGACATCTAATCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAAGAATGACCGTGTACCCACATATATAAAATAAATAAACCTTTTTTCAAAAAAAAAGAAATATATACATTCTTAGGTGTCAAGGTAGGTAAAACCTCTTGCTTGACCACAAACCTGACAATCTTATTTCTATCCACAGGTTCCCACAGTAGAAGGAGAGGCCTTACTCCTGAACATTGTCCTCTGACTTTACACACATCACACATGCACAAACACATACATACACACAGATTAGTAAAAATATTTAAAAATAAGTATATCCTCTAGGCCAACAGTTGACTGCTATGGCTATAAATAAATAAATTAAATAGTGGTAAAACATCAGACTAAGAGATCTCAAGTCTCTTAGCAACCTAGTAAGCTAAAAACCTGTTTTTGGACGAGAGAGGTGGCTCAGCTGTTAAGAGCACCTGCTGTTCTTGCAGAGGACCTGGGCTTAGTTGCCAGCATCCACATGACATTTGCAACCGTTCATAACTCCTGACCCAGGGGATCTGATACCTCCTTTGATTTCCAAGGGCTCCAGGAATGCATGTAGTGTACATACATACATGCAGAACACTCATGCAAAATAAAATAAGTACATCTTTTTAAAAAAAAAAATAAAATAAACATATTTTACTCCGGTGGCTGGAGTTAGTGAAACAGCCATCTCAGGAACGCACTGAGAAGTAACTTTTTACTTCTTTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTCATGTATATGAGTACACTGTTGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGTATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATCGAACTCAGAACCTCTGAAAGAGCAGTCGATGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAACTTTTCACTCCTTGAGGAACACAGCATTTCTGTTCTTCAGAAGATGAGGCCAACCTGAGGCCATGAACAGTCATGCTTGAGCCAGCCTCTTCTCAACGCACCTACAGGTGAAGATAACACTCGTTCAGGAGATGAGAGCATAGCGCTCACCCACCCCTCGTTCCTCGGGGCTGAGACAGCGTCTACTTGGCTTGCTTGGTACACAACTAGAAACCATGTTTAAGAGTCTCTGACATGTTGTAGGTAACTGGCAGATGGCTGCTGTGATCGGATTTAGTTGTTGCCTTAAGAGCAGACAATCAGAAGTTCCCAGGAACGGAGGTATATGGACAAACTGACACCTAGTGGTGCAGTTTTTAAACCATGAGCCAGAAGTATAGTTAATTGCTAGCTTGACATTTAGTTTGGGGGAGTAAGCAGACAGCAACAGAACGCCTGCTTTTCCATAGGAACAACATTTAGCATCTCTGGTCAGGGATTTTCAAACGCGACAGTGTATGGGAATGGCGTGTGAAGAGGACATCGTGGGGCACAACTTCAAGCTCAGCACTCCAGGGGCAGCGCAGCGCAGGGCAGCACAGGTGGATCTCTGTCAGTCTCAGGCCAGCCTGCTCTACACAGCAAGCTGCAGGCTAGCCGGGGCTACATAGTGAGACCTTGTCGATAATAAACAAACAAACAAATAGATAAATAAATGGAGAGAAATATGCTAATGTCTGAATCTCTCTTTAACGTGTAGGAAATATAGCTCAGCTTCCCTCTGTCTCTTTTTGCATATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTTTAAAATTTTTTCTAGCAGTGACTTTTTAAAAAAGATTTATTTATTATATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCATCATGTGGTTGCTGGGACCTTTGAATTCAGGACCTCTGCTTGCTCTGGTTGACCCTGCTTGCTTCACTTGCTCTCTGCCGCACTCACACCAACCTAAAGATTTATTTATTATTTATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGTGTCAGATCCCATTACAGGTGGACGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACTGCTAAGCCATCTCTCCAGCCCTAGCAGTGACATTTTAAAAACTGATTTTAATATGTAACCAGAAGCTGGACATGGTGGTGATACCTGTGTTTCCAGCACTTGGGGGGAAAAAAAATCAAGAGTTCAAGGTCAACCTAAACTACAGGAGACCCTATCTCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACTTTGGCCTGGTCCCTCCCTATGTATGATTAAGAAATGCACCCTCCCTTCCTGACCCAGGAAGGCCCTGTTCATTTCCTGTGTCAACAAGGAGCTTTAGTTTGTACTGGATGGACTAGAAACAGATCTGTGCTCCTCTGTCCTTTCAAAATCATCCATCCTCGGTGGATCTCTGTGGGATCAAGTTAGCCAAGGCTCTCATACCTCAGGGCTTAGACCTTTTTGTCCATCTCCCGCTACGACCAATGCCTAGCAGATAAGTATGTTTCAGAAAAGTCAATGGTGGCATAGACTATTCCTTCCTGGGCCTCAAGAGTGGATGGTTAATAGATTTAATCTGTCTTGTCTCTAATATATTCCTGATCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCCCCACTTTCTCACACACAAATACACACGTTTAATGTACCCGCACATACACAGACACATCAAACATATACTCAGACGTATATGGAACCAGGTTGAGAACCCCTGCAGAGGCCCATGAGGGAACTATTTATTATTCTTTTCATTATATAATCAAGGAAAGTAAAACCCCAGAGGGTATGGTGATTGCGGCAAAGCTACATATTAGCCACCAAGGATTTGAGTTTGAGTCTCCTATATCCCCCTGATCTGATGCTGACTTTGCAGAGGCTCTTAGAAGTCTGGTATTCTCCAGATAGCTTCTGCATACAGGAGTCTTAAGTAAGGCACAGTGAGAATTTGCTCAGACTATGAGCTGAAGTTCCTCAAACAGATTGGGGTTGGTGGGGGTCATATAGTCTAAGGAAGGCACCAACTATCTGATCCTCTCTCTAAACTCATGAGTTTAAACTTCGTGAGTTTTAAACTCCACTGTTCTACTGATAGATAAATTAGCAGTGTGAGGTTAATTGTGAGTCAAATTAATACAAGATAAACATTAAACGTGTGTATTTGTGTGTGAGAAAGTGGGGAGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGACGGAGGGAGATCAGGAATATATTAGAGACTACACAGATTAAACCATCCACTCTTGAGGCCCAGGAAGGAGTAGACTATGCTACCATTGACTTTTCTGAGACATACTTATCTGCTAGGCATTGGTCGTGGGGGTTGGGGTGGGGGTGGGGCGATGACAAAAAGGTCTAAGCCCTGAGGTATTAGAGCCTTGGCTAACTTGGCCTCCCACAGAGATCCACCGAGGATGGATGATTTTGAAAGGACAGAGGAGCACAGATCTGTTTCTAGTCCATCCAGTACAAGCTAAAGCTCCTCGCTGACACAGGAAATGAACAGGGCCTTCCTGGGTCAGGAAGGGAGGGTGCATTTCTTAATCATACATAGGGAGGTACCAGGCCAAAATCTGCCAACACTACACTCACGTAATTGCCAGAACAATTTCCATGAATTTTATGGTGAATGCGTCTTTGATTGGCTCTTGGCAGCCTGTAAGAGCAGGTTGAGGAAACTAGGGTTCAGCGAAGCAGGCAGTAGTTCAGAGGCTCATCCTATGAAAAGGCTATACTAGGGGTCACAAACTCAGTCAGAGGACTGAACTTGGCCCACAGATAGTTTTGGCTTAGTGCTATTTGGCAGTGTTTTCAATATTTTTCAATTAATTGCCAACATTCAGCTCCAGGAAAAATTCACACAAAAACTCGGATTTTATTTTCATGAAATATAGTGGTGTGTGTATGTGTTTCTAGGAATTGAACTTAGGGCTTCATACATGCTTGGCAAGAGCTCTATCACTGACCTATGCCCACCACCCCTTACTACAGATTTTTTGTTCTTGAGAAAGAATCTTATGTAGACTAGGCTGGCCTAGAACTTAGTGTTATTGGATGAGGTTGGGCTCAAGCTCATCGTGTAGCTGAGGAGGACCTTAAGCTTCTGATCTTCCTGCCTTCACCTACTGAGTGCTGGGATTACAGGTGAGTGCCACCCTGTCGTGTTCATGCAGTGCTGAAGATCAAGCCCAGGGCTTCATGCCCACTAGCCAAGCACTCCGCTGACTCAGCTTCATCCCCGGCCTATCTTATAGTCTCTGACATATCCATAGTGTCTTAGTTAAGGTTCTATTGCTGTGAAGAGACATCATGGCCACAGCTATTATAAACAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGT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GF4 -1 -1 1 CACTGACTAGAGACTTCAGTTCTGATCTC
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
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finished running aos
AOS Produced 10 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:12:1:121257530:1, start 85291952: end 85293490
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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